BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072M09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,834,153 - 28,993,075
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072M09.bB6Ng01-072M09.g
ACCDH890092DH890093
length1,1471,079
definitionDH890092|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072M09, 5' end.DH890093|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,991,927 - 28,993,075)(28,834,153 - 28,835,244)
sequence
gaattctctttggctgtgcacctcgactgcatgaccattgtaattaaaca
taaagcattttaatgtcttttgtgaacaaaaagcagcatagaaaagcatg
ctttcacttgtgagtatctatttgtaaggaagcttttagcttgtagatta
tattcctgtctcatctggatatggggagcgcccatccacatttaagctag
taggtcctttggcatcctgctgtacgctcaaaaacagctgagcgtggtct
actgctacatcaggatttctagaaacttaggggggttattgtgtttagta
tggaggctgctggttggatttctgagagttgctagtcatgatggcgcttt
ctcttatttccatagaaatgttggcgctgggaaattatgacacgctgacg
ctttctgctctcacttctttatgttacattttctacacttttgaactttc
tatagtcttcagttaatgctgaaaacatcgctggccctccacagttccca
agttattgacacccactgtaccaatccttttggtctttccattatagtat
aaagttacactatacaagttgcacacccactactttttaaaattgaattt
ttccaaatagtgccataaacattgggccattacattctgatctgtctctc
atgtgctccatctttttctaattccaatatcagtttctttcagtaaggat
ttcttgggcagttgcctgctcctctgtttgtgctatactcagtctgacca
agcattatagacagtgttactctaaaccacacacactgagtcctgcatag
tctttcagcgattccaccacagataatttttcctctttgttatttgtgtc
tctggctctgttgagtcctgtccactcaaggaatgagaactggacagcag
agtcagatgccaagatctgttactgttagactgtcactcttctgaacctt
gctttggtttgatctctttttcaattgtctccacttccttcagcttgagg
tcatgtcccagtttaaatacctttgcatagagtccttggtctagaatctc
tccctgtgttctctccataccatcggaattgtctgaaagtcagatgactg
gagtcctgctgaaactggtttgcgcctgtcattacatcgaacatcat
gaattcatatgcgttggtggtggtgttttttgtgtctcttgagttcagca
gagctgttgtagagaacaactaaagaactatcagagcatcctcactggtg
tttgtcactatcaacagctgctcatctgctcatctgctttgatgattaca
tctcttcactttttatcctctcttgttttccagacttctccaaatgactg
tagttcacgtatgtggcagaatagagtaaaacatcaatttcattaaacat
gactattttacctcagctctctaatagtaaatctatcaacacacacacac
acacacacacacacacacacacactcatacaagctgtaattgcttgatgg
tgtcagacatgcaaggtgatatgagtttgctctgggtatcttgtccttaa
ttcacagagctcccatatggctccaagtggctgccattagggaggttgta
gggcttgctcatgcccttggggatagtgtttaacaggttgaaatatatgc
tgctgttaggcatgagggctgggcttatttgatggatgcttaatccccag
ctgagggcacgatttttgaggttgtagaaactgtggaaagggagatagat
gagttggaactaggttctttctttcttgtccacaatgaagtgaataatgt
ctcccacaccctgatgtcaccatgatgcttagtcttagcacagatcagaa
ccaatagagccacgtggtacaatccttgaaaaaatgagacaaaaataatt
ccctcctcctctaagtttccaggtcttgcatcatgactatgagaaatgtg
actaacaaaacttccaggatcaaggctccgtcttactgatcttcctaggc
acagtcgtctgctgtatccaagttcagtgactgttgcagtataatctcag
ctctagaattagaaaactgatgttttaatttttctgcagggacatcacct
tcatcctgaatgttgatttggagagaatatgatctctgagttctccacat
catgatttatacttaagccccaaagtctcaaaaagctcttttatggctaa
attcctctcgctttggtctcagaaactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28991927_28993075
seq2: B6Ng01-072M09.b_46_1192 (reverse)

seq1  ATGATGTCAGTAGTAATGACAGGCGCCAAACAGTCTCAGCAGGACT-CAG  49
      |||||||  |  |||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||
seq2  ATGATGTTCGATGTAATGACAGGCGCAAACCAGTTTCAGCAGGACTCCAG  50

seq1  TCATTCTTGACTTTCAGACAATCACGATGGTATGAGAGA-AACACA-GGA  97
      ||||   |||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||| |||
seq2  TCAT--CTGACTTTCAGACAATTCCGATGGTATG-GAGAGAACACAGGGA  97

seq1  GAGA-TCTATGACAAGGACTCTATGCAAAGGTATTAAAACTTGGACATGA  146
      |||| ||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GAGATTCTAGACCAAGGACTCTATGCAAAGGTATTTAAACTGGGACATGA  147

