BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078F24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 21,260,432 - 21,374,402
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdef2, Itgb1bp1, Cpsf3, Iah1, Adam17
Upstream geneLOC668614, LOC100042751, LOC100043371, EG668455, LOC100042755, LOC100043377, LOC625810, 1700030C10Rik, 3110053B16Rik, LOC668698, LOC546752, EG629257
Downstream geneYwhaq, LOC100043407, LOC100042796, 6030426L16Rik, LOC434693, EG668645, EG668646, LOC100043416, LOC668650, EG668496
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078F24.bB6Ng01-078F24.g
ACCDH894090DH894091
length1,0491,136
definitionDH894090|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078F24, 5' end.DH894091|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,373,348 - 21,374,402)(21,260,432 - 21,261,573)
sequence
gaattcaccctttcctagggctccccgcactgactgcctggccagactgc
atctctctgtgtgttccaggagtgctgaccttgagtcttcagcgcagaca
cagtaatcagtggctcagtccaagctttgccttttccatttgtgttgttg
ttgttgttgttgttgggacaaagggtatcactttgtaacccaggctggca
cgtgccaggggcttgcatttacacttagaaactatattctagggaaatgt
aattctatacaaaaaagcaaaataatgtaaaaggtccatagctatttcta
gacccttcttcctttgttcatattttccccacatacatgaatatattata
tataattatacgtgtgcatacatatgcttagtataaacacaaaaatgtag
acataatttttaaactttaaaattaggtgtagctttaaaatgctgtgagt
ttgatgggagaaatttgattttacctgagatgatttcactaaattcaata
gctgtaaaaacgtactgagagagagcaattcttgtgtaagaggagggtaa
ggtggaaagtttatcaagtctcctaaaggcatcaccacatggacaccagg
agaaccagtttgtggcctaatggtccagctttttcttcttccttgagaaa
tttataaggaacaaagtataagctgcttttgccattgacttcagtttgag
acaggttttctctgttcttgcctaaaatcattgtctggcttatcagcaga
gtgtgttcgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtaagcatacatacatac
atacatacatacatacatacatatgaatgtttatgtaggtagccaagcca
gaatcccaggagtctttcagtgatgagtcttttagtgatactctctttga
tcattcagcagcaatttagctactcattttccagattccagtctgtttgt
tccacactgaagctcattgagattttacttatagtacctacccaagtcct
tgatacttcattctctgtctatcaactgacctccatctgctattcaaga
gaattctattacgtttggcatgccaaaccggtagagaatctgcctgggtt
cttactctggtagaagtgtggacggggtaatgcagggttgccccaggcag
tggtgatgggtggacctccagctgttcagctagggtgtcctctgctgcct
tcccactgtatcctttctaagcctgctcccttcccagtgccctcatgatt
ctctttcttctttctcagggcttaaagcactgagatgacttagtatctct
ctagaatacctttgaaatgaaggagtaaaaggtagtaatttggggaacgg
tgctcagcataattgtaaaaaacacaaatgtgtgtgtcctcctgatgccc
caagtatgaaagcatcacaaaactatcctgtctctacatagcagatccac
tggacaggtgatttttgtttgtttgcttgcttggttgcttttacaaatac
gggaacacaaacagtttgtcttacagtgaagaccagctagccattgtgct
tcatgaagcggccagcaagtgggcatcctggctcggccaggcctgccaac
tgtaggaaggaaagtcttccctggggagaacagtggcttccacgtgctat
ccctgggctgtggctgctatgcaggaaggcagtataaattctctcttgca
gcagctgggaaggggagcgcaatatgggatggtactgggtactaagcagc
tggaggagcaactggacagaccacatgtgtcactgtcctgcactcgggga
ggcccagagagttaggtgaaccactgaagagcaaaggtgtagagagcagg
ccctgtaccctccacctccccaccccaccctcacacccacaccaccgtat
ccagggatcattcattctttatgggcttaatgaacactccctgccacctc
ctacaggctgtcctgggcagcatggggcatatgggcatctcactgcttct
catcttggagagtgtgttgattctgaaaggccagcgtctcaggactgagt
ctctgcttctaggggagcttgccactggctctctatgacagagacttcat
ttccttcgtgagtcaataaggaaaggactggtcagcctcctcagcctgat
ttccttaaagtcttgatcgaagagattgcttttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_21373348_21374402
seq2: B6Ng01-078F24.b_30_1078 (reverse)

seq1  TCTTGAATAGGCAGATGGAGGTCAGTTGATAGACAGAGAATGAAGTATCA  50
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAATA-GCAGATGGAGGTCAGTTGATAGACAGAGAATGAAGTATCA  49

seq1  AGGACTTTGGGTAAGGTACTATTAAGTAAAAATCTCAATGAGCTTCAGTG  100
      ||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAC-TTGGGT-AGGTACTA-TAAGT-AAAATCTCAATGAGCTTCAGTG  95

