BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056F07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,797,987 - 40,976,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScin, Gm889, Ifrd1, EG629820
Upstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606
Downstream geneZfp277, Dock4, LOC638487, LOC100043157, LOC100043162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056F07.bB6Ng01-056F07.g
ACCDH878522DH878523
length1,177878
definitionDH878522|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056F07, 5' end.DH878523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056F07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,797,987 - 40,799,164)(40,975,759 - 40,976,636)
sequence
gaattcaactgatgacacccctaaagaaatgtcaactatgggcgaggtca
ggaattcaacagtggagccttgtgattgactcttccatatgaactcaaat
gagtgtccacaggtaaagactccactgttgatttaatggattaaaaaaat
tagttacaattaaacacatgagaatctgtgcctagaatgttataagatca
atatggagaccagatttaaatgataagaccacatgagatcaccttggcct
ggaatactccagtgcttagaggccaagcagagtaaagccctaacctctct
gggaatgtggagacatctagctcatcagaaaaatatgctcaacaaacagt
acaagttgactgtggtaaatgcctgcctgtggctggttaagaaaaacaag
atcagagaagtgatctttgaaagcactgtgctcattcaccccgcttacca
tatttaggctcacaagaacatatgctctcagaaggacagaaatgtgaaaa
cccaggagaaggcaagacacagtgtctacagaatttgttttcaagcacat
ctcctggtttcatatctcctggtaaatgatccaggatacaagaataaatt
tgtcatgtatatgaggaaaaaggagattacagcctgcagtcagaacaaac
agcgagtattggaagaactgtgagtctatacaaggggatctgaaaccaaa
gaaagtctaagcaaaaccagagaggggaccatgggcagaggggtagactg
ggggatggagcaatttggctttagataagagccatacatttttattctat
gtaataagtatttattatcaactaaacagatcactacaaaatatataatt
tatgggtgacattgatattaattgataaaacacctcatcacttttgtata
agttactaatatatggattatttcttaaaaatatgaatcagtttatcttt
ttaaattatttcataagtcagagagaaggataataatctatgtacagatg
tagctagtgaaattacagagtgcagatgtggtgatctgtatgtgataaat
ttatgttctctctgaagagaaggaagaaggttgttgaaagaacaaggata
gagtgacagaatcatggctgtgtgctctccatgacaagggcaatgtcata
ctaaaagggctgtgggtgggagggact
gaattccatttctttactatggacacacttgtgtgtgggtgcattcgtgc
actgtttttgtggttgtgtgtacatgtgtatatgtatggagtttaatgaa
cagtttttatgagtctgttctctcctttcactatgtgggtgggttctggg
gaccatgctcaggtcatcaggcgtgagagtcagctgcacatgctgagccc
ttttactggtccagagcacctctctttctatgttggaaatactagtaaat
gtgtattctatagccctaacacatagtactaaatggagcttttaattttt
ttaaaaaaggctatttctcactaattgtagagaactaagatcagtggaag
tgtgtagataattactactcttgaatggtgaggttattgtgctttttatg
gttggtgattaaacttcttttgaatttttatatcttataagatgacttta
tagtagtttgtaatcagaatttttaataaaaatggtttatacacttttac
aattaaaaaatccccaattcttcttgcatgattctcgatagtaacaacaa
caaaaattgaaccagatcaaggaaatggtatctgtcatttcattgacaag
tcagcctacagacaagaacttcagctgaggagcggatcttagcccaaagg
tcaaagttgagcacttttaagacattttttcaaaggcaagcttttgaaag
tataggtcagtaaaaggagtctcagtgtcaggaatgggggttctctggga
accgaagctccccattctgcacttggaaagggccccctttcaaagagctg
gactgataggctagagtaggaaaacactcagcagccaccgtagcagctct
gagagcagcatggagaaacctatggggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40797987_40799164
seq2: B6Ng01-056F07.b_47_1223

seq1  GAATTCAACTGATGACACCCCTAAAGAAATGTCAACTATGGGCGAGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGATGACACCCCTAAAGAAATGTCAACTATGGGCGAGGTCA  50

seq1  GGAATTCAACAGTGGAGCCTTGTGATTGACTCTTCCATATGAACTCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAACAGTGGAGCCTTGTGATTGACTCTTCCATATGAACTCAAAT  100

seq1  GAGTGTCCACAGGTAAAGACTCCACTGTTGATTTAATGGATTAAAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCCACAGGTAAAGACTCCACTGTTGATTTAATGGATTAAAAAAAT  150

