BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057I12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,857,258 - 10,991,714
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042308, EG668435
Upstream geneLOC382567, Nt5c1b, Rdh14, LOC238074
Downstream geneKcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057I12.bB6Ng01-057I12.g
ACCDH879375DH879376
length1,0011,056
definitionDH879375|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057I12, 5' end.DH879376|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,990,708 - 10,991,714)(10,857,258 - 10,858,322)
sequence
gaattcctaaatattcaacaatactacccccccaaacatatctgcttcat
caaggttatcctaatattaattatttataaggagaatgctgacaaattct
aattgcaaataaatacaattgctgtcgattgcataatttatgattccatt
tgttaaaccaagagaatacgagttgatgaaaggcattaagtggccccaaa
ttaaagtaaatttgggttcacagttttgtctacagtgttaatataacttg
aagttctcagcttcctaagacttctgccatattggggatgtatgcaccag
gtaaacagtgttcacacgggcctggtatctggccagcagtgcatcaatca
gggatttctggagacaggttgtttagctcatggtgtctggcctcttgcct
acatgagaatcagcctccaccatttttgtttttgtggctcatgtcccagc
tactaggatttggctgcaggagagcgtggcagaacagctttgtctacata
ctgctttgacacgttgatgaggaaatttggacaaaatagcaaagttagca
gtaggggtggggtgcattagaaatgctttccttgaaaatatagcaaacat
tttttcccttgggtcacatgctaacaggtcagtatctaggaggttaagtg
aaaattccgaatcggctctgttttccttacagctcctcacacgacaaaga
ctacagtgagagctttttcataatatatttcaaaaaagtctgttaaaaac
aatggttaggagagaagccatttgtagtagtcacaatgagtcaagtcaga
cttttgaaaaaagtcactgtaaagggctgacctacctttttttaaagtaa
gagaagagtttttaaagaatgtctgggctttgaatcttgtagcttcattt
tccaaagataaaattcatcaaacataaaggtcagaagtaatggattttgc
tataactgcatttgcatcgtgtccatgataatgagcaaataatgggttta
t
gaattcttaaatctaaggagaaacttgagatacaaatctcccttatagtt
cccagaaatcctaatgtttcttgatactgacaaaacaatgagtgtgaatg
atctaaaaccacccactctttctcaagcctcattttatggatgagaaaac
caagatggctggagataaatgggaaaaccacaggcatggagatcgtaaag
cctagactgaaagccagacctccttgggccttgctaattttgcttccact
ctgaagttagtatttccaaaactgatcttggtccattacctagatttctc
ttttttaaatagttgagtaaatctgaaaaataaccctatatgcacttgaa
cacactccccacatacatgactgtgaacgtaaattgtactgagaaacaaa
aactagtgtgtgtgtgttaactatcctcaggcagctattgttcatattcc
ccaatatctacataccattctcctagctagtcttacaaatacaaaaataa
ataagacattacctttctctaaggggctcatggatcccatgtataggaag
agagccaaggaggtacaagacaatgcagtgagtgagtgttttgacagaga
caaatgtgtgttatataggaatggaacttctaactgtattcaggaaaact
agagaaggaatcacagaacttgttacacttgactgccaacttaaggcacg
tagacaagagagctgggagaagagaacatgccacagtagacaggtgggaa
tgtttaggtaagagcaggagagctccacagggtaacaggtagtacaagga
agtgatgaaagctggaagtacacttacaaactgtacttcagagttcagaa
tgactacatacaaagtgctgattcacacatttgtagaggattgcagtgga
agctctattgagatgggcatcatttgattatgttggacaaggctgtattg
acagtgtagctgatactcatttcccattgggttattgtgtctcctgtccc
aacttactaacatgtgacatttctatttctgggaacctaaaagaaaaatt
aaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10990708_10991714
seq2: B6Ng01-057I12.b_44_1044 (reverse)

seq1  ATAAACCCATTATCTTGCTCATTAATCATAGAACACGATGCAAATGCAGT  50
      ||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCCATTAT-TTGCTCATT-ATCAT-GGACACGATGCAAATGCAGT  47

seq1  TATAGCAAAATCCATTACTTCTGGACCTTTATGTTTTGATGAAATTTTAT  100
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TATAGCAAAATCCATTACTTCT-GACCTTTATG-TTTGATG-AATTTTAT  94

