BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076L18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 11,863,209 - 11,891,575
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627110
Upstream geneLOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327
Downstream geneLOC100043209, D12Ertd553e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076L18.bB6Ng01-076L18.g
ACCDH892912DH892913
length1,1711,132
definitionDH892912|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076L18, 5' end.DH892913|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076L18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,863,209 - 11,864,374)(11,890,439 - 11,891,575)
sequence
gaattcttggaatagtttgaaaatatttacccaactaattttgtcttaaa
ccatttgttaatattttggcagtccttctattatgcacttattatttgtt
gaatagaattctgtgaatgacatttaagatatattggtaactaatagtgt
aaaaatggactaggagtcttcgttgctacatggctgaatgactgaatggc
tgaatggttatttctccttatgcctcagctggttttaaacaaccccagtt
aatggaaggagagtaactgataaggtgtttttaactggctagatactaaa
tgatagcagccaatcactgacactctgcatagagggattagcatgtcaca
gaaagtctatcaattcttagagaacctgaattaaatggcaaggcctcatt
catttttacataagagcacaggattcacacagcctgtgcaggtatccccc
gaacacattgcctccctaaaatagagagccagtgaagggtcaggagaggc
tgaagcatgaggtcattagcaggtattgccaggatccagttcttacatgc
acgggaagaaccaatagttctttctagataagaagggcaaagagcatcga
tagcttatgtaccttacttatactgcatttgaaaactaattttaaaaaaa
atgagaaaatataaatctctcctatatcccttaccctctcaccaatagaa
tctctaagatacacacacacacacacacacacacacaccacagacatgtg
gaaatacacacagtatattactattataaagaatctgattgctttttcaa
agtcagaagaataaactatgttcactttatttaaaattagtgcactttag
ctctcagatttttttgcatgttaattatttttaattaaggtatttttctt
catttacatttcaaatgctatcccaaaagtcccccataccctcccctacc
catccactcccactttcttggccctggtgttcccctgtactgaggcatat
aaagtttacaggaccaaggggcctctcttcccaatgatgggcggactagg
catcttttgatacatatgcagctaggagtcaggagctcggggtactgatt
agttcatattggttgttcaactaataggggtggcaagatcccttaggctc
ctcgggtgctttctctagctc
gaattctgtagactgaagcttcaaagtggggaaaatagataacaaaattt
gagcaacagatgaaaatctaatgtgtaaaatttctgtgctgtgtgctagt
gtgtgtatatgtaaagctataagtgtatgtgtatgtgtgtgcatgcctat
gcatgtatgtatgtatgtgtgcatatgtataagagacaggcagacagaca
gactggggtatttaaataataaaacagacaatagataatttttctcttcc
ctcctgcatttagctgttttgggtctttctgctaactgcatgagtgcgtc
tactctgaagatttcctgtgagtactgccttgggctatagcatgaatttt
tcagtggatcttgtttgtgaagaagccttaacaaaaacatttagcaaaac
aacagactgataatttaaatgacaacataaacaaatgtaataattttctg
actgttcagctaagcagctctttacagccatctgcatttcttgtaccata
tacatatagattaaaaatccaataatgattataaggactctcttccacca
ctagctatcacacaaccttcatgtggtctctacctaccttctgtactctg
tgcttttagaattgatagctcactagcttgcacacctttcccactcgggg
ctgtcttggagcagaaccaggcttgagcagtgtttctgcttctgcttgtc
tcctgcattgggcatcgtatccttaattatcttgacattagatcttgcct
tgctttgaagattttctgtaagactctgcattttcctggtgatttaccct
gactatatatctcaggtgtttaagaataaagttctggggccagagagatg
gctaaatcatttcagaggactggctgttctactggagatggaggttcaga
tcccagaaacaccagcgtagttgataacaatctgtatttcagatccaggg
gaattccccccctctttctggcccctaaaggtaccaggcaatagtgaaac
cagatcatacatacattatagacaaaacacccatactcataaaaataaat
aaacgatacaaaagaccagaataaaacctcactgatttcaactcatcaag
acatctaaactagctttgttcttaaccagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_11863209_11864374
seq2: B6Ng01-076L18.b_47_1217

seq1  GAATTCTTGGAATAGTTTGAAAATATTTACCCAACTAATTTTGTCTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGAATAGTTTGAAAATATTTACCCAACTAATTTTGTCTTAAA  50

seq1  CCATTTGTTAATATTTTGGCAGTCCTTCTATTATGCACTTATTATTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTTAATATTTTGGCAGTCCTTCTATTATGCACTTATTATTTGTT  100

seq1  GAATAGAATTCTGTGAATGACATTTAAGATATATTGGTAACTAATAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAATTCTGTGAATGACATTTAAGATATATTGGTAACTAATAGTGT  150