seq1  TAGTTACAATTAAACACATGAGAATCTGTGCCTAGAATGTTATAAGATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACAATTAAACACATGAGAATCTGTGCCTAGAATGTTATAAGATCA  200

seq1  ATATGGAGACCAGATTTAAATGATAAGACCACATGAGATCACCTTGGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGACCAGATTTAAATGATAAGACCACATGAGATCACCTTGGCCT  250

seq1  GGAATACTCCAGTGCTTAGAGGCCAAGCAGAGTAAAGCCCTAACCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTCCAGTGCTTAGAGGCCAAGCAGAGTAAAGCCCTAACCTCTCT  300

seq1  GGGAATGTGGAGACATCTAGCTCATCAGAAAAATATGCTCAACAAACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGTGGAGACATCTAGCTCATCAGAAAAATATGCTCAACAAACAGT  350

seq1  ACAAGTTGACTGTGGTAAATGCCTGCCTGTGGCTGGTTAAGAAAAACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGACTGTGGTAAATGCCTGCCTGTGGCTGGTTAAGAAAAACAAG  400

seq1  ATCAGAGAAGTGATCTTTGAAAGCACTGTGCTCATTCACCCCGCTTACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAGTGATCTTTGAAAGCACTGTGCTCATTCACCCCGCTTACCA  450

seq1  TATTTAGGCTCACAAGAACATATGCTCTCAGAAGGACAGAAATGTGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGCTCACAAGAACATATGCTCTCAGAAGGACAGAAATGTGAAAA  500

seq1  CCCAGGAGAAGGCAAGACACAGTGTCTACAGAATTTGTTTTCAAGCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGAAGGCAAGACACAGTGTCTACAGAATTTGTTTTCAAGCACAT  550

seq1  CTCCTGGTTTCATATCTCCTGGTAAATGATCCAGGATACAAGAATAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTTTCATATCTCCTGGTAAATGATCCAGGATACAAGAATAAATT  600

seq1  TGTCATGTATATGAGGAAAAAGGAGATTACAGCCTGCAGTCAGAACAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTATATGAGGAAAAAGGAGATTACAGCCTGCAGTCAGAACAAAC  650

seq1  AGCGAGTATTGGAAGAACTGTGAGTCTATACAAGGGGATCTGAAACCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTATTGGAAGAACTGTGAGTCTATACAAGGGGATCTGAAACCAAA  700

seq1  GAAAGTCTAAGCAAAACCAGAGAGGGGACCATGGGCAGAGGGGTAGACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTAAGCAAAACCAGAGAGGGGACCATGGGCAGAGGGGTAGACTG  750

seq1  GGGGATGGAGCAATTTGGCTTTAGATAAGAGCCATACATTTTTATTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGAGCAATTTGGCTTTAGATAAGAGCCATACATTTTTATTCTAT  800

seq1  GTAATAAGTATTTATTATCAACTTAACAGATCACTACAAAATATATAATT  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAGTATTTATTATCAACTAAACAGATCACTACAAAATATATAATT  850

seq1  TATGGGTGACATTGATATTAATTGATAAAACACCTCATCACTTTTGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGACATTGATATTAATTGATAAAACACCTCATCACTTTTGTATA  900

seq1  AGTTACTAATATATGGATTA-TTCTTAAAAATATGAATCAGTTTATCTTT  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTAATATATGGATTATTTCTTAAAAATATGAATCAGTTTATCTTT  950

seq1  TTAAATTATTTCATAAGTCAGAGGAGAGGATAAT-ATCTATGTACAGATG  998
      |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAATTATTTCATAAGTCAGAGAGAAGGATAATAATCTATGTACAGATG  1000

seq1  TAGCTAGTGAAATTACAGGAGTGCAGATGTGGTGATCTGTATGTGATTAC  1048
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  TAGCTAGTGAAATTACA-GAGTGCAGATGTGGTGATCTGTATGTGA-TAA  1048

seq1  ATTTATGTTCTCTCTG-AGAGAAGG-AGGAGGTTGTTGAAAGGAACAGGG  1096
      |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||| ||
seq2  ATTTATGTTCTCTCTGAAGAGAAGGAAGAAGGTTGTTGAAA-GAACAAGG  1097

seq1  ATAGAAGTGACAGAGATCATGGCTGTGGCCATCACAATGACAAGGCAGAT  1146
      |||| ||||||||| ||||||||||||  | || | |||||||||   ||
seq2  ATAG-AGTGACAGA-ATCATGGCTGTGTGC-TCTCCATGACAAGGGCAAT  1144

