BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061L07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 20,507,831 - 20,620,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042755
Upstream geneLOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594, EG668600, LOC100042727, LOC673301, EG668605, LOC668614, LOC100042751, LOC100043371, EG668455
Downstream geneLOC100043377, LOC625810, 1700030C10Rik, 3110053B16Rik, LOC668698, LOC546752, EG629257, Ddef2, Itgb1bp1, Cpsf3, Iah1, Adam17, Ywhaq, LOC100043407
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061L07.bB6Ng01-061L07.g
ACCDH882308DH882309
length1,0701,033
definitionDH882308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061L07, 5' end.DH882309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,507,831 - 20,508,905)(20,619,181 - 20,620,257)
sequence
gaattcatcaggtagactgaagtggaagtcagccctagtggatgaaaggt
tggttggtttctgttaagcacagaagaccatgtggtaatctgggttcaaa
gcattctttttggattatgttttctcgagacagagtctcactatgtagtc
ctggcttacctggaactcactatggagatcaggctggcctcaaactcaca
gagatctatctgtccctgcctctcaagtgctgggattcaaggcatgtacc
actatgcctggatttcaaaatgttctttcatttccaatcagggagatact
ttgaaaatgcaaaccttcttgaagtggtttggtgactttccatgagcaga
caacctgagtttgatcctgtgacctaaatcatgggaagatagaacaacca
attcctgcaagttgccctctgacttcatgctagggcaaatgcacactccc
ttatatgaatgctccagccccacccctcccaaacactaattgtgtaatga
taaataaagcaggaactggggctgaagaggtggctcagtagttaagagca
atgactgctcttccaggggtcctgagttcaatttcaaacaaccacatgga
ggctcacaaccatctgtaatggggtctgatggtctcttctagtgtgtctg
aaaacagctacattgtactcatatgcatacaatagataaacctttaaaaa
aataaagcaagaactgagtgaggaaatacctgagtcaatagactatggtt
caatctctgggtacaagcaaggttggaggagaagtgaggcagcacagtca
ggcatttttgggccatgaaggatctcttagagcatattgaagaatttagg
gtttattcctagactgtagggagaatcctggaagatttttgagctgctta
aaacttcatttgcttcttagaaggatcactatgggaaagagtctggcacc
cagtaaacagggtgattggaaagttcattaaccagagatgggaagatttg
ttataaaataacatttgagatgaggagagactaattggatagggcacatg
ggaatgaggctcaggaccac
gaattcaaacccatgaccttcgacttggaagaatactccaaccactatta
agcatcctgttccctaagcttgtacaattagggacactcccagttacctg
aagatagttttagggtgctaggccaggcttcaccctgagaaaatcataga
atgcactgatgtgctgtgggaagtgggggatacccaagagaaccagaggt
agagatggttctcagagagtactccaacccacagctgactgatcacagac
acaattgggccaataaatcatctgaattaggacattttcatctatatctc
attcagaaattctcagctgtattttaaaaacccagagtttctgaagacac
tagtcaaaaatcacaccctctaactccccgaggcaagaggcatggttact
gctgctgccaacaatacagcctagagaaaccttacaaaaaccttttgtgg
gtctgaaaagaagggaatgtgagggcattataagcccaacatgggaaata
aaagtggtctcctgctgccataggacagtagagcagttcatcttcttaag
gctcccatgtacaaatatactgtatgaggtagcagctgaggtcagacatt
atgtatggcttctggtattttaccagcactgcctgtgaataagttcagac
ttcaaaaatagctgtcgggctggcgagatggcttagtggttaagagcacc
cgactgctcttctgaaggtccagagttcaaatcccagcaaccacatggtg
gctcacaaccatccgtaatgagatctgactccctcttctggagtgtctga
agatagctacagtgtacttacatataataaataaataaatctttaaaaaa
aaatagctgtatagctgtgccagtgggtagcttttattccggcgcaaggc
aataaactgcaatcccaaacctctgcaactctctgccacttccaccattg
tgaacatccttccatgagtgttcagggactctccatctcagcatgataac
tccagggaatgtgtaagacaagctctcttccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_20507831_20508905
seq2: B6Ng01-061L07.b_45_1114

