BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052O14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 80,456,666 - 80,567,084
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRad51l1
Upstream geneGphn, 4921509E07Rik, Mpp5, Atp6v1d, LOC100041878, Eif2s1, Plek2, 6330442E10Rik, Plekhh1, Pigh, LOC666722, Arg2, Vti1b, Rdh11, Rdh12, Zfyve26
Downstream geneLOC100041968, LOC435309, LOC100041674, LOC666754, Zfp36l1, Actn1, Wdr22
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052O14.bB6Ng01-052O14.g
ACCDH876122DH876123
length1,0261,029
definitionDH876122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052O14, 5' end.DH876123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052O14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,566,063 - 80,567,084)(80,456,666 - 80,457,696)
sequence
gaattctctcaagaccaacataaatgcaacttgtagcagaacctgaaggg
gttctatagaagcccgagtccgcattcccctatccatgttatataatcat
ctgctaagtcttccaacctttcaaagtcctacagaaatagaaaaccaccc
cttaagcccgcctggcatgatactctaaacttctgtagattgttagcagt
aaaaatgccaaataaaaatctcccagatataacccgctctctgtgtatgt
tattcccttgggtttctgggaactgtctccaagataaacagtattaatgt
cacaccaaaggaggttatttcagcccttcttaaaactgatcaggtgagcc
ctgttccctaacaggaactcagaaggagggatcgcaagtcacagtgctaa
tcctaacaaatgtcaactagcacttctaataaaaaacaaggcataccaaa
cctgtgaaacccctatacttttacaacactgattactattatattgttca
tacataacaatgattctgatacatttttaatttgatgtttaaccttttct
tcatctgtggtgtttgtctgtggtcacatgtttgtgtgtagttacatgtg
tgtccatgtgcatttaggggctaacatacaacattgagtgtcttctttgg
tgataggccaccttattttttttatttacttttttaaggtccatctattt
actctgagtgggtggtggtgcccttgctattgtgctcttgtggaagttag
aggacaacttgcaggaacaagttctctcctgctatgtgggctgcagggat
ctcagagcatcatgcagcaaaagccttaacccactgagccatctcgccat
ctctgttttgagacaggtctcttcattggcttgcaacttaccaaccaggc
tatgctgcctagcctcaaggatcctcctgtctctgcctccctagcacctg
gatcacatactggtaatggtattctgttcaaggtgagtttattttttatg
acctggtgggggtggaggaatagggt
gaattctgtaatgcagatgcaagctgggaaggcagagtaaagcttcaaat
ggactggcccttgaatgaaagagggcaatgtgttgtccatcatttgggtg
gaaagctgtttggatctttactttctatataagggctgtttgcttttccc
ttctttcaatgtattaaagagaagaaaaatctaataaagtaattggacct
actggttataattcatacagaattttcaagtgtgtttaatagtggtctct
catacaactttaaagaaatgaataattggagaggaagggtcacagttgtg
ttgtagtttgggacccagcagagtccgaggaggtttgagtgattgggtga
actgctcatctgggagctgtttcttttggctgccttttgtgcctctcctt
ggggacagccctcctttactcttataatgtattttgcaactttcagtgag
aaaatagccatcaaaaatgaaccgttagtaaataaacacattctggttct
atgatgggaatcactaagtagtggctggcttagtttgaagagaaaagttc
atggtagtaactccgagaggtgacaccaggatcatgcttgtttggcgtgt
taatgagtccaagaggaaatggtgaaatctgctgatgacaccaaattgtt
ttgcttgatcttaacatggggtttctgggaagctgctttgtagtattaga
aatagtggaaggattgggcatttggggcagacatgctgaacttgaagtga
cggtttatgtgaagtagtcagagtacaccagtaaagttacagagccttgt
cctcttgaggaaactgctctctccagaatgtgaagactgggacaaagaac
attctgtttagaagcaacagtgatgcaaaaatatggcacctgagtatcct
tttgaaggtcagccgtaatatatatgagtgggtgttatttcccttcaaac
aaccatgggatattatatactcactttatgtatgtttgcttttttttgat
gggcaagtctagcccttcatatagccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_80566063_80567084
seq2: B6Ng01-052O14.b_45_1070 (reverse)

seq1  ACCCTA-TCCTCCA-CCCCAC--AGTCATAAAAAATAAACTCACCTTGAA  46
      |||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATTCCTCCACCCCCACCAGGTCATAAAAAATAAACTCACCTTGAA  50