seq1  GACAACAGAAGAGGGCTGTGGGT-GGAGGGACT  1178
      | ||    || |||||||||||| |||||||||
seq2  GTCATACTAAAAGGGCTGTGGGTGGGAGGGACT  1177

seq1: chr12_40975759_40976636
seq2: B6Ng01-056F07.g_68_945 (reverse)

seq1  GCCCCATAGGCTTTCTCCATGCTGCTCTCAGAGCTGCTACGGTGGCTGCT  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATAGG-TTTCTCCATGCTGCTCTCAGAGCTGCTACGGTGGCTGCT  49

seq1  GAGTGTTTTCCTACTCTAGCCTATCAGTCCAGCTCCTTCGAAGGGGGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||
seq2  GAGTGTTTTCCTACTCTAGCCTATCAGTCCAGCTCTTTGAAAGGGGGCCC  99

seq1  TTTCCAAGTGCAGAATGGGGAGCTACGGTTCCCAGAGAACCCCATTCCCT  150
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||
seq2  TTTCCAAGTGCAGAATGGGGAGCTTCGGTTCCCAGAGAACCCCCATTCCT  149

seq1  GACACTGAGACTCCTTTTACTGACCTATACTTTCAAAAGCTTGCCTTTG-  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACACTGAGACTCCTTTTACTGACCTATACTTTCAAAAGCTTGCCTTTGA  199

seq1  AAAAATGTCTTAAAAGTGCTCAACTTTGACCTTTGGGCTAAGATCCGCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTCTTAAAAGTGCTCAACTTTGACCTTTGGGCTAAGATCCGCTC  249

seq1  CTCAGCTGAAGTTCTTGTCTGTAGGCTGACTTGTCAATGAAATGACAGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGAAGTTCTTGTCTGTAGGCTGACTTGTCAATGAAATGACAGAT  299

seq1  ACCATTTCCTTGATCTGGTTCAATTTTTGTTGTTGTTACTATCGAGAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTCCTTGATCTGGTTCAATTTTTGTTGTTGTTACTATCGAGAATC  349

seq1  ATGCAAGAAGAATTGGGGATTTTTTAATTGTAAAAGTGTATAAACCATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAAGAATTGGGGATTTTTTAATTGTAAAAGTGTATAAACCATTT  399

seq1  TTATTAAAAATTCTGATTACAAACTACTATAAAGTCATCTTATAAGATAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAAATTCTGATTACAAACTACTATAAAGTCATCTTATAAGATAT  449

seq1  AAAAATTCAAAAGAAGTTTAATCACCAACCATAAAAAGCACAATAACCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCAAAAGAAGTTTAATCACCAACCATAAAAAGCACAATAACCTC  499

seq1  ACCATTCAAGAGTAGTAATTATCTACACACTTCCACTGATCTTAGTTCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCAAGAGTAGTAATTATCTACACACTTCCACTGATCTTAGTTCTC  549

seq1  TACAATTAGTGAGAAATAGCCTTTTTTAAAAAAATTAAAAGCTCCATTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTAGTGAGAAATAGCCTTTTTTAAAAAAATTAAAAGCTCCATTTA  599

seq1  GTACTATGTGTTAGGGCTATAGAATACACATTTACTAGTATTTCCAACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATGTGTTAGGGCTATAGAATACACATTTACTAGTATTTCCAACAT  649

seq1  AGAAAGAGAGGTGCTCTGGACCAGTAAAAGGGCTCAGCATGTGCAGCTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAGGTGCTCTGGACCAGTAAAAGGGCTCAGCATGTGCAGCTGA  699

seq1  CTCTCACGCCTGATGACCTGAGCATGGTCCCCAGAACCCACCCACATAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACGCCTGATGACCTGAGCATGGTCCCCAGAACCCACCCACATAGT  749

seq1  GAAAGGAGAGAACAGACTCATAAAAACTGTTCATTAAACTCCATACATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGAGAACAGACTCATAAAAACTGTTCATTAAACTCCATACATAT  799

seq1  ACACATGTACACACAACCACAAAAACAGTGCACGAATGCACCCACACACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTACACACAACCACAAAAACAGTGCACGAATGCACCCACACACA  849

seq1  AGTGTGTCCATAGTAAAGAAATGGAATTC  878
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCCATAGTAAAGAAATGGAATTC  878