BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059I22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 37,616,493 - 37,760,945
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAgr3, Agr2, Tspan13, EG432649, Bzw2, Ankmy2, 1700108M19Rik, Sostdc1, 4930579E17Rik, LOC638858
Downstream geneMeox2, A530016O06Rik, LOC100043139, Dgkb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059I22.bB6Ng01-059I22.g
ACCDH880801DH880802
length1,0351,087
definitionDH880801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059I22, 5' end.DH880802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,616,493 - 37,617,531)(37,759,845 - 37,760,945)
sequence
gaattcttaatttgtcttctgacctatacacacacatatacacacacatc
ttgatacatgtagcaacacatggacctagagaaaaagagatagaaagata
aaaaaataaatgaataaatggtaagaattttatagttcttacagatattc
ttatacttggatctttatagaaatgaaatttctcagttaaatacataggt
aggaaagttttaaggtcattaagtttataagaaaatagtactttataata
taatatggcaggaacatttaaaaactcaccagcaatgtataagttggttc
tagctgttttgtattctgggtgacgtatttaagcttgtgtgcatgcttgt
gcatgtgtgccaaacaacaaattcaaccaactgttgatttcccatattaa
aatttgtctgtgcagtctttctatcactattccctgaagtataaagactg
cttacaaagtacttacattatactagatggtataaatatgcagaaatgat
tcatcatatgtcatcattatgtacaaattcagtgcttgcaaatatgtata
agggacctctatgtcttctatctagaatcatttccagccttatttacaat
agccagaagctggaaagaacccagatgcccctcaacagaggaatagatac
agaaaatgtggtacatttacacagtggagtactactcagctattaaaaac
aatgaatttatgaaattcctaggcaaatggatggacctggagggtatcat
cctgagtgaggtaacccaatcacaaaagaactcagatgatatgtactcac
tgataagtggatattagcccagaaacttagaatacacaagacacaatttg
caaaacacatgaaactcaagaagaatgaagtccaaagtgtgaacacttta
ccccttctagaattgggaacaaaacacccatggaagaagttacagagaca
aagtggaagctgagatgaaatgatggaccatctagagactgccgcacctg
gggatccatcccataatcagctcaaacgcagaccc
gaattcaggagtatgatctgtccagaaagacaacgatgggtttttttttt
taacaaaggcaaagatggttttttttttttaacaaagtaggttttaagaa
atgctttctgagagtattaagggtgagatgttaaaaaaaaattagtatct
tcagaagaagttgaatgaaagaaccaagcagatagttagcatagatatta
cttaaatttgatatcctgttttaaattttataaacttttaagtaaaataa
tatggcttataatcaacagctggaaaccaatttttgtaattatcaaagga
ttaatctcttgagttaaaaaaggacagctcccagtactatatgttaaaaa
tatagagaggtcaaggaagctagtctttgggttacaagtgtactcacaca
cacatcccctagctcacacatacaatacattcataacaatgtccttctaa
gtattaatgaaatttaccttcacatataaaaattcctccaccattattat
catcatggtttgatgatccaggaacccccaaaggagataaccctatactt
gagatacttgatcagtagagtctaaggtttctcttattcctaaagctaaa
tcactgtgcttcacctcatcaaatagacactgatgaatctcttatcatcc
cattgtatgaataatgtaagaagatattttgaaagacactaataatttat
caggctacatggttgtgattgttatgttttttattaattagcatgacgaa
tctcttaatgtacgtaaattatcagttaaactttattataggcctgacgg
tacaaaaacaataggagtttataaaagtttcatgctgtttgtggctctta
atattcattgaagccttggaactcagaccccttagatatgtgttaactgc
tgaaagtctcccgttagggacaaagttcagttttctatgtagtccaatat
tctttaactatagaatgccaatagtcacccatcagtatttactcattagt
ctcatgtacagacatttcacccttatagcatcaacagagaggaggtatga
tgcatggattgaatgaagacattaaatgtcttctaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_37616493_37617531
seq2: B6Ng01-059I22.b_43_1077

seq1  GAATTCTTAATTTGTCTTCTGACCTATACACACACATATACACACACATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATTTGTCTTCTGACCTATACACACACATATACACACACATC  50

