BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069N13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 37,158,121 - 37,277,810
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930579E17Rik, LOC638858
Upstream geneAhr, LOC100043575, LOC629758, LOC100043579, LOC669866, Agr3, Agr2, Tspan13, EG432649, Bzw2, Ankmy2, 1700108M19Rik, Sostdc1
Downstream geneMeox2, A530016O06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069N13.bB6Ng01-069N13.g
ACCDH888023DH888024
length1,1501,010
definitionDH888023|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069N13, 5' end.DH888024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,276,648 - 37,277,810)(37,158,121 - 37,159,134)
sequence
gaattctctcaggtacagagtcgcatagatacctctttacacttcacagc
gtaagtacgcaaagcatgatgggtattggaatgttatattaaggttgctg
gattcagctggtaaaagtcacaggtattaagttatattcaaactgaataa
aagcaatttatactgcatgtgtgtcccatgtcatatttgggatgtactta
ctaccaaacactattcgtggtttaggaattataaatacccagggtaccca
atattttacctagcagctccactctctgctgacaatagcctgcaatgcat
tggagccatggagctctgaagtctccaggaactggatatgcactttgttt
cttccatttcgagctttaccctaaataaattttatttcacatttgcaccc
tgtggtgttagccttcatccatgatgctacatgttatgaacatggaaaat
ggtttatttataattcctatcatatttgtgtactataaccaaaaactaca
gtatgttgaggaggaaatgttcctgacccagacctgagttcttactctgc
cagttctccgtctttgagcaagaatatgtgtctctttcggcctgggatgg
tttgcctttcatagcctctacagtttcaacatcttaggtttccaggatcc
catgtaaacgaaaatgtgtcaccaaaaggtcatgtttacatattttagaa
gcaaagctacattgaagttaaagaagactaaagtactgcctaagaaatcc
tctttattttttcaagactcaccaatttgtacagagaagctaatgtcatt
ctcagctccagttatcttccgacctcacagtgccatgtaatgttgcaaat
gccccacatgcctgtattgctaatgatcattatattagattaaagtttac
ctatttaagacatgtacctgcagagatattacaaattgtagctgtatgta
aaatgcattcttttgctgattgctcacacctacatacattaaagatttat
ttattattttacatttgcacacaaatatgtgtgtgtcatgcaacatggtg
tacaggtgtgagcacacaccagaaaatggtttcaaatccttgagctggct
tacaggtgctgtaacttgccagcgtggaagctgaaactactaaggccctc

gaattcaccattttccagtagttgagtagacatatgctcattgtcgccca
gcttggttggagttgagtaatgaggcatatgcacttggctgttttaggtg
actttgttggatattgtaggtgactctggagggaatggaggccacacctc
tgctcagtgcagtctgctgttcttagttcccttgctttcccctgcttgcc
tcctctgtgctctgaccagtgttcgttccttttggatccttcttctggga
tttgagttctggttttatgttgctcttcagaaccttgggaagcttttcca
gttccaggcagatgagttaggccaaaccattccatgctttaaattccttc
ccacagtgacttaggaattcaactgtgaaacatctgacttcagagagatt
atgagccccatgaagatagatgtcttagtcagggtttctactgctgtgat
aaaaacaccatggcaaaagaaaaggaaaacaaaacaaacaaacaaaacca
aacaaaaataaaaaactggagcagacaaagtttatttcactttacaggct
gtagtgcattatccaggaaagtcaggataggaactcatgtcaggtacctg
gaggcagaaacagatgtagaagctatggtggagtgttgattactggctgg
ttcagcttgatttattcatccaggaccatccacccaggggtagcactact
tcctgtgggatgggcccacctacattgatcatcagtcaagaaaatgtacc
acaggtttgtccactggccaatctggtgggacattttctcaactgtggtt
tcctctgtgaaatgactatagcctgtgtcaagttgacataaaagtagtca
ttaaactgatatggtatcttttttattcttagcggcctgtctaatatttt
atgaatatcacatatatatctgttttaagaatagctgtgaaagggtgtct
gagcatgagatacaaagtgtatgtatgtgagtgtgtgttgtgtgtgtgtg
tggtgtgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_37276648_37277810
seq2: B6Ng01-069N13.b_46_1195 (reverse)

seq1  GAGGGCCTAAGTTTAGTTTTCAGCTTCCACGCTGGGCAGGTTACAGCCAC  50
      |||||||| ||  ||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||
seq2  GAGGGCCTTAG--TAG-TTTCAGCTTCCACGCT-GGCAAGTTACAG-CAC  45

seq1  CTGTAAGGCCAGCTCCAAGGGATTTGAAACCATTTTCTGGTGTGTGCTCA  100
      |||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAA-GCCAGCTC--AAGGATTTGAAACCATTTTCTGGTGTGTGCTCA  92

