BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077K15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,096,589 - 108,279,136
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC673604
Upstream geneVrk1, LOC100040386, LOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451
Downstream geneLOC100040484, LOC382635, LOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077K15.bB6Ng01-077K15.g
ACCDH893578DH893579
length6631,091
definitionDH893578|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K15, 5' end.DH893579|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,278,474 - 108,279,136)(108,096,589 - 108,097,691)
sequence
gaattcaacaaacgggtggatgaacaaatgatgaatggatgaatggatgc
ctacaacctctttagttagagatctgagaagcagaggtgctaagaaagga
ctggcgtcaagatacatgtgtgtccattcccatgtgtgcatagccttctc
aacaaacctttgtaagcaggatagatctagttgattaccttcatgctgat
gctgaatctagctactaaatctctatagtgccccttggatttccctatgc
ctttgcccaggacagctgttcttcttcctactggctattgccatgttcta
ctgcatgactagtttcaatttaaaatagaatcttcatccacatgtaatat
ggtaataaatgtgggccaagtatattgacataaggccaccccctttcatg
atcacaaataaatatggaagagctggtatccctgacctcagggtaaaact
gtaaacactgaggcagagccagggttcacactgcatctctggagcccctg
tgtaagatctctagttgaacaatcaacctaccaccctgtgcctacctgac
agacagacaccaatgctgcctggaactgcacctgcgttttctgtcacaac
actcagccccggagacatatttctctttgaaatagtttcactgtggggag
gtggggggagagg
gaattcacttggagtcctctgggctccagtcaccgcgggtctgggaacag
gctcagactggagactgctggagtaaagagtaaacttcagagagttggaa
aatgagaggccagcagctttgttcctaggaaaaaggatgtctccgtgaga
gcccagggatattcaggagatgctgattgtcaactctgagatgtgacata
cttactatcccgtgtgtatgtcttgtcctagctcatgttttcccaagatg
tgccctgtggatagagagagagtctccaagatatttctctacaaatacat
tgtcacctacctttctgatttgaatgacaaccctctcctggtgactgatc
ctcactggttcttggtatatcaaaggagttaattcatgagtaaaggatgc
ctgatggctttgaatcacatttgattctatggagtctttggctatataca
gtctagagtactaccatgcttggctcatgaaggggacattgcagagaagg
tcaggtagggtctagactgacacattttattagcctttggatgtgcgtgc
ccagcaaggactaccatcttcaaatcctacttccaaactcagcccatgat
ataaacaactggaaataaatcaattgtcttgacttgggattttttaaaaa
aattataatacatagattatctgatattattaaaatgagatagatgtctg
gatagatctagaaataaataactagaatatgagagagacagagatagata
gatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataga
tagacagacagacagacagatagagacctcaggaaccttccataagttct
ccaacctctctgggctgaggaactagctggactagggaaatctgggagca
cagaatgtcaagcacacgtgatacacacacagaattttctgtgcccttct
attgatagtcacaaaagctaatgatataagttttgcaacaaaagttcagg
aacttgccacaaaatgagttagactcaaaatcccggtaaaatgttccatc
acccacataaagatcagtatggcgtccacttttatatgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108278474_108279136
seq2: B6Ng01-077K15.b_47_709 (reverse)

seq1  CCTCTCCCCCCACCTCCCCACAGTGAAACTATTTCAAAGAGAAATATGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCCCCACCTCCCCACAGTGAAACTATTTCAAAGAGAAATATGTC  50

seq1  TCCGGGGCTGAGTGTTGTGACAGAAAACGCAGGTGCAGTTCCAGGCAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGGCTGAGTGTTGTGACAGAAAACGCAGGTGCAGTTCCAGGCAGCA  100

seq1  TTGGTGTCTGTCTGTCAGGTAGGCACAGGGTGGTAGGTTGATTGTTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTCTGTCTGTCAGGTAGGCACAGGGTGGTAGGTTGATTGTTCAAC  150

seq1  TAGAGATCTTACACAGGGGCTCCAGAGATGCAGTGTGAACCCTGGCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATCTTACACAGGGGCTCCAGAGATGCAGTGTGAACCCTGGCTCTG  200

seq1  CCTCAGTGTTTACAGTTTTACCCTGAGGTCAGGGATACCAGCTCTTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGTTTACAGTTTTACCCTGAGGTCAGGGATACCAGCTCTTCCAT  250

seq1  ATTTATTTGTGATCATGAAAGGGGGTGGCCTTATGTCAATATACTTGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGTGATCATGAAAGGGGGTGGCCTTATGTCAATATACTTGGCC  300

seq1  CACATTTATTACCATATTACATGTGGATGAAGATTCTATTTTAAATTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTATTACCATATTACATGTGGATGAAGATTCTATTTTAAATTGAA  350

seq1  ACTAGTCATGCAGTAGAACATGGCAATAGCCAGTAGGAAGAAGAACAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCATGCAGTAGAACATGGCAATAGCCAGTAGGAAGAAGAACAGCT  400

seq1  GTCCTGGGCAAAGGCATAGGGAAATCCAAGGGGCACTATAGAGATTTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGGCAAAGGCATAGGGAAATCCAAGGGGCACTATAGAGATTTAGT  450

seq1  AGCTAGATTCAGCATCAGCATGAAGGTAATCAACTAGATCTATCCTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGATTCAGCATCAGCATGAAGGTAATCAACTAGATCTATCCTGCTT  500

seq1  ACAAAGGTTTGTTGAGAAGGCTATGCACACATGGGAATGGACACACATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGTTTGTTGAGAAGGCTATGCACACATGGGAATGGACACACATGT  550