seq1  CCTCAAGCTGAAGGAAGTGGAGACAATTGAAAAAGAGATCAAACCAAAGC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGCTGAAGGAAGTGGAGACAATTGAAAAAGAGATCAAACCAAAGC  197

seq1  AAGGTTCAGAAGAGTGACAGTTCTGAACAGTAACAGATCTTGGCATCTGA  246
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCAGAAGAGTGACAG-TCT-AACAGTAACAGATCTTGGCATCTGA  245

seq1  CTCTGCTGTCCAGTTCTCATTCCTTGAGTGGACAGGACTCAACAGAGCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGTCCAGTTCTCATTCCTTGAGTGGACAGGACTCAACAGAGCCA  295

seq1  GAGACACAAATAAC-AAGAGGAAAAATTATCTGTGGTGGAAATCGCTGAA  345
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGACACAAATAACAAAGAGGAAAAATTATCTGTGGTGG-AATCGCTGAA  344

seq1  AGACTATGCAGGACTCAGTGTGTGTTGGTTTAGAGTAACACTGTCTATAA  395
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATGCAGGACTCAGTGTGTG-TGGTTTAGAGTAACACTGTCTATAA  393

seq1  TGCTTGGTCAGACTGAGTATAGCACAAACAGAGGAGCAGGCAACTGCCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGTCAGACTGAGTATAGCACAAACAGAGGAGCAGGCAACTGCCCA  443

seq1  AGAAATCCTTACTGAAAGAAACTGATATTGGAATTAGAAAAAGATGGAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCCTTACTGAAAGAAACTGATATTGGAATTAGAAAAAGATGGAGC  493

seq1  ACATGAGAGACAGATCAGAATGTAATGGCCCAATGTTTATGGCACTATTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGAGACAGATCAGAATGTAATGGCCCAATGTTTATGGCACTATTT  543

seq1  GGAAAAATTCAATTTTAAAAAGTAGTGGGTGTGCAACTTGTATAGTGTAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAATTCAATTTTAAAAAGTAGTGGGTGTGCAACTTGTATAGTGTAA  593

seq1  CTTTATACTATAATGGAAAGACCAAAAGGATTGGTACAGTGGGTGTCAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATACTATAATGGAAAGACCAAAAGGATTGGTACAGTGGGTGTCAAT  643

seq1  AACTTGGGAACTGTGGAGGGCCAGCGATGTTTTCAGCATTAACTGAAGAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGGAACTGTGGAGGGCCAGCGATGTTTTCAGCATTAACTGAAGAC  693

seq1  TATAGAAAGTTCAAAAGTGTAGAAAATGTAACATAAAGAAGTGAGAGCAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAAGTTCAAAAGTGTAGAAAATGTAACATAAAGAAGTGAGAGCAG  743

seq1  AAAGCGTCAGCGTGTCATAATTTCCCAGCGCCAACATTTCTATGGAAATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGTCAGCGTGTCATAATTTCCCAGCGCCAACATTTCTATGGAAATA  793

seq1  AGAGAAAGCGCCATCATGACTAGCAACTCTCAGAAATCCAACCAGCAGCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGCGCCATCATGACTAGCAACTCTCAGAAATCCAACCAGCAGCC  843

seq1  TCCATACTAAACACAATAACCCCCCTAAGTTTCTAGAAATCCTGATGTAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACTAAACACAATAACCCCCCTAAGTTTCTAGAAATCCTGATGTAG  893

seq1  CAGTAGACCACGCTCAGCTGTTTTTGAGCGTACAGCAGGATGCCAAAGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGACCACGCTCAGCTGTTTTTGAGCGTACAGCAGGATGCCAAAGGA  943

seq1  CCTACTAGCTTAAATGTGGATGGGCGCTCCCCATATCCAGATGAGACAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTAGCTTAAATGTGGATGGGCGCTCCCCATATCCAGATGAGACAGG  993

seq1  AATATAATCTACAAGCTAAAAGCTTCCTTACAAATAGATACTCACAAGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATCTACAAGCTAAAAGCTTCCTTACAAATAGATACTCACAAGTG  1043

seq1  AAAGCATGCTTTTCTATGCTGCTTTTTGTTCACAAAAGACATTAAAATGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGCTTTTCTATGCTGCTTTTTGTTCACAAAAGACATTAAAATGC  1093

seq1  TTTATGTTTAATTACAATGGTCATGCAGTCGAGGTGCACAGCCAAAGAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTTAATTACAATGGTCATGCAGTCGAGGTGCACAGCCAAAGAGA  1143

seq1  ATTC  1149
      ||||
seq2  ATTC  1147

seq1: chr12_28834153_28835244
seq2: B6Ng01-072M09.g_70_1148

seq1  GAATTCATATGCGTTGGTGGTGGTGTTTTTTGTGTCTCTTGAGTTCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGCGTTGGTGGTGGTGTTTTTTGTGTCTCTTGAGTTCAGCA  50

