BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056P11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 17,342,746 - 17,459,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNol10
Upstream geneLpin1, Ntsr2, Greb1, E2f6, Rock2, Pqlc3, 2410004P03Rik, EG668514, Kcnf1, LOC100043299, Pdia6, Atp6v1c2
Downstream geneLOC672501, Odc1, LOC100042522, LOC100042528, Hpcal1, EG668525, LOC673341, EG245297, LOC100042573, LOC668539, LOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056P11.bB6Ng01-056P11.g
ACCDH878971DH878972
length1,1121,033
definitionDH878971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056P11, 5' end.DH878972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,342,746 - 17,343,871)(17,458,210 - 17,459,260)
sequence
gaattcatgtgttaaaatgcttggccatagggagtggcactaataggagg
tgtggccttattgaagtaggtgtggctttgttggaggaagtgtgtcattg
tgcaggtgagctttgaggctatgctcaggcttcgcccagtgtggaacaga
gcctcctcctggctgccttcggatcaagatgtagaacttccagttccttc
tccagcaccttgcctgcctgtaggctgccatgtttcctgccatgctgata
agagactaagcctctgaaactgtaagccagccccaattaaatgtttttct
ttataagagttgctttggctatggtgcctcttcacagaaatagaaacccc
aagacaccctttcctcctcaatttgttttggtcatggtgtttcattgcag
taacaggagccctaactaagacactaacaaacactgctggagccaagatt
ctgggaacacacagagattaataactgcagaggtcagggatattatattc
tccaaatagatggccaacatttctggagagcagatggtcagcatgaaggt
gctgaagtagctaaacttggacactggaaccctccagttcccttagtttc
ctccccgcagccagcatcccctaatggccacacagctccttccaatcctg
tttctgaattgtccctgtgccttggtattggcacagcatctcacgtggag
caggctctccagaaaggtccacactatgggttgttccacctggcctaata
gaaaggaaacatctacttggccaaagtccaatgggaggaaatctatggac
aaaggccaagaccatgggagggaagaggtggcacgtcctgtcatccttgt
ccttctattccactgaggggtaggcacaccccctcaccccagcaccttgg
gaggacactcagcagttccttaggtgccgatagattcttccttgctcata
tgtggcatacatttgtgtggaaatcaaagtcatttcagatgtcctcctga
atgctctgactacccttgaaataatcttgaaatctgagctggccacgttg
ctgtactgacttttctatggtgtccagaatcctgccttctgcttcatgcg
aagcggctttaa
gaattcatggccttgtccctcaggcagggggaaggggaggacacgtactc
catgggactgtccctatggtacaaacaggaacttaaagcagacatggatt
tttccaatgctttgaaatgagggaaagagggagtagaatcttttgttcca
aagagtcacagatgatcacaggacagaacattaaaaagatccagtgaatt
taaaacaaacaaagactggccttgtggacccactgccctttcttctcatg
ttagttggtgtgggtagctccctagattctgaaaacacacagccatatgc
gcgtgcacacacacacacacatgggcatgcatacacaaatatatgcacat
tcacacaagtatacacatatactaacatacacatacatgagcatgcttgc
acttacacacacaggcaggcacacgcatacacacacactcacatgcacat
gggcacacacacagaagtatcctaggggaaaagtgatagtctcattctaa
gaaggtaattattgagatgaagatacaagtcaaccctgggttcaatgtcc
agcaccataaaaatttttaagtagaggaatgcaactgctttatttgtaca
attgaacattctgaaaaatctgttaagaaatattaccagactatgttaac
aattgacaattagtgtccagtaagaaaaattcacatctgtgcacctaaaa
aacttgagatcaacaatgatgacaaactgggaagcagttctctgatttag
aatctattctaatgaagcgagcaggtgggttttcaacacagctattaaaa
gtataaaaacagaagcggggcatggtggcatacatcttcttgtagctttt
gggaggcagggcagagaaatctctgtgaagataaggccagcctggtctat
atagtgagttccagggcacattgctacagagagagactttgtttcaaata
cacacacacacacaccccacacacagcacgcacccatctcgaagagaggc
tgagacgaagacgagagacgaaacgagagagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_17342746_17343871
seq2: B6Ng01-056P11.b_46_1157

seq1  GAATTCATGTGTTAAAATGCTTGGCCATAGGGAGTGGCACTAATAGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTTAAAATGCTTGGCCATAGGGAGTGGCACTAATAGGAGG  50

seq1  TGTGGCCTTATTGAAGTAGGTGTGGCTTTGTTGGAGGAAGTGTGTCATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTTATTGAAGTAGGTGTGGCTTTGTTGGAGGAAGTGTGTCATTG  100

seq1  TGCAGGTGAGCTTTGAGGCTATGCTCAGGCTTCGCCCAGTGTGGAACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTGAGCTTTGAGGCTATGCTCAGGCTTCGCCCAGTGTGGAACAGA  150

seq1  GCCTCCTCCTGGCTGCCTTCGGATCAAGATGTAGAACTTCCAGTTCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCCTGGCTGCCTTCGGATCAAGATGTAGAACTTCCAGTTCCTTC  200

seq1  TCCAGCACCTTGCCTGCCTGTAGGCTGCCATGTTTCCTGCCATGCTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACCTTGCCTGCCTGTAGGCTGCCATGTTTCCTGCCATGCTGATA  250

seq1  AGAGACTAAGCCTCTGAAACTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTAAGCCTCTGAAACTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTTTTCT  300

seq1  TTATAAGAGTTGCTTTGGCTATGGTGCCTCTTCACAGAAATAGAAACCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGAGTTGCTTTGGCTATGGTGCCTCTTCACAGAAATAGAAACCCC  350

seq1  AAGACACCCTTTCCTCCTCAATTTGTTTTGGTCATGGTGTTTCATTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACCCTTTCCTCCTCAATTTGTTTTGGTCATGGTGTTTCATTGCAG  400

seq1  TAACAGGAGCCCTAACTAAGACACTAACAAACACTGCTGGAGCCAAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGAGCCCTAACTAAGACACTAACAAACACTGCTGGAGCCAAGATT  450

seq1  CTGGGAACACACAGAGATTAATAACTGCAGAGGTCAGGGATATTATATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAACACACAGAGATTAATAACTGCAGAGGTCAGGGATATTATATTC  500

seq1  TCCAAATAGATGGCCAACATTTCTGGAGAGCAGATGGTCAGCATGAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATAGATGGCCAACATTTCTGGAGAGCAGATGGTCAGCATGAAGGT  550

seq1  GCTGAAGTAGCTAAACTTGGACACTGGAACCCTCCAGTTCCCTTAGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTAGCTAAACTTGGACACTGGAACCCTCCAGTTCCCTTAGTTTC  600

seq1  CTCCCCGCAGCCAGCATCCCCTAATGGCCACACAGCTCCTTCCAATCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCGCAGCCAGCATCCCCTAATGGCCACACAGCTCCTTCCAATCCTG  650

seq1  TTTCTGAATTGTCCCTGTGCCTTGGTATTGGCACAGCATCTCACGTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAATTGTCCCTGTGCCTTGGTATTGGCACAGCATCTCACGTGGAG  700

seq1  CAGGCTCTCCAGAAAGGTCCACACTATGGGTTGTTCCACCTGGCCTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTCCAGAAAGGTCCACACTATGGGTTGTTCCACCTGGCCTAATA  750

seq1  G-AAGGAAACATCTACTTGGCCAAAGTCCAATGGGAGGAAATCTATGGAC  799
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAACATCTACTTGGCCAAAGTCCAATGGGAGGAAATCTATGGAC  800

seq1  AAAGGCCAAGACCATGGGAGGGAAGAGGTGGCAGGTCCTGTCATCCTTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCAAGACCATGGGAGGGAAGAGGTGGCACGTCCTGTCATCCTTGT  850

seq1  CCTTCTATTCCACTGAGGGGTAGGCCACACCCCCTCACCCCAGCACCTTG  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTATTCCACTGAGGGGTAGG-CACACCCCCTCACCCCAGCACCTTG  899

seq1  GGAGGACAACTCAGGCAGTTCCTTAGGGTGCCGGATAAGATTCTTCCTTG  949
      ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||
seq2  GGAGGAC-ACTCA-GCAGTTCCTTA-GGTGCC-GAT-AGATTCTTCCTTG  944

seq1  CTCATATGTGGCATACATTTGTGTGGAAATCAAAGGTCAATGTCAGATGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||
seq2  CTCATATGTGGCATACATTTGTGTGGAAATCAAA-GTC-ATTTCAGATGT  992

seq1  CCTCCTGGATTGCTCCTGACTACCCTTGAGATAATCTTGAAATCTGGAGC  1049
      |||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CCTCCT-GAATGCT-CTGACTACCCTTGAAATAATCTTGAAATCT-GAGC  1039

seq1  TGGCCAACGTAGCTGTACTGAC-TGTCTATGGTGCCCAGAATCCTGCCCT  1098
      ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TGGCC-ACGTTGCTGTACTGACTTTTCTATGGTGTCCAGAATCCTGCCTT  1088

seq1  CTGCCTTTCCAGTGCAGAGCGGCTTTAA  1126
      ||||  |||   |||  |||||||||||
seq2  CTGC--TTC--ATGCGAAGCGGCTTTAA  1112

seq1: chr12_17458210_17459260
seq2: B6Ng01-056P11.g_68_1100 (reverse)

seq1  GACTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTTTCTGTCTCTGCCTCTCTTTCG  50
      ||||||||| || || ||||||| |||||   ||||| ||||||| ||||
seq2  GACTCTCTC-GTTTC-GTCTCTC-GTCTT--CGTCTCAGCCTCTC-TTCG  44