seq1  ATCTTGACGCCAGTCCTTTCTTAGCACCTCTGCTTCTCAGATCTCTAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGACGCCAGTCCTTTCTTAGCACCTCTGCTTCTCAGATCTCTAACT  600

seq1  AAAGAGGTTGTAGGCATCCATTCATCCATTCATCATTTGTTCATCCACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTTGTAGGCATCCATTCATCCATTCATCATTTGTTCATCCACCC  650

seq1  GTTTGTTGAATTC  663
      |||||||||||||
seq2  GTTTGTTGAATTC  663

seq1: chr12_108096589_108097691
seq2: B6Ng01-077K15.g_71_1161

seq1  GAATTCACTTGGAGTCCTCTGGGCTCCAGTCACCGCGGGTCTGGGAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGAGTCCTCTGGGCTCCAGTCACCGCGGGTCTGGGAACAG  50

seq1  GCTCAGACTGGAGACTGCTGGAGTAAAGAGTAAACTTCAGAGAGTTGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACTGGAGACTGCTGGAGTAAAGAGTAAACTTCAGAGAGTTGGAA  100

seq1  AATGAGAGGCCAGCAGCTTTGTTCCTAGGAAAAAGGATGTCTCCGTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGGCCAGCAGCTTTGTTCCTAGGAAAAAGGATGTCTCCGTGAGA  150

seq1  GCCCAGGGATATTCAGGAGATGCTGATTGTCAACTCTGAGATGTGACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGGATATTCAGGAGATGCTGATTGTCAACTCTGAGATGTGACATA  200

seq1  CTTACTATCCCGTGTGTATGTCTTGTCCTAGCTCATGTTTTCCCAAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTATCCCGTGTGTATGTCTTGTCCTAGCTCATGTTTTCCCAAGATG  250

seq1  TGCCCTGTGGATAGAGAGAGAGTCTCCAAGATATTTCTCTACAAATACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGTGGATAGAGAGAGAGTCTCCAAGATATTTCTCTACAAATACAT  300

seq1  TGTCACCTACCTTTCTGATTTGAATGACAACCCTCTCCTGGTGACTGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTACCTTTCTGATTTGAATGACAACCCTCTCCTGGTGACTGATC  350

seq1  CTCACTGGTTCTTGGTATATCAAAGGAGTTAATTCATGAGTAAAGGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGTTCTTGGTATATCAAAGGAGTTAATTCATGAGTAAAGGATGC  400

seq1  CTGATGGCTTTGAATCACATTTGATTCTATGGAGTCTTTGGCTATATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGCTTTGAATCACATTTGATTCTATGGAGTCTTTGGCTATATACA  450

seq1  GTCTAGAGTACTACCATGCTTGGCTCATGAAGGGGACATTGCAGAGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGAGTACTACCATGCTTGGCTCATGAAGGGGACATTGCAGAGAAGG  500

seq1  TCAGGTAGGGTCTAGACTGACACATTTTATTAGCCTTTGGATGTGCGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAGGGTCTAGACTGACACATTTTATTAGCCTTTGGATGTGCGTGC  550

seq1  CCAGCAAGGACTACCATCTTCAAATCCTACTTCCAAACTCAGCCCATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAGGACTACCATCTTCAAATCCTACTTCCAAACTCAGCCCATGAT  600

seq1  ATAAACAACTGGAAATAAATCAATTGTCTTGACTTGGGATTTTTT-AAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATAAACAACTGGAAATAAATCAATTGTCTTGACTTGGGATTTTTTAAAAA  650

seq1  AATTATAATACATAGATTATCTGATATTATTAAAATGAGATAGATGTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAATACATAGATTATCTGATATTATTAAAATGAGATAGATGTCTG  700

seq1  GATAGATCTAGAAATAAATAACTAGAATATGAGAGAGACAGAGATAGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATCTAGAAATAAATAACTAGAATATGAGAGAGACAGAGATAGATA  750

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  800

seq1  TAGACAGACAGACAGACAGATAGAGACCTCAGGAACCTTCCATAAGTTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGACAGACAGACAGATAGAGACCTCAGGAACCTTCCATAAGTTCT  850

seq1  CCAACCTCTCTGGGCTGAGGAACTAGCTGGACTAGGGAAATCTGGGAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTCTCTGGGCTGAGGAACTAGCTGGACTAGGGAAATCTGGGAGCA  900

seq1  CAGAAGGTCAAGCACACGTTGATACACACACAGAATTTTTCTGTGCCCTT  949
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGAATGTCAAGCACACG-TGATACACACACAGAA-TTTTCTGTGCCCTT  948

seq1  CTTATTGATAGTCACAAAAAGCTAATGATAATAGTTTTTGCAACATAAAA  999
      | ||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||  ||||
seq2  C-TATTGATAGTCAC-AAAAGCTAATGAT-ATAAGTTTTGCAAC--AAAA  993

seq1  GTCCAGGAACTTGCCACAAAATGAGTTAGACTACAAAATACACGGGAAAA  1049
      || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||
seq2  GTTCAGGAACTTGCCACAAAATGAGTTAGACT-CAAAAT-CCCGGTAAAA  1041

seq1  ATGTCCATCAACCAGCAATAAAAGATCAGTTATGGCGCCCACTTTTATAT  1099
         ||||||| ||| ||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TGTTCCATCACCCA-CA--TAAAGATCAG-TATGGCGTCCACTTTTATAT  1087

seq1  GAAC  1103
      ||||
seq2  GAAC  1091