seq1  CAGAATACCA-TACCAGTATGTGATCCAGGTGCTAGGGAGGCAGAGACAG  95
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATACCATTACCAGTATGTGATCCAGGTGCTAGGGAGGCAGAGACAG  100

seq1  GAGGATCCTTGAGGCTAGGCAGCATAGCCTGGTTGGTAAGTTGCAAGCCA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCCTTGAGGCTAGGCAGCATAGCCTGGTTGGTAAGTTGCAAGCCA  150

seq1  ATGAAGAGACCCTGTCTCAAAACAGAGATGGCGAGATGGCTCAGTGGGTT  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGA-CCTGTCTCAAAACAGAGATGGCGAGATGGCTCAGTGGGTT  199

seq1  AAGGCTTTTGCTGCCTGATGCTCTGAGATCCCTGCAGCCCACATAGCAGG  245
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTTTGCTGCATGATGCTCTGAGATCCCTGCAGCCCACATAGCAGG  249

seq1  AGAGAACTTGTTCCTGCAAGTTGTCCTCTAACTTCCACAAGAGCACAATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTTGTTCCTGCAAGTTGTCCTCTAACTTCCACAAGAGCACAATA  299

seq1  GCAAGGGCACCACCACCCACTCAGAGTAAATAGATGGACCTTAAAAAAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGCACCACCACCCACTCAGAGTAAATAGATGGACCTTAAAAAAGT  349

seq1  AAATAAAAAAAATAAGGTGGCCTATCACCAAAGAAGACACTCAATGTTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAAAAATAAGGTGGCCTATCACCAAAGAAGACACTCAATGTTGT  399

seq1  ATGTTAGCCCCTAAATGCACATGGACACACATGTAACTACACACAAACAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGCCCCTAAATGCACATGGACACACATGTAACTACACACAAACAT  449

seq1  GTGACCACAGACAAACACCACAGATGAAGAAAAGGTTAAACATCAAATTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCACAGACAAACACCACAGATGAAGAAAAGGTTAAACATCAAATTA  499

seq1  AAAATGTATCAGAATCATTGTTATGTATGAACAATATAATAGTAATCAGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATCAGAATCATTGTTATGTATGAACAATATAATAGTAATCAGT  549

seq1  GTTGTAAAAGTATAGGGGTTTCACAGGTTTGGTATGCCTTGTTTTTTATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAAAAGTATAGGGGTTTCACAGGTTTGGTATGCCTTGTTTTTTATT  599

seq1  AGAAGTGCTAGTTGACATTTGTTAGGATTAGCACTGTGACTTGCGATCCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGCTAGTTGACATTTGTTAGGATTAGCACTGTGACTTGCGATCCC  649

seq1  TCCTTCTGAGTTCCTGTTAGGGAACAGGGCTCACCTGATCAGTTTTAAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGAGTTCCTGTTAGGGAACAGGGCTCACCTGATCAGTTTTAAGA  699

seq1  AGGGCTGAAATAACCTCCTTTGGTGTGACATTAATACTGTTTATCTTGGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGAAATAACCTCCTTTGGTGTGACATTAATACTGTTTATCTTGGA  749

seq1  GACAGTTCCCAGAAACCCAAGGGAATAACATACACAGAGAGCGGGTTATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTCCCAGAAACCCAAGGGAATAACATACACAGAGAGCGGGTTATA  799

seq1  TCTGGGAGATTTTTATTTGGCATTTTTACTGCTAACAATCTACAGAAGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGATTTTTATTTGGCATTTTTACTGCTAACAATCTACAGAAGTT  849

seq1  TAGAGTATCATGCCAGGCGGGCTTAAGGGGTGGTTTTCTATTTCTGTAGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTATCATGCCAGGCGGGCTTAAGGGGTGGTTTTCTATTTCTGTAGG  899

seq1  ACTTTGAAAGGTTGGAAGACTTAGCAGATGATTATATAACATGGATAGGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAAAGGTTGGAAGACTTAGCAGATGATTATATAACATGGATAGGG  949

seq1  GAATGCGGACTCGGGCTTCTATAGAACCCCTTCAGGTTCTGCTACAAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCGGACTCGGGCTTCTATAGAACCCCTTCAGGTTCTGCTACAAGTT  999

seq1  GCATTTATGTTGGTCTTGAGAGAATTC  1022
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTATGTTGGTCTTGAGAGAATTC  1026

seq1: chr12_80456666_80457696
seq2: B6Ng01-052O14.g_70_1098

seq1  GAATTCTGTAATGCAGATGCAAGCTGGGAAGGCAGAGTAAAGCTTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAATGCAGATGCAAGCTGGGAAGGCAGAGTAAAGCTTCAAAT  50

