BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083B24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 58,096,565 - 58,262,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a21
Upstream geneLOC382600, LOC382601, Mbip, EG621837, E030019B13Rik, Titf1, LOC100039993, Nkx2-9, Pax9
Downstream geneAU021838, LOC100040044, Foxa1, 4921506M07Rik, EG217600, BC042761
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083B24.bB6Ng01-083B24.g
ACCDH897476DH897477
length1,1371,184
definitionDH897476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083B24, 5' end.DH897477|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,261,434 - 58,262,573)(58,096,565 - 58,097,755)
sequence
gaattctcttcaatggctttctgtctaggcagttacttggtagggggtgg
ggtgcagtgaggggttgtcacagagccttctatctctctctctgtaagtc
tgtagtcatcaatagcttccttgccctttacactcagtaggaccatggat
catggacttatacatggtttctgctgacagcacctgccacagacctcaag
tggtagtagagattgcagacatgaatacagacccctgggtgcataggacc
acagttctagacatcacggactagactcaacatggcctcaggtgtctgca
cactatgctcccatcaacatggccccatggaagcatagatccatatggcc
atcaacagtaactcaggccagggtcatccacacagctcccagctgagagg
accatggacatccacatgaacctcaagtttcaacatggcctgggacagcc
aaagtggcctctagaggcagaactgacgtctgagatctttctaggaggtc
caaccagaaaagaagccattcttcacctgcatatcctgttcttgcccagc
actagggctttcacatggctggacagcatggctggaggctgagtcagagc
acaagctccaggttgtggctcaccaccctgctggcctactctgcaactct
gcaacgacaagttctcccttccgacatagccctctctctcatgagtgtgc
gtttattcagggagcaggtaaaacagttgggttggtggtgatggacaact
cacccatcttctgatctgcagagttaagttagcgttctgtttcttttctt
atgaaacaagaaggactgtaagttgctgaggctgcttcagagagctaaag
agcagcaggtaggaacacaatgccagcaccacacccccatggtaatttta
aggaacatattgtgttttcctttagaaacaaagtttataatgccttttca
gataggttcttttgagtgacatcaattgcacgtaagtatgtgtttttcat
taaaaagccttaaggccggattgtttacacagtctcatagacctggagtg
gtggggtgaggagtaatttgcctcacttaactcctccacggaggattcca
gctaatagtccgaaaggagctccctctaagctggatt
gaattcaatctctttaacattatttctggcactgacactgacatggaaaa
tttttacacaccagttatgatcttaaagtctctagaagccagaaagctag
aatacagagggaaatgaacagagcacaaaacaggatatgaatgctaacaa
gccttagctccacactgaaaaatgtgagttactgcaaagtgaagttttac
attcaatatgtggcagaatctcttaaacaattcactctaaaacatgagca
agtggcttaaaattttagtgctgccttttgacagaaactaattttggctc
aaagtcctctgcatatttttttctcagtgtaagagcatatttttcaaata
taggttgaccacttctaatacaaaatccaaaataagaaatgctccaaaat
atataacttttgaacaccaattctgcaagtgaaacattctacacatttac
ctatctcatgggatgaatagaactcaaaatgtaggcaaactaaaaatact
aaataagatgatctacagaacatgcacttgagatgtacacgaaacaaata
aatgtgtgtttaaactcaagtcttgccacaatacagcttatcatatattc
tgaagtttaagaataatataaaataatgcaacagttcagacctcaaatat
ttcagatgaggaatattcagcctgtattgtgtttagtttggttggaaaaa
taaagtactttaaactatcaaactaaaagatttcagccttgaaatcttat
actcacaaacaaacagattcagcaggctctctctctgtgagtatatatag
atggatagagagacagacagacagacagacagatgataaatagatttgtg
tatacacatatatttatataacaaatacagtcgaagagaatgtaaagttg
agagtatgacctacaagagtgttgactgaaaggtaactgggaggaacggg
gcagaaggaaagagaagagtacgtgataataatgtcacttcgggcataaa
taacagcaaacaactagctttgtcagtaccactgtgaattcaatgcctcc
tctgtgctgtgttagaagtcaagaatgaagtgaacacaacagaactttgc
agaaaatgaactcagccactatccagtccttcatcgttcctggtctatta
gctccctaaccttggctaaggcctgaaggtctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_58261434_58262573
seq2: B6Ng01-083B24.b_44_1180 (reverse)

seq1  AATCAAGCTTTGAGGGAGCTTCCTTTTCGGCTAATAACTGGGAATCTTTC  50
      |||| ||||| |||||||| ||||||  | ||| || || ||||||  ||
seq2  AATCCAGCTTAGAGGGAGC-TCCTTTCGGACTATTAGCT-GGAATC-CTC  47

seq1  CGTG--AGAGTT-ACTGAAGCAAATTACCTCCTCA-CCCACCACCTCCAA  96
      ||||   ||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||| 
seq2  CGTGGAGGAGTTAAGTGAGGCAAATTA-CTCCTCACCCCACCA-CTCCAG  95

