BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080H08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 104,644,250 - 104,773,421
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOtub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik
Upstream geneLgmn, Golga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2
Downstream geneSerpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080H08.bB6Ng01-080H08.g
ACCDH895591DH895592
length1,099779
definitionDH895591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080H08, 5' end.DH895592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,772,322 - 104,773,421)(104,644,250 - 104,645,027)
sequence
gaattctttatataatcattcaatgaataccatttggactggaaatatga
tctataatctataatcaagaacagaataagaagatagacagcagctgaag
ctagtaaggcagacctaaacaaaggagacggactttataggaggtagcac
cagtcttcaaaccctgattctaaacagcgatcacaaagactaatttccca
aaagaaaagaaaattatatacatacacacacacacacaggtgaaaataat
tcttaaatatatacaaacgcctagaagattttctatttctgaagactttt
catcaatatatttaccctttaaaattattcaaatcatttgtattactgtg
tttatacatatctgcataatataagttgattctagcaatgtactgtaatc
cccaccccacccccgcgcccagcacccaaatggagacctttgtgactgaa
gtaatgtagaatcatcagaagcatatatagcgacaacataaccacttgtc
tcaagctattctgtagagcccacgagatggtctgaaacttagagagtaga
gtcaacttaatttaaaaaaaaaaagaaaaaaagaaacttgcaagcaatat
aaagctcacattacaaaagtaataataaactatattctgagcaaaaattc
atgtttttgaatttttctatatagtattgcatacaatatccattctctac
aataaacttaaaattttaatcactgggtacctttaaatctttatctatgc
ttactgactcgtgcatgagcatacttggaaagtaatttcaaaaggatgtg
attcaattcaaaccattagctgctctgcagttcctcctccaggcagtgtt
ctttaaattagatatgtttatttgattccagttcttcagatccatagccc
aacctaacatatttcataacataattgtgatgcatgcaaaaagtaccctg
ttcaaggggaacagtccgttgaacaccctcagcaactgagacatgacatt
tcagaaaacagctcatgtttgcctaccagcaagggcagcaatttgcagaa
agagttgagacttactctgagcagataaacagccctgtcataatcactg
gaattccccctctcccagaacagccagtggggacagtaacagcccggtac
acctgctatctgtcttctgagaacagatgcaagtgctggggccagctgcc
caagttcaactgtgtgatcttggtcaaatcccttcaccttggaagcaaag
cagcatgccaccttggaagtgaacgggggtctaagagccaagtaaacagc
cagcctgggaaagtggggcttggggttctgtgagtacccaaggccaagcc
ctacagcttccctcaagtgaaaacatttccctaacattaaacgtttctat
aaacaactgtcagtctggcttcttaatgttgagtaactggttatataagg
aagaccaccaccagcttcccacagggcactcatgaggggactacactaga
agggctgcccccagtcccctcatttaaaaagcagatgcagtaagctctgc
acacttgaccagggcctcgccatactaggtgggcacaggtaggatctcaa
cactgactgagtgcctggcaccccaccttctacttatcaactcagctgac
agctcacagcatcacagcatcattgcaaagtagaggccacctgggcgctc
tcagccaggtcatgagaaagtggggtcatgggaagggctcagattattgg
aactcactcagaagaaaggtaccctgagttacccatgtcatatggttgtt
gggttgcactgggtaaaccttaaccagtaagtgtccacttccttgaccaa
aaaaaaaaaaaaaaaaagatacactatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_104772322_104773421
seq2: B6Ng01-080H08.b_37_1136 (reverse)

seq1  CAGTGATATTGACAGGGCTGTTTATCTGCTCAG-GTAGGTCTC-ACTCTT  48
      |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
seq2  CAGTGATTATGACAGGGCTGTTTATCTGCTCAGAGTAAGTCTCAACTCTT  50

seq1  TCTTGCAAATTGCTGCCCTTTGCCTGTTGGGCAAACATGAGCTG-TTTCT  97
      || |||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||||| |||||
seq2  TC-TGCAAATTGCTGCCCTT--GCTGGTAGGCAAACATGAGCTGTTTTCT  97

