BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077P23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 30,247,347 - 30,377,200
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyt1l, LOC100043496
Upstream geneAllc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
Downstream genePxdn, Tpo, Sntg2, Tmem18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077P23.bB6Ng01-077P23.g
ACCDH893821DH893822
length1,1431,087
definitionDH893821|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077P23, 5' end.DH893822|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,247,347 - 30,248,494)(30,376,118 - 30,377,200)
sequence
gaattcagcttgaatggttcacttcatcggtttctttacctcacatcttc
ttttatgtccttaagtcacacaaaccagatcaacacaactggttcttgct
gctgttttcaaacacagcacccttgtttggggcaggagagaaaggacaca
cactccagtgaataaagaaatatcaatgaaaaaagctttttcaggtgcac
tctgtccatgtgatcctcaacaaatgtgtgttccatctgccattcagtgt
gaccttaggcactcaggtggagctgtggtccacggaagagttgtctaagg
ctccagattggtcagaactacctgatgtatccctatatactaatgccata
tactgtctcttgtgattgtgtgcctagcttcatgatgatggtgaactgtc
tggacaacttgtagtgtgtcataacatgaactctgactcctgtaggatcc
caaatcaaactggggaatgtattctctaggagacaaagggcctctctgca
cctctgttatctgcccttagagaaggttgggacctggtgtaggtgaggcg
tgctgggctctggagttttccgattccatgaactagtaactggatttcga
cctgaagcattgccctggttcctatcctcagaccaaactaagacagttgt
aaagctacccgagatcaaatgctgcaaaatatcctgtctgtaccctgctc
atctagagaggatgtggggtcatcccacttgcctgctctcattctctggg
tggcatcaaggatggctgccggcatctgcaggtggagccacttggcaagc
ctttacgatgttgccattggcagctgctctgtgttcatgtattggcagaa
tctttatatttacttctcaaagcccaaatttttccatcgatgtgtgtgaa
attggcccactactgtaaaactatccttcaaagaagtcaaatcagtaaat
atggcatttgaaaaattgtatgagccactacccaatcatcattatttgag
atgtgaggagatagtgtaatcgcagaaaaaaaaacatgaaagaaaggaaa
aaaaaaacagtttgcaagaacaagcttcaagctcagatgcgaggaacaga
ccttgtatccacccttgagaatggtattcatggctgctgccag
gaattctttctttgacctcttatttgtttttagctttttctcttctctaa
aaaaaaaaaaaaaaaaagcccacagttgcctgaccataacctttcaagcc
atttagtgtctggttttgtttgttgttttatgttacttcatggtaattgg
ttttatctgagttaccaaagacctccattgttccaaagcccagtggctgt
gttctgttctcatctgctcacccctggcagagcctccctctttcctactc
gttttgactttccttttcccctttctagtcaatttctgacctcttcccag
gcccctcttctagtttgaatttcaaactgctgggcttcaaggtccttgct
cttatgccaagctcttatgccaagcaacccacaaagcaacccacaaacaa
tcgaggtctgagagcatagaaggcttcctactattgtagattttccatta
agaagagcattagcagtgcctagtctttggggcaggggtagaccttccaa
acttcccttatagaatgcaaggctctctcaagctgctgcacataccccgt
tagtggctatgaggtgtcctgacttgaaggctgtgacctcaagggtctca
ttactcttaaccaaggactgtccttcaggagtgactcagctatgagccac
gagcagctcaccctcctgatggtaggaaacggagctatcggtgctgtaga
ggagacctgtgcactacctggtgtctgccactgtccagaaaatcactcta
gcattttgttactgtgaatccataagagaagttggcttgcccgtggacat
tgtcttcttgtcagtcatttctatgtaatttatttcagagtgttcagaac
agagggtcacgttcaaagtgtcctgtcataacctttgcattggtgcttct
aagtcctcacctgattgtgctttgcacatgcatgcacacacatttgggtg
ctgctgctgtggatgtgaccctcctggagcctgtacttgtcacgcttcac
ttatgaatcacagaattagagttctgcatacccacatacagtgtggtctg
gggttgctttttgctggttgatgaacactgacagagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30247347_30248494
seq2: B6Ng01-077P23.b_47_1189

seq1  GAATTCAGCTTGAATGGTTCACTTCATCGGTTTCTTTACCTCACATCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTGAATGGTTCACTTCATCGGTTTCTTTACCTCACATCTTC  50

seq1  TTTTATGTCCTTAAGTCACACAAACCAGATCAACACAACTGGTTCTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTCCTTAAGTCACACAAACCAGATCAACACAACTGGTTCTTGCT  100

seq1  GCTGTTTTCAAACACAGCACCCTTGTTTGGGGCAGGAGAGAAAGGACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTCAAACACAGCACCCTTGTTTGGGGCAGGAGAGAAAGGACACA  150

seq1  CACTCCAGTGAATAAAGAAATATCAATGAAAAAAGCTTTTTCAGGTGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGTGAATAAAGAAATATCAATGAAAAAAGCTTTTTCAGGTGCAC  200

seq1  TCTGTCCATGTGATCCTCAACAAATGTGTGTTCCATCTGCCATTCAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCATGTGATCCTCAACAAATGTGTGTTCCATCTGCCATTCAGTGT  250

seq1  GACCTTAGGCACTCAGGTGGAGCTGTGGTCCACGGAAGAGTTGTCTAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAGGCACTCAGGTGGAGCTGTGGTCCACGGAAGAGTTGTCTAAGG  300

seq1  CTCCAGATTGGTCAGAACTACCTGATGTATCCCTATATACTAATGCCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGATTGGTCAGAACTACCTGATGTATCCCTATATACTAATGCCATA  350

seq1  TACTGTCTCTTGTGATTGTGTGCCTAGCTTCATGATGATGGTGAACTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCTCTTGTGATTGTGTGCCTAGCTTCATGATGATGGTGAACTGTC  400

seq1  TGGACAACTTGTAGTGTGTCATAACATGAACTCTGACTCCTGTAGGATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAACTTGTAGTGTGTCATAACATGAACTCTGACTCCTGTAGGATCC  450

seq1  CAAATCAAACTGGGGAATGTATTCTCTAGGAGACAAAGGGCCTCTCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAACTGGGGAATGTATTCTCTAGGAGACAAAGGGCCTCTCTGCA  500

seq1  CCTCTGTTATCTGCCCTTAGAGAAGGTTGGGACCTGGTGTAGGTGAGGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTATCTGCCCTTAGAGAAGGTTGGGACCTGGTGTAGGTGAGGCG  550

seq1  TGCTGGGCTCTGGAGTTTTCCGATTCCATGAACTAGTAACTGGATTTCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCTCTGGAGTTTTCCGATTCCATGAACTAGTAACTGGATTTCGA  600

seq1  CCTGAAGCATTGCCCTGGTTCCTATCCTCAGACCAAACTAAGACAGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGCATTGCCCTGGTTCCTATCCTCAGACCAAACTAAGACAGTTGT  650

seq1  AAAGCTACCCGAGATCAAATGCTGCAAAATATCCTGTCTGTACCCTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTACCCGAGATCAAATGCTGCAAAATATCCTGTCTGTACCCTGCTC  700

seq1  ATCTAGAGAGGATGTGGGGTCATCCCACTTGCCTGCTCTCATTCTCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAGAGGATGTGGGGTCATCCCACTTGCCTGCTCTCATTCTCTGGG  750

seq1  TGGCATCAAGGATGGCTGCCGGCATCTGCAGGTGGAGCCACTTGGCAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCAAGGATGGCTGCCGGCATCTGCAGGTGGAGCCACTTGGCAAGC  800

seq1  CTTTACGATGTTGCCATTGGCAGCTGCTCTGTGTTCATGTATTGGCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACGATGTTGCCATTGGCAGCTGCTCTGTGTTCATGTATTGGCAGAA  850

seq1  TCTTTATATTTACTTCTCAAAGCCCAAA-TTTTCCATCGATGTGTGTGAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATATTTACTTCTCAAAGCCCAAATTTTTCCATCGATGTGTGTGAA  900

seq1  ATTGGCCCACTACTGTAAAACTATCC-TCAAAGAAGTCAAAATCAGTAAA  948
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTGGCCCACTACTGTAAAACTATCCTTCAAAGAAGTC-AAATCAGTAAA  949

seq1  TATGGCATTTGAAAAATTGTATGAGCCACTACCCAATCACCA-TATTTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  TATGGCATTTGAAAAATTGTATGAGCCACTACCCAATCATCATTATTTGA  999

seq1  GATGTGGAGGAAGATAGTGTAATCGCAGGAAAAAAAACATGAAAGAAAGA  1047
      ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GATGT-GAGG-AGATAGTGTAATCGCAGAAAAAAAAACATGAAAGAAAGG  1047

seq1  AAAAAAAAAAACAAGTTTGCAAAGAACAAGCTTCCAGGCTCAGATGC-AG  1096
      ||||||||||   ||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||
seq2  AAAAAAAAAA--CAGTTTGC-AAGAACAAGCTT-CAAGCTCAGATGCGAG  1093

seq1  AGACAGGACCTTGTATCCCACCCTGAG-ATGGTATTCTATGGCTGCCTGC  1145
        ||| ||||||||||||  || |||| ||||||||| ||||||| ||||
seq2  GAACA-GACCTTGTATCCACCCTTGAGAATGGTATTC-ATGGCTG-CTGC  1140

seq1  CAG  1148
      |||
seq2  CAG  1143

seq1: chr12_30376118_30377200
seq2: B6Ng01-077P23.g_68_1154 (reverse)

seq1  GCTCTGGTCAGTGTTCA-CACACAGCAAAGAGCAA-CCCAGACCACACCT  48
      ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||
seq2  GCTCT-GTCAGTGTTCATCAACCAGCAAAAAGCAACCCCAGACCACA-CT  48

seq1  GTATGTGGGTATGCAGAACTCT-ATTCTGGTGATTCATAAGTG-AGCGTG  96
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GTATGTGGGTATGCAGAACTCTAATTCT-GTGATTCATAAGTGAAGCGTG  97

seq1  ACAAGTGACAGGCTCCAGGAGGGTCACATCCACAGCAGCAGCACCC-AAT  145
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAAGT-ACAGGCTCCAGGAGGGTCACATCCACAGCAGCAGCACCCAAAT  146

seq1  GTGTGTGCATGCATGTGC-AAGCACAATCAGGTGAGGACTTAG-AGCACC  193
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGTGTGCATGCATGTGCAAAGCACAATCAGGTGAGGACTTAGAAGCACC  196

seq1  AATGC-AAGGTTATGACAGGACACTTTGAACGTGACCTTCTGTTCTGAAC  242
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATGCAAAGGTTATGACAGGACACTTTGAACGTGACCCTCTGTTCTGAAC  246

seq1  ACTCTGAAATAAATTACATAGAAATGACTGACAAGAAGACAATGTCCACG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAAATAAATTACATAGAAATGACTGACAAGAAGACAATGTCCACG  296

seq1  GGCAAGCCAACTTCTCTTATGGATTCACAGTAACAAAATGCTAGAGTGAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCCAACTTCTCTTATGGATTCACAGTAACAAAATGCTAGAGTGAT  346

seq1  TTTCTGGACAGTGGCAGACACCAGGTAGTGCACAGGTCTCCTCTACAGCA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGACAGTGGCAGACACCAGGTAGTGCACAGGTCTCCTCTACAGCA  396

seq1  CCGATAGCTCCGTTTCCTACCATCAGGAGGGTGAGCTGCTCGTGGCTCAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATAGCTCCGTTTCCTACCATCAGGAGGGTGAGCTGCTCGTGGCTCAT  446

seq1  AGCTGAGTCACTCCTGAAGGACAGTCCTTGGTTAAGAGTAATGAGACCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTCACTCCTGAAGGACAGTCCTTGGTTAAGAGTAATGAGACCCT  496

seq1  TGAGGTCACAGCCTTCAAGTCAGGACACCTCATAGCCACTAACGGGGTAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCACAGCCTTCAAGTCAGGACACCTCATAGCCACTAACGGGGTAT  546

seq1  GTGCAGCAGCTTGAGAGAGCCTTGCATTCTATAAGGGAAGTTTGGAAGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCAGCTTGAGAGAGCCTTGCATTCTATAAGGGAAGTTTGGAAGGT  596

seq1  CTACCCCTGCCCCAAAGACTAGGCACTGCTAATGCTCTTCTTAATGGAAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCTGCCCCAAAGACTAGGCACTGCTAATGCTCTTCTTAATGGAAA  646

seq1  ATCTACAATAGTAGGAAGCCTTCTATGCTCTCAGACCTCGATTGTTTGTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAATAGTAGGAAGCCTTCTATGCTCTCAGACCTCGATTGTTTGTG  696

seq1  GGTTGCTTTGTGGGTTGCTTGGCATAAGAGCTTGGCATAAGAGCAAGGAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTTGTGGGTTGCTTGGCATAAGAGCTTGGCATAAGAGCAAGGAC  746

seq1  CTTGAAGCCCAGCAGTTTGAAATTCAAACTAGAAGAGGGGCCTGGGAAGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGCCCAGCAGTTTGAAATTCAAACTAGAAGAGGGGCCTGGGAAGA  796

seq1  GGTCAGAAATTGACTAGAAAGGGGAAAAGGAAAGTCAAAACGAGTAGGAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAAATTGACTAGAAAGGGGAAAAGGAAAGTCAAAACGAGTAGGAA  846

seq1  AGAGGGAGGCTCTGCCAGGGGTGAGCAGATGAGAACAGAACACAGCCACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGGCTCTGCCAGGGGTGAGCAGATGAGAACAGAACACAGCCACT  896

seq1  GGGCTTTGGAACAATGGAGGTCTTTGGTAACTCAGATAAAACCAATTACC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTGGAACAATGGAGGTCTTTGGTAACTCAGATAAAACCAATTACC  946

seq1  ATGAAGTAACATAAAACAACAAACAAAACCAGACACTAAATGGCTTGAAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTAACATAAAACAACAAACAAAACCAGACACTAAATGGCTTGAAA  996

seq1  GGTTATGGTCAGGCAACTGTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAGAAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGGTCAGGCAACTGTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAGAAG  1046

seq1  AGAAAAAGCTAAAAACAAATAAGAGGTCAAAGAAAGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCTAAAAACAAATAAGAGGTCAAAGAAAGAATTC  1087