seq1  TTGATACATGTAGCAACACATGGACCTAGAGAAAAAGAGATAGAAAGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACATGTAGCAACACATGGACCTAGAGAAAAAGAGATAGAAAGATA  100

seq1  AAAAAATAAATGAATAAATGGTAAGAATTTTATAGTTCTTACAGATATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAATGAATAAATGGTAAGAATTTTATAGTTCTTACAGATATTC  150

seq1  TTATACTTGGATCTTTATAGAAATGAAATTTCTCAGTTAAATACATAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTGGATCTTTATAGAAATGAAATTTCTCAGTTAAATACATAGGT  200

seq1  AGGAAAGTTTTAAGGTCATTAAGTTTATAAGAAAATAGTACTTTATAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTTTTAAGGTCATTAAGTTTATAAGAAAATAGTACTTTATAATA  250

seq1  TAATATGGCAGGAACATTTAAAAACTCACCAGCAATGTATAAGTTGGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGGCAGGAACATTTAAAAACTCACCAGCAATGTATAAGTTGGTTC  300

seq1  TAGCTGTTTTGTATTCTGGGTGACGTATTTAAGCTTGTGTGCATGCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTTTTGTATTCTGGGTGACGTATTTAAGCTTGTGTGCATGCTTGT  350

seq1  GCATGTGTGCCAAACAACAAATTCAACCAACTGTTGATTTCCCATATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTGCCAAACAACAAATTCAACCAACTGTTGATTTCCCATATTAA  400

seq1  AATTTGTCTGTGCAGTCTTTCTATCACTATTCCCTGAAGTATAAAGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTCTGTGCAGTCTTTCTATCACTATTCCCTGAAGTATAAAGACTG  450

seq1  CTTACAAAGTACTTACATTATACTAGATGGTATAAATATGCAGAAATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAAGTACTTACATTATACTAGATGGTATAAATATGCAGAAATGAT  500

seq1  TCATCATATGTCATCATTATGTACAAATTCAGTGCTTGCAAATATGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATATGTCATCATTATGTACAAATTCAGTGCTTGCAAATATGTATA  550

seq1  AGGGACCTCTATGTCTTCTATCTAGAATCATTTCCAGCCTTATTTACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCTCTATGTCTTCTATCTAGAATCATTTCCAGCCTTATTTACAAT  600

seq1  AGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATAGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATAGATAC  650

seq1  AGAAAATGTGGTACATTTACACAGTGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGTGGTACATTTACACAGTGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAC  700

seq1  AATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGTATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGTATCAT  750

seq1  CCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACTCAGATGATATGTACTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACTCAGATGATATGTACTCAC  800

seq1  TGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGAATACACAAGACACAATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGAATACACAAGACACAATTTG  850

seq1  CAAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGTCCAAAGTGTGAACACTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGTCCAAAGTGTGAACACTTTA  900

seq1  CCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGAAGTTACAGAGAC  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTC-TAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGAAGTTACAGAGAC  949

seq1  AAAGTTGGAAGCTGAGATGAAATGATGGACCATCTAGAGACTGCCGCACC  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-TGGAAGCTGAGATGAAATGATGGACCATCTAGAGACTGCCGCACC  998

seq1  TGGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAACGCAGACAC  1039
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |
seq2  TGGGGATCCATCCCATAATCAGC--TCAAACGCAGACCC  1035

seq1: chr12_37759845_37760945
seq2: B6Ng01-059I22.g_66_1152 (reverse)

seq1  TTTAGAAGACATTTATATGTCTTTCATTTCAATCCATGCATCATTACCTC  50
      ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAGAAGACATTTA-ATGTC-TTCA-TTCAATCCATGCATCA-TACCTC  46

seq1  CTCTTCTGGTTTGATTGCTATAGGGTTGAAATGTCTGTACATGGAGACTA  100
      ||| ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||
seq2  CTC-TCTG--TTGA-TGCTATAAGGGTGAAATGTCTGTACAT-GAGACTA  91

seq1  ATGAGTAAATTACTGATGGGTGACTAATTTGGCAATTCTATAGTTAAAAG  150
      ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATGAGTAAA-TACTGATGGGTGACTA--TTGGC-ATTCTATAGTT-AAAG  136