seq1  GAAATGTCATGTCTCAGTTGCTGAGGGTGTTCAGACGGACTGTTCCCCTT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCATGTCTCAGTTGCTGAGGGTGTTCA-ACGGACTGTTCCCCTT  146

seq1  GAACAGGGTACTTTTTTGCATGCATCACAATTATGTTATGAATTATGTTA  197
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAACAGGGTAC-TTTTTGCATGCATCACAATTATGTTATGAAATATGTTA  195

seq1  GGTTTGGGCTTATGGATCTG-AGAACTGGAATCAAAT-AACATATCTAAT  245
      || |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GG-TTGGGC-TATGGATCTGAAGAACTGGAATCAAATAAACATATCTAAT  243

seq1  TTAAAGAACACTGCCTGGAGGAGGAACTGCAGAGCAGCTAATGGTTTGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAACACTGCCTGGAGGAGGAACTGCAGAGCAGCTAATGGTTTGAA  293

seq1  TTGAATCACATCCTTTTGAAATTACTTTCCAAGTATGCTCATGCACGAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCACATCCTTTTGAAATTACTTTCCAAGTATGCTCATGCACGAGT  343

seq1  CAGTAAGCATAGAT-AAGATTTAAAGGTACCCAGTGATTAAAATTTTAAG  394
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGCATAGATAAAGATTTAAAGGTACCCAGTGATTAAAATTTTAAG  393

seq1  TTTATTGTAGAGAATGGATATTGTATGCAATACTATATAGAAAAATTCAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTAGAGAATGGATATTGTATGCAATACTATATAGAAAAATTCAA  443

seq1  AAACATGAATTTTTGCTCAGAATATAGTTTATTATTACTTTTGTAATGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGAATTTTTGCTCAGAATATAGTTTATTATTACTTTTGTAATGTG  493

seq1  AGCTTTATATTGCTTGCAAGTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTAAATTAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTATATTGCTTGCAAGTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTAAATTAA  543

seq1  GTTGACTCTACTCTCTAAGTTTCAGACCATCTCGTGGGCTCTACAGAATA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTCTACTCTCTAAGTTTCAGACCATCTCGTGGGCTCTACAGAATA  593

seq1  GCTTGAGACAAGTGGTTATGTTGTCGCTATATATGCTTCTGATGATTCTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGACAAGTGGTTATGTTGTCGCTATATATGCTTCTGATGATTCTA  643

seq1  CATTACTTCAGTCACAAAGGTCTCCATTTGGGTGCTGGGCGCGGGGGTGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTTCAGTCACAAAGGTCTCCATTTGGGTGCTGGGCGCGGGGGTGG  693

seq1  GGTGGGGATTACAGTACATTGCTAGAATCAACTTATATTATGCAGATATG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGATTACAGTACATTGCTAGAATCAACTTATATTATGCAGATATG  743

seq1  TATAAACACAGTAATACAAATGATTTGAATAATTTTAAAGGGTAAATATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACACAGTAATACAAATGATTTGAATAATTTTAAAGGGTAAATATA  793

seq1  TTGATGAAAAGTCTTCAGAAATAGAAAATCTTCTAGGCGTTTGTATATAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAAAAGTCTTCAGAAATAGAAAATCTTCTAGGCGTTTGTATATAT  843

seq1  TTAAGAATTATTTTCACCTGTGTGTGTGTGTGTATGTATATAATTTTCTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATTATTTTCACCTGTGTGTGTGTGTGTATGTATATAATTTTCTT  893

seq1  TTCTTTTGGGAAATTAGTCTTTGTGATCGCTGTTTAGAATCAGGGTTTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGGAAATTAGTCTTTGTGATCGCTGTTTAGAATCAGGGTTTGA  943

seq1  AGACTGGTGCTACCTCCTATAAAGTCCGTCTCCTTTGTTTAGGTCTGCCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGTGCTACCTCCTATAAAGTCCGTCTCCTTTGTTTAGGTCTGCCT  993

