BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055D23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,724,030 - 28,828,346
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055D23.bB6Ng01-055D23.g
ACCDH877755DH877756
length988975
definitionDH877755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055D23, 5' end.DH877756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,724,030 - 28,725,027)(28,827,368 - 28,828,346)
sequence
gaattctactgctcaggccaagttcaaattaggtgattatatttccttgc
tcacgtctattttctccagtccacagaactgaaaattgccatgtgctgta
gctgttggcctgccattgtgttagaaaatagaaataacccatttaatgtc
acttgaatatgggtcagtgctggaggagatgcatttcagtgtaactttct
atcacagggactggtactgtgtgtgtcaactctgttgaaagagtcttagt
gataccgtgtgtgtgatgctttgatttgcttctttgtgagagtcttacca
aagttggataccactcactactcactacatggctcagccacattcatagg
tctccctttccacttgttagactcatctgactcgcaattccacttacaaa
ggtgattaacacaactgtaacaagaaacttgctgccagttcttctccctt
tcctgtgagtcctcagcagtcttgtttctatctatcacaaacaaagaaac
aatctccaaagagatgagaaacagttttttaaagactgaagaccctgatt
tctaaatgattgtcatgaacaaggtcagcctacattgacctactgagttt
ccaggaatctacctagcctcaaaaacaagctaaaaccttcctgttgccca
agtataccagtagcctgtgtggactcctgagtacatctctgcccagacta
gacatagacatagacatagacatagacatagacatagacatagacataga
catagacatagacatagacatagacatagacatagacatagacatagaca
tagacatagacagacatagacatgacataggcataggcatagacagacat
agacatagatatagacatagacatagaaagacatagacataggcatatgc
atagcataggcatagacagacatagacatagaaagactagactagactag
actagactagactagacatagactagactagactagac
gaattccaaatatggttagatgataagatctcatgaagaactataaacac
tagcatggatttgtgtgcaatatcaccaagtgcccaattagagatatcac
agcaaacatggaaatgttgggacagtcatttctcttcttccaccattatg
ttgcattgaacccaagtctccaggcttgagtggcaagcacttttaaccac
tgagacactttttatgccttaagaggagagttttaaaacaatgaccaact
gccatttgtcaaaagggagatgaggggttagtgaggacaccagggaagcc
aaccaaattatttaaataatttcaatgctctaatgaatttggattaacat
aaggaatggtggattgtgggaaccttaagtctgcctatagcattagaacc
caataggagagtctgagtgatacaggacaatatagtgttgtcttctggag
gatggaacccttgcagagttctacagtgagatgaaggcaatccagggaca
agcacaaaggacactctcagaccccaaacctcagtatcatacaatgttgc
tgaaaagttctgtttcaagaatggagaaggcaggcaggaagccctttcca
tgagatcctgttttttttttttttttaagttgctggtatcccaggttgta
ttctgtgggctctgtcctgtggggaataagtgattatttgtttgtgtctg
tttttctccatgattaatttttttctgtgtctctttagataaaccataac
tgttatatgcatatagctcttctcacttaatcactcaaaactccctcagt
aaaaccaatgtcttcattttatattacatttatgtatgcatatgtgttgt
atgcatgtgtatgtatgtatgtatatatgtatgtatgacacatgtatata
tttaatgtgcatgtatactgggtgtgtgtgcttgtgtatgtgcacacatg
atacaagggtgatctatggaggtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28724030_28725027
seq2: B6Ng01-055D23.b_48_1035

seq1  GAATTCTACTGCTCAGGCCAAGTTCAAATTAGGTGATTATATTTCCTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTGCTCAGGCCAAGTTCAAATTAGGTGATTATATTTCCTTGC  50

seq1  TCACGTCTATTTTCTCCAGTCCACAGAACTGAAAATTGCCATGTGCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTCTATTTTCTCCAGTCCACAGAACTGAAAATTGCCATGTGCTGTA  100