seq1  AAAAATGGACTAGGAGTCTTCGTTGCTACATGGCTGAATGACTGAATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGACTAGGAGTCTTCGTTGCTACATGGCTGAATGACTGAATGGC  200

seq1  TGAATGGTTATTTCTCCTTATGCCTCAGCTGGTTTTAAACAACCCCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTTATTTCTCCTTATGCCTCAGCTGGTTTTAAACAACCCCAGTT  250

seq1  AATGGAAGGAGAGTAACTGATAAGGTGTTTTTAACTGGCTAGATACTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGGAGAGTAACTGATAAGGTGTTTTTAACTGGCTAGATACTAAA  300

seq1  TGATAGCAGCCAATCACTGACACTCTGCATAGAGGGATTAGCATGTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCAGCCAATCACTGACACTCTGCATAGAGGGATTAGCATGTCACA  350

seq1  GAAAGTCTATCAATTCTTAGAGAACCTGAATTAAATGGCAAGGCCTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTATCAATTCTTAGAGAACCTGAATTAAATGGCAAGGCCTCATT  400

seq1  CATTTTTACATAAGAGCACAGGATTCACACAGCCTGTGCAGGTATCCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTACATAAGAGCACAGGATTCACACAGCCTGTGCAGGTATCCCCC  450

seq1  GAACACATTGCCTCCCTAAAATAGAGAGCCAGTGAAGGGTCAGGAGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATTGCCTCCCTAAAATAGAGAGCCAGTGAAGGGTCAGGAGAGGC  500

seq1  TGAAGCATGAGGTCATTAGCAGGTATTGCCAGGATCCAGTTCTTACATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCATGAGGTCATTAGCAGGTATTGCCAGGATCCAGTTCTTACATGC  550

seq1  ACGGGAAGAACCAATAGTTCTTTCTAGATAAGAAGGGCAAAGAGCATCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGAAGAACCAATAGTTCTTTCTAGATAAGAAGGGCAAAGAGCATCGA  600

seq1  TAGCTTATGTACCTTACTTATACTGCATTTGAAAACTAATTTTAAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTATGTACCTTACTTATACTGCATTTGAAAACTAATTTTAAAAAAA  650

seq1  ATGAGAAAATATAAATCTCTCCTATATCCCTTACCCTCTCACCAATAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAATATAAATCTCTCCTATATCCCTTACCCTCTCACCAATAGAA  700

seq1  TCTCTAAGATACACACACACACACACACACACACACACCACAGACATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGATACACACACACACACACACACACACACACCACAGACATGTG  750

seq1  GAAATACACACAGTATATTACTATTATAAAGAATCTGATTGCTTTTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACACACAGTATATTACTATTATAAAGAATCTGATTGCTTTTTCAA  800

seq1  AGTCAGAAGAATAAACTATGTTCACTTTATTTAAAATTAAGTGCACTTTA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTCAGAAGAATAAACTATGTTCACTTTATTTAAAATT-AGTGCACTTTA  849

seq1  GCTCTCAGATTTTTTTGCATGTTAATTATTTTTAATT-AGGTA-TTTTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GCTCTCAGATTTTTTTGCATGTTAATTATTTTTAATTAAGGTATTTTTCT  899

seq1  TCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCTAC  949

seq1  CCATCCACTCCCAC-TTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGAGGCATA  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACTCCCACTTTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGAGGCATA  999

seq1  TAAAGTTTACAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGAT-GGCCGACTAG  1046
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  TAAAGTTTACAGGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGGCGGACTAG  1049

seq1  GCCATCTTTTGATACATATGCAGCTA-GAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTG  1095
      | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||
seq2  G-CATCTTTTGATACATATGCAGCTAGGAGTCAGGAGCT-CGGGGTACTG  1097

seq1  ATTAGTTCATATT-GTTGTTCCACCTATAGGGTTG--CAGATCCCTTTAG  1142
      ||||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||   |||||||||  |
seq2  ATTAGTTCATATTGGTTGTTCAACTAATAGGGGTGGCAAGATCCCTTAGG  1147

seq1  CTCCTTCGGTGCTTTCTCTAGCTC  1166
      |||||  |||||||||||||||||
seq2  CTCCTCGGGTGCTTTCTCTAGCTC  1171

seq1: chr12_11890439_11891575
seq2: B6Ng01-076L18.g_70_1201 (reverse)

seq1  CCACTGGTTAAAGGAACAAAGGCTAG-TTAGATGTCTTGATGAGTTTGAA  49
      |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  CCACTGGTTAA--GAACAAA-GCTAGTTTAGATGTCTTGATGAG-TTGAA  46

seq1  ATCAGTGA-GTTTTATTCTGGTTCTTTTTGTATTCGTTTATTTATTTTTA  98
      |||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGAGGTTTTATTCTGGT--CTTTTGTA-TCGTTTATTTATTTTTA  93

seq1  TGAGTATGGGTGTTTTGTCTAT-ATGTATGTATGTCTTGGTATCACATAT  147
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||| |||| || 
seq2  TGAGTATGGGTGTTTTGTCTATAATGTATGTATGATCTGGTTTCAC-TA-  141

seq1  TTGCCTGGTACCTTTAGGGGCCAGAAAAGAGGGGGGGAA-TCCCCTGGAT  196
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGCCTGGTACCTTTAGGGGCCAG-AAAGAGGGGGGGAATTCCCCTGGAT  190

seq1  CTGGAATTACAGATTGTTATCAACTACGCTGTGGTTTCTGGGATCTGAAC  246
      || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CT-GAAATACAGATTGTTATCAACTACGCTGGTGTTTCTGGGATCTGAAC  239

seq1  CTCCATCTCCAGTAGAACAGCCAGTCCTCTG-AATGATTTAGCCATCTCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCTCCAGTAGAACAGCCAGTCCTCTGAAATGATTTAGCCATCTCT  289

seq1  CTGGCCCCAGAACTTTATTCTTAAACACCTGAGATATATAGTCAGGGTTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGGCCCCAGAACTTTATTCTTAAACACCTGAGATATATAGTCAGGG-TA  338

seq1  AATCACCAGG-AAATGCAGAGTCTTACAGAAAATCTTCAAAGCAAGGCAA  394
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCAGGAAAATGCAGAGTCTTACAGAAAATCTTCAAAGCAAGGCAA  388

seq1  GATCTAATGTCAAGATAATTAAGGATACGATGCCCAATGCAGGAGACAAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAATGTCAAGATAATTAAGGATACGATGCCCAATGCAGGAGACAAG  438

seq1  CAGAAGCAGAAACACTGCTCAAGCCTGGTTCTGCTCCAAGACAGCCCCGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCAGAAACACTGCTCAAGCCTGGTTCTGCTCCAAGACAGCCCCGA  488

seq1  GTGGGAAAGGTGTGCAAGCTAGTGAGCTATCAATTCT-AAAGCACAGAGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGGAAAGGTGTGCAAGCTAGTGAGCTATCAATTCTAAAAGCACAGAGT  538

seq1  ACAGAAGGTAGGTAGAGACCACATGAAGGTTGTGTGATAGCTAGTGGTGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGGTAGGTAGAGACCACATGAAGGTTGTGTGATAGCTAGTGGTGG  588

seq1  AAGAGAGTCCTTATAATCATTATTGGATTTTTAATCTATATGTATATGGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTCCTTATAATCATTATTGGATTTTTAATCTATATGTATATGGT  638

seq1  ACAAGAAATGCAGATGGCTGTAAAGAGCTGCTTAGCTGAACAGTCAGAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAATGCAGATGGCTGTAAAGAGCTGCTTAGCTGAACAGTCAGAAA  688

seq1  ATTATTACATTTGTTTATGTTGTCATTTAAATTATCAGTCTGTTGTTTTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTACATTTGTTTATGTTGTCATTTAAATTATCAGTCTGTTGTTTTG  738

seq1  CTAAATGTTTTTGTTAAGGCTTCTTCACAAACAAGATCCACTGAAAAATT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGTTTTTGTTAAGGCTTCTTCACAAACAAGATCCACTGAAAAATT  788

seq1  CATGCTATAGCCCAAGGCAGTACTCACAGGAAATCTTCAGAGTAGACGCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTATAGCCCAAGGCAGTACTCACAGGAAATCTTCAGAGTAGACGCA  838

seq1  CTCATGCAGTTAGCAGAAAGACCCAAAACAGCTAAATGCAGGAGGGAAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCAGTTAGCAGAAAGACCCAAAACAGCTAAATGCAGGAGGGAAGA  888

seq1  GAAAAATTATCTATTGTCTGTTTTATTATTTAAATACCCCAGTCTGTCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTATCTATTGTCTGTTTTATTATTTAAATACCCCAGTCTGTCTG  938

seq1  TCTGCCTGTCTCTTATACATATGCACACATACATACATACATGCATAGGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGTCTCTTATACATATGCACACATACATACATACATGCATAGGC  988

seq1  ATGCACACACATACACATACACTTATAGCTTTACATATACACACACTAGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACATACACATACACTTATAGCTTTACATATACACACACTAGC  1038

seq1  ACACAGCACAGAAATTTTACACATTAGATTTTCATCTGTTGCTCAAATTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCACAGAAATTTTACACATTAGATTTTCATCTGTTGCTCAAATTT  1088

seq1  TGTTATCTATTTTCCCCACTTTGAAGCTTCAGTCTACAGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTATTTTCCCCACTTTGAAGCTTCAGTCTACAGAATTC  1132