BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069I09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 104,679,979 - 104,808,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIfi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik
Upstream geneGolga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e
Downstream geneSerpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069I09.bB6Ng01-069I09.g
ACCDH887804DH887805
length1,1281,043
definitionDH887804|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069I09, 5' end.DH887805|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069I09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,807,062 - 104,808,208)(104,679,979 - 104,681,041)
sequence
gaattccttggacaatgtcagagaagggagaacccctgccaaagaaagga
gtctcccatactgtgctgagctgacgctatcaagtcattgtggactttga
tcttaactagcagagcttttccacggtgcagtgctgttccctgcggtgcc
tgtggtgcctatgaaccaggatgcaggagggcagagaatgctgaggcacc
tccatcttgactctatctcatttcgtctcagatcaggtgttttcaagact
cggattcttaagctgacagttttaatttcatttacgtttgttaaggacca
gaatcagactctgagtggttgggaaaagtcaagggtctggttatcttcct
tcaaatgactcttgttcacagacacttgaacactcaagaaatagctagct
aatcacattcaaagtttatgctgattgttagagaatcagcaatcaaccaa
gaccagcagtgtacctaatatttcactaatactgccaattctaccattaa
aagtgcgctaagagctaaggatgagaagttcaagttaccatgagagccct
agaggtaatatctgaggagtcagagaacgctctcctgagatgtaacaacc
tgtgtggggagaaaggaaaacctacccagagggtgggacaggaggaggca
ggaaagcaagaagccagggaaagggcagccccagcaggcagcaccaggga
gtgtgaagaaacctgctgaacaagaggactgaaaagaaatctccatgctt
ggagccaagatgtgggtttgtttcagtggtgaacaggcagctcagtgagg
caaagcctcagagctttaaacagaagacacccagctctaatgcttaggag
tgtcttgccctactaagagttgaaagggaatcggaagtagagagacagca
cactagaaaaggaaagcaaggactagggcagctttccagagcaaaccatc
acagccggagtccagcatggccacgtgcagtggaagtggatacattcaaa
tgtattataacataaaatagaagactacctgataactctaagccaggaaa
tcctgaacaccttaggataaaggaaaggaagaatccaggtcttgagaaaa
tgcaagcctgcttatctgttgatcctaa
gaattccctggtggttttctgtcagcctctcagcagtacagtgaggtagc
tacaggctgctcatagccctggatgtgcacagccattgatagggaaggac
caagagctcagagggtcactgtcttaggtaccactcagcttagcctcatg
acagaaacctcttgttgccctaccttgaataagtgataaagtgaggtcca
caatcccccaccaaagccctcataccacacagattatttccattaaggca
gggtccacctacagccctctgcctactgactgtgtgctggccaacctgtt
acctccctctgatctccaggctgaggctgactgggaaagtctcaaacctt
gaaaaactcccagcccagaaccccaatcaaagagccaccacagcaaagtt
aggaacaccagcccatatactttgttgttttcatcattctttgacatcag
tgagggttctgaaggtgccttttggaacttcatctcctgcgtagtctgta
caggctttgagttgagctgatagaagtgtcatctcctaagctcagagcaa
ggctccaacagctgccccagcagcccctaggatggcatttgttgatgtgg
agagtccaaggacccctgggaaggagacagtgcagtgacaggcagtgacc
tgatgctcagagatgcccacccaattttctatgggaaccttagggctttg
cttcagccagagctatttaaaatgaaccagaatgagaagacagatgcggg
ccaagtggaatataggacagagagctatccacagagatgctctctctata
gcagacagaggggtactcattgtagaaaaaacactcagggaagattcaga
gcacaagtagcatgcctcagactcctccctacttagccatcagcactttt
cacccaaagcccacacacctccaccttactcagataaatcaaaagtaggg
acagactagaagaccagtcacttagaagtggggctgaggaaggaatgtgt
cacatctgtctggactctgtcatcttgctggcctgacacttac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_104807062_104808208
seq2: B6Ng01-069I09.b_46_1173 (reverse)

seq1  TTAGGGAATCAAACCCAGATAAGCAGGCTTGCCATTTCTCCAGGACCTGG  50
      |||||  |||||   |||||||||||||||||  ||||| || |||||||
seq2  TTAGG--ATCAA---CAGATAAGCAGGCTTGCATTTTCT-CAAGACCTGG  44

seq1  GTTCCTTCACTCTCCTCTATCCTAAGGTGTTTCAGGGTTCTCCTGGCTTA  100
       || |||| || |||| |||||||||||| |||||| || ||||||||| 
seq2  ATT-CTTC-CTTTCCTTTATCCTAAGGTG-TTCAGGATT-TCCTGGCTT-  89

seq1  AGAGTTATCCAGGTAGTCTTCTTATTTTATGTTATAAATACATCTTGAAT  150
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  AGAGTTAT-CAGGTAGTCTTC-TATTTTATGTTAT-AATACAT-TTGAAT  135