seq1  GCTGTTGGCCTGCCATTGTGTTAGAAAATAGAAATAACCCATTTAATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGCCTGCCATTGTGTTAGAAAATAGAAATAACCCATTTAATGTC  150

seq1  ACTTGAATATGGGTCAGTGCTGGAGGAGATGCATTTCAGTGTAACTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAATATGGGTCAGTGCTGGAGGAGATGCATTTCAGTGTAACTTTCT  200

seq1  ATCACAGGGACTGGTACTGTGTGTGTCAACTCTGTTGAAAGAGTCTTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGGGACTGGTACTGTGTGTGTCAACTCTGTTGAAAGAGTCTTAGT  250

seq1  GATACCGTGTGTGTGATGCTTTGATTTGCTTCTTTGTGAGAGTCTTACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCGTGTGTGTGATGCTTTGATTTGCTTCTTTGTGAGAGTCTTACCA  300

seq1  AAGTTGGATACCACTCACTACTCACTACATGGCTCAGCCACATTCATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGATACCACTCACTACTCACTACATGGCTCAGCCACATTCATAGG  350

seq1  TCTCCCTTTCCACTTGTTAGACTCATCTGACTCGCAATTCCACTTACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTTTCCACTTGTTAGACTCATCTGACTCGCAATTCCACTTACAAA  400

seq1  GGTGATTAACACAACTGTAACAAGAAACTTGCTGCCAGTTCTTCTCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTAACACAACTGTAACAAGAAACTTGCTGCCAGTTCTTCTCCCTT  450

seq1  TCCTGTGAGTCCTCAGCAGTCTTGTTTCTATCTATCACAAACAAAGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAGTCCTCAGCAGTCTTGTTTCTATCTATCACAAACAAAGAAAC  500

seq1  AATCTCCAAAGAGATGAGAAACAGTTTTTTAAAGACTGAAGACCCTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAAAGAGATGAGAAACAGTTTTTTAAAGACTGAAGACCCTGATT  550

seq1  TCTAAATGATTGTCATGAACAAGGTCAGCCTACATTGACCTACTGAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGATTGTCATGAACAAGGTCAGCCTACATTGACCTACTGAGTTT  600

seq1  CCAGGAATCTACCTAGCCTCAAAAACAAGCTAAAACCTTCCTGTTGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATCTACCTAGCCTCAAAAACAAGCTAAAACCTTCCTGTTGCCCA  650

seq1  AGTATACCAGTAGCCTGTGTGGACTCCTGAGTACATCTCTGCCCAGACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACCAGTAGCCTGTGTGGACTCCTGAGTACATCTCTGCCCAGACTA  700

seq1  GACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGA  750

seq1  CATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACA  800

seq1  TAGACATAGACAGACATAGACATGACATAGGCATAGGCATAGACAGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATAGACAGACATAGACATGACATAGGCATAGGCATAGACAGACAT  850

seq1  AGACATAGATATAGACATAGACATAGAAAGACATAGACATAGGCATAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACATAGATATAGACATAGACATAGAAAGACATAGACATAGGCATATGC  900

seq1  ATAGGCATAGGCATAGACAGACATAGACATAGAAAGACATAGACATAGAC  950
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  ATA-GCATAGGCATAGACAGACATAGACATAGAAAGAC-TAGAC-TAGAC  947

seq1  ATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGAC  998
       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||
seq2  -TAGAC-TAGAC-TAGAC-TAGACATAGAC-TAGAC-TAGAC-TAGAC  988

seq1: chr12_28827368_28828346
seq2: B6Ng01-055D23.g_64_1038 (reverse)

seq1  TGACCTCCAATAGGCTCACCCTTGTATACATGTGTGCACATACACAGACA  50
      |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||
seq2  TGACCTCC-ATA-GATCACCCTTGTAT-CATGTGTGCACATACACAAGCA  47

