BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079L01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 24,659,257 - 24,800,138
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546534, 9030624G23Rik
Upstream geneLOC100043435, EG628081, LOC100042903, LOC100043440, EG668518, LOC100043445, LOC668697, LOC100042923, LOC677338, EG668701, LOC668471, LOC668703
Downstream geneEG668710, LOC100042945, EG668711, EG668714, LOC629364, Taf1b, Grhl1, EG629383, Klf11, Cys1, Rrm2, LOC668719, Mboat2, EG629397, C330002I19Rik, Id2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079L01.bB6Ng01-079L01.g
ACCDH895027DH895028
length1,1731,157
definitionDH895027|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L01, 5' end.DH895028|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,659,257 - 24,660,441)(24,798,948 - 24,800,138)
sequence
gaattcactctatagaacagactggcctctaactcagaaatgcacctgcc
tctgcctcccaattgtttggattaaaggaatgtgccaccactgcctggcc
agatagttgtaagccaccatgtgagtgctaggaactaaaccccattcctc
tggaggagcaacaagtgcttttaactgccaagtcatcatttctccaccct
accactatctttaaaacacactcacacgcatgcacacacatgtacaagtg
cacacatacacatgcacacacacatgcacaagtgcacacatatacatgca
cacatacacacacattttaaagtttttgtcattattgtatgtggttgttt
gcttttatgtatgtctgtgcaccacatgcatacagtgctctcagagacca
gagagggcatcacatcccctggaactggaatgacagatgattgtaaactt
ctgtgctgggcgttgaacctgctctcaacctctgaatcatccccccttta
aaaggtgttcttccactgagctatgccctagatgttctcatgtctacacc
acgagtctttgctctagtgttcatgatccctttatccatgttttgtgttt
gtttctgcaaagaaagaaaataccttaggaagctcatccttgggcccaga
cacttgtgtttgttcttattttttgagacagggtcaactttgtagcctgg
atagcctggaattttcctgtagaccaggctggcctcaaattcacagagat
ttgcctgcctatacattcctgagttctgggattaaaagtaagtgccacca
tgcccagtttaggcctcaacatttgaaaatgtgtgttttctggatcacct
tatggctgactttagaaaacgaatgacaagcacatctatcctcagcttat
ttaacagaacagcacacaaagactgtttatttgtcattttataaagtctg
tagactctctgtgctgaaataacgtagtcagtcctagataaggagctaaa
ctagggtctgtggcagctagtcaggtgagctctgctacccagtcagaagc
tgggtttgggacttggtgttgtgtggtagaaatacttacatggtggtatg
tcactgtgccattctcttcaagtcatagcttggcagctgaaattgcttcg
taggatttaccagaaaaatgggc
gaattcatcagttagactgaagtggaagttagccctagtggatgaaaggt
tggttggtttctgttaagcacagaagaccatgtggtaatctgggttcaag
gcattcgttttggattttgttttctcgagacagagtctcactatgtagcc
ctggctgacctggaactcactatggagatcaggctggcctcaaactcaca
gagatctacctgccactgcctctcaagtgctgggattcaagaaatgtacc
actatgcctggatttcaaaatgttctttcatttccaatcagggagatact
ttgaaaatgcaaaccttcttgaagtggtttggtgactttccatgagcaga
caacaggagtttgatcctgtgacctaaatcatgggaagatagaacaacca
attcctgcaagttgccctctgacctcatgctagggcaaatgcacactccc
ttatatgtatgctccttcccccccttcccaaacactaattgtgtaatgat
aaataaagcaggaactggggctggagagatggctcagtggttaaagcact
gactgctcttccaggggtcctgagttcaatttccagcaaccacatggtgg
cttgaaaccatctgtaatggggtccgatgccctcttctagtgtgtctgaa
gacagctacagtgtactcatatacatacaatagacacacctttaaaaaga
aataaagcaggaactgaatgaagaaataactgagtcaatagactatggtt
caatctctgggttcaagcaaggttggaggagaagtgaggcagcacagtca
ggcattctgggccatgaaggatctcttagagcatattgaagaatttaggg
tttattcgtagactgtagggagaccctggaagatattgagccacttaaaa
ctacatttgctttttagaagatcactatgggaaagagtctggcacccagt
aaagaggtgattggaaagttgattaacccagagatgggagatttattata
aataacacttgcagatgaggagaacctaaatgatatgcacagtgggaaat
gaggctcagaccacagtgcccgtgataataaggaaatcatcattgcacgt
gatcgtgccactgattgtcatagtgaaaggaagagcggaagtgctgagct
ctgctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_24659257_24660441
seq2: B6Ng01-079L01.b_50_1222

seq1  GAATTCACTCTATAGAACAGACTGGCCTCTAACTCAGAAATGCACCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTATAGAACAGACTGGCCTCTAACTCAGAAATGCACCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAATTGTTTGGATTAAAGGAATGTGCCACCACTGCCTGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAATTGTTTGGATTAAAGGAATGTGCCACCACTGCCTGGCC  100

seq1  AGATAGTTGTAAGCCACCATGTGAGTGCTAGGAACTAAACCCCATTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGTTGTAAGCCACCATGTGAGTGCTAGGAACTAAACCCCATTCCTC  150

seq1  TGGAGGAGCAACAAGTGCTTTTAACTGCCAAGTCATCATTTCTCCACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGCAACAAGTGCTTTTAACTGCCAAGTCATCATTTCTCCACCCT  200

seq1  ACCACTATCTTTAAAACACACTCACACGCATGCACACACATGTACAAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTATCTTTAAAACACACTCACACGCATGCACACACATGTACAAGTG  250

seq1  CACACATACACATGCACACACACATGCACAAGTGCACACATATACATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACACATGCACACACACATGCACAAGTGCACACATATACATGCA  300

seq1  CACATACACACACATTTTAAAGTTTTTGTCATTATTGTATGTGGTTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACACACATTTTAAAGTTTTTGTCATTATTGTATGTGGTTGTTT  350

seq1  GCTTTTATGTATGTCTGTGCACCACATGCATACAGTGCTCTCAGAGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATGTATGTCTGTGCACCACATGCATACAGTGCTCTCAGAGACCA  400

seq1  GAGAGGGCATCACATCCCCTGGAACTGGAATGACAGATGATTGTAAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGCATCACATCCCCTGGAACTGGAATGACAGATGATTGTAAACTT  450

seq1  CTGTGCTGGGCGTTGAACCTGCTCTCAACCTCTGAATCATCCCCCCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGGGCGTTGAACCTGCTCTCAACCTCTGAATCATCCCCCCTTTA  500

seq1  AAAGGTGTTCTTCCACTGAGCTATGCCCTAGATGTTCTCATGTCTACACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTTCTTCCACTGAGCTATGCCCTAGATGTTCTCATGTCTACACC  550

seq1  ACGAGTCTTTGCTCTAGTGTTCATGATCCCTTTATCCATGTTTTGTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTCTTTGCTCTAGTGTTCATGATCCCTTTATCCATGTTTTGTGTTT  600

seq1  GTTTCTGCAAAGAAAGAAAATACCTTAGGAAGCTCATCCTTGGGCCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGCAAAGAAAGAAAATACCTTAGGAAGCTCATCCTTGGGCCCAGA  650

seq1  CACTTGTGTTTGTTCTTATTTTTTGAGACAGGGTCAACTTTGTAGCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTGTTTGTTCTTATTTTTTGAGACAGGGTCAACTTTGTAGCCTGG  700

seq1  ATAGCCTGGAATTTTCCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAATTCACAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGGAATTTTCCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAATTCACAGAGAT  750

seq1  TTGCCTGCCTATACATTCCTGAGTTCTGGGATTAAAAGTAAGTGCCACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCCTATACATTCCTGAGTTCTGGGATTAAAAGTAAGTGCCACCA  800

seq1  TGCCCAGTTTAGGCCTCAACATTTGAAAATGTGTGTTTTCTGGATCACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGTTTAGGCCTCAACATTTGAAAATGTGTGTTTTCTGGATCACCT  850

seq1  TATGGCTGACTTTAGAAAACGAATGACAAGCACATCTATCCTCAGCTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGACTTTAGAAAACGAATGACAAGCACATCTATCCTCAGCTTAT  900

seq1  TTAACAGAACAGCACACAAAGACTGTTTATTTTGTCATTTTAATAAAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTAACAGAACAGCACACAAAGACTGTTTA-TTTGTCATTTT-ATAAAGTC  948

seq1  TGTAGACTCTCTGTGCTGAAATAACGTAGTCAGTCCTAGATAAAGGAGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGTAGACTCTCTGTGCTGAAATAACGTAGTCAGTCCTAGAT-AAGGAGC-  996

seq1  TTAAACTAGGGTCTGTGGCAGCTAGTCAGGTGAGCTCTGCTACCCAGTCA  1050
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAAACTAGGGTCTGTGGCAGCTAGTCAGGTGAGCTCTGCTACCCAGTCA  1045

seq1  GGAAAGCTGGGTTTGGGAACTTGTG-TGTGTGGTAGAAATAC-TACATGG  1098
      |  |||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  G--AAGCTGGGTTTGGGACTTGGTGTTGTGTGGTAGAAATACTTACATGG  1093

seq1  TGGTATGTCACTGTGC--ATCTCTTCCCAGTTCCATAGTCTGGCAGCTTG  1146
      ||||||||||||||||   |||||| | |||  |||||  ||||||| ||
seq2  TGGTATGTCACTGTGCCATTCTCTT-CAAGT--CATAGCTTGGCAGC-TG  1139

seq1  AAATTGCTTCGTAGGTGTATTTACACCAGAAAAATGGGC  1185
      |||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||
seq2  AAATTGCTTCGTAGG---ATTT--ACCAGAAAAATGGGC  1173

seq1: chr12_24798948_24800138
seq2: B6Ng01-079L01.g_67_1223 (reverse)

seq1  TAAGCAGAAGCTTCAGCACCACTTTCCGGGCTCTTCCTCTTCAACTAATG  50
      ||||||| ||| |||||||    ||||  ||||||||| ||| ||| |||
seq2  TAAGCAG-AGC-TCAGCAC----TTCC--GCTCTTCCT-TTC-ACT-ATG  39

seq1  ACAATCAGTTGGCAACGAATCCACGTGCCATTGGATTGGATATTTCACTT  100
      |||||||| |||| ||||   ||||||| ||  |||     ||||  | |
seq2  ACAATCAG-TGGC-ACGA--TCACGTGCAAT--GAT----GATTT--CCT  77

seq1  TATTATCCACGGGCACTGTGGTCCTGAGCCCTCATTTCCCACTGTGCCCT  150
      |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | 
seq2  TATTAT-CACGGGCACTGTGGT-CTGAG-CCTCATTTCCCACTGTG--CA  122

seq1  TATCCATTTAGGTGTCTCCTCATCTGCAAGTGTTATTTTATAATAAATCT  200
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TAT-CATTTAGGT-TCTCCTCATCTGCAAGTGTTA-TTTATAATAAATC-  168

seq1  TCCCATCTCTGGGTTAATCAACTTTCCAATCACCCTCTTTACTGGGTGCC  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTCTGGGTTAATCAACTTTCCAATCA-CCTCTTTACTGGGTGCC  217

seq1  AGACTCTTTCCCATAGTGATCCTTCTAAAAAGCAAATGTAGTTTTAAGTG  300
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTTCCCATAGTGAT-CTTCTAAAAAGCAAATGTAGTTTTAAGTG  266

seq1  GCTCAATATCTTCCAGGGTCTCCCTACAGTCTACGAATAAACCCTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATATCTTCCAGGGTCTCCCTACAGTCTACGAATAAACCCTAAATT  316

seq1  CTTCAATATGCTCTAAGAGATCCTTCATGGCCCAGAATGCCTGACTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATATGCTCTAAGAGATCCTTCATGGCCCAGAATGCCTGACTGTGC  366

seq1  TGCCTCACTTCTCCTCCAACCTTGCTTGAACCCAGAGATTGAACCATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCACTTCTCCTCCAACCTTGCTTGAACCCAGAGATTGAACCATAGT  416

seq1  CTATTGACTCAGTTATTTCTTCATTCAGTTCCTGCTTTATTTCTTTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGACTCAGTTATTTCTTCATTCAGTTCCTGCTTTATTTCTTTTTAA  466

seq1  AGGTGTGTCTATTGTATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGTCTATTGTATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACAC  516

seq1  ACTAGAAGAGGGCATCGGACCCCATTACAGATGGTTTCAAGCCACCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAGAGGGCATCGGACCCCATTACAGATGGTTTCAAGCCACCATGT  566

seq1  GGTTGCTGGAAATTGAACTCAGGACCCCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGAAATTGAACTCAGGACCCCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTTTA  616

seq1  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTTCCTGCTTTATTTATCATTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTTCCTGCTTTATTTATCATTACA  666

seq1  CAATTAGTGTTTGGGAAGGGGGGGAAGGAGCATACATATAAGGGAGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGTGTTTGGGAAGGGGGGGAAGGAGCATACATATAAGGGAGTGTG  716

seq1  CATTTGCCCTAGCATGAGGTCAGAGGGCAACTTGCAGGAATTGGTTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCCCTAGCATGAGGTCAGAGGGCAACTTGCAGGAATTGGTTGTTC  766

seq1  TATCTTCCCATGATTTAGGTCACAGGATCAAACTCCTGTTGTCTGCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCCCATGATTTAGGTCACAGGATCAAACTCCTGTTGTCTGCTCAT  816

seq1  GGAAAGTCACCAAACCACTTCAAGAAGGTTTGCATTTTCAAAGTATCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTCACCAAACCACTTCAAGAAGGTTTGCATTTTCAAAGTATCTCC  866

seq1  CTGATTGGAAATGAAAGAACATTTTGAAATCCAGGCATAGTGGTACATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGAAATGAAAGAACATTTTGAAATCCAGGCATAGTGGTACATTT  916

seq1  CTTGAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGTGGCAGGTAGATCTCTGTGAGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGTGGCAGGTAGATCTCTGTGAGTTT  966

seq1  GAGGCCAGCCTGATCTCCATAGTGAGTTCCAGGTCAGCCAGGGCTACATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGCCTGATCTCCATAGTGAGTTCCAGGTCAGCCAGGGCTACATA  1016

seq1  GTGAGACTCTGTCTCGAGAAAACAAAATCCAAAACGAATGCCTTGAACCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTCTGTCTCGAGAAAACAAAATCCAAAACGAATGCCTTGAACCC  1066

seq1  AGATTACCACATGGTCTTCTGTGCTTAACAGAAACCAACCAACCTTTCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACCACATGGTCTTCTGTGCTTAACAGAAACCAACCAACCTTTCAT  1116

seq1  CCACTAGGGCTAACTTCCACTTCAGTCTAACTGATGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGGGCTAACTTCCACTTCAGTCTAACTGATGAATTC  1157