seq1  CACCTGTACA-CATGTGTGCATGTACACACACATATTTGTGTGCAAATGT  149
      |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTACACCATGT-TGCATG-ACACACACATATTTGTGTGCAAATGT  140

seq1  AAAATAAATAAATAAATCTTTTAATGTATGTAGGTGTGAGCAATCAGCAA  199
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAT-AATAAATAAATC-TTTAATGTATGTAGGTGTGAGCAATCAGCAA  188

seq1  AAGAATGCATTTTTACATACAGCTACAATTTGTAATATTCTCTGCAGGTA  249
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAATGCA-TTTTACATACAGCTACAATTTGTAATA-TCTCTGCAGGTA  236

seq1  CATGTCTTAAATAGGTAAACTTTAATCTAATATAATGATCATTAGCAATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTAAATAGGTAAACTTTAATCTAATATAATGATCATTAGCAATA  286

seq1  CAGGCATGTGGGGCATTTGCAACATTACATGGCACTGTGAGGTCGGAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGTGGGGCATTTGCAACATTACATGGCACTGTGAGGTCGGAAGA  336

seq1  TAACTGGAGCTGAGAATGACATTAGCTTCTCTGTACAAATTGGTGAGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGAGCTGAGAATGACATTAGCTTCTCTGTACAAATTGGTGAGTCT  386

seq1  TGAAAAAATAAAGAGGATTTCTTAGGCAGTACTTTAGTCTTCTTTAACTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAATAAAGAGGATTTCTTAGGCAGTACTTTAGTCTTCTTTAACTT  436

seq1  CAATGTAGCTTTGCTTCTAAAATATGTAAACATGACCTTTTGGTGACACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTAGCTTTGCTTCTAAAATATGTAAACATGACCTTTTGGTGACACA  486

seq1  TTTTCGTTTACATGGGATCCTGGAAACCTAAGATGTTGAAACTGTAGAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGTTTACATGGGATCCTGGAAACCTAAGATGTTGAAACTGTAGAGG  536

seq1  CTATGAAAGGCAAACCATCCCAGGCCGAAAGAGACACATATTCTTGCTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAAGGCAAACCATCCCAGGCCGAAAGAGACACATATTCTTGCTCA  586

seq1  AAGACGGAGAACTGGCAGAGTAAGAACTCAGGTCTGGGTCAGGAACATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGGAGAACTGGCAGAGTAAGAACTCAGGTCTGGGTCAGGAACATTT  636

seq1  CCTCCTCAACATACTGTAGTTTTTGGTTATAGTACACAAATATGATAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCAACATACTGTAGTTTTTGGTTATAGTACACAAATATGATAGGA  686

seq1  ATTATAAATAAACCATTTTCCATGTTCATAACATGTAGCATCATGGATGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAATAAACCATTTTCCATGTTCATAACATGTAGCATCATGGATGA  736

seq1  AGGCTAACACCACAGGGTGCAAATGTGAAATAAAATTTATTTAGGGTAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAACACCACAGGGTGCAAATGTGAAATAAAATTTATTTAGGGTAAA  786

seq1  GCTCGAAATGGAAGAAACAAAGTGCATATCCAGTTCCTGGAGACTTCAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGAAATGGAAGAAACAAAGTGCATATCCAGTTCCTGGAGACTTCAGA  836

seq1  GCTCCATGGCTCCAATGCATTGCAGGCTATTGTCAGCAGAGAGTGGAGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGGCTCCAATGCATTGCAGGCTATTGTCAGCAGAGAGTGGAGCT  886

seq1  GCTAGGTAAAATATTGGGTACCCTGGGTATTTATAATTCCTAAACCACGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTAAAATATTGGGTACCCTGGGTATTTATAATTCCTAAACCACGA  936

seq1  ATAGTGTTTGGTAGTAAGTACATCCCAAATATGACATGGGACACACATGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTTTGGTAGTAAGTACATCCCAAATATGACATGGGACACACATGC  986

seq1  AGTATAAATTGCTTTTATTCAGTTTGAATATAACTTAATACCTGTGACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAATTGCTTTTATTCAGTTTGAATATAACTTAATACCTGTGACTT  1036

seq1  TTACCAGCTGAATCCAGCAACCTTAATATAACATTCCAATACCCATCATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGCTGAATCCAGCAACCTTAATATAACATTCCAATACCCATCATG  1086

seq1  CTTTGCGTACTTACGCTGTGAAGTGTAAAGAGGTATCTATGCGACTCTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCGTACTTACGCTGTGAAGTGTAAAGAGGTATCTATGCGACTCTGT  1136