seq1  GTCTAATGAGACTGTTGTAAACAATCCGG-CTTTAGGCTTTTTAATGAAA  145
      |||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GTCT-ATGAGACTG-TGTAAACAATCCGGCCTTAAGGCTTTTTAATGAAA  143

seq1  AACACATACTTACGTGCAATTGATGTCACTCAAAAGAACCTATCTTGAAA  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AACACATACTTACGTGCAATTGATGTCACTCAAAAGAACCTATC-TGAAA  192

seq1  AGGCATTATAAACTTTGTTTCTAAAGGAAAACACAATATGTTCCTTAAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTATAAACTTTGTTTCTAAAGGAAAACACAATATGTTCCTTAAAA  242

seq1  TTACCATGGGGGTGTGGTGCTGGCATTGTGTTCCTCCCTGCTGCTCTTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACCATGGGGGTGTGGTGCTGGCATTGTGTTCCTACCTGCTGCTCTTTA  292

seq1  GCTCTCTGAAGCAGCCTCAGCAACTTACAGTCCTTCTTGTTTCATAAGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGAAGCAGCCTCAGCAACTTACAGTCCTTCTTGTTTCATAAGAA  342

seq1  AAGAAACAGAACGCTAACTTAACTCTGCAGATCAGAAGATGGGTGAGTTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGAACGCTAACTTAACTCTGCAGATCAGAAGATGGGTGAGTTG  392

seq1  TCCATCACCACCAACCCAACTGTTTTACCTGCTCCCTGAATAAACGCACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACCACCAACCCAACTGTTTTACCTGCTCCCTGAATAAACGCACA  442

seq1  CTCATGAGAGAGAGGGCTATGTCGGAAGGGAGAACTTGTCGTTGCAGAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGAGAGAGGGCTATGTCGGAAGGGAGAACTTGTCGTTGCAGAGT  492

seq1  TGCAGAGTAGGCCAGCAGGGTGGTGAGCCACAACCTGGAGCTTGTGCTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGTAGGCCAGCAGGGTGGTGAGCCACAACCTGGAGCTTGTGCTCT  542

seq1  GACTCAGCCTCCAGCCATGCTGTCCAGCCATGTGAAAGCCCTAGTGCTGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGCCTCCAGCCATGCTGTCCAGCCATGTGAAAGCCCTAGTGCTGG  592

seq1  GCAAGAACAGGATATGCAGGTGAAGAATGGCTTCTTTTCTGGTTGGACCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAACAGGATATGCAGGTGAAGAATGGCTTCTTTTCTGGTTGGACCT  642

seq1  CCTAGAAAGATCTCAGACGTCAGTTCTGCCTCTAGAGGCCACTTTGGCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAAGATCTCAGACGTCAGTTCTGCCTCTAGAGGCCACTTTGGCTG  692

seq1  TCCCAGGCCATGTTGAAACTTGAGGTTCATGTGGATGTCCATGGTCCTCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGCCATGTTGAAACTTGAGGTTCATGTGGATGTCCATGGTCCTCT  742

seq1  CAGCTGGGAGCTGTGTGGATGACCCTGGCCTGAGTTACTGTTGATGGCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGAGCTGTGTGGATGACCCTGGCCTGAGTTACTGTTGATGGCCA  792

seq1  TATGGATCTATGCTTCCATGGGGCCATGTTGATGGGAGCATAGTGTGCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATCTATGCTTCCATGGGGCCATGTTGATGGGAGCATAGTGTGCAG  842

seq1  ACACCTGAGGCCATGTTGAGTCTAGTCCGTGATGTCTAGAACTGTGGTCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGAGGCCATGTTGAGTCTAGTCCGTGATGTCTAGAACTGTGGTCC  892

seq1  TATGCACCCAGGGGTCTGTATTCATGTCTGCAATCTCTACTACCACTTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACCCAGGGGTCTGTATTCATGTCTGCAATCTCTACTACCACTTGA  942

seq1  GGTCTGTGGCAGGTGCTGTCAGCAGAAACCATGTATAAGTCCATGATCCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGGCAGGTGCTGTCAGCAGAAACCATGTATAAGTCCATGATCCA  992

seq1  TGGTCCTACTGAGTGTAAAGGGCAAGGAAGCTATTGATGACTACAGACTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTACTGAGTGTAAAGGGCAAGGAAGCTATTGATGACTACAGACTT  1042

seq1  ACAGAGAGAGAGATAGAAGGCTCTGTGACAACCCCTCACTGCACCCCACC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGAGAGATAGAAGGCTCTGTGACAACCCCTCACTGCACCCCACC  1092

seq1  CCCTACCAAGTAACTGCCTAGACAGAAAGCCATTGAAGAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCAAGTAACTGCCTAGACAGAAAGCCATTGAAGAGAATTC  1137

seq1: chr12_58096565_58097755
seq2: B6Ng01-083B24.g_66_1249

seq1  GAATTCAATCTCTTTAACATTATTTCTGGCACTGACACTGACATGGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTCTTTAACATTATTTCTGGCACTGACACTGACATGGAAAA  50

seq1  TTTTTACACACCAGTTATGATCTTAAAGTCTCTAGAAGCCAGAAAGCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACACACCAGTTATGATCTTAAAGTCTCTAGAAGCCAGAAAGCTAG  100