seq1  TGGAACAAACAAGACTGGAATCTGGAAAATGAGTAGCTAAATTGCTGCTG  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAAC-AGACTGGAATCTGGAAAATGAGTAGCTAAATTGCTGCTG  144

seq1  AATGATCAAAGAGAGTATCACTAAAAGACTCATCACTGAAAGACTCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCAAAGAGAGTATCACTAAAAGACTCATCACTGAAAGACTCCTGG  194

seq1  GATTCTGGCTTGGCTACCTACATAAACATTCATATGTATGTATGTATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGGCTTGGCTACCTACATAAACATTCATATGTATGTATGTATGTA  244

seq1  TGTATGTATGTATGTATGCTTACACACACACATACACACACACACACGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGCTTACACACACACATACACACACACACACGAA  294

seq1  CACACTCTGCTGATAAGCCAGACAATGATTTTAGGCAAGAACAGAGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTGCTGATAAGCCAGACAATGATTTTAGGCAAGAACAGAGAAAA  344

seq1  CCTGTCTCAAACTGAAGTCAATGGCAAAAGCAGCTTATACTTTGTTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCAAACTGAAGTCAATGGCAAAAGCAGCTTATACTTTGTTCCTT  394

seq1  ATAAATTTCTCAAGGAAGAAGAAAAAGCTGGACCATTAGGCCACAAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTCTCAAGGAAGAAGAAAAAGCTGGACCATTAGGCCACAAACTG  444

seq1  GTTCTCCTGGTGTCCATGTGGTGATGCCTTTAGGAGACTTGATAAACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCTGGTGTCCATGTGGTGATGCCTTTAGGAGACTTGATAAACTTT  494

seq1  CCACCTTACCCTCCTCTTACACAAGAATTGCTCTCTCTCAGTACGTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTACCCTCCTCTTACACAAGAATTGCTCTCTCTCAGTACGTTTTT  544

seq1  ACAGCTATTGAATTTAGTGAAATCATCTCAGGTAAAATCAAATTTCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTATTGAATTTAGTGAAATCATCTCAGGTAAAATCAAATTTCTCCC  594

seq1  ATCAAACTCACAGCATTTTAAAGCTACACCTAATTTTAAAGTTTAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTCACAGCATTTTAAAGCTACACCTAATTTTAAAGTTTAAAAAT  644

seq1  TATGTCTACATTTTTGTGTTTATACTAAGCATATGTATGCACACGTATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTACATTTTTGTGTTTATACTAAGCATATGTATGCACACGTATAA  694

seq1  TTATATATAATATATTCATGTATGTGGGGAAAATATGAACAAAGGAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATAATATATTCATGTATGTGGGGAAAATATGAACAAAGGAAGAA  744

seq1  GGGTCTAGAAATAGCTATGGACCTTTTACATTATTTTGCTTTTTTGTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTAGAAATAGCTATGGACCTTTTACATTATTTTGCTTTTTTGTATA  794

seq1  GAATTACATTTCCCTAGAATATAGTTTCTAAGTGTAAATGCAAGCCCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACATTTCCCTAGAATATAGTTTCTAAGTGTAAATGCAAGCCCCTG  844

seq1  GCACGTGCCAGCCTGGGTTACAAAGTGATACCCTTTGTCCCAACAACAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTGCCAGCCTGGGTTACAAAGTGATACCCTTTGTCCCAACAACAAC  894

seq1  AACAACAACAACACAAATGGAAAAGGCAAAGCTTGGACTGAGCCACTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACAACACAAATGGAAAAGGCAAAGCTTGGACTGAGCCACTGAT  944

seq1  TACTGTGTCTGCGCTGAAGACTCAAGGTCAGCACTCCTGGAACACACAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTCTGCGCTGAAGACTCAAGGTCAGCACTCCTGGAACACACAGA  994

seq1  GAGATGCAGTCTGGCCAGGCAGTCAGTGCGGGGAGCCCTAGGAAAGGGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCAGTCTGGCCAGGCAGTCAGTGCGGGGAGCCCTAGGAAAGGGTG  1044

seq1  AATTC  1055
      |||||
seq2  AATTC  1049

seq1: chr12_21260432_21261573
seq2: B6Ng01-078F24.g_66_1201

seq1  GAATTCTATTACGTTTGGCATGCCAAACCGGTAGAGAATCTGCCTGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTACGTTTGGCATGCCAAACCGGTAGAGAATCTGCCTGGGTT  50

seq1  CTTACTCTGGTAGAAGTGTGGACGGGGTAATGCAGGGTTGCCCCAGGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCTGGTAGAAGTGTGGACGGGGTAATGCAGGGTTGCCCCAGGCAG  100

seq1  TGGTGATGGGTGGACCTCCAGCTGTTCAGCTAGGGTGTCCTCTGCTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATGGGTGGACCTCCAGCTGTTCAGCTAGGGTGTCCTCTGCTGCCT  150

seq1  TCCCACTGTATCCTTTCTAAGCCTGCTCCCTTCCCAGTGCCCTCATGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGTATCCTTTCTAAGCCTGCTCCCTTCCCAGTGCCCTCATGATT  200

seq1  CTCTTTCTTCTTTCTCAGGGCTTAAAGCACTGAGATGACTTAGTATCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTTCTTTCTCAGGGCTTAAAGCACTGAGATGACTTAGTATCTCT  250

seq1  CTAGAATACCTTTGAAATGAAGGAGTAAAAGGTAGTAATTTGGGGAACGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATACCTTTGAAATGAAGGAGTAAAAGGTAGTAATTTGGGGAACGG  300

seq1  TGCTCAGCATAATTGTAAAAAACACAAATGTGTGTGTCCTCCTGATGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCATAATTGTAAAAAACACAAATGTGTGTGTCCTCCTGATGCCC  350

seq1  CAAGTATGAAAGCATCACAAAACTATCCTGTCTCTACATAGCAGATCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATGAAAGCATCACAAAACTATCCTGTCTCTACATAGCAGATCCAC  400

seq1  TGGACAGGTGATTTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGGTTGCTTTTACAAATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGTGATTTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGGTTGCTTTTACAAATAC  450

seq1  GGGAACACAAACAGTTTGTCTTACAGTGAAGACCAGCTAGCCATTGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACAAACAGTTTGTCTTACAGTGAAGACCAGCTAGCCATTGTGCT  500

seq1  TCATGAAGCGGCCAGCAAGTGGGCATCCTGGCTCGGCCAGGCCTGCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAGCGGCCAGCAAGTGGGCATCCTGGCTCGGCCAGGCCTGCCAAC  550

seq1  TGTAGGAAGGAAAGTCTTCCCTGGGGAGAACAGTGGCTTCCACGTGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAGGAAAGTCTTCCCTGGGGAGAACAGTGGCTTCCACGTGCTAT  600

seq1  CCCTGGGCTGTGGCTGCTATGCAGGAAGGCAGTATAAATTCTCTCTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGCTGTGGCTGCTATGCAGGAAGGCAGTATAAATTCTCTCTTGCA  650

seq1  GCAGCTGGGAAGGGGAGCGCAATATGGGATGGTACTGGGTACTAAGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGGGAAGGGGAGCGCAATATGGGATGGTACTGGGTACTAAGCAGC  700

seq1  TGGAGGAGCAACTGGACAGACCACATGTGTCACTGTCCTGCACTCGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGCAACTGGACAGACCACATGTGTCACTGTCCTGCACTCGGGGA  750

seq1  GGCCCAGAGAGTTAGGTGAACCACTGAAGAGCAAAGGTGTAGAGAGCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGAGAGTTAGGTGAACCACTGAAGAGCAAAGGTGTAGAGAGCAGG  800

seq1  CCCTGTACCCTCCACCTCCCCCACCCCACCCCTCACACCCACACCACCGC  850
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  CCCTGTACCCTCCACCT-CCCCACCCCA-CCCTCACACCCACACCACCGT  848

seq1  ATCCAGGGATCATTCATTCTTTATGGGCTTAATGAACACTCCCTGCCACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGGATCATTCATTCTTTATGGGCTTAATGAACACTCCCTGCCACC  898

seq1  TCCTACAGGCTGTCCTGGGCAGCATGGGGCATTATGGGCATCTCACTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGGCTGTCCTGGGCAGCATGGGGCA-TATGGGCATCTCACTGCT  947

seq1  TCTCCATCCTGGAGAGGTGTGTTGATTCTGAAAGGCCCAGCGTCTCAGGG  1000
      ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TCT-CATCTTGGAGA-GTGTGTTGATTCTGAAAGG-CCAGCGTCTCA-GG  993

seq1  ACTGAGTCTCTGCCTTCCCAGGGGAAGCTTG-CACTGG--CTCTATGACA  1047
      |||||||||||||  | | ||||| |||||| ||||||  ||||||||||
seq2  ACTGAGTCTCTGC--TTCTAGGGG-AGCTTGCCACTGGCTCTCTATGACA  1040

seq1  GAGACCTCATTCCCTCCGTTGAG--CATTAGGAAAGGACTGGCCAG-CTC  1094
      ||||| ||||| ||| || ||||   || ||||||||||||| ||| |||
seq2  GAGACTTCATTTCCTTCG-TGAGTCAATAAGGAAAGGACTGGTCAGCCTC  1089

seq1  CTCAGCTTGGTTT-CTTATAGTCCTGGAATCCGAGAGATTGCTTTTCCC  1142
      |||||| || ||| |||| |||| ||  |||  ||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTGATTTCCTTAAAGTCTTG--ATCGAAGAGATTGCTTTTCCC  1136