seq1  CACACACACAGTATACATGCACATTAAATATATACATGTGTACATACATA  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACACACCCAGTATACATGCACATTAAATATATACATGTGT-CATACATA  96

seq1  CATATATACATACATACATACACATGCATACAACACATATGCATACATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATACATACATACATACACATGCATACAACACATATGCATACATAA  146

seq1  ATGTAATATAAAATGAAGACATTGGTTTTACTGAGGGAGTTTTGAGTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATATAAAATGAAGACATTGGTTTTACTGAGGGAGTTTTGAGTGAT  196

seq1  TAAGTGAGAAGAGCTATATGCATATAACAGTTATGGTTTATCTAAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGAGAAGAGCTATATGCATATAACAGTTATGGTTTATCTAAAGAGA  246

seq1  CACAGAAAAAAATTAATCATGGAGAAAAACAGACACAAACAAATAATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAAAATTAATCATGGAGAAAAACAGACACAAACAAATAATCAC  296

seq1  TTATTCCCCACAGGACAGAGCCCACAGAATACAACCTGGGATACCAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCCACAGGACAGAGCCCACAGAATACAACCTGGGATACCAGCAA  346

seq1  CTTAAAAAAAAAAAAAAAACAGGATCTCATGGAAAGGGCTTCCTGCCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAAAAAAAAAAAAACAGGATCTCATGGAAAGGGCTTCCTGCCTGC  396

seq1  CTTCTCCATTCTTGAAACAGAACTTTTCAGCAACATTGTATGATACTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCATTCTTGAAACAGAACTTTTCAGCAACATTGTATGATACTGAG  446

seq1  GTTTGGGGTCTGAGAGTGTCCTTTGTGCTTGTCCCTGGATTGCCTTCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGTCTGAGAGTGTCCTTTGTGCTTGTCCCTGGATTGCCTTCATC  496

seq1  TCACTGTAGAACTCTGCAAGGGTTCCATCCTCCAGAAGACAACACTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTAGAACTCTGCAAGGGTTCCATCCTCCAGAAGACAACACTATAT  546

seq1  TGTCCTGTATCACTCAGACTCTCCTATTGGGTTCTAATGCTATAGGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGTATCACTCAGACTCTCCTATTGGGTTCTAATGCTATAGGCAGA  596

seq1  CTTAAGGTTCCCACAATCCACCATTCCTTATGTTAATCCAAATTCATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGTTCCCACAATCCACCATTCCTTATGTTAATCCAAATTCATTAG  646

seq1  AGCATTGAAATTATTTAAATAATTTGGTTGGCTTCCCTGGTGTCCTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGAAATTATTTAAATAATTTGGTTGGCTTCCCTGGTGTCCTCACT  696

seq1  AACCCCTCATCTCCCTTTTGACAAATGGCAGTTGGTCATTGTTTTAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCATCTCCCTTTTGACAAATGGCAGTTGGTCATTGTTTTAAAAC  746

seq1  TCTCCTCTTAAGGCATAAAAAGTGTCTCAGTGGTTAAAAGTGCTTGCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTAAGGCATAAAAAGTGTCTCAGTGGTTAAAAGTGCTTGCCAC  796

seq1  TCAAGCCTGGAGACTTGGGTTCAATGCAACATAATGGTGGAAGAAGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCTGGAGACTTGGGTTCAATGCAACATAATGGTGGAAGAAGAGAA  846

seq1  ATGACTGTCCCAACATTTCCATGTTTGCTGTGATATCTCTAATTGGGCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTCCCAACATTTCCATGTTTGCTGTGATATCTCTAATTGGGCAC  896

seq1  TTGGTGATATTGCACACAAATCCATGCTAGTGTTTATAGTTCTTCATGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATATTGCACACAAATCCATGCTAGTGTTTATAGTTCTTCATGAG  946

seq1  ATCTTATCATCTAACCATATTTGGAATTC  979
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATCATCTAACCATATTTGGAATTC  975