BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077B21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 33,806,036 - 33,964,418
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtxn7l4
Upstream genePik3cg, 2010109K11Rik, LOC100043548, Pbef1, LOC100043553, 4933406C10Rik, Sypl, LOC100043109, 1110049B09Rik
Downstream geneAtxn7l1, 4930504H06Rik, Twistnb, LOC668801, LOC668806, Ferd3l, Twist1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077B21.bB6Ng01-077B21.g
ACCDH893177DH893178
length1,190735
definitionDH893177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077B21, 5' end.DH893178|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,806,036 - 33,807,231)(33,963,687 - 33,964,418)
sequence
gaattcagcatcggcaagttgttgaaaatgatgcgcacactggcaggtta
caatcaaatgtaagggaagatattgagcagtgtggtcaaagcctgcagcg
ctcacacccttggcccaggaacttgggggaaatttatcttaaggaaacaa
gtttaaaagtcatcacacaatgcttcaatctggcatggtttctaccactg
aagactcagacgcaggctaaggcttaatgacagattatcaaaggaaacta
tagcaaaaccaccatgaaacgtgaggttaaaatgtcagtaatggccggcc
atggtggcacacacctttaagcccagcccttgggaagcagaggccggtgg
atctccgcgtgttcaagaataacctggtatacgtagtgagttccaggaac
taaatagtgagatcccgtgtcaaaaaccacaagaacaaaacgtcaggaat
gaactattgaaaccagacattgctatagacacagtgccaagaggaaaaaa
ttgcagagtatatcattgtgtctgtaccacaacgtggttgaatacatata
tattaccaatatacctatgtctaaggactgaactaactcatggaaaaatt
cagacaatatttttattagaaattatgagtggatttttatctttagtctg
gttttgacagacaaagtaaatttgagtttgggacagaatgaaaggacaga
atgaatttcaatgggctttagcctctcgctactaactctacctcaacaca
ctttgtccctatggaagggagcaggttggacttagggtgaagatgctgca
gcgtaggactttcacatgcacagagtactgtgtgttccttccaggctgga
aaacacaggcagtggcagagatcggatgtggtcccgtccctccctgtgca
tcttgcaaaaattcaatgaaatgctgttctctgcgtgctcagaatttgtc
tgaggtagcaaagctgatctccaaggtctgagagctgagctgatcccaag
agtctccccttcaactcctcaccctgttcccaaacaagggtcagtggcag
tggccaggagccctatggacaatgaaccctgtctttggctggtgcataag
atctttggaggcatgctttaacctgggggatgcctcaccctcagagaaac
ttgtccagggttctagattaagcttaagcacaccccctgg
gaattctcgttttactaactccttttaaaggaatgactacattaacaaat
ggcaggtcacatcagaggttgacttctgagtctttatcaggaatctcctc
tctctcttcctgctaagcagctagaggacacctgggcaggccagaaagtc
caagtattgtgtcccatctctgtgtccacagttgggcagggcattttcca
gaagttcttatctgaactgtaagctgcaatctggggtctgaattctgagc
tcctgggcaccacccagaattagtcaagtgattataggaaaccagaaaga
caagattcagtttcaccttctatgaggccaggactgaagcagcgagggag
ccaggaaggttgagaaagaggggagggtggggggaatccctgagcagtcc
ccggtggtggccactgtcacagtccaggggagcatcttcaccctcagcat
gtctgctgttaactgtaaaagcacaaagtggggctagccaggttaggagg
gcaagtagagggtaatgactgaaaagggagacagggaaccaccttccacc
acggccaaccaggggactgggtgaggggctggcattcaagtcactgtgtg
ccattcacacatgctttgcctaccatggctttgggcagtaaagattcaaa
aataaaaacaggaagtccaaccaagcaggctgcagcctatgaacagaggc
tgggtgtggaaggatgtgtcttagaggatgctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_33806036_33807231
seq2: B6Ng01-077B21.b_45_1234

seq1  GAATTCAGCATCGGCAAGTTGTTGAAAATGATGCGCACACTGGCAGGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATCGGCAAGTTGTTGAAAATGATGCGCACACTGGCAGGTTA  50

seq1  CAATCAAATGTAAGGGAAGATATTGAGCAGTGTGGTCAAAGCCTGCAGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAATGTAAGGGAAGATATTGAGCAGTGTGGTCAAAGCCTGCAGCG  100

