BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076I22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 103,067,511 - 103,189,337
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrip11, Atxn3
Upstream gene9030617O03Rik, EG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps, 4932415G16Rik, Mtac2d1, Fbln5
Downstream geneLOC100040305, LOC100040297, Cpsf2, Slc24a4, Rin3, Lgmn, Golga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076I22.bB6Ng01-076I22.g
ACCDH892794DH892795
length1,027940
definitionDH892794|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076I22, 5' end.DH892795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,067,511 - 103,068,539)(103,188,396 - 103,189,337)
sequence
gaattccaggccaacatggctacaaacaaggggaaaaaaaaaacccttta
atttttcgcttttgtggcaaaactgtgggcttttctctttcacccctgtg
cgtgcagcacagaagtggaggtcagtgggcagtactgggtagttagttct
cacctgccatttttacctgggttctggacatcaacctagccaagcttgca
caagtacctttactcagtgacccacctcagaggctcccccttttaagtat
tcattggtgcggggcacacttgctagtgtgttcgaggaaacctgtgcttg
tcagaggccagcagaggaggctgggtgtcctctatcattctctacatttt
tctttgaggcggggttattcccctgaacctggaagccaagagtccagcag
tccttctgtcttcaacccccgcaagccgaggttacagcatgcagtgatta
ctggcgtgttatggacgctgaggtatgaacagcactcctcatgactacac
cattgagccatcttgccagccagaagtatagccttttctcccctccctag
ataaactctccttttgataacatggttcagacttaactggcaatatccat
gggcatctggtgagtttgattgacatgttaatctgtgaacatgatgccca
gttatctacctcggactgctccggggaacgttctattctaaaacgttcct
ctaaagctgcactgaaagcctgctgagtatgaaacacaaccacaaaagga
ggtccaacatttcatttcaaattaggggaaacaagttactcaagtttgag
gcaattttgctgggatgagtcttctagggtcataggaagatgttgatacc
tgatacagttttctgtgcctagaacaacagacttggggcaacagtagaaa
tgggatcagattataaaattctgggttcaacccaagtgataagggtcaaa
aatcttgggaccatgactggcactctagacaagttgaggtcaaagactac
ttggtcacgttctgcagtatccaacat
gaattcccttccactttggagtcagttccaggcataggactcaggtcttc
cctagggtcctctcatccaccccatcctgcactttaactgtctttgattg
gtgatagttttggggattgaacccaggtccttgtacagactagctccatc
cttagctctggtgtctactcttttgagtgttgtgtgttttttacttttta
acagtgtttgagagattcatccatattgttatagttgtgtttaatttact
tttattcttatagtgttcttttgttattgtaattctgtgttcaaactgtc
tttgggtgctttccagtttggaaagcctgtaagtagtgctgtagtgagtg
catcggcagtgtgtctaatcacagcacacagcgttaagctttggtaacga
ctgaggattgttgtagagttggttcactactttatactcgctcctgtaac
gatggctttctgtcattctaagcctcccactgtaatagctgttttggaga
ctgtagcagtaacaccatgtgagtgtttcttttgtaaaagtacttttttt
tcttagctaggtgtggtggttgtattattagtcagggttctctagagtca
caaaacttacggaatatccttttatgttgagggatttttattgtaatgac
ttacagtctgtagtccaactaacccaacagtggtcagctgtgaatggaag
tccaagaatctagtagttgctcagtcccacgatgctagttgtttcagctg
gtctttctgtagaagtagattccaacagatgtgctgactagtaagtgcaa
gcaggcatagaagaatgaaacttccttttatgtccttaggtaagccttct
gcagaaggtgtggcccagattaaagtgtgtatcacttgcctagatctggg
actactttgctcaggctgactttgaactcagaaatcttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_103067511_103068539
seq2: B6Ng01-076I22.b_45_1071

seq1  GAATTCCAGGCCAACATGGCTACAAACAAGGGGAAAAAAAAAACCCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAACATGGCTACAAACAAGGGGAAAAAAAAAACCCTTTA  50

seq1  ATTTTTCGCTTTTGTGGCAAAACTGTGGGCTTTTCTCTTTCACCCCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCGCTTTTGTGGCAAAACTGTGGGCTTTTCTCTTTCACCCCTGTG  100