seq1  GGACTGGCCCTTGAATGAAAGAGGGCAATGTGTTGTCCATCATTTGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGCCCTTGAATGAAAGAGGGCAATGTGTTGTCCATCATTTGGGTG  100

seq1  GAAAGCTGTTTGGATCTTTACTTTCTATATAAGGGCTGTTTGCTTTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTGTTTGGATCTTTACTTTCTATATAAGGGCTGTTTGCTTTTCCC  150

seq1  TTCTTTCAATGTATTAAAGAGAAGAAAAATCTAATAAAGTAATTGGACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCAATGTATTAAAGAGAAGAAAAATCTAATAAAGTAATTGGACCT  200

seq1  ACTGGTTATAATTCATACAGAATTTTCAAGTGTGTTTAATAGTGGTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTATAATTCATACAGAATTTTCAAGTGTGTTTAATAGTGGTCTCT  250

seq1  CATACAACTTTAAAGAAATGAATAATTGGAGAGGAAGGGTCACAGTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAACTTTAAAGAAATGAATAATTGGAGAGGAAGGGTCACAGTTGTG  300

seq1  TTGTAGTTTGGGACCCAGCAGAGTCCGAGGAGGTTTGAGTGATTGGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTTGGGACCCAGCAGAGTCCGAGGAGGTTTGAGTGATTGGGTGA  350

seq1  ACTGCTCATCTGGGAGCTGTTTCTTTTGGCTGCCTTTTGTGCCTCTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCATCTGGGAGCTGTTTCTTTTGGCTGCCTTTTGTGCCTCTCCTT  400

seq1  GGGGACAGCCCTCCTTTACTCTTATAATGTATTTTGCAACTTTCAGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACAGCCCTCCTTTACTCTTATAATGTATTTTGCAACTTTCAGTGAG  450

seq1  AAAATAGCCATCAAAAATGAACCGTTAGTAAATAAACACATTCTGGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCCATCAAAAATGAACCGTTAGTAAATAAACACATTCTGGTTCT  500

seq1  ATGATGGGAATCACTAAGTAGTGGCTGGCTTAGTTTGAAGAGAAAAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGGAATCACTAAGTAGTGGCTGGCTTAGTTTGAAGAGAAAAGTTC  550

seq1  ATGGTAGTAACTCCGAGAGGTGACACCAGGATCATGCTTGTTTGGCGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTAACTCCGAGAGGTGACACCAGGATCATGCTTGTTTGGCGTGT  600

seq1  TAATGAGTCCAAGAGGAAATGGTGAAATCTGCTGATGACACCAAATTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTCCAAGAGGAAATGGTGAAATCTGCTGATGACACCAAATTGTT  650

seq1  TTGCTTGATCTTAACATGGGGTTTCTGGGAAGCTGCTTTGTAGTATTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGATCTTAACATGGGGTTTCTGGGAAGCTGCTTTGTAGTATTAGA  700

seq1  AATAGTGGAAGGATTGGGCAATTTGGGGCAGACATGCTGAACTTGAAGTG  750
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGAAGGATTGGGC-ATTTGGGGCAGACATGCTGAACTTGAAGTG  749

seq1  ACGGTTTATGTGAAGTAGTCAGAGTACACCAGTAAAGTTACAGAGCCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTTATGTGAAGTAGTCAGAGTACACCAGTAAAGTTACAGAGCCTTG  799

seq1  TCCTCTTGAGGAAACTGCTCTCTCCAGAATGTGAAGACTGGGACAAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGAGGAAACTGCTCTCTCCAGAATGTGAAGACTGGGACAAAGAA  849

seq1  CATTCTGTTTAGAAGCAACAGTGATGCAAAAATATGGCACCTGAGTATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTTTAGAAGCAACAGTGATGCAAAAATATGGCACCTGAGTATCC  899

seq1  TTTTGAAGGTCAGCCGTAATATATATGAGTGGGTGTTATTTCCCTTCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTGAAGGTCAGCCGTAATATATATGAGTGGGTGTTATTTCCCTTC-AA  948

seq1  ACAACCATGGGATATTATATACTCACTTTATGTATGTTTGCTTTTTTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATGGGATATTATATACTCACTTTATGTATGTTTGCTTTTTTTTG  998

seq1  ATGGGCAGGTCTAGCCCTTCATATAGCCTTT  1031
      ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAAGTCTAGCCCTTCATATAGCCTTT  1029