seq1  CTCACACCCTTGGCCCAGGAACTTGGGGGAAATTTATCTTAAGGAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCCTTGGCCCAGGAACTTGGGGGAAATTTATCTTAAGGAAACAA  150

seq1  GTTTAAAAGTCATCACACAATGCTTCAATCTGGCATGGTTTCTACCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAGTCATCACACAATGCTTCAATCTGGCATGGTTTCTACCACTG  200

seq1  AAGACTCAGACGCAGGCTAAGGCTTAATGACAGATTATCAAAGGAAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCAGACGCAGGCTAAGGCTTAATGACAGATTATCAAAGGAAACTA  250

seq1  TAGCAAAACCACCATGAAACGTGAGGTTAAAATGTCAGTAATGGCCGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAACCACCATGAAACGTGAGGTTAAAATGTCAGTAATGGCCGGCC  300

seq1  ATGGTGGCACACACCTTTAAGCCCAGCCCTTGGGAAGCAGAGGCCGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCACACACCTTTAAGCCCAGCCCTTGGGAAGCAGAGGCCGGTGG  350

seq1  ATCTCCGCGTGTTCAAGAATAACCTGGTATACGTAGTGAGTTCCAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGCGTGTTCAAGAATAACCTGGTATACGTAGTGAGTTCCAGGAAC  400

seq1  TAAATAGTGAGATCCCGTGTCAAAAACCACAAGAACAAAACGTCAGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTGAGATCCCGTGTCAAAAACCACAAGAACAAAACGTCAGGAAT  450

seq1  GAACTATTGAAACCAGACATTGCTATAGACACAGTGCCAAGAGGAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATTGAAACCAGACATTGCTATAGACACAGTGCCAAGAGGAAAAAA  500

seq1  TTGCAGAGTATATCATTGTGTCTGTACCACAACGTGGTTGAATACATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGTATATCATTGTGTCTGTACCACAACGTGGTTGAATACATATA  550

seq1  TATTACCAATATACCTATGTCTAAGGACTGAACTAACTCATGGAAAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCAATATACCTATGTCTAAGGACTGAACTAACTCATGGAAAAATT  600

seq1  CAGACAATATTTTTATTAGAAATTATGAGTGGATTTTTATCTTTAGTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAATATTTTTATTAGAAATTATGAGTGGATTTTTATCTTTAGTCTG  650

seq1  GTTTTGACAGACAAAGTAAATTTGAGTTTGGGACAGAATGAAAGGACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACAGACAAAGTAAATTTGAGTTTGGGACAGAATGAAAGGACAGA  700

seq1  ATGAATTTCAATGGGCTTTAGCCTCTCGCTACTAACTCTACCTCAACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTCAATGGGCTTTAGCCTCTCGCTACTAACTCTACCTCAACACA  750

seq1  CTTTGTCCCTATGGAAGGGAGCAGGTTGGACTTAGGGTGAAGATGCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCCTATGGAAGGGAGCAGGTTGGACTTAGGGTGAAGATGCTGCA  800

seq1  GCGTAGGACTTTCACATGCACAGAGTACTGTGTGTTCCTTCCAGGCTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGGACTTTCACATGCACAGAGTACTGTGTGTTCCTTCCAGGCTGGA  850

seq1  AAACACAGGCAGTGGCAGAGATCGGATGTGGTCCCGTCCCTCCCTGTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGGCAGTGGCAGAGATCGGATGTGGTCCCGTCCCTCCCTGTGCA  900

seq1  TCTTGCAAAAATTCAATGAAATGCTGTTCTCTGCGTGCTCAGAATTTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAAAAATTCAATGAAATGCTGTTCTCTGCGTGCTCAGAATTTGTC  950

seq1  TGAGGTAGCAAAGCTGATCTCCAAGGTCTGAGAGCTGAGCTGATCCCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGCAAAGCTGATCTCCAAGGTCTGAGAGCTGAGCTGATCCCAAG  1000

seq1  AGTCTCCCCCTTCAACTCCTCACCCTGTTCCCAAACAAGGGTCAGTGGCA  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCT-CCCCTTCAACTCCTCACCCTGTTCCCAAACAAGGGTCAGTGGCA  1049