seq1  TACTAGCTTCAGCTGCTGTCTATCTTCTTATTCTGTTCTTGATTATAGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGCTTCAGCTGCTGTCTATCTTCTTATTCTGTTCTTGATTATAGAT  1043

seq1  TATAGATCATATTTCCAGTCC-CATGGTATTCATTGAATGATTATATAAA  1093
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATCATATTTCCAGTCCAAATGGTATTCATTGAATGATTATATAAA  1093

seq1  GAATTCC  1100
      |||||||
seq2  GAATTCC  1100

seq1: chr12_104644250_104645027
seq2: B6Ng01-080H08.g_69_846

seq1  GAATTCCTCATCTCCCAGAACAGCCAGTGGGGACAGTAACAGCCCGGTAC  50
      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTCTCCCAGAACAGCCAGTGGGGACAGTAACAGCCCGGTAC  50

seq1  ACCTGCTATCTGTCTTCTGAGAACAGATGCAAGTGCTGGGGCCAGCTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTATCTGTCTTCTGAGAACAGATGCAAGTGCTGGGGCCAGCTGCC  100

seq1  CAAGTTCAACTGTGTGATCTTGGTCAAATCCCTTCACCTTGGAAGCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCAACTGTGTGATCTTGGTCAAATCCCTTCACCTTGGAAGCAAAG  150

seq1  CAGCATGCCACCTTGGAAGTGAACGGGGGTCTAAGAGCCAAGTAAACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGCCACCTTGGAAGTGAACGGGGGTCTAAGAGCCAAGTAAACAGC  200

seq1  CAGCCTGGGAAAGTGGGGCTTGGGGTTCTGTGAGTACCCAAGGCCAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGGAAAGTGGGGCTTGGGGTTCTGTGAGTACCCAAGGCCAAGCC  250

seq1  CTACAGCTTCCCTCAAGTGAAAACATTTCCCTAACATTAAACGTTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCTTCCCTCAAGTGAAAACATTTCCCTAACATTAAACGTTTCTAT  300

seq1  AAACAACTGTCAGTCTGGCTTCTTAATGTTGAGTAACTGGTTATATAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTGTCAGTCTGGCTTCTTAATGTTGAGTAACTGGTTATATAAGG  350

seq1  AAGACCACCACCAGCTTCCCACAGGGCACTCATGAGGGGACTACACTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCACCACCAGCTTCCCACAGGGCACTCATGAGGGGACTACACTAGA  400

seq1  AGGGCTGCCCCCAGTCCCCTCATTTAAAAAGCAGATGCAGTAAGCTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCCCCCAGTCCCCTCATTTAAAAAGCAGATGCAGTAAGCTCTGC  450

seq1  ACACTTGACCAGGGCCTCGCCATACTAGGTGGGCACAGGTAGGATCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGACCAGGGCCTCGCCATACTAGGTGGGCACAGGTAGGATCTCAA  500

seq1  CACTGACTGAGTGCCTGGCACCCCACCTTCTACTTATCAACTCAGCTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTGAGTGCCTGGCACCCCACCTTCTACTTATCAACTCAGCTGAC  550

seq1  AGCTCACAGCATCACAGCATCATTGCAAAGTAGAGGCCACCTGGGCGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGCATCACAGCATCATTGCAAAGTAGAGGCCACCTGGGCGCTC  600

seq1  TCAGCCAGGTCAGGAGAAAGTGGGGTCATGGGAAGGGCTCAGATTATTGG  650
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGGTCATGAGAAAGTGGGGTCATGGGAAGGGCTCAGATTATTGG  650

seq1  AACTCACTCAGAAGAAAGGTACCCTGAGTTACCCATGTCATATGGTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTCAGAAGAAAGGTACCCTGAGTTACCCATGTCATATGGTTGTT  700

seq1  GGGTTGCACTGGGTAAACCTTAACCAGTAAGTGTCCACTTCCTTGACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCACTGGGTAAACCTTAACCAGTAAGTGTCCACTTCCTTGACCAA  750

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAGATACACTATG  778
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAGATACACTATG  778