seq1  AATACAGAGGGAAATGAACAGAGCACAAAACAGGATATGAATGCTAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGAGGGAAATGAACAGAGCACAAAACAGGATATGAATGCTAACAA  150

seq1  GCCTTAGCTCCACACTGAAAAATGTGAGTTACTGCAAAGTGAAGTTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGCTCCACACTGAAAAATGTGAGTTACTGCAAAGTGAAGTTTTAC  200

seq1  ATTCAATATGTGGCAGAATCTCTTAAACAATTCACTCTAAAACATGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATATGTGGCAGAATCTCTTAAACAATTCACTCTAAAACATGAGCA  250

seq1  AGTGGCTTAAAATTTTAGTGCTGCCTTTTGACAGAAACTAATTTTGGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTAAAATTTTAGTGCTGCCTTTTGACAGAAACTAATTTTGGCTC  300

seq1  AAAGTCCTCTGCATATTTTTTTCTCAGTGTAAGAGCATATTTTTCAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTCTGCATATTTTTTTCTCAGTGTAAGAGCATATTTTTCAAATA  350

seq1  TAGGTTGACCACTTCTAATACAAAATCCAAAATAAGAAATGCTCCAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGACCACTTCTAATACAAAATCCAAAATAAGAAATGCTCCAAAAT  400

seq1  ATATAACTTTTGAACACCAATTCTGCAAGTGAAACATTCTACACATTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTTTTGAACACCAATTCTGCAAGTGAAACATTCTACACATTTAC  450

seq1  CTATCTCATGGGATGAATAGAACTCAAAATGTAGGCAAACTAAAAATACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCATGGGATGAATAGAACTCAAAATGTAGGCAAACTAAAAATACT  500

seq1  AAATAAGATGATCTACAGAACATGCACTTGAGATGTACACGAAACAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGATGATCTACAGAACATGCACTTGAGATGTACACGAAACAAATA  550

seq1  AATGTGTGTTTAAACTCAAGTCTTGCCACAATACAGCTTATCATATATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTGTTTAAACTCAAGTCTTGCCACAATACAGCTTATCATATATTC  600

seq1  TGAAGTTTAAGAATAATATAAAATAATGCAACAGTTCAGACCTCAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTAAGAATAATATAAAATAATGCAACAGTTCAGACCTCAAATAT  650

seq1  TTCAGATGAGGAATATTCAGCCTGTATTGTGTTTAGTTTGGTTGGAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGAGGAATATTCAGCCTGTATTGTGTTTAGTTTGGTTGGAAAAA  700

seq1  TAAAGTACTTTAAACTATCAAACTAAAAGATTTCAGCCTTGAAATCTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTACTTTAAACTATCAAACTAAAAGATTTCAGCCTTGAAATCTTAT  750

seq1  ACTCACAAACAAACAGATTCAGCAGGCTCTCTCTCTGTGAGTATATATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAAACAAACAGATTCAGCAGGCTCTCTCTCTGTGAGTATATATAG  800

seq1  ATGGATAGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGATGATAAATAGATTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATAGAGAGACAGACAGACAGACAGACAGATGATAAATAGATTTGTG  850

seq1  TATACACATATATTTATATAACAAATACAGTCGAAGAGAATGTAAAGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACATATATTTATATAACAAATACAGTCGAAGAGAATGTAAAGTTG  900

seq1  AGAGTATGACCTACAAGAGTGTTTGACTG-AAGGTAACTGGGAGGAACGG  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATGACCTACAAGAGTG-TTGACTGAAAGGTAACTGGGAGGAACGG  949

seq1  GGCAG-AGGAAAGAGAAGAGTACGTGAT-ATAATGTCACTTCGGGCAT-A  996
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  GGCAGAAGGAAAGAGAAGAGTACGTGATAATAATGTCACTTCGGGCATAA  999

seq1  ATAACAGCAAACAACTAGCTTTTGTCAGTACCACTGTG-ATTCAATG-CT  1044
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  ATAACAGCAAACAACTAGC-TTTGTCAGTACCACTGTGAATTCAATGCCT  1048

seq1  CCTCTGTGCTGTGTTAGAAGTCAGGGATTTGAAGGTGAACACAACAGAAC  1094
      ||||||||||||||||||||||| | |  |||| ||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTGCTGTGTTAGAAGTCAAGAA--TGAA-GTGAACACAACAGAAC  1095

seq1  TCTGCAGAAATAGAACTCAGCCCACTATCCAGTCCCTCCTATTCTGTTCC  1144
      | ||||||||  |||||||| |||||||||||||| || |     |||||
seq2  TTTGCAGAAAATGAACTCAG-CCACTATCCAGTCCTTCAT----CGTTCC  1140

seq1  TGGGTCTATTAGCTCCCCTACTCTGTGGCTAAAGCCTGGAGGTCTAT  1191
      | |||||||||||| |||||  || ||||||| ||||| ||||||||
seq2  T-GGTCTATTAGCT-CCCTAACCT-TGGCTAAGGCCTGAAGGTCTAT  1184