seq1  ACCTGAGAGAATTC  1163
      ||||||||||||||
seq2  ACCTGAGAGAATTC  1150

seq1: chr12_37158121_37159134
seq2: B6Ng01-069N13.g_69_1077

seq1  GAATTCACCATTTTCCAGTAGTTGAGTAGACATATGCTCATTGTCGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATTTTCCAGTAGTTGAGTAGACATATGCTCATTGTCGCCCA  50

seq1  GCTTGGTTGGAGTTGAGTAATGAGGCATATGCACTTGGCTGTTTTAGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTTGGAGTTGAGTAATGAGGCATATGCACTTGGCTGTTTTAGGTG  100

seq1  ACTTTGTTGGATATTGTAGGTGACTCTGGAGGGAATGGAGGCCACACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTTGGATATTGTAGGTGACTCTGGAGGGAATGGAGGCCACACCTC  150

seq1  TGCTCAGTGCAGTCTGCTGTTCTTAGTTCCCTTGCTTTCCCCTGCTTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTGCAGTCTGCTGTTCTTAGTTCCCTTGCTTTCCCCTGCTTGCC  200

seq1  TCCTCTGTGCTCTGACCAGTGTTCGTTCCTTTTGGATCCTTCTTCTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTGCTCTGACCAGTGTTCGTTCCTTTTGGATCCTTCTTCTGGGA  250

seq1  TTTGAGTTCTGGTTTTATGTTGCTCTTCAGAACCTTGGGAAGCTTTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTCTGGTTTTATGTTGCTCTTCAGAACCTTGGGAAGCTTTTCCA  300

seq1  GTTCCAGGCAGATGAGTTAGGCCAAACCATTCCATGCTTTAAATTCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGCAGATGAGTTAGGCCAAACCATTCCATGCTTTAAATTCCTTC  350

seq1  CCACAGTGACTTAGGAATTCAACTGTGAAACATCTGACTTCAGAGAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGACTTAGGAATTCAACTGTGAAACATCTGACTTCAGAGAGATT  400

seq1  ATGAGCCCCATGAAGATAGATGTCTTAGTCAGGGTTTCTACTGCTGTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCCCATGAAGATAGATGTCTTAGTCAGGGTTTCTACTGCTGTGAT  450

seq1  AAAAACACCATGGCAAAAGAAAAGGAAAACAAAACAAACAAACAAAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACCATGGCAAAAGAAAAGGAAAACAAAACAAACAAACAAAACCA  500

seq1  AACAAAAATAAAAAACTGGAGCAGACAAAGTTTATTTCACTTTACAGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAATAAAAAACTGGAGCAGACAAAGTTTATTTCACTTTACAGGCT  550

seq1  GTAGTGCATTATCCAGGAAAGTCAGGATAGGAACTCATGTCAGGTACCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCATTATCCAGGAAAGTCAGGATAGGAACTCATGTCAGGTACCTG  600

seq1  GAGGCAGAAACAGATGTAGAAGCTATGGTGGAGTGTTGATTACTGGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAAACAGATGTAGAAGCTATGGTGGAGTGTTGATTACTGGCTGG  650

seq1  TTCAGCTTGATTTATTCATCCAGGACCATCCACCCAGGGGTAGCACTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTGATTTATTCATCCAGGACCATCCACCCAGGGGTAGCACTACT  700

seq1  TCCTGTGGGATGGGCCCACCTACATTGATCATCAGTCAAGAAAATGTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGGATGGGCCCACCTACATTGATCATCAGTCAAGAAAATGTACC  750

seq1  ACAGGTTTGTCCACTGGCCAATCTGGTGGGACATTTTCTCAACTGTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTGTCCACTGGCCAATCTGGTGGGACATTTTCTCAACTGTGGTT  800

seq1  TCCTCTGTGAAAATGACTATAGCCTGTGTCAAGTTGACATAAAAGTAGTC  850
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTG-AAATGACTATAGCCTGTGTCAAGTTGACATAAAAGTAGTC  849

seq1  ATTAAACTGATATGGTATCTTTTTTATTCTTAGCGGCCTGTCTAATATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTGATATGGTATCTTTTTTATTCTTAGCGGCCTGTCTAATATTT  899

seq1  TATGAATATCACATATATATCTGTTTTAAAGAATAGCTGTGAAAGGGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATATCACATATATATCTGTTTT-AAGAATAGCTGTGAAAGGGTGT  948

seq1  CTGAGCATGAGAATACAAAGTGTATGTATGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTG  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGAGCATGAG-ATACAAAGTGTATGTATGTGAGTGTGTGT-TGTGTGTG  996

seq1  TGTGTGTGTGTGTG  1014
      |||||| |||||||
seq2  TGTGTG-GTGTGTG  1009