seq1  CGTGCAGCACAGAAGTGGAGGTCAGTGGGCAGTACTGGGTAGTTAGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAGCACAGAAGTGGAGGTCAGTGGGCAGTACTGGGTAGTTAGTTCT  150

seq1  CACCTGCCATTTTTACCTGGGTTCTGGACATCAACCTAGCCAAGCTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCCATTTTTACCTGGGTTCTGGACATCAACCTAGCCAAGCTTGCA  200

seq1  CAAGTACCTTTACTCAGTGACCCACCTCAGAGGCTCCCCCTTTTAAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACCTTTACTCAGTGACCCACCTCAGAGGCTCCCCCTTTTAAGTAT  250

seq1  TCATTGGTGCGGGGCACACTTGCTAGTGTGTTCGAGGAAACCTGTGCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGTGCGGGGCACACTTGCTAGTGTGTTCGAGGAAACCTGTGCTTG  300

seq1  TCAGAGGCCAGCAGAGGAGGCTGGGTGTCCTCTATCATTCTCTACATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGCCAGCAGAGGAGGCTGGGTGTCCTCTATCATTCTCTACATTTT  350

seq1  TCTTTGAGGCGGGGTTATTCCCCTGAACCTGGAAGCCAAGAGTCCAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGGCGGGGTTATTCCCCTGAACCTGGAAGCCAAGAGTCCAGCAG  400

seq1  TCCTTCTGACTTCAACCCCCGCAAGCCGAGGTTACAGCATGCAGTGATTA  450
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGTCTTCAACCCCCGCAAGCCGAGGTTACAGCATGCAGTGATTA  450

seq1  CTGGCGTGTTATGGACGCTGAGGTATGAACAGCACTCCTCATGACTACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGTGTTATGGACGCTGAGGTATGAACAGCACTCCTCATGACTACAC  500

seq1  CATTGAGCCATCTTGCCAGCCAGAAGTATAGCCTTTTCTCCCCTCCCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGCCATCTTGCCAGCCAGAAGTATAGCCTTTTCTCCCCTCCCTAG  550

seq1  ATAAACTCTCCTTTTGATAACATGGTTCAGACTTAACTGGCAATATCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTCTCCTTTTGATAACATGGTTCAGACTTAACTGGCAATATCCAT  600

seq1  GGGCATCTGGTGAGTTTGATTGACATGTTAATCTGTGAACATGATGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCTGGTGAGTTTGATTGACATGTTAATCTGTGAACATGATGCCCA  650

seq1  GTTATCTACCTCGGACTGCTCCGGGGAACGTTCTATTCTAAAACGTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTACCTCGGACTGCTCCGGGGAACGTTCTATTCTAAAACGTTCCT  700

seq1  CTAAAGCTGCACTGAAAGCCTGCTGAGTATGAAACACAACCACAAAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCTGCACTGAAAGCCTGCTGAGTATGAAACACAACCACAAAAGGA  750

seq1  GGTCCAACATTTCATTTCAAATTAGGGGAAACAAGTTACTCAAGTTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAACATTTCATTTCAAATTAGGGGAAACAAGTTACTCAAGTTTGAG  800

seq1  GCAATTTTGCTGGGATGAGTCTTCTAGGGTCATAGGAAGATGTTGATACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTTGCTGGGATGAGTCTTCTAGGGTCATAGGAAGATGTTGATACC  850

seq1  TGATACAGTTTTCTGTGCCTAGAACAACAGACTTGGGGCAACAGGTAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGATACAGTTTTCTGTGCCTAGAACAACAGACTTGGGGCAACA-GTA-GA  898

seq1  AATGGGATCAGATTATAAAATTCTGGGTTCAACCCAGGTGATAAGGGTCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATGGGATCAGATTATAAAATTCTGGGTTCAACCCAAGTGATAAGGGTCA  948

seq1  AAAATC-TGGGACCATGACTGGCACTCTAGACAAGGTGAGGGTCAAAGAC  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  AAAATCTTGGGACCATGACTGGCACTCTAGACAAGTTGA-GGTCAAAGAC  997

seq1  TACTTGGTCACGTTCTGCAGTATCCAACAT  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTCACGTTCTGCAGTATCCAACAT  1027

seq1: chr12_103188396_103189337
seq2: B6Ng01-076I22.g_71_1010 (reverse)