seq1  GTGGCCAGGAGCCCTATGGACAATGACCCCTGTC-TTGGCT-GTGCATAA  1098
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||
seq2  GTGGCCAGGAGCCCTATGGACAATGAACCCTGTCTTTGGCTGGTGCATAA  1099

seq1  GATCTTTGGAGGCATGCTTTAAACCTGTGGATGCCTCACCTCCAGAGACC  1148
      |||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||  ||||||  
seq2  GATCTTTGGAGGCATGCTTTAACCTGGGGGATGCCTCACCCTCAGAGAAA  1149

seq1  GTGGTCCAGAGGGTGTCTAAGATAGAGCTATAGAGCAACACCCCCTGG  1196
       | ||||  ||||| ||| ||||  |||| || ||| |||||||||||
seq2  CTTGTCC--AGGGT-TCT-AGATTAAGCT-TA-AGC-ACACCCCCTGG  1190

seq1: chr12_33963687_33964418
seq2: B6Ng01-077B21.g_64_798 (reverse)

seq1  TTCAGCATCCTCTAAGACACATCCTTCCAC-CCCAGCCTCTGTTCCTAGG  49
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TCCAGCATCCTCTAAGACACATCCTTCCACACCCAGCCTCTGTTCATAGG  50

seq1  CTGCAGCCTGCTTGGTTGGACTTCCTG-TTTTATTTTTGAATCTTTACTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCTGCTTGGTTGGACTTCCTGTTTTTATTTTTGAATCTTTACTG  100

seq1  CCC-AAGCCATGGTAGGCAAAGCATGTGTGAATGGCACACAGTGACTTGA  147
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGCCATGGTAGGCAAAGCATGTGTGAATGGCACACAGTGACTTGA  150

seq1  ATGCCAGCCCCTCACCCAGTCCCCTGGTTGGCCGTGGTGGAAGGTGGTTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGCCCCTCACCCAGTCCCCTGGTTGGCCGTGGTGGAAGGTGGTTC  200

seq1  CCTGTCTCCCTTTTCAGTCATTACCCTCTACTTGCCCTCCTAACCTGGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCCTTTTCAGTCATTACCCTCTACTTGCCCTCCTAACCTGGCT  250

seq1  AGCCCCACTTTGTGCTTTTACAGTTAACAGCAGACATGCTGAGGGTGAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCACTTTGTGCTTTTACAGTTAACAGCAGACATGCTGAGGGTGAAG  300

seq1  ATGCTCCCCTGGACTGTGACAGTGGCCACCACCGGGGACTGCTCAGGGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCCTGGACTGTGACAGTGGCCACCACCGGGGACTGCTCAGGGAT  350

seq1  TCCCCCCACCCTCCCCTCTTTCTCAACCTTCCTGGCTCCCTCGCTGCTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCACCCTCCCCTCTTTCTCAACCTTCCTGGCTCCCTCGCTGCTTC  400

seq1  AGTCCTGGCCTCATAGAAGGTGAAACTGAATCTTGTCTTTCTGGTTTCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGCCTCATAGAAGGTGAAACTGAATCTTGTCTTTCTGGTTTCCT  450

seq1  ATAATCACTTGACTAATTCTGGGTGGTGCCCAGGAGCTCAGAATTCAGAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCACTTGACTAATTCTGGGTGGTGCCCAGGAGCTCAGAATTCAGAC  500

seq1  CCCAGATTGCAGCTTACAGTTCAGATAAGAACTTCTGGAAAATGCCCTGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTGCAGCTTACAGTTCAGATAAGAACTTCTGGAAAATGCCCTGC  550

seq1  CCAACTGTGGACACAGAGATGGGACACAATACTTGGACTTTCTGGCCTGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGTGGACACAGAGATGGGACACAATACTTGGACTTTCTGGCCTGC  600

seq1  CCAGGTGTCCTCTAGCTGCTTAGCAGGAAGAGAGAGAGGAGATTCCTGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGTCCTCTAGCTGCTTAGCAGGAAGAGAGAGAGGAGATTCCTGAT  650

seq1  AAAGACTCAGAAGTCAACCTCTGATGTGACCTGCCATTTGTTAATGTAGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTCAGAAGTCAACCTCTGATGTGACCTGCCATTTGTTAATGTAGT  700

seq1  CATTCCTTTAAAAGGAGTTAGTAAAACGAGAATTC  732
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTTAAAAGGAGTTAGTAAAACGAGAATTC  735