BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079G19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,681,770 - 108,813,554
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041251, LOC100040497
Upstream gene1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451, LOC673604, LOC100040484, LOC382635
Downstream geneLOC668151, Bcl11b, Setd3, Ccnk, EG668158, 1600002O04Rik, Cyp46a1, Eml1, Evl
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079G19.bB6Ng01-079G19.g
ACCDH894837DH894838
length1,1421,102
definitionDH894837|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G19, 5' end.DH894838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,681,770 - 108,682,941)(108,812,443 - 108,813,554)
sequence
gaattcttttgcttacttacaggagacatgggtgagttttaatcatctag
cctgatctcctttataggagatccatagatccactgttggaatcaagcac
caaaattaaattaatacagtacacacaagttcttggaatgcagagatggc
tcatcagttaagagcactttcttctcttataacagatctcagttctattc
ccagcactcacatggtggctcaaaaccatcttcccctccatttccatgtc
ctctggcttcttgtgggtatcaaacctaatcttgtgaaatgaaaacacac
cccaaggtcaagagaggatttcctttgggtcagtgttctggctctggttc
tgtaagatgtcattgtttcagggggataacaatgaaataaggccatgcaa
taaaccctgtgctagcctttgcaaattttgtgagtctccaattattttaa
gagaagaaaattattcaaacgttaagaaaagggcccagggagatggtatg
tgtatgtgagttcaaatccacggcagccatgttagaaaccaagcataata
gtgttgcatcgtgcttttaatctgggtggtggggatgttagagacaggag
gcttccttagacttgctggctatctaatatgactgttgggcaagctccag
tctcattgagagagcccatcccccccaaaaaaatgatgtgggacatgatt
gaggaagtcatccctcattgacctttggcctccatatcaaagtgtgcaat
acacacagagacacagatatgtatacgaatatacaaaatgacaaatacac
tgaatgtcaatgaggaaagatggggaagagaggaagactgtgggtatgca
acatggatttcagtctaaacctagaatgtactaaacagatgactgatcag
agcatgcacctggttgagtgtgaaccatcagctcagaggatgtatgatcg
tatgcttgacattctgatccttgatttgagagtatctggctctctgacct
catccactaaccccgagtaaatgacccacatagacactatgtttctgaag
actgatttagcctctgacgtcatgggaagatctaggaactttttagagca
tccacagaagtaagcatgtgctttactgcattatgagagatg
gaattctcctgcctctgcctcccctgtactggaattactggcatatgcta
catctggctgtttggtgtaggctctgggcatcaaagtcaggcctctgcac
ttgaaaggcaagcacttcactaagctgtcttctcaacctgactcaatatt
taaaacagctacattgcaatcactccacaatgccatcccagatgaagtct
ggagaacacaatgggcagttagcaggcacatctcaggctccaaggcacca
gccagaggtgtcagggctgctgagatgacagggacatggggacgaaacag
gccaatcttttttttttttttttggtttttcgagacagggccctggctgt
cctggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgcc
tgcctctgcctccccagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgccc
agctgaaacaggccactcttatttcagcataaatctataggggtttgaaa
gtgattggacctggataaagtgagtgactggtgaatgttgtctacatctt
gcttctaggatcaacgtggagcacagtctactgagaacttacaaatgctc
tgagggcaagcacaagggtctgtgaactctgaaaggcaattagtgggatg
tgcctctctgtctggtgaccgagaacacactgcatagagttagaggaaag
ctaacattccaaccaaggatggggctgatgcaagccctcaacactgagag
gaaacactcagaatagtagtgagcctggagtctggagaacagagtgtgtg
ggggccaggtgagccaaaggagaaccccagtcaaagcccaggcaagtgca
ttcagaagctgccataagtgcttgccacagttgctcctggagacaaacag
tacatgcaattagtgagcaggtttctttaagccaaaggacgctttgattc
ctgctctgtcactcagcaagagaaaggctctgcacagcatctgcttatca
acatctctgatctgagaatgaagctacgcagtgtcttgctcacttgctca
tgggtgactgagggcggcatgaaacctgactctactatttagaggtgaca
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108681770_108682941
seq2: B6Ng01-079G19.b_48_1189

seq1  GAATTCTTTTGCTTACTTACAGGAGACATGGGTGAGTTTTAATCATCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGCTTACTTACAGGAGACATGGGTGAGTTTTAATCATCTAG  50

seq1  CCTGATCTCCTTTATAGGAGATCCATAGATCCACTGTTGGAATCAAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCTCCTTTATAGGAGATCCATAGATCCACTGTTGGAATCAAGCAC  100

seq1  CAAAATTAAATTAATACAGTACACACAAGTTCTTGGAATGCAGAGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTAAATTAATACAGTACACACAAGTTCTTGGAATGCAGAGATGGC  150

seq1  TCATCAGTTAAGAGCACTTTCTTCTCTTATAACAGATCTCAGTTCTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGTTAAGAGCACTTTCTTCTCTTATAACAGATCTCAGTTCTATTC  200

seq1  CCAGCACTCACATGGTGGCTCAAAACCATCTTCCCCTCCATTTCCATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTCACATGGTGGCTCAAAACCATCTTCCCCTCCATTTCCATGTC  250

seq1  CTCTGGCTTCTTGTGGGTATCAAACCTAATCTTGTGAAATGAAAACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTTCTTGTGGGTATCAAACCTAATCTTGTGAAATGAAAACACAC  300

seq1  CCCAAGGTCAAGAGAGGATTTCCTTTGGGTCAGTGTTCTGGCTCTGGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGTCAAGAGAGGATTTCCTTTGGGTCAGTGTTCTGGCTCTGGTTC  350

seq1  TGTAAGATGTCATTGTTTCAGGGGGATAACAATGAAATAAGGCCATGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGATGTCATTGTTTCAGGGGGATAACAATGAAATAAGGCCATGCAA  400

seq1  TAAACCCTGTGCTAGCCTTTGCAAATTTTGTGAGTCTCCAATTATTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCTGTGCTAGCCTTTGCAAATTTTGTGAGTCTCCAATTATTTTAA  450

seq1  GAGAAGAAAATTATTCAAACGTTAAGAAAAGGGCCCAGGGAGATGGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAAATTATTCAAACGTTAAGAAAAGGGCCCAGGGAGATGGTATG  500

seq1  TGTATGTGAGTTCAAATCCACGGCAGCCATGTTAGAAACCAAGCATAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGAGTTCAAATCCACGGCAGCCATGTTAGAAACCAAGCATAATA  550

seq1  GTGTTGCATCGTGCTTTTAATCTGGGTGGTGGGGATGTTAGAGACAGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCATCGTGCTTTTAATCTGGGTGGTGGGGATGTTAGAGACAGGAG  600

seq1  GCTTCCTTAGACTTGCTGGCTATCTAATATGACTGTTGGGCAAGCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTAGACTTGCTGGCTATCTAATATGACTGTTGGGCAAGCTCCAG  650

seq1  TCTCATTGAGAGAGCCCATCCCCCCCAAAAAAATGATGTGGGACATGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTGAGAGAGCCCATCCCCCCCAAAAAAATGATGTGGGACATGATT  700

seq1  GAGGAAGTCATCCCTCATTGACCTTTGGCCTCCATATCAAAGTGTGCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTCATCCCTCATTGACCTTTGGCCTCCATATCAAAGTGTGCAAT  750

seq1  ACACACAGAGACACAGATATGTATACGAATATACAAAATGACAAATACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAGACACAGATATGTATACGAATATACAAAATGACAAATACAC  800

seq1  TGAATGTCAATGAGGAAAGATGGGGAAGAGAGGAAGACTGTGGGTATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCAATGAGGAAAGATGGGGAAGAGAGGAAGACTGTGGGTATGCA  850

seq1  ACATGGATTTTCAGTCTAAACCTAGAATGTACTAAACAGATGACTGATCA  900
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGA-TTTCAGTCTAAACCTAGAATGTACTAAACAGATGACTGATCA  899

seq1  GAGCATGCACCTGGTTGAGTGTGAACCATCAGGCTCCAAGAGGATGTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||
seq2  GAGCATGCACCTGGTTGAGTGTGAACCATCA-GCTC--AGAGGATGTATG  946

seq1  ATCGTATGCTTGACAATTCTGATCCTTGATTTGAGAGTATCTGGCCTCTC  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCGTATGCTTGAC-ATTCTGATCCTTGATTTGAGAGTATCTGG-CTCTC  994

seq1  TGACCTCCATCCACTAACCCCCGAGTAAATGACCCACATAGGACACCTAT  1050
      |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TGACCT-CATCCACTAA-CCCCGAGTAAATGACCCACATA-GACA-CTAT  1040

seq1  GTTTCTGAAGGACCTGATTTAGCCTCTGACGGTTCCATGGGACAGGAATT  1100
      ||||||||||   ||||||||||||||||||    |||||||    |  |
seq2  GTTTCTGAAG--ACTGATTTAGCCTCTGACG---TCATGGGA----AGAT  1081

seq1  CTAAGGAACTTTTTAAGAGCATCCAACAGGAAGGGTAAAGCATGTGGCTT  1150
      || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||    |||||||| ||||
seq2  CT-AGGAACTTTTT-AGAGCATCC-ACA-GAAG---TAAGCATGT-GCTT  1123

seq1  TACTGCAATTTATGAGATGATG  1172
      |||||||  |||||||| ||||
seq2  TACTGCA--TTATGAGA-GATG  1142

seq1: chr12_108812443_108813554
seq2: B6Ng01-079G19.g_68_1169 (reverse)

seq1  TCTGTCACCTCTAAATAGTAGAGCTCAGGTCTCTGGCCCGCCCCTCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||   ||||||| |
seq2  TCTGTCACCTCTAAATAGTAGAG-TCAGGTTTCATGCC--GCCCTCAG-T  46

seq1  CACCCATGAGCAGGTGAGCAGGACACTGCCGTTAGCTTCATTCCTCAGAT  100
      |||||||||||| ||||||| ||||||||   |||||||||| |||||||
seq2  CACCCATGAGCAAGTGAGCAAGACACTGC--GTAGCTTCATT-CTCAGAT  93

seq1  CAGAGATGTTGATAAGCCAGGATGCCTGTGCAGAGCCTTTCTCTTGCTGA  150
      |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGTTGATAAGC--AGATG-CTGTGCAGAGCCTTTCTCTTGCTGA  140

seq1  GTGACAGAGCAGGGATCCAAAGCGTCCTTTGGCTTTAAGGAACCCTGCTC  200
      ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||| |||||||
seq2  GTGACAGAGCAGGAAT-CAAAGCGTCCTTTGGC-TTAAAGAAACCTGCTC  188

seq1  ACT-ATTGCATGTACTGTTTGTCTCCAGGAGCAACTGTGGCAAGCACCTA  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTAATTGCATGTACTGTTTGTCTCCAGGAGCAACTGTGGCAAGCACTTA  238

seq1  TGGCAGCTTCTGAATGCACTTGCCTGGGCTTTGACTGGGGTTCTCC-TTG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGCAGCTTCTGAATGCACTTGCCTGGGCTTTGACTGGGGTTCTCCTTTG  288

seq1  GCTCACCTGGCCCCCACACACTCTGTTCTCCAGACTCCAGGCTCACTACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCTGGCCCCCACACACTCTGTTCTCCAGACTCCAGGCTCACTACT  338

seq1  ATTCTGAGTGTTTCCTCTCAGTGTTGAGGGCTTGCATCAGCCCCATCCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGTGTTTCCTCTCAGTGTTGAGGGCTTGCATCAGCCCCATCCTT  388

seq1  GGTTGGAATGTTAGCTTTCCTCTAACTCTATGCAGTGTGTTCTCGGTCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAATGTTAGCTTTCCTCTAACTCTATGCAGTGTGTTCTCGGTCAC  438

seq1  CAGACAGAGAGGCACATCCCACTAATTGCCTTTCAGAGTTCACAGACCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGAGAGGCACATCCCACTAATTGCCTTTCAGAGTTCACAGACCCT  488

seq1  TGTGCTTGCCCTCAGAGCATTTGTAAGTTCTCAGTAGACTGTGCTCCACG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGCCCTCAGAGCATTTGTAAGTTCTCAGTAGACTGTGCTCCACG  538

seq1  TTGATCCTAGAAGCAAGATGTAGACAACATTCACCAGTCACTCACTTTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCTAGAAGCAAGATGTAGACAACATTCACCAGTCACTCACTTTAT  588

seq1  CCAGGTCCAATCACTTTCAAACCCCTATAGATTTATGCTGAAATAAGAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCAATCACTTTCAAACCCCTATAGATTTATGCTGAAATAAGAGT  638

seq1  GGCCTGTTTCAGCTGGGCAGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTTTCAGCTGGGCAGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTG  688

seq1  GGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACA  738

seq1  GAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAA  788

seq1  AAAAAAAGATTGGCCTGTTTCGTCCCCATGTCCCTGTCATCTCAGCAGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGATTGGCCTGTTTCGTCCCCATGTCCCTGTCATCTCAGCAGCC  838

seq1  CTGACACCTCTGGCTGGTGCCTTGGAGCCTGAGATGTGCCTGCTAACTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACCTCTGGCTGGTGCCTTGGAGCCTGAGATGTGCCTGCTAACTGC  888

seq1  CCATTGTGTTCTCCAGACTTCATCTGGGATGGCATTGTGGAGTGATTGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTGTTCTCCAGACTTCATCTGGGATGGCATTGTGGAGTGATTGCA  938

seq1  ATGTAGCTGTTTTAAATATTGAGTCAGGTTGAGAAGACAGCTTAGTGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTGTTTTAAATATTGAGTCAGGTTGAGAAGACAGCTTAGTGAAG  988

seq1  TGCTTGCCTTTCAAGTGCAGAGGCCTGACTTTGATGCCCAGAGCCTACAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTTTCAAGTGCAGAGGCCTGACTTTGATGCCCAGAGCCTACAC  1038

seq1  CAAACAGCCAGATGTAGCATATGCCAGTAATTCCAGTACAGGGGAGGCAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCCAGATGTAGCATATGCCAGTAATTCCAGTACAGGGGAGGCAG  1088

seq1  AGGCAGGAGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  AGGCAGGAGAATTC  1102