seq1  GTATCCACTTCCCACTGCACTGTGGCCATGCTGGACCTCCGGCTGTGATG  200
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTATCCACTT-CCACTGCAC-GTGGCCATGCTGGA-CTCCGGCTGTGATG  182

seq1  GTTTGCTCTGGAAAGCTGCCCTAGTCCTTGCTTTCCTTTTCTAGTGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTCTGGAAAGCTGCCCTAGTCCTTGCTTTCCTTTTCTAGTGTGCT  232

seq1  GTCTCTCTACTTCCGATTCCCTTTCAACTCTTAGTAGGGCAAGACACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTACTTCCGATTCCCTTTCAACTCTTAGTAGGGCAAGACACTCC  282

seq1  TAAGCATTTAGAGCTGGGTGTCTTCTGTTTAAAGCTCTGAGGCTTTGCCT  350
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCA-TTAGAGCTGGGTGTCTTCTGTTTAAAGCTCTGAGGCTTTGCCT  331

seq1  CACTGAGCTGCCTGTTCACCACTGAAACAAACCCACATCTTGGCTCCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCTGCCTGTTCACCACTGAAACAAACCCACATCTTGGCTCCAAG  381

seq1  CATGGAGATTTCTTTTCAGTCCTCTTGTTCAGCAGGTTTCTTCACACTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGATTTCTTTTCAGTCCTCTTGTTCAGCAGGTTTCTTCACACTCC  431

seq1  CTGGTGCTGCCTGCTGGGGCTGCCCTTTCCCTGGCTTCTTGCTTTCCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCTGCCTGCTGGGGCTGCCCTTTCCCTGGCTTCTTGCTTTCCTGC  481

seq1  CTCCTCCTGTCCCACCCTCTGGGTAGGTTTTCCTTTCTCCCCACACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTGTCCCACCCTCTGGGTAGGTTTTCCTTTCTCCCCACACAGGT  531

seq1  TGTTACATCTCAGGAGAGCGTTCTCTGACTCCTCAGATATTACCTCTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATCTCAGGAGAGCGTTCTCTGACTCCTCAGATATTACCTCTAGG  581

seq1  GCTCTCATGGTAACTTGAACTTCTCATCCTTAGCTCTTAGCGCACTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCATGGTAACTTGAACTTCTCATCCTTAGCTCTTAGCGCACTTTTA  631

seq1  ATGGTAGAATTGGCAGTATTAGTGAAATATTAGGTACACTGCTGGTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGAATTGGCAGTATTAGTGAAATATTAGGTACACTGCTGGTCTTG  681

seq1  GTTGATTGCTGATTCTCTAACAATCAGCATAAACTTTGAATGTGATTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTGCTGATTCTCTAACAATCAGCATAAACTTTGAATGTGATTAGC  731

seq1  TAGCTATTTCTTGAGTGTTCAAGTGTCTGTGAACAAGAGTCATTTGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATTTCTTGAGTGTTCAAGTGTCTGTGAACAAGAGTCATTTGAAGG  781

seq1  AAGATAACCAGACCCTTGACTTTTCCCAACCACTCAGAGTCTGATTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAACCAGACCCTTGACTTTTCCCAACCACTCAGAGTCTGATTCTGG  831

seq1  TCCTTAACAAACGTAAATGAAATTAAAACTGTCAGCTTAAGAATCCGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACAAACGTAAATGAAATTAAAACTGTCAGCTTAAGAATCCGAGT  881

seq1  CTTGAAAACACCTGATCTGAGACGAAATGAGATAGAGTCAAGATGGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAACACCTGATCTGAGACGAAATGAGATAGAGTCAAGATGGAGGT  931

seq1  GCCTCAGCATTCTCTGCCCTCCTGCATCCTGGTTCATAGGCACCACAGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCATTCTCTGCCCTCCTGCATCCTGGTTCATAGGCACCACAGGC  981

seq1  ACCGCAGGGAACAGCACTGCACCGTGGAAAAGCTCTGCTAGTTAAGATCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCAGGGAACAGCACTGCACCGTGGAAAAGCTCTGCTAGTTAAGATCA  1031

seq1  AAGTCCACAATGACTTGATAGCGTCAGCTCAGCACAGTATGGGAGACTCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCACAATGACTTGATAGCGTCAGCTCAGCACAGTATGGGAGACTCC  1081

seq1  TTTCTTTGGCAGGGGTTCTCCCTTCTCTGACATTGTCCAAGGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGCAGGGGTTCTCCCTTCTCTGACATTGTCCAAGGAATTC  1128

seq1: chr12_104679979_104681041
seq2: B6Ng01-069I09.g_71_1113

seq1  GAATTCCCTGGTGGTTTTCTGTCAGCCTCTCAGCAGTACAGTGAGGTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGTGGTTTTCTGTCAGCCTCTCAGCAGTACAGTGAGGTAGC  50

seq1  TACAGGCTGCTCATAGCCCTGGATGTGCACAGCCATTGATAGGGAAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCTGCTCATAGCCCTGGATGTGCACAGCCATTGATAGGGAAGGAC  100

seq1  CAAGAGCTCAGAGGGTCACTGTCTTAGGTACCACTCAGCTTAGCCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTCAGAGGGTCACTGTCTTAGGTACCACTCAGCTTAGCCTCATG  150

seq1  ACAGAAACCTCTTGTTGCCCTACCTTGAATAAGTGATAAAGTGAGGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACCTCTTGTTGCCCTACCTTGAATAAGTGATAAAGTGAGGTCCA  200

seq1  CAATCCCCCACCAAAGCCCTCATACCACACAGATTATTTCCATTAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCCCACCAAAGCCCTCATACCACACAGATTATTTCCATTAAGGCA  250

seq1  GGGTCCACCTACAGCCCTCTGCCTACTGACTGTGTGCTGGCCAACCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCACCTACAGCCCTCTGCCTACTGACTGTGTGCTGGCCAACCTGTT  300

seq1  ACCTCCCTCTGATCTCCAGGCTGAGGCTGACTGGGAAAGTCTCAAACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTCTGATCTCCAGGCTGAGGCTGACTGGGAAAGTCTCAAACCTT  350

seq1  GAAAAACTCCCAGCCCAGAACCCCAATCAAAGAGCCACCACAGCAAAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTCCCAGCCCAGAACCCCAATCAAAGAGCCACCACAGCAAAGTT  400

seq1  AGGAACACCAGCCCATATACTTTGTTGTTTTCATCATTCTTTGACATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACCAGCCCATATACTTTGTTGTTTTCATCATTCTTTGACATCAG  450

seq1  TGAGGGTTCTGAAGGTGCCTTTTGGAACTTCATCTCCTGCGTAGTCTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTTCTGAAGGTGCCTTTTGGAACTTCATCTCCTGCGTAGTCTGTA  500

seq1  CAGGCTTTGAGTTGAGCTGATAGAAGTGTCATCTCCTAAGCTCAGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTTGAGTTGAGCTGATAGAAGTGTCATCTCCTAAGCTCAGAGCAA  550

seq1  GGCTCCAACAGCTGCCCCAGCAGCCCCTAGGATGGCATTTGTTGATGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAACAGCTGCCCCAGCAGCCCCTAGGATGGCATTTGTTGATGTGG  600

seq1  AGAGTCCAAGGACCCCTGGGAAGGAGACAGTGCAGTGACAGGCAGTGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAAGGACCCCTGGGAAGGAGACAGTGCAGTGACAGGCAGTGACC  650

seq1  TGATGCTCAGAGATGCCCACCCAA-TTTCTATGGGAACCTTAGGGCTTTG  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCAGAGATGCCCACCCAATTTTCTATGGGAACCTTAGGGCTTTG  700

seq1  CTTCAGCCAGAGCTATTTAAAATGAACCAGAAGGAGAAGACAGATGCGGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCAGAGCTATTTAAAATGAACCAGAATGAGAAGACAGATGCGGG  750

seq1  CCAAGTGGAATATAGGACAGAGAGCTATCCACAGAGATGCTCTCTCTATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGGAATATAGGACAGAGAGCTATCCACAGAGATGCTCTCTCTATA  800

seq1  GCAGGACAGAGGGGTACTCATTGTAGAAAAAAACACTCAGGGAAGATTCA  849
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCA-GACAGAGGGGTACTCATTGTAG-AAAAAACACTCAGGGAAGATTCA  848

seq1  GAGCACAAGTAGCATGCCTCAGACTCCTCCCTACTTTAGCCATTCAGCAC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GAGCACAAGTAGCATGCCTCAGACTCCTCCCTAC-TTAGCCA-TCAGCAC  896

seq1  CTTTCACCCAAAGCCCACACACCCCCACCTAACTCAGAATAAATCAAAAA  949
       |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  TTTTCACCCAAAGCCCACACACCTCCACCTTACTCAG-ATAAATC-AAAA  944

seq1  GTAGGGACAGAACTAGAAGACACAGGTCACTTAAGAAGGTGGGGCTGGAG  999
      |||||||||| |||||||||| || ||||||| |||| |||||||| |||
seq2  GTAGGGACAG-ACTAGAAGAC-CA-GTCACTT-AGAA-GTGGGGCT-GAG  988

seq1  GGAGAGGAAAGGTGTCACCATCCTTGTCTTGGACTCTGGTCATCTTGCCT  1049
         || | || |||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||| ||
seq2  ---GAAGGAATGTGTCA-CATC--TGTC-TGGACTCT-GTCATCTTG-CT  1029

seq1  GGCCTGACACTTAC  1063
      ||||||||||||||
seq2  GGCCTGACACTTAC  1043