BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085N24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 99,661,942 - 99,718,238
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk10
Upstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65
Downstream geneSpata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779, Ches1, LOC100039892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085N24.bB6Ng01-085N24.g
ACCDH899426DH899427
length1,0821,087
definitionDH899426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N24, 5' end.DH899427|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,661,942 - 99,663,025)(99,717,153 - 99,718,238)
sequence
gaattctaaaacacacacacacacaccacagcagcacaacctattaaatg
taaatacaatgcccattctccaaatctcacaccagccttaccctgccaag
accaactagaaggagctctttccagggagaaccgatcagtgagaattggc
tatgtgtgtttcctaaacagacctatacatggcttaaaagggttctcagg
aagtacccgaagaagaaagatgcaacaataccatctgcagctgagctctc
ctgagggatgagagcagaaccctgagattgaggctagtcccttactatgc
tggaaagtcatggacacagagctggaacgtgcaagaagagagagaccagg
gagctgtgggatggaagaaggagtctctctatttctgctgcactacagag
agaattcatctggagaaagatgctccatttcctgggatgtgattaaacct
ttttgtagaactcccaccccaaaccctgggacagtcctttgccttttact
gattcagagataacagaaaaaaaaaaaagaaagagaaaagtcaaggcatg
accttacctttccaagtcccctctgcctatttggggctacccacacacta
gctaacatgtaagcaactagccaggtggtttcctgactctgtctcccctg
agaagtgactcccttacccttaagcacttgaggcagccagaccctgaggt
ggggcagacttccaaagtggcaagggcactgtttgcacccacatccttac
tccccagtttagcctcacttcgaattcagtgttgagctgagacccaggga
agatataaacttggggttgctcacaggcaggtgctcatcttttaggtgaa
ggaaagggtctccaaatgccagggcttggcagcccactcatccataagaa
aataaaccaagtgaccgggttgggggttgggggaaggctgggacatcctg
gcttcctttgatacaatcaatggcagagggatagcacctgctgaagaagc
cctcaatgcctcctcatgtttaagcttgatgttggtgtatggaagggcac
ataacagagaagtgacataagaattgtgagaa
gaattccatctgagcctaagcgaaccagtgaatttattgaggttgattcc
aggagagtgagtgtgtgaggggatgctcacagaagagaagtgactcagtt
agcagcatgacccagatccctatcctactaaggctgagggctcatagtgc
aagctagagcttcccacaggacttgtgggcagcccaactcctgaagagtc
tccttcctgggagttgcttactgcgtatgaaaccttagcatggtcctcac
acctactgggagttttgtgagggcttgtgatcctctctgcttccgctgca
aggcagtgtttccatctggagaagacagctacaaacacatttctctgtcg
ttgtaggatggagaggcccatttccttgccgaatttggagcagttttctc
agttttacccaaatgctttgctgcatgtgcctcttcagcttccaaaccaa
ggatgtgctgggtcctcctcacattttggatctccctgacttccactctg
gcccagccaaggggaaagctctctgcttttgatgactttgagattagatc
aggcctgtgggggataatctaccttaaaggtcagccatattggatcacat
cattgtgggagcgataggtcaccgtgtcacagcgactggggatcggagta
attcatcttctgaaggcatcacagaccatctccctgcaatacccttgggg
ttgtagaatcattggtagtatagacgttctctacaaggacagtctgcctc
atcgacttcgctacatcctggagggctaaacctaactcatccctttacag
caagatcattgcacacagcaaacgaagggcgtgagaagaaagggtccagg
ttgatcaggttaagccccttgtctagttggaaagtggggatagatagagg
ctcagtgcatgtcctgagacatcgggatgccaggagacaggcatgccctc
tgccccctcaccccctgcatcactgataaatagtggctgagaatttggga
cgctcatttatctcatgttgcaagaagcctgaagcagcttgttttaagtt
gaattccacaagtcacggacgccagggtcaaacatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_99661942_99663025
seq2: B6Ng01-085N24.b_49_1130

seq1  GAATTCTAAAACACACACACACACACCACAGCAGCACAACCTATTAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAACACACACACACACACCACAGCAGCACAACCTATTAAATG  50

seq1  TAAATACAATGCCCATTCTCCAAATCTCACACCAGCCTTACCCTGCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACAATGCCCATTCTCCAAATCTCACACCAGCCTTACCCTGCCAAG  100

seq1  ACCAACTAGAAGGAGCTCTTTCCAGGGAGAACCGATCAGTGAGAATTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTAGAAGGAGCTCTTTCCAGGGAGAACCGATCAGTGAGAATTGGC  150

seq1  TATGTGTGTTTCCTAAACAGACCTATACATGGCTTAAAAGGGTTCTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTTTCCTAAACAGACCTATACATGGCTTAAAAGGGTTCTCAGG  200

seq1  AAGTACCCGAAGAAGAAAGATGCAACAATACCATCTGCAGCTGAGCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCCGAAGAAGAAAGATGCAACAATACCATCTGCAGCTGAGCTCTC  250

seq1  CTGAGGGATGAGAGCAGAACCCTGAGATTGAGGCTAGTCCCTTACTATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGATGAGAGCAGAACCCTGAGATTGