BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057D11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 78,044,072 - 78,146,335
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMax, LOC100041765
Upstream geneSyne2, Esr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3, Spnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb
Downstream geneLOC100041772, Fut8, LOC230765, LOC666659
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057D11.bB6Ng01-057D11.g
ACCDH879152DH879153
length1,043977
definitionDH879152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057D11, 5' end.DH879153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,044,072 - 78,045,117)(78,145,366 - 78,146,335)
sequence
gaattcactctatagactaggctgtcctcaactgcttctgcctcctgagt
attgggctcaaaggtgtgcaccactgcagccagctgacttttaaaatcca
gaattcaaagcatccctaaggctaagcacaatacagcccttcctccagcc
ccagctaaaagcagaagtgctcttggtcacgtgggcaggctgcccctggc
caatcgacaatcccaaaaaatggtcaggtttactttattttgtcctttct
agtatactcaagaagtttaaaaagttaaaacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacgagatacaggatgccacaaaatatatttccatcca
ctccagggaagagaaacaaaagattaaagtcagaaaataccagactcctc
tgcaatcaatgcctctcatccttcaaaccacaagactacagaagcagcca
caactgtgtgcatacacaactgtgtgcatacacaactgcagccacaactg
tatgcatgtggagggcccttcccaagctttatgagttcatagtactcgta
caataaacataaaggtcctgggatttatggcatggactatggaatggacc
ggggttttcagtttctgttttctgaaaaggctctcagtcagctgagtcaa
ctgacaatgttcacgtgagtccgctgaccacatgaagcctggtaagtcaa
tgtgtccgcagatcagccattgcttagtaagcacatgcgtgattgttttt
cctgtttggtttttaatgtttagaattcactaattctgagtagacatgcc
tctttctgaacaggcgggacagagtagtggggcaggacaaattgtggctg
cagggactaagaagttagctattctatacatacacgcagcagcatggaga
gccaggtagatgctgagcagccttaccagttctcttgcaaacccatgtta
cacacaggactaagaacagccagtgaacagaaacagcgagcggcagctca
cagtctggggaactgatgcataaagctctgtcttaacagacgt
gaattctgaaccttgagggaaggaattccaacagggagtcaccatcccgc
accatcctgcccagccagggctggctacatgaggaataagctgcctggct
taggggcccatcctcatccactttctcccattcctgttcgggctaccctg
cctctgtgtgccagctagactcatgtcaacttggcacaagctatagtcat
ctaacaagaggggacctcgattgagaaaatacctccataagatcaagctg
tgggcaagcctgtagagtattcttttaattagtgattggtgggggagaga
ccagtcctgggctagtggtcctgggctctataaataaacagcacaagcaa
gccatgaggagcaagccagtaaacagcatccctctatggcttctgcatca
actcctgcttcctggttcctgccctgtttgagttcctgctctgccttcct
taaatgattaaaagggtgatgtgggataaaccgtttcctccccaagctgc
ttgggtcatagtgtttcatcaaagtgtcagaaaccacaagaccctccatc
tccttgtcccataaagtgtacccagtatggaaccagcagtggaaagttct
gccaagggccaggaaccaacagaagagcaaagccagctccatccttctac
ccagtgccaggcctttgtacccatggaaacctcagtgccaatgtaggcag
ggtattttaaaggcctttagaggttttcattctcaaatgagcataggctt
caaccgctccttgaccataagcacacacttgtaaaaccaagacttccagg
gtcactgctaggtcccaaggactcacaaccaggccattaggtagtcatgg
ttagcttctcaaaccatctctgcagcagataagtttaaatgaagtggtgg
gggcctttaccatcatgatgtccacaccagtgatccagagctcttgctac
tggggttctgcctgaaaaattgtgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_78044072_78045117
seq2: B6Ng01-057D11.b_46_1088

seq1  GAATTCACTCTATAGACTAGGCTGTCCTCAACTGCTTCTGCCTCCTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTATAGACTAGGCTGTCCTCAACTGCTTCTGCCTCCTGAGT  50

seq1  ATTGGGCTCAAAGGTGTGCACCACTGCAGCCAGCTGACTTTTAAAATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGCTCAAAGGTGTGCACCACTGCAGCCAGCTGACTTTTAAAATCCA  100

seq1  GAATTCAAAGCATCCCTAAGGCTAAGCACAATACAGCCCTTCCTCCAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCATCCCTAAGGCTAAGCACAATACAGCCCTTCCTCCAGCC  150

seq1  CCAGCTAAAAGCAGAAGTGCTCTTGGTCACGTGGGCAGGCTGCCCCTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAAAAGCAGAAGTGCTCTTGGTCACGTGGGCAGGCTGCCCCTGGC  200

seq1  CAATCGACAATCCCAAAAAATGGTCAGGTTTACTTTATTTTGTCCTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCGACAATCCCAAAAAATGGTCAGGTTTACTTTATTTTGTCCTTTCT  250

seq1  AGTATACTCAAGAAGTTTAAAAAGTTAAAACACACACACACACACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACTCAAGAAGTTTAAAAAGTTAAAACACACACACACACACACACA  300

seq1  CACACACACACACACGAGATACAGGATGCCACAAAATATATTTCCATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACGAGATACAGGATGCCACAAAATATATTTCCATCCA  350

seq1  CTCCAGGGAAGAGAAACAAAAGATTAAAGTCAGAAAATACCAGACTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGGAAGAGAAACAAAAGATTAAAGTCAGAAAATACCAGACTCCTC  400

seq1  TGCAATCAATGCCTCTCATCCTTCAAACCACAAGACTACAGAAGCAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCAATGCCTCTCATCCTTCAAACCACAAGACTACAGAAGCAGCCA  450

seq1  CAACTGTGTGCATACACAACTGTGTGCATACACAACTGCAGCCACAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTGTGCATACACAACTGTGTGCATACACAACTGCAGCCACAACTG  500

seq1  TATGCATGTGGAGGGCCCTTCCCAAGCTTTATGAGTTCATAGTACTCGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTGGAGGGCCCTTCCCAAGCTTTATGAGTTCATAGTACTCGTA  550

seq1  CAATAAACATAAAGGTCCTGGGATTTATGGCATGGACTATGGAATGGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACATAAAGGTCCTGGGATTTATGGCATGGACTATGGAATGGACC  600

seq1  GGGGTTTTCAGTTTCTGTTTTCTGAAAAGGCTCTCAGTCAGCTGAGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTTCAGTTTCTGTTTTCTGAAAAGGCTCTCAGTCAGCTGAGTCAA  650

seq1  CTGACAATGTTCACGTGAGTCCGCTGACCACATGAAGCCTGGTAAGTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATGTTCACGTGAGTCCGCTGACCACATGAAGCCTGGTAAGTCAA  700

seq1  TGTGTCCGCAGATCAGCCATTGCTTAGTAAGCACATGCGTGATTGTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCGCAGATCAGCCATTGCTTAGTAAGCACATGCGTGATTGTTTTT  750

seq1  CCTGTTTGGTTTTTAATGTTTAGAATTCACTAATTCTGAGTAGACATGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGGTTTTTAATGTTTAGAATTCACTAATTCTGAGTAGACATGCC  800

seq1  TC-TTCTGAACAGGCGGGACAGAGTAGTGGGGCAGGACAAATTGTGGCTG  849
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGAACAGGCGGGACAGAGTAGTGGGGCAGGACAAATTGTGGCTG  850

seq1  CAGGGACTAAGAAGGTTAGCTATTCTATACATACACGCAGCAGCATGGAG  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACTAAGAA-GTTAGCTATTCTATACATACACGCAGCAGCATGGAG  899

seq1  AGCCAAGGTAGATGCTGAGCAGCCTTACCAGTTCTTCTTGCAAACCCATG  949
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCC-AGGTAGATGCTGAGCAGCCTTACCAGTTC-TCTTGCAAACCCATG  947

seq1  TTTACACACAGGACTAAGAACAGCCAGTGAACAGAAACAGCGAGCGGCAG  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTACACACAGGACTAAGAACAGCCAGTGAACAGAAACAGCGAGCGGCAG  996

seq1  CTCACAGTCTGGGGAACTGATGCACAAAGCTCTGTCTTAACAGACGT  1046
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTCTGGGGAACTGATGCATAAAGCTCTGTCTTAACAGACGT  1043

seq1: chr12_78145366_78146335
seq2: B6Ng01-057D11.g_71_1035 (reverse)