seq1  GGAAGATCTCTGAGTTCAAGGTCAGCCTGAGACAAAGTAAGTCCCAGATC  50
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  GGAAGATTTCTGAGTTCAAAGTCAGCCTGAG-CAAAGT-AGTCCCAGATC  48

seq1  TAGGCAGGTGTTACACACCTTTAATCTGGGCCACACCTTCTGCAGAAGGC  100
      |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAGTGATACACA-CTTTAATCTGGGCCACACCTTCTGCAGAAGGC  97

seq1  CTACCTAAGGACATTAAAAGGAAGTTTCATTCTTCTATGCCTGCTTGCAC  150
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAAGGACA-TAAAAGGAAGTTTCATTCTTCTATGCCTGCTTGCAC  146

seq1  TTACTAGTCAGCACATCTGTTGGAATCTACTTCTACAG-AAGACCAGCTG  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTACTAGTCAGCACATCTGTTGGAATCTACTTCTACAGAAAGACCAGCTG  196

seq1  AAACAACTAGCATCGTGGGACTGAGCAACTACTAGATTCTTGGACTTCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTAGCATCGTGGGACTGAGCAACTACTAGATTCTTGGACTTCCA  246

seq1  TTCACAGCTGACCACTGTTGGGTTAGTTGGACTACAGACTGTAAGTCATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGCTGACCACTGTTGGGTTAGTTGGACTACAGACTGTAAGTCATT  296

seq1  ACAAT-AAAATCCCTCAACATAAAAGGATATTCCGTAAGTTTTGTGACTC  348
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAAAATCCCTCAACATAAAAGGATATTCCGTAAGTTTTGTGACTC  346

seq1  TAGAGAACCCTGACTAATAATACAACCACCACACCTAGCTAAGAAAAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACCCTGACTAATAATACAACCACCACACCTAGCTAAGAAAAAAA  396

seq1  AGTACTTTTACAAAAGAAACACTCACATGGTGTTACTGCTACAGTCTCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTTACAAAAGAAACACTCACATGGTGTTACTGCTACAGTCTCCA  446

seq1  AAACAGCTATTACAGTGGGAGGCTTAGAATGACAGAAAGCCATCGTTACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTATTACAGTGGGAGGCTTAGAATGACAGAAAGCCATCGTTACA  496

seq1  GGAGCGAGTATAAAGTAGTGAACCAACTCTACAACAATCCTCAGTCGTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGAGTATAAAGTAGTGAACCAACTCTACAACAATCCTCAGTCGTTA  546

seq1  CCAAAGCTTAACGCTGTGTGCTGTGATTAGACACACTGCCGATGCACTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCTTAACGCTGTGTGCTGTGATTAGACACACTGCCGATGCACTCA  596

seq1  CTACAGCACTACTTACAGGCTTTCCAAACTGGAAAGCACCCAAAGACAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCACTACTTACAGGCTTTCCAAACTGGAAAGCACCCAAAGACAGT  646

seq1  TTGAACACAGAATTACAATAACAAAAGAACACTATAAGAATAAAAGTAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACAGAATTACAATAACAAAAGAACACTATAAGAATAAAAGTAAA  696

seq1  TTAAACACAACTATAACAATATGGATGAATCTCTCAAACACTGTTAAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACACAACTATAACAATATGGATGAATCTCTCAAACACTGTTAAAAA  746

seq1  GTAAAAAACACACAACACTCAAAAGAGTAGACACCAGAGCTAAGGATGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAACACACAACACTCAAAAGAGTAGACACCAGAGCTAAGGATGGA  796

seq1  GCTAGTCTGTACAAGGACCTGGGTTCAATCCCCAAAACTATCACCAATCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTCTGTACAAGGACCTGGGTTCAATCCCCAAAACTATCACCAATCA  846

seq1  AAGACAGTTAAAGTGCAGGATGGGGTGGATGAGAGGACCCTAGGGAAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTTAAAGTGCAGGATGGGGTGGATGAGAGGACCCTAGGGAAGAC  896

seq1  CTGAGTCCTATGCCTGGAACTGACTCCAAAGTGGAAGGGAATTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCCTATGCCTGGAACTGACTCCAAAGTGGAAGGGAATTC  940