seq1  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTCAGCCCTAGTGGATGAAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTCAGCCCTAGTGGATGAAAGGT  50

seq1  TGGTTGGTTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCAAA  100

seq1  GCATTCTTTTTGGATTATGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTTTTTGGATTATGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTATGTAGTC  150

seq1  CTGGCTTACCTGGAACTCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTACCTGGAACTCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  200

seq1  GAGATCTATCTGTCCCTGCCTCTCAAGTGCTGGGATTCAAGGCATGTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTATCTGTCCCTGCCTCTCAAGTGCTGGGATTCAAGGCATGTACC  250

seq1  ACTATGCCTGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTTCCAATCAGGGAGATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCTGGATTTCAAAATGTTCTTTCATTTCCAATCAGGGAGATACT  300

seq1  TTGAAAATGCAAACCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATGCAAACCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATGAGCAGA  350

seq1  CAACCTGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGAAGATAGAACAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGAAGATAGAACAACCA  400

seq1  ATTCCTGCAAGTTGCCCTCTGACTTCATGCTAGGGCAAATGCACACTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCAAGTTGCCCTCTGACTTCATGCTAGGGCAAATGCACACTCCC  450

seq1  TTATATGAATGCTCCAGCCCCACCCCTCCCAAACACTAATTGTGTAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGAATGCTCCAGCCCCACCCCTCCCAAACACTAATTGTGTAATGA  500

seq1  TAAATAAAGCAGGAACTGGGGCTGAAGAGGTGGCTCAGTAGTTAAGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGCAGGAACTGGGGCTGAAGAGGTGGCTCAGTAGTTAAGAGCA  550

seq1  ATGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTTCAAACAACCACATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTTCAAACAACCACATGGA  600

seq1  GGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATGGTCTCTTCTAGTGTGTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAACCATCTGTAATGGGGTCTGATGGTCTCTTCTAGTGTGTCTG  650

seq1  AAAACAGCTACATTGTACTCATATGCATACAATAGATAAACCTTTAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGCTACATTGTACTCATATGCATACAATAGATAAACCTTTAAAAA  700

seq1  AATAAAGCAAGAACTGAGTGAGGAAATACCTGAGTCAATAGACTATGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCAAGAACTGAGTGAGGAAATACCTGAGTCAATAGACTATGGTT  750

seq1  CAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCAGCACAGTCA  800

seq1  GGCA-TTTTGGGCCATGAAGGATCTCTTAGAGCATATTGAAGAATTTAGG  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTTTGGGCCATGAAGGATCTCTTAGAGCATATTGAAGAATTTAGG  850

seq1  GTTTATTCCTAGACTGTAGGGAGAA-CCTGGAAGATTTTTGAGCCGCTTA  898
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTATTCCTAGACTGTAGGGAGAATCCTGGAAGATTTTTGAGCTGCTTA  900

seq1  AAACTACATTTGCTTCTTAGAAGGATCACTATGGGAAAGAGTCTGGCACC  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCATTTGCTTCTTAGAAGGATCACTATGGGAAAGAGTCTGGCACC  950

seq1  CAGTAAACAGGGTGATTGGAAAGTTCATTAACCCAGAGATGGGAAGATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAACAGGGTGATTGGAAAGTTCATTAA-CCAGAGATGGGAAGATTT  999

seq1  GTTATAAAATAACACTTGCAGATGAGGAGAGACCTAAATGGATAAGGGCA  1048
      |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||
seq2  GTTATAAAATAACATTTG-AGATGAGGAGAGA-CTAATTGGAT-AGGGCA  1046

seq1  CAATGGGAAATGAGGGCTCAGGACCAC  1075
      | ||||| ||||| |||||||||||||
seq2  C-ATGGG-AATGA-GGCTCAGGACCAC  1070

seq1: chr12_20619181_20620257
seq2: B6Ng01-061L07.g_70_1102 (reverse)

seq1  TGGGAAGAGAGGCAGAGGGATCAGAAAATTGCCTTGTGAAGGAGAGCCTG  50
                                        || ||| |||||| ||
seq2  ----------------------------------TGGGAA-GAGAGCTTG  15

seq1  TACTATAACACAATACCCTGGAGTTATACATGCTGAGATGGGAGTGTCCC  100
         | | |||| || |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||
seq2  ---TCTTACAC-ATTCCCTGGAGTTAT-CATGCTGAGAT-GGAGAGTCCC  59

seq1  TGAGACACTCAATGGAAGGATGTTCACAATGGTGGAAAGTGGCAGAGAGT  150
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGA-ACACTC-ATGGAAGGATGTTCACAATGGTGG-AAGTGGCAGAGAGT  106

seq1  TGCAGAGGTTTGGGATTGCAGTTTATTGCCTTGCGCCGGAATAAAAGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGTTTGGGATTGCAGTTTATTGCCTTGCGCCGGAATAAAAGCTA  156

seq1  CCCACTGGCACAGCTATACAGCTATTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGGCACAGCTATACAGCTATTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTA  206

seq1  TTATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGT  256

seq1  CAGATCTCATTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCATTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG  306

seq1  AACTCTGGACCTTCAGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTAACCACTAAGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGACCTTCAGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTAACCACTAAGCCAT  356

seq1  CTCGCCAGCCCGACAGCTATTTTTGAAGTCTGAACTTATTCACAGGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCAGCCCGACAGCTATTTTTGAAGTCTGAACTTATTCACAGGCAGT  406

seq1  GCTGGTAAAATACCAGAAGCCATACATAATGTCTGACCTCAGCTGCTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTAAAATACCAGAAGCCATACATAATGTCTGACCTCAGCTGCTACC  456

seq1  TCATACAGTATATTTGTACATGGGAGCCTTAAGAAGATGAACTGCTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGTATATTTGTACATGGGAGCCTTAAGAAGATGAACTGCTCTAC  506

seq1  TGTCCTATGGCAGCAGGAGACCACTTTTATTTCCCATGTTGGGCTTATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATGGCAGCAGGAGACCACTTTTATTTCCCATGTTGGGCTTATAA  556

seq1  TGCCCTCACATTCCCTTCTTTTCAGACCCACAAAAGGTTTTTGTAAGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCACATTCCCTTCTTTTCAGACCCACAAAAGGTTTTTGTAAGGTT  606

seq1  TCTCTAGGCTGTATTGTTGGCAGCAGCAGTAACCATGCCTCTTGCCTCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGCTGTATTGTTGGCAGCAGCAGTAACCATGCCTCTTGCCTCGG  656

seq1  GGAGTTAGAGGGTGTGATTTTTGACTAGTGTCTTCAGAAACTCTGGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTAGAGGGTGTGATTTTTGACTAGTGTCTTCAGAAACTCTGGGTTT  706

seq1  TTAAAATACAGCTGAGAATTTCTGAATGAGATATAGATGAAAATGTCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACAGCTGAGAATTTCTGAATGAGATATAGATGAAAATGTCCTA  756

seq1  ATTCAGATGATTTATTGGCCCAATTGTGTCTGTGATCAGTCAGCTGTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGATGATTTATTGGCCCAATTGTGTCTGTGATCAGTCAGCTGTGGG  806

seq1  TTGGAGTACTCTCTGAGAACCATCTCTACCTCTGGTTCTCTTGGGTATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTACTCTCTGAGAACCATCTCTACCTCTGGTTCTCTTGGGTATCC  856

seq1  CCCACTTCCCACAGCACATCAGTGCATTCTATGATTTTCTCAGGGTGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCCCACAGCACATCAGTGCATTCTATGATTTTCTCAGGGTGAAG  906

seq1  CCTGGCCTAGCACCCTAAAACTATCTTCAGGTAACTGGGAGTGTCCCTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCTAGCACCCTAAAACTATCTTCAGGTAACTGGGAGTGTCCCTAA  956

seq1  TTGTACAAGCTTAGGGAACAGGATGCTTAATAGTGGTTGGAGTATTCTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAAGCTTAGGGAACAGGATGCTTAATAGTGGTTGGAGTATTCTTC  1006

seq1  CAAGTCGAAGGTCATGGGTTTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCGAAGGTCATGGGTTTGAATTC  1033