seq1  CTTTGGAGAATGAAGCTACAAGATTCAAAGCCCAGACATTCTTTTAAAAA  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTGGAAAATGAAGCTACAAGATTCAAAGCCCAGACATTC-TTTAAAAA  143

seq1  CTCTTCTCTTACTTTAAAGAAAGGTAGGTCAGCCCTTTACAGTGACTTTT  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCTTACTTTAAAAAAAGGTAGGTCAGCCCTTTACAGTGACTTTT  193

seq1  TTC-AAAGTCTGACTTGACTCATTGTGACTACTACAAATGGCTTCTCTCC  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGTCTGACTTGACTCATTGTGACTACTACAAATGGCTTCTCTCC  243

seq1  TAACCATTGTTTTTAACAGACTTTTTTGAAATATATTATGAAAAAGCTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTGTTTTTAACAGACTTTTTTGAAATATATTATGAAAAAGCTCT  293

seq1  CACTGTAGTCTTTGTCGTGTGAGGAGCTGTAAGGAAAACAGAGCCGATTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAGTCTTTGTCGTGTGAGGAGCTGTAAGGAAAACAGAGCCGATTC  343

seq1  GGAATTTTCACTTAACCTCCTAGATACTGACCTGTTAGCATGTGACCCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTCACTTAACCTCCTAGATACTGACCTGTTAGCATGTGACCCAA  393

seq1  GGGAAAAAATGTTTGCTATATTTTCAAGGAAAGCATTTCTAATGCACCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAATGTTTGCTATATTTTCAAGGAAAGCATTTCTAATGCACCCC  443

seq1  ACCCCTACTGCTAACTTTGCTATTTTGTCCAAATTTCCTCATCAACGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTACTGCTAACTTTGCTATTTTGTCCAAATTTCCTCATCAACGTGT  493

seq1  CAAAGCAGTATGTAGACAAAGCTGTTCTGCCACGCTCTCCTGCAGCCAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGTATGTAGACAAAGCTGTTCTGCCACGCTCTCCTGCAGCCAAA  543

seq1  TCCTAGTAGCTGGGACATGAGCCACAAAAACAAAAATGGTGGAGGCTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTAGCTGGGACATGAGCCACAAAAACAAAAATGGTGGAGGCTGAT  593

seq1  TCTCATGTAGGCAAGAGGCCAGACACCATGAGCTAAACAACCTGTCTCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTAGGCAAGAGGCCAGACACCATGAGCTAAACAACCTGTCTCCA  643

seq1  GAAATCCCTGATTGATGCACTGCTGGCCAGATACCAGGCCCGTGTGAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCTGATTGATGCACTGCTGGCCAGATACCAGGCCCGTGTGAACA  693

seq1  CTGTTTACCTGGTGCATACATCCCCAATATGGCAGAAGTCTTAGGAAGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTACCTGGTGCATACATCCCCAATATGGCAGAAGTCTTAGGAAGCT  743

seq1  GAGAACTTCAAGTTATATTAACACTGTAGACAAAACTGTGAACCCAAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTCAAGTTATATTAACACTGTAGACAAAACTGTGAACCCAAATT  793

seq1  TACTTTAATTTGGGGCCACTTAATGCCTTTCATCAACTCGTATTCTCTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAATTTGGGGCCACTTAATGCCTTTCATCAACTCGTATTCTCTTG  843

seq1  GTTTAACAAATGGAATCATAAATTATGCAATCGACAGCAATTGTATTTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACAAATGGAATCATAAATTATGCAATCGACAGCAATTGTATTTAT  893

seq1  TTGCAATTAGAATTTGTCAGCATTCTCCTTATAAATAATTAATATTAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATTAGAATTTGTCAGCATTCTCCTTATAAATAATTAATATTAGGA  943

seq1  TAACCTTGATGAAGCAGATATGTTTGGGGGGGTAGTATTGTTGAATATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTGATGAAGCAGATATGTTTGGGGGGGTAGTATTGTTGAATATTT  993

seq1  AGGAATTC  1007
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1001

seq1: chr12_10857258_10858322
seq2: B6Ng01-057I12.g_70_1125

seq1  GAATTCTTAAATCTAAGGAGAAACTTGAGATACAAATCTCCCTTATAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAATCTAAGGAGAAACTTGAGATACAAATCTCCCTTATAGTT  50

seq1  CCCAGAAATCCTAATGTTTCTTGATACTGACAAAACAATGAGTGTGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAATCCTAATGTTTCTTGATACTGACAAAACAATGAGTGTGAATG  100

seq1  ATCTAAAACCACCCACTCTTTCTCAAGCCTCATTTTATGGATGAGAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAACCACCCACTCTTTCTCAAGCCTCATTTTATGGATGAGAAAAC  150

seq1  CAAGATGGCTGGAGATAAATGGGAAAACCACAGGCATGGAGATCGTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGCTGGAGATAAATGGGAAAACCACAGGCATGGAGATCGTAAAG  200

seq1  CCTAGACTGAAAGCCAGACCTCCTTGGGCCTTGCTAATTTTGCTTCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACTGAAAGCCAGACCTCCTTGGGCCTTGCTAATTTTGCTTCCACT  250

seq1  CTGAAGTTAGTATTTCCAAAACTGATCTTGGTCCATTACCTAGATTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTAGTATTTCCAAAACTGATCTTGGTCCATTACCTAGATTTCTC  300

seq1  TTTTTTAAATAGTTGAGTAAATCTGAAAAATAACCCTATATGCACTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAATAGTTGAGTAAATCTGAAAAATAACCCTATATGCACTTGAA  350

seq1  CACACTCCCCACATACATGACTGTGAACGTAAATTGTACTGAGAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCCCACATACATGACTGTGAACGTAAATTGTACTGAGAAACAAA  400

seq1  AACTAGTGTGTGTGTGTTAACTATCCTCAGGCAGCTATTGTTCATATTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGTGTGTGTGTTAACTATCCTCAGGCAGCTATTGTTCATATTCC  450

seq1  CCAATATCTACATACCATTCTCCTAGCTAGTCTTACAAATACAAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATCTACATACCATTCTCCTAGCTAGTCTTACAAATACAAAAATAA  500

seq1  ATAAGACATTACCTTTCTCTAAGGGGCTCATGGATCCCATGTATAGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACATTACCTTTCTCTAAGGGGCTCATGGATCCCATGTATAGGAAG  550

seq1  AGAGCCAAGGAGGTACAAGACAATGCAGTGAGTGAGTGTTTTGACAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGGAGGTACAAGACAATGCAGTGAGTGAGTGTTTTGACAGAGA  600

seq1  CAAATGTGTGTTATATAGGAATGGAACTTCTAACTGTATTCAGGAAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGTGTTATATAGGAATGGAACTTCTAACTGTATTCAGGAAAACT  650

seq1  AGAGAAGGAATCACAGAACTTGTTACACTTGACTGCCAACTTAAGGCACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGAATCACAGAACTTGTTACACTTGACTGCCAACTTAAGGCACG  700

seq1  TAGACAAGAGAGCTGGGAGAAGAGAACATGCCACAGTAGACAGGTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAGAGAGCTGGGAGAAGAGAACATGCCACAGTAGACAGGTGGGAA  750

seq1  TGTTTAGGTAAGAGCAGGAGAGCTCCACAGGGTAACAGGTAGTACAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGTAAGAGCAGGAGAGCTCCACAGGGTAACAGGTAGTACAAGGA  800

seq1  AGTGATGAAAGCTGGAAGTACACTTACAAACTGTACTTCAGAGTTCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGAAAGCTGGAAGTACACTTACAAACTGTACTTCAGAGTTCAGAA  850

seq1  TGACTACATACAAAGTGCTTGATTCCACACATTTGTAGAGGATTGCAGTG  900
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACATACAAAGTGC-TGATT-CACACATTTGTAGAGGATTGCAGTG  898

seq1  GAAGCTCTATTAGAGATGGGCATCATTTTGATTATGTTGGACAAGGCTGT  950
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTATT-GAGATGGGCATCA-TTTGATTATGTTGGACAAGGCTGT  946

seq1  ATTGACAGTGTAGCTGATACTCATTTCCCTATTGGTGTATTGTGTCTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |
seq2  ATTGACAGTGTAGCTGATACTCATTTCCC-ATTGGGTTATTGTGTCTCCT  995

seq1  G-CCCAACTTACTAACAATGTGACATTCTTATTTCTGGGAAACATAAAAA  1049
      | |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||| ||||  
seq2  GTCCCAACTTACTAAC-ATGTGACATTTCTATTTCTGGG-AACCTAAA--  1041

seq1  GAAAAAAATTAAAAAT  1065
       | |||||||||||||
seq2  -AGAAAAATTAAAAAT  1056