seq1  AATATTGGACTACATAGAAAACTGAACTTTGTCCCTAACGGGAGACTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGGACTACATAGAAAACTGAACTTTGTCCCTAACGGGAGACTTTC  186

seq1  AGCAGTTAACACATTATCTAAGGGGTCTGAGTTCCAAGGCTTCAATGAAT  250
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTAACACA-TATCTAAGGGGTCTGAGTTCCAAGGCTTCAATGAAT  235

seq1  ATTAAGAGCCACAAACAGCATGAAAC-TTTATAAACTCCTATTGTTTTTG  299
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAGCCACAAACAGCATGAAACTTTTATAAACTCCTATTGTTTTTG  285

seq1  TACCGTCAGGCCTATAATAAAGTTTAACTGATAATTTACGTACATTAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGTCAGGCCTATAATAAAGTTTAACTGATAATTTACGTACATTAAGA  335

seq1  GATTCGTCATGCTAATTAATAAAAAACATAACAATCACAACCATGTAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGTCATGCTAATTAATAAAAAACATAACAATCACAACCATGTAGCC  385

seq1  TGATAAATTATTAGTGTCTTTCAAAATATCTTCTTACATTATTCATACAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATTATTAGTGTCTTTCAAAATATCTTCTTACATTATTCATACAA  435

seq1  TGGGATGATAAGAGATTCATCAGTGTCTATTTGATGAGGTGAAGCACAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGATAAGAGATTCATCAGTGTCTATTTGATGAGGTGAAGCACAGT  485

seq1  GATTTAGCTTTAGGAATAAGAGAAACCTTAGACTCTACTGATCAAGTATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGCTTTAGGAATAAGAGAAACCTTAGACTCTACTGATCAAGTATC  535

seq1  TCAAGTATAGGGTTATCTCCTTTGGGGGTTCCTGGATCATCAAACCATGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTATAGGGTTATCTCCTTTGGGGGTTCCTGGATCATCAAACCATGA  585

seq1  TGATAATAATGGTGGAGGAATTTTTATATGTGAAGGTAAATTTCATTAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATAATGGTGGAGGAATTTTTATATGTGAAGGTAAATTTCATTAAT  635

seq1  ACTTAGAAGGACATTGTTATGAATGTATTGTATGTGTGAGCTAGGGGATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAAGGACATTGTTATGAATGTATTGTATGTGTGAGCTAGGGGATG  685

seq1  TGTGTGTGAGTACACTTGTAACCCAAAGACTAGCTTCCTTGACCTCTCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGAGTACACTTGTAACCCAAAGACTAGCTTCCTTGACCTCTCTA  735

seq1  TATTTTTAACATATAGTACTGGGAGCTGTCCTTTTTTAACTCAAGAGATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAACATATAGTACTGGGAGCTGTCCTTTTTTAACTCAAGAGATT  785

seq1  AATCCTTTGATAATTACAAAAATTGGTTTCCAGCTGTTGATTATAAGCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTTGATAATTACAAAAATTGGTTTCCAGCTGTTGATTATAAGCCA  835

seq1  TATTATTTTACTTAAAAGTTTATAAAATTTAAAACAGGATATCAAATTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTACTTAAAAGTTTATAAAATTTAAAACAGGATATCAAATTTA  885

seq1  AGTAATATCTATGCTAACTATCTGCTTGGTTCTTTCATTCAACTTCTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATCTATGCTAACTATCTGCTTGGTTCTTTCATTCAACTTCTTCT  935

seq1  GAAGATACTAATTTTTTTTTAACATCTCACCCTTAATACTCTCAGAAAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATACTAATTTTTTTTTAACATCTCACCCTTAATACTCTCAGAAAGC  985

seq1  ATTTCTTAAAACCTACTTTGTTAAAAAAAAAAAACCATCTTTGCCTTTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTAAAACCTACTTTGTTAAAAAAAAAAAACCATCTTTGCCTTTGT  1035

seq1  TAAAAAAAAAAACCCATCGTTGTCTTTCTGGACAGATCATACTCCTGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAAACCCATCGTTGTCTTTCTGGACAGATCATACTCCTGAAT  1085

seq1  TC  1101
      ||
seq2  TC  1087