seq1  GAGCTGTTGTAGAGAACAACTAAAGAACTATCAGAGCATCCTCACTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTTGTAGAGAACAACTAAAGAACTATCAGAGCATCCTCACTGGTG  100

seq1  TTTGTCACTATCAACAGCTGCTCATCTGCTCATCTGCTTTGATGATTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACTATCAACAGCTGCTCATCTGCTCATCTGCTTTGATGATTACA  150

seq1  TCTCTTCACTTTTTATCCTCTCTTGTTTTCCAGACTTCTCCAAATGACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCACTTTTTATCCTCTCTTGTTTTCCAGACTTCTCCAAATGACTG  200

seq1  TAGTTCACGTATGTGGCAGAATAGAGTAAAACATCAATTTCATTAAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCACGTATGTGGCAGAATAGAGTAAAACATCAATTTCATTAAACAT  250

seq1  GACTATTTTACCTCAGCTCTCTAATAGTAAATCTATCAACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||
seq2  GACTATTTTACCTCAGCTCTCTAATAGTAAATCTATCA----ACACACAC  296

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACTCATACAAGCTGTAATTGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACTCATACAAGCTGTAATTGCTTG  346

seq1  ATGGTGTCAGACATGCAAGGTGATATGAGTTTGCTCTGGGTATCTTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCAGACATGCAAGGTGATATGAGTTTGCTCTGGGTATCTTGTCC  396

seq1  TTAATTCACAGAGCTCCCATATGGCTCCAAGTGGCTGCCATTAGGGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCACAGAGCTCCCATATGGCTCCAAGTGGCTGCCATTAGGGAGGT  446

seq1  TGTAGGGCTTGCTCATGCCCTTGGGGATAGTGTTTAACAGGTTGAAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGCTTGCTCATGCCCTTGGGGATAGTGTTTAACAGGTTGAAATAT  496

seq1  ATGCTGCTGTTAGGCATGAGGGCTGGGCTTATTTGATGGATGCTTAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCTGTTAGGCATGAGGGCTGGGCTTATTTGATGGATGCTTAATCC  546

seq1  CCAGCTGAGGGCACGATTTTTGAGGTTGTAGAAACTGTGGAAAGGGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGAGGGCACGATTTTTGAGGTTGTAGAAACTGTGGAAAGGGAGAT  596

seq1  AGATGAGTTGGAACTAGGTTCTTTCTTTCTTGTCCACAATGAAGTGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTTGGAACTAGGTTCTTTCTTTCTTGTCCACAATGAAGTGAATA  646

seq1  ATGTCTCCCACACCCTGATGTCACCATGATGCTTAGTCTTAGCACAGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCCACACCCTGATGTCACCATGATGCTTAGTCTTAGCACAGATC  696

seq1  AGAACCAATAGAGCCACGTGGTACAATCCTTGAAAACATGAGACAAAAAT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAACCAATAGAGCCACGTGGTACAATCCTTGAAAAAATGAGACAAAAAT  746

seq1  AATTCCCTCCTCCTCTAAGTTTCCAGGTCTTGCATCATGACTATGAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCTCCTCCTCTAAGTTTCCAGGTCTTGCATCATGACTATGAGAAA  796

seq1  TGTGACTAACAAAACTTCCAGGATCAAGGCTCCGTCTTACTGATCTTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGACTAACAAAACTTCCAGGATCAAGGCTCCGTCTTACTGATCTTCC-  845

seq1  TAGGCACAGTCGTCTGCTGTATCCAGGTTCAGTGACTGTTGCAGTATAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACAGTCGTCTGCTGTATCCAAGTTCAGTGACTGTTGCAGTATAAT  895

seq1  CTCAGCTCTAGAATTAGAAAACTGATGTTTTAATTTTTCTGCAGGGACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCTAGAATTAGAAAACTGATGTTTTAATTTTTCTGCAGGGACAT  945

seq1  CACCTTCATCCTGAATGTTGATTTTTGTAGAGAATATGATCTCCTGTGTT  1000
      |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| |||
seq2  CACCTTCATCCTGAATGTTGA--TTTGGAGAGAATATGATCT-CTGAGTT  992

seq1  CTCCCACATCATGATTTTATACTTTAAGCCCCAAAGTTCTCAGAAAAGCT  1050
      || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  CT-CCACATCATGA-TTTATAC-TTAAGCCCCAAAG-TCTCA-AAAAGCT  1037

seq1  C-TTTATTGCTGAATT-CTCTCGCTTTGGTTCTCAAGGAACTGA  1092
      | ||||| ||| |||| |||||||||||| |||| || ||||||
seq2  CTTTTATGGCTAAATTCCTCTCGCTTTGG-TCTC-AGAAACTGA  1079