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTT  100
       |      || ||| |||  |||||||| | ||||||||||||||||  |
seq2  AG-----ATGGGTGCGTG-CTGTGTGTG-GGGTGTGTGTGTGTGTGT-AT  86

seq1  TTGAAACAAAGTCTCTCTCTGTAGCCAATGGTTGCCCTGGAACTCACTAT  150
      |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACAAAGTCTCTCTCTGTAG-CAATG--TGCCCTGGAACTCACTAT  133

seq1  ATAGACCAGGCTGGCCTTATCTTCACAGAGATTTCTCTGCCTCTGCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATAGACCAGGCTGGCCTTATCTTCACAGAGATTTCTCTGCC-CTGCCTCC  182

seq1  CAAAAGCTACAAGAAGATGTATGCCACCATGCCCCGCTTCTGTTTTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTACAAGAAGATGTATGCCACCATGCCCCGCTTCTGTTTTTATA  232

seq1  CTTTTAATAGCTGTGTTGAAAACCCACCTGCTCGCTTCATTAGAATAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATAGCTGTGTTGAAAACCCACCTGCTCGCTTCATTAGAATAGAT  282

seq1  TCTAAATCAGAGAACTGCTTCCCAGTTTGTCATCATTGTTGATCTCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATCAGAGAACTGCTTCCCAGTTTGTCATCATTGTTGATCTCAAGT  332

seq1  TTTTTAGGTGCACAGATGTGAATTTTTCTTACTGGACACTAATTGTCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGGTGCACAGATGTGAATTTTTCTTACTGGACACTAATTGTCAAT  382

seq1  TGTTAACATAGTCTGGTAATATTTCTTAACAGATTTTTCAGAATGTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACATAGTCTGGTAATATTTCTTAACAGATTTTTCAGAATGTTCAA  432

seq1  TTGTACAAATAAAGCAGTTGCATTCCTCTACTTAAAAATTTTTATGGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAAATAAAGCAGTTGCATTCCTCTACTTAAAAATTTTTATGGTGC  482

seq1  TGGACATTGAACCCAGGGTTGACTTGTATCTTCATCTCAATAATTACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTGAACCCAGGGTTGACTTGTATCTTCATCTCAATAATTACCTT  532

seq1  CTTAGAATGAGACTATCACTTTTCCCCTAGGATACTTCTGTGTGTGTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATGAGACTATCACTTTTCCCCTAGGATACTTCTGTGTGTGTGCC  582

seq1  CATGTGCATGTGAGTGTGTGTGTATGCGTGTGCCTGCCTGTGTGTGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGTGAGTGTGTGTGTATGCGTGTGCCTGCCTGTGTGTGTAAG  632

seq1  TGCAAGCATGCTCATGTATGTGTATGTTAGTATATGTGTATACTTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCATGCTCATGTATGTGTATGTTAGTATATGTGTATACTTGTGTG  682

seq1  AATGTGCATATATTTGTGTATGCATGCCCATGTGTGTGTGTGTGTGCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCATATATTTGTGTATGCATGCCCATGTGTGTGTGTGTGTGCACG  732

seq1  CGCATATGGCTGTGTGTTTTCAGAATCTAGGGAGCTACCCACACCAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATATGGCTGTGTGTTTTCAGAATCTAGGGAGCTACCCACACCAACTA  782

seq1  ACATGAGAAGAAAGGGCAGTGGGTCCACAAGGCCAGTCTTTGTTTGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGAAGAAAGGGCAGTGGGTCCACAAGGCCAGTCTTTGTTTGTTTT  832

seq1  AAATTCACTGGATCTTTTTAATGTTCTGTCCTGTGATCATCTGTGACTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACTGGATCTTTTTAATGTTCTGTCCTGTGATCATCTGTGACTCT  882

seq1  TTGGAACAAAAGATTCTACTCCCTCTTTCCCTCATTTCAAAGCATTGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACAAAAGATTCTACTCCCTCTTTCCCTCATTTCAAAGCATTGGAA  932

seq1  AAATCCATGTCTGCTTTAAGTTCCTGTTTGTACCATAGGGACAGTCCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATGTCTGCTTTAAGTTCCTGTTTGTACCATAGGGACAGTCCCAT  982

seq1  GGAGTACGTGTCCTCCCCTTCCCCCTGCCTGAGGGACAAGGCCATGAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACGTGTCCTCCCCTTCCCCCTGCCTGAGGGACAAGGCCATGAATT  1032

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1033