BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062J13
Chromosome12 (Build37)12 (Build37)
Map Location 24,396,528 - 24,397,70322,788,844 - 22,789,875
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneLOC677338
Upstream geneLOC668680, LOC100042895, LOC100043435, EG628081, LOC100042903, LOC100043440, EG668518, LOC100043445, LOC668697, LOC100042923
Downstream geneEG668701, LOC668471, LOC668703, LOC546534, 9030624G23Rik, EG668710, LOC100042945, EG668711, EG668714, LOC629364, Taf1b, Grhl1, EG629383, Klf11, Cys1, Rrm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062J13.bB6Ng01-062J13.g
ACCDH882943DH882944
length1,1681,018
definitionDH882943|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J13, 5' end.DH882944|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J13, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,396,528 - 24,397,703)(22,788,844 - 22,789,875)
sequence
gaattcttccagggtcattttgcctgaggaatggaagagggagacttagg
attagccagttctctggttaaagtctggaaccctctggaaaatggaaaat
gttcagactcttctctctctctccctgtctctctacctccctccctctct
ccctcctttcctcccttttgttttgtttattgaaacagggttcctctatg
taacagcctggctgttctagaactcactttttagaccaggtcagccttga
actcacagagtgcctcctgtctcctatgagccccgattaaagacatgtgc
caccatgcctgaccagagggtattttcttaactaatgattgatggagcag
agcccagcccagtataggtggtacaaccctgggctagtgatcctgaattc
tataagaaagaaggctgagcaagccatgggaagcaagccaggaagtagca
accctttcatggtctctgtatcagctcctgcctccaggtccctgccctgt
ttgagtcccgccctcactgcttttgatgatgaactgttatgtggaaactg
tgagtgaataaaccgtttcctccccaagttgcttgtggccatggtgtgtc
atcagagcaatggaaaccctaactcagacaacagggatgaagcctacagc
tcagaggttctactgacaatgcccatggttatagagccctaggaagggtg
caggatgcaggctaggtgtacctggccctgagttctagtctccctccctc
aatcagagctgaatcaagtgggctggaaaagggcaggcctgcatagggaa
gagggtatatcccaaacacctctgtgccatcaacaatttcacaggctcat
ttacttctctctcccaacccccaccccctctcccaatcccctcctccatc
cccacctgctcactcctgccatgtttcctaccatctttctttgtgtccat
ctgtctgagaccttgtctgttcgcttctcgggcatggactcgtccccggg
catcctcatagggcacatcttgtagatggcctgcaaggggcatctgtgat
tgttcctctgaggatgaggggtgggttatggttcttcctctgctaaccat
gagcatgaagagcagagtcagaactctttctcttatcaaccagtctctcg
aacatgtgctgggcaaag
gaattcatcaggtagactgaagtggaagttagccctagtggatgaaagat
tggatggcttctgttaagcacagaagaccatgtggtaatctgggttcaag
gaattttttttttttttggtttttgttttctcgagacagagtctcactat
gtagccctggcttacctggaactcactatggagatcaggctggcctcaaa
ctcacagagatctacctgctcctgcctctcaagtgctaggattcaaggca
tgtaccactatgcctggatttcaatatgttctttcattcccaatcaggga
gatactttgaaaatgcaaatcttcttgaagtggtttggtgactttccatg
agcagacaataggagtttgatcctgtgacctaaatcatgggaagatacaa
caaccaattcctgcatgttgccctctgacctcatgctagggctaatgcac
actcccttatatgtatgctccagtccccgcccccaacactaattgtgtaa
tgataaataaagcaggaactggggctggagagatggctcagcgattaagg
gcactgactgctcttccaggggtcctgagttcaatttccagcaaccacat
ggtggctcacaaccacctgtaatggggtctgatgccctcttctagtgtgt
ctgaagacagctacattgtactcatatacatacaataaatagacacacct
ttaaaaagaaataaagcaggaactgaatgaggaaatgcctgagtcaatag
actatggttcaatctctgggtacaagcaaggttggaggagaagtgaggca
gcacagtcaggcattctgggccatgaaggatcttttagagcatattgaaa
atttagggtttattcatagactttaggaagactctggaagatactgagtc
acttaaactacatttgcttttagaagatcactatgggaagagtctggcac
tagtaagaggtgatgaaagttgatacccagagatggcagatttattataa
aatacactttctgatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_24396528_24397703
seq2: B6Ng01-062J13.b_43_1210

seq1  GAATTCTTCCAGGGACATTTTGCCTGAGGAATGGAAGAGGGAGACTTAGG  50
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAGGGTCATTTTGCCTGAGGAATGGAAGAGGGAGACTTAGG  50

seq1  ACTAGCCAGTTCTCTGGTTAAAGTCTGGAACCCTCTGGAAAATGGAAAAT  100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCAGTTCTCTGGTTAAAGTCTGGAACCCTCTGGAAAATGGAAAAT  100

seq1  GTCCAGACTCTTCTCTCTCTCTCCCTGTCTCTCTTCCTCCCTCCCTCTCT  150
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTTCAGACTCTTCTCTCTCTCTCCCTGTCTCTCTACCTCCCTCCCTCTCT  150

seq1  CCCTCCTTTCCTCCCTTTTGTTTTGTTTATTGAAACAGGGTTCCTCTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTTCCTCCCTTTTGTTTTGTTTATTGAAACAGGGTTCCTCTATG  200

seq1  TAACAGCCTGGCTGTTCTAGAACTCACTTTTTAGACCAGGTCAGCCTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCCTGGCTGTTCTAGAACTCACTTTTTAGACCAGGTCAGCCTTGA  250

seq1  ACTCACAGAGTGCCTCCTGTCTCCTATGAGCCCCGATTAAAGACATGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGTGCCTCCTGTCTCCTATGAGCCCCGATTAAAGACATGTGC  300

seq1  CACCATGTCTGACCAGAGGGTATTTTCTTAACTAGTGATTGATGGAGCAG  350
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACCATGCCTGACCAGAGGGTATTTTCTTAACTAATGATTGATGGAGCAG  350

seq1  AGCCCAGCCCATTGTAGGTGGTACAACCCTGGGCTAGTGATCCTGAGTTC  400
      ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCCCAGCCCAGTATAGGTGGTACAACCCTGGGCTAGTGATCCTGAATTC  400

seq1  TATAAGAAATAAGGCTGAGCAATCCATGGGGAGCAAGCCAGTAAGTAGCA  450
      ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TATAAGAAAGAAGGCTGAGCAAGCCATGGGAAGCAAGCCAGGAAGTAGCA  450

seq1  ACCCTTTCATGGTCTCTGTATCAGCTCCTGCCTTCAGGTCCCTGCCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCATGGTCTCTGTATCAGCTCCTGCCTCCAGGTCCCTGCCCTGT  500

seq1  TTGAGTCCCGCCCTCACTGCTTTTGATGATGAACTGTTATGTGGAAACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCCCGCCCTCACTGCTTTTGATGATGAACTGTTATGTGGAAACTG  550

seq1  TGAGTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAAGTTGCTTGTGGCCATGGTGTGTC  600
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAATAAACCGTTTCCTCCCCAAGTTGCTTGTGGCCATGGTGTGTC  600

seq1  ATCAGAGCAATGGAAACCCTAACTCAGACAACGTGGATGAAGCCTACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGCAATGGAAACCCTAACTCAGACAACAGGGATGAAGCCTACAGC  650

seq1  TCAGAGGGTCTACTGACAATGCCCATGGTTATAGAGCCCTAGGAAGGGTG  700
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTTCTACTGACAATGCCCATGGTTATAGAGCCCTAGGAAGGGTG  700

seq1  CAGGATGCAGGCTAGGTGTACCTGACTCTGAATTCTAGTCTCCCTCCCTC  750
      |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGCAGGCTAGGTGTACCTGGCCCTGAGTTCTAGTCTCCCTCCCTC  750

seq1  AATCAGAGCTGAATCAAGTGGGCTGGAAAAGGGCAGGCCTGCATAGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAGCTGAATCAAGTGGGCTGGAAAAGGGCAGGCCTGCATAGGGAA  800

seq1  GAGGGTATATCCCAAACACCTCTGTGCCATCAACAATTTCACAGGCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTATATCCCAAACACCTCTGTGCCATCAACAATTTCACAGGCTCAT  850

seq1  TTACTTCTCTCTCCCAACCCCCACCCCCTCTCCCAATCCCCTCCTCCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTCTCTCCCAACCCCCACCCCCTCTCCCAATCCCCTCCTCCATC  900

seq1  CCCACCTGCTCACTCCTGACATGTTTCCTACCATCTTTCTTTGTGTCCAT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTGCTCACTCCTGCCATGTTTCCTACCATCTTTCTTTGTGTCCAT  950

seq1  CTGTCTGAAGACCTTGTCTGTTCACTTCTCGGGCATGGACTCGTCCCCGG  1000
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTG-AGACCTTGTCTGTTCGCTTCTCGGGCATGGACTCGTCCCCGG  999

seq1  GCATCCTCATAGGGCACCATCTTGTAGATGGCCTGCAAAGGGGCATCTGT  1050
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCATCCTCATAGGGCA-CATCTTGTAGATGGCCTGC-AAGGGGCATCTGT  1047

seq1  GAGTG-TGCTCTGGAGGATGGAGGGTGGGTTATGGTTCTCGCTCTGCTAA  1099
      || || | |||| |||||||  |||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GATTGTTCCTCT-GAGGATGAGGGGTGGGTTATGGTTCTTCCTCTGCTAA  1096

seq1  CCAAGGAGCATGGACAGGGCAGAGTCAGGACCCTTCTCTCATCACAACAA  1149
      || | |||||||   || |||||||||| || ||| |||| |  |||| |
seq2  CC-ATGAGCATG--AAGAGCAGAGTCAGAACTCTT-TCTCTTATCAACCA  1142

seq1  GTCTCACAGACAAGGTGCTGGGCAAAG  1176
      ||||| | ||  | |||||||||||||
seq2  GTCTCTC-GAACATGTGCTGGGCAAAG  1168

seq1: chr12_22788844_22789875
seq2: B6Ng01-062J13.g_69_1086

seq1  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTTAGCCCTAGTGGATGAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGGTAGACTGAAGTGGAAGTTAGCCCTAGTGGATGAAAGAT  50

seq1  TGGATGGCTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGCTTCTGTTAAGCACAGAAGACCATGTGGTAATCTGGGTTCAAG  100

seq1  GAATTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTGTTTTCTCGAGACAGAGTCTCACTAT  150

seq1  GTAGCCCTGGCTTACCTGGAACTCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCTGGCTTACCTGGAACTCACTATGGAGATCAGGCTGGCCTCAAA  200

seq1  CTCACAGAGATCTACCTGCTCCTGCCTCTCAAGTGCTAGGATTCAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGATCTACCTGCTCCTGCCTCTCAAGTGCTAGGATTCAAGGCA  250

seq1  TGTACCACTATGCCTGGATTTCAATATGTTCTTTCATTCCCAATCAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACTATGCCTGGATTTCAATATGTTCTTTCATTCCCAATCAGGGA  300

seq1  GATACTTTGAAAATGCAAATCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTTGAAAATGCAAATCTTCTTGAAGTGGTTTGGTGACTTTCCATG  350

seq1  AGCAGACAATAGGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGAAGATACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACAATAGGAGTTTGATCCTGTGACCTAAATCATGGGAAGATACAA  400

seq1  CAACCAATTCCTGCATGTTGCCCTCTGACCTCATGCTAGGGCTAATGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAATTCCTGCATGTTGCCCTCTGACCTCATGCTAGGGCTAATGCAC  450

seq1  ACTCCCTTATATGTATGCTCCAGTCCCCGCCCCCAACACTAATTGTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTTATATGTATGCTCCAGTCCCCGCCCCCAACACTAATTGTGTAA  500

seq1  TGATAAATAAAGCAGGAACTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGATTAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATAAAGCAGGAACTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGATTAAGG  550

seq1  GCACTGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTTCCAGCAACCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGACTGCTCTTCCAGGGGTCCTGAGTTCAATTTCCAGCAACCACAT  600

seq1  GGTGGCTCACAACCACCTGTAATGGGGTCTGATGCCCTCTTCTAGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCACAACCACCTGTAATGGGGTCTGATGCCCTCTTCTAGTGTGT  650

seq1  CTGAAGACAGCTACATTGTACTCATATACATACAATAAATAGACACACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACAGCTACATTGTACTCATATACATACAATAAATAGACACACCT  700

seq1  TTAAAAAGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAAATAAAGCAGGAACTGAATGAGGAAATGCCTGAGTCAATAG  750

seq1  ACTATGGTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGTTCAATCTCTGGGTACAAGCAAGGTTGGAGGAGAAGTGAGGCA  800

seq1  GCACAGTCAGGCATTCTGGGCCATGAAGGATCTCTTAGAGCATATTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GCACAGTCAGGCATTCTGGGCCATGAAGGATCTTTTAGAGCATATTGAA-  849

seq1  AATTTAGGGTTTATTCATAGACTTTAGGAAGACCCTGGAAGATACTGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AATTTAGGGTTTATTCATAGACTTTAGGAAGACTCTGGAAGATACTGAGT  899

seq1  CACTTAAAACTACATTTGCTTTTTAGAAGGATCACTATGGGAAAGAGTCT  950
      ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  CACTT-AAACTACATTTGC-TTTTAGAA-GATCACTATGGG-AAGAGTCT  945

seq1  GGCACCCAGTAAAGAGGGTGATTGGAAAGTTGATTAACCCAGAGATGGGA  1000
      |||| | ||| |||| ||||||  ||||||||||  |||||||||| || 
seq2  GGCA-CTAGT-AAGA-GGTGAT--GAAAGTTGAT--ACCCAGAGAT-GGC  987

seq1  AGATTTATTATAAAATAACACTTTCTGATGAG  1032
      |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGATTTATTATAAAAT-ACACTTTCTGATGAG  1018