seq1  TCAGGCAGGAACCCCAGTAGCAGGAGCTCCTGGATCACTGGTGTGGGCAT  50
      ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGGCA-GAACCCCAGTAGCAAGAGCT-CTGGATCACTGGTGTGGACAT  48

seq1  CATGATGGTAAAGGGCCCCACCACTTCATTTAAAACTTTATCTGCTGCAG  100
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  CATGATGGTAAAGGCCCCCACCACTTCATTTAAA--CTTATCTGCTGCAG  96

seq1  AGATGGTTTGAGAAGCTAACCATGACTACCTAATGGCCTGGTTTGTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGATGGTTTGAGAAGCTAACCATGACTACCTAATGGCCTGG-TTGTGAGT  145

seq1  CCTTGGGACCTAGCAGTGACCCTGGAAGTCTTGGTTTTACAAGTGTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGACCTAGCAGTGACCCTGGAAGTCTTGGTTTTACAAGTGTGTGC  195

seq1  TTATGGTCAAGGAGCGGTTGAAGCCTATGCTCATTTGAGAATGAAAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTCAAGGAGCGGTTGAAGCCTATGCTCATTTGAGAATGAAAACCT  245

seq1  CTAAAGGCCTTTAAAATACCCTGCCTACATTGGCACTGAGGTTTCCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGCCTTTAAAATACCCTGCCTACATTGGCACTGAGGTTTCCATGG  295

seq1  GTACAAAGGCCTGGCACTGGGTAGAAGGATGGAGCTGGCTTTGCTCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAGGCCTGGCACTGGGTAGAAGGATGGAGCTGGCTTTGCTCTTCT  345

seq1  GTTGGTTCCTGGCCCTTGGCAGAACTTTCCACTGCTGGTTCCATACTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTCCTGGCCCTTGGCAGAACTTTCCACTGCTGGTTCCATACTGGG  395

seq1  TACACTTTATGGGACAAGGAGATGGAGGGTCTTGTGGTTTCTGACACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTTATGGGACAAGGAGATGGAGGGTCTTGTGGTTTCTGACACTTT  445

seq1  GATGAAACACTATGACCCAAGCAGCTTGGGGAGGAAACGGTTTATCCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAACACTATGACCCAAGCAGCTTGGGGAGGAAACGGTTTATCCCAC  495

seq1  ATCACCCTTTTAATCATTTAAGGAAGGCAGAGCAGGAACTCAAACAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTTTTAATCATTTAAGGAAGGCAGAGCAGGAACTCAAACAGGGC  545

seq1  AGGAACCAGGAAGCAGGAGTTGATGCAGAAGCCATAGAGGGATGCTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCAGGAAGCAGGAGTTGATGCAGAAGCCATAGAGGGATGCTGTTT  595

seq1  ACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTGCTTGTGCTGTTTATTTATAGAGCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTGCTTGTGCTGTTTATTTATAGAGCCCAG  645

seq1  GACCACTAGCCCAGGACTGGTCTCTCCCCCACCAATCACTAATTAAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTAGCCCAGGACTGGTCTCTCCCCCACCAATCACTAATTAAAAGA  695

seq1  ATACTCTACAGGCTTGCCCACAGCTTGATCTTATGGAGGTATTTTCTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTACAGGCTTGCCCACAGCTTGATCTTATGGAGGTATTTTCTCAA  745

seq1  TCGAGGTCCCCTCTTGTTAGATGACTATAGCTTGTGCCAAGTTGACATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGTCCCCTCTTGTTAGATGACTATAGCTTGTGCCAAGTTGACATGA  795

seq1  GTCTAGCTGGCACACAGAGGCAGGGTAGCCCGAACAGGAATGGGAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCTGGCACACAGAGGCAGGGTAGCCCGAACAGGAATGGGAGAAAG  845

seq1  TGGATGAGGATGGGCCCCTAAGCCAGGCAGCTTATTCCTCATGTAGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAGGATGGGCCCCTAAGCCAGGCAGCTTATTCCTCATGTAGCCAG  895

seq1  CCCTGGCTGGGCAGGATGGTGCGGGATGGTGACTCCCTGTTGGAATTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTGGGCAGGATGGTGCGGGATGGTGACTCCCTGTTGGAATTCCT  945

seq1  TCCCTCAAGGTTCAGAATTC  970
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAAGGTTCAGAATTC  965