BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069H11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 18,071,593 - 18,194,170
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG245297, LOC100042573, LOC668539
Upstream geneEG668514, Kcnf1, LOC100043299, Pdia6, Atp6v1c2, Nol10, LOC672501, Odc1, LOC100042522, LOC100042528, Hpcal1, EG668525, LOC673341
Downstream geneLOC100043324, LOC636282, EG632781, LOC668541, LOC673160, 5730507C01Rik, EG668553, LOC668558, LOC100042641, LOC668568, LOC668570, EG668413
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069H11.bB6Ng01-069H11.g
ACCDH887768DH887769
length1,1441,091
definitionDH887768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069H11, 5' end.DH887769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,071,593 - 18,072,752)(18,193,067 - 18,194,170)
sequence
gaattcaacaaaggtgccaagagggacccatccattgtccggttgctgca
gtgtgatcccagcagtgctagccagttctgaggggaataggcttttacac
agttgtgagaaacacaggtttgacttgccatcttcagctttgcttgatac
agtggttttctccgtgatttctcctgctctctcgggacctgggtccaggc
agcataacacactcacctggtctggctggatgcagctccctcctctgtct
gatccaatagatgtccctccccatccagtccaggatggtttcttccaagg
tttcaagtgttctgggctgtagggctccttccctgcccacagagggcctg
gagacccttaaggacaccagacaggacatttcagtatcttactgagacca
gctgatttattctatgatcccaggtgagtttgtgaggatgaagaagatgg
agagtagataggcaagcccttcctgtgcatggctccacctcccttgttca
ttttctccgaccaaagctgcttgcatgtatatactgcagtgtccttactt
ttaatatataagttttgtataaagtgagaaggttcagcccctgtatttaa
agcctctgactgcctttaaagcatggtcccctgtggcctgtgattccccc
cacccccaagtctggctgtgctgtggtatttaagtatttatttgcctaat
tacacaggagatacatgcatgcccaaggctgtggacatctgccctccgtc
ctgcaaatacaggtgttcctgtgtgctctgtccttcctttccattgacct
ggcatattaaaatgatcaaataaaccaaggtctgtgagtttcctgtgttg
tcacaagcaccctgttcatggttcactctctagtgagtgtggggatgaag
caggtaagtggtagacatcgggaaagtcctttgaatgtatggaacagcca
agatttagtcagataggagtccatgccagccttttcaactcattggctcc
acacacagcaagcattggccttctattctgttggctagaggtgtttagat
attgaaggaaacagttccttaggacaaacaggcatgttgcctggctatgt
ctcagcatgctcagaatccctatcaaataaggggataaagagga
gaattcagaggacaacttgtggaatctggttctcttttcctaccatgtgg
gtcttagggatcgaactcaggctgccaggcttggtagcaagcacctttgc
ccacagagtcagctcactggaccaaatacagagatggtttagagcatgga
gcaggaagcatgcaaggtgcacataagcatcgctcctgtgaagaactgac
tgctgactcatcttttactgtgtcattctgatttctataggaagcgctat
agacagctaatgtgtgtgcagacgaacacccacccgtacagaggccaaac
aggaatacaagtgttcacaataatccctttacgctctcactgaacccagc
tggggcttaccattgtagctaggctgcctgctcaggaagcttctgggact
cacttgttccctagttctagttctagggattcgggcacgctcagccactc
ctggcttttccaagggtgttgggatcagtactcaggtccttatgttgggt
aatcaagtgttcttccccactgagccattttcccagttcttgcttttaca
attcttaatcacctatctgagcctcagatctcattagaggttaaaaaaaa
agacccgttttatagaattgtgtgaataaacctaatggatgagctcagcc
ggggcctgatgtccagcaagcaatagatatatgcttggcttttatcatta
ctctctgcaaagacaggcagtcttttagtacaccaggtagcaagtgggca
gaggaatgacctggtgtatggggtcggggataggggtcctggatccctgc
actccccatgcttaaggccctgtcaagtgcaggtacctgcactatctcca
gcatttcactgcagctgatgtagccattgctgtctaggtctatatgctga
aggcccacttcatcttctgtccattgtcccgagaggtcatgctcagagca
atgatgaacacgcagaagtcgatggtgctgtcgctgtgtgtcaaagtgtg
gaagacatgtcaccaacttggagcatcctctgtaggggaaaagtggccta
aatctgaaattgttcagtccatcaggtggccagtggggcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_18071593_18072752
seq2: B6Ng01-069H11.b_46_1189

seq1  GAATTCAACAAAGGTGCCAAGAGGGACCCATCCATTGTCCGGTTGCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAGGTGCCAAGAGGGACCCATCCATTGTCCGGTTGCTGCA  50

seq1  GTGTGATCCCAGCAGTGCTAGCCAGTTCTGAGGGGAATAGGCTTTTACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATCCCAGCAGTGCTAGCCAGTTCTGAGGGGAATAGGCTTTTACAC  100

seq1  AGTTGTGAGAAACACAGGTTTGACTTGCCATCTTCAGCTTTGCTTGATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGAGAAACACAGGTTTGACTTGCCATCTTCAGCTTTGCTTGATAC  150

seq1  AGTGGTTTTCTCCGTGATTTCTCCTGCTCTCTCGGGACCTGGGTCCAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTTCTCCGTGATTTCTCCTGCTCTCTCGGGACCTGGGTCCAGGC  200

seq1  AGCATAACACACTCACCTGGTCTGGCTGGATGCAGCTCCCTCCTCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAACACACTCACCTGGTCTGGCTGGATGCAGCTCCCTCCTCTGTCT  250

seq1  GATCCAATAGATGTCCCTCCCCATCCAGTCCAGGATGGTTTCTTCCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAATAGATGTCCCTCCCCATCCAGTCCAGGATGGTTTCTTCCAAGG  300

seq1  TTTCAAGTGTTCTGGGCTGTAGGGCTCCTTCCCTGCCCACAGAGGGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGTGTTCTGGGCTGTAGGGCTCCTTCCCTGCCCACAGAGGGCCTG  350

seq1  GAGACCCTTAAGGACACCAGACAGGACATTTCAGTATCTTACTGAGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTTAAGGACACCAGACAGGACATTTCAGTATCTTACTGAGACCA  400

seq1  GCTGATTTATTCTATGATCCCAGGTGAGTTTGTGAGGATGAAGAAGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTATTCTATGATCCCAGGTGAGTTTGTGAGGATGAAGAAGATGG  450

seq1  AGAGTAGATAGGCAAGCCCTTCCTGTGCATGGCTCCACCTCCCTTGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGATAGGCAAGCCCTTCCTGTGCATGGCTCCACCTCCCTTGTTCA  500

seq1  TTTTCTCCGACCAAAGCTGCTTGCATGTATATACTGCAGTGTCCTTACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCGACCAAAGCTGCTTGCATGTATATACTGCAGTGTCCTTACTT  550

seq1  TTAATATATAAGTTTTGTATAAAGTGAGAAGGTTCAGCCCCTGTATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATATAAGTTTTGTATAAAGTGAGAAGGTTCAGCCCCTGTATTTAA  600

seq1  AGCCTCTGACTGCCTTTAAAGCATGGTCCCCTGTGGCCTGTGATTCCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGACTGCCTTTAAAGCATGGTCCCCTGTGGCCTGTGATTCCCCC  650

seq1  CACCCCCAAGTCTGGCTGTGCTGTGGTATTTAAGTATTTATTTGCCTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCAAGTCTGGCTGTGCTGTGGTATTTAAGTATTTATTTGCCTAAT  700

seq1  TACACAGGAGATACATGCATGCCCAAGGCTGTGGACATCTGCCCTCCGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGGAGATACATGCATGCCCAAGGCTGTGGACATCTGCCCTCCGTC  750

seq1  CTGCAAATACAGGTGTTCCTGTGTGCTCTGTCCTTCCTTTCCATTGACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATACAGGTGTTCCTGTGTGCTCTGTCCTTCCTTTCCATTGACCT  800

seq1  GGCATATTAAAATGATCAAATAAACCAAGGTCTGTGAGTTTCCTGTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTAAAATGATCAAATAAACCAAGGTCTGTGAGTTTCCTGTGTTG  850

seq1  TCACAAGCACCCTGTTCATGGTTCACTCTCTAGTGAGTGTGGGGATGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGCACCCTGTTCATGGTTCACTCTCTAGTGAGTGTGGGGATGAAG  900

seq1  CAGGTAAGTGGTAGACATCGGGAAAGTCC-TTGAATGTATGGAACAGCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAGTGGTAGACATCGGGAAAGTCCTTTGAATGTATGGAACAGCCA  950

seq1  AGAATTTAGTCAGATAGGAGTCCATGCCAGCCTTTTCCAACTCAGTGGGC  999
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||
seq2  AG-ATTTAGTCAGATAGGAGTCCATGCCAGCCTTTT-CAACTCA-TTGGC  997

seq1  TCCACACACAGCAAGGCCATTGGCCCTCCTATTCTGTTGGCTAGAAGGTG  1049
      |||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TCCACACACAGCAAG--CATTGG-CCTTCTATTCTGTTGGCTAG-AGGTG  1043

seq1  TTTTAGATATTGGACAGAAACAGTCCCTCAGGACCAAACAGGGCATGTGC  1099
       |||||||||| ||  |||||||| ||| |||| |||||| |||||||  
seq2  -TTTAGATATT-GAAGGAAACAGTTCCTTAGGA-CAAACA-GGCATGTTG  1089

seq1  CCTGGCTAATGTCATCCAGCATGCTCAGGATCACTTATTCAAATAATGGG  1149
      ||||||| |||||   |||||||||||| ||| ||   |||||||| |||
seq2  CCTGGCT-ATGTC--TCAGCATGCTCAGAATCCCT--ATCAAATAA-GGG  1133

seq1  GAATAAGAGGA  1160
      ||  |||||||
seq2  GATAAAGAGGA  1144

seq1: chr12_18193067_18194170
seq2: B6Ng01-069H11.g_70_1160 (reverse)

seq1  CTGCCCCACTGGCCACCTGACTGTGACTTGACAATTTCAAGATCTAGGCC  50
      |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| |||| ||||||
seq2  CTGCCCCACTGGCCACCTGA-TG-GACTGAACAATTTC-AGATTTAGGCC  47

seq1  AACTTTTTCCCCTACAGA-GATGCCTCCAAGTTGGCTGAACATGTCTTCC  99
      |   |||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||
seq2  A--CTTTTCCCCTACAGAGGATG-CTCCAAGTTGG-TG-ACATGTCTTCC  92

seq1  ACACCTTTGACACCAACAGCGACAGCACCATCGACTTCTGCGTGTTCATC  149
      ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-CTTTGACAC--ACAGCGACAGCACCATCGACTTCTGCGTGTTCATC  139

seq1  ATTGCTCTGAGCATGACCTCTCGGGACAATTGGAACAGAAGATGAAGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTGAGCATGACCTCTCGGGACAAT--GGACAGAAGATGAAGTGG  187

seq1  GCCTTCAGCATATAGGACCTAGACAGCAATGGCTACATCAGCTGCAGTGA  249
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGCATATA-GACCTAGACAGCAATGGCTACATCAGCTGCAGTGA  236

seq1  AATGCTGGAGATAGTGCAGGTACCTGCACTTGACAGGGCCTTAAGCATGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGGAGATAGTGCAGGTACCTGCACTTGACAGGGCCTTAAGCATGG  286

seq1  GGAGTGCAGGGATCCAGGACCCCTATCCCCGACCCCATACACCAGGTCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCAGGGATCCAGGACCCCTATCCCCGACCCCATACACCAGGTCAT  336

seq1  TCCTCTGCCCACTTGCTACCTGGTGTACTAAAAGACTGCCTGTCTTTGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGCCCACTTGCTACCTGGTGTACTAAAAGACTGCCTGTCTTTGCA  386

seq1  GAGAGTAATGATAAAAGCCAAGCATATATCTATTGCTTGCTGGACATCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAATGATAAAAGCCAAGCATATATCTATTGCTTGCTGGACATCAG  436

seq1  GCCCCGGCTGAGCTCATCCATTAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAACG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGGCTGAGCTCATCCATTAGGTTTATTCACACAATTCTATAAAACG  486

seq1  GGTCTTTTTTTTTAACCTCTAATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTTTTTTTAACCTCTAATGAGATCTGAGGCTCAGATAGGTGATTA  536

seq1  AGAATTGTAAAAGCAAGAACTGGGAAAATGGCTCAGTGGGGAAGAACACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTAAAAGCAAGAACTGGGAAAATGGCTCAGTGGGGAAGAACACT  586

seq1  TGATTACCCAACATAAGGACCTGAGTACTGATCCCAACACCCTTGGAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACCCAACATAAGGACCTGAGTACTGATCCCAACACCCTTGGAAAA  636

seq1  GCCAGGAGTGGCTGAGCGTGCCCGAATCCCTAGAACTAGAACTAGGGAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAGTGGCTGAGCGTGCCCGAATCCCTAGAACTAGAACTAGGGAAC  686

seq1  AAGTGAGTCCCAGAAGCTTCCTGAGCAGGCAGCCTAGCTACAATGGTAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTCCCAGAAGCTTCCTGAGCAGGCAGCCTAGCTACAATGGTAAG  736

seq1  CCCCAGCTGGGTTCAGTGAGAGCGTAAAGGGATTATTGTGAACACTTGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTGGGTTCAGTGAGAGCGTAAAGGGATTATTGTGAACACTTGTA  786

seq1  TTCCTGTTTGGCCTCTGTACGGGTGGGTGTTCGTCTGCACACACATTAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTTGGCCTCTGTACGGGTGGGTGTTCGTCTGCACACACATTAGC  836

seq1  TGTCTATAGCGCTTCCTATAGAAATCAGAATGACACAGTAAAAGATGAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATAGCGCTTCCTATAGAAATCAGAATGACACAGTAAAAGATGAGT  886

seq1  CAGCAGTCAGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACCTTGCATGCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCAGTTCTTCACAGGAGCGATGCTTATGTGCACCTTGCATGCTT  936

seq1  CCTGCTCCATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGAGCTGACTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCCATGCTCTAAACCATCTCTGTATTTGGTCCAGTGAGCTGACTC  986

seq1  TGTGGGCAAAGGTGCTTGCTACCAAGCCTGGCAGCCTGAGTTCGATCCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCAAAGGTGCTTGCTACCAAGCCTGGCAGCCTGAGTTCGATCCCT  1036

seq1  AAGACCCACATGGTAGGAAAAGAGAACCAGATTCCACAAGTTGTCCTCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCACATGGTAGGAAAAGAGAACCAGATTCCACAAGTTGTCCTCTG  1086

seq1  AATTC  1104
      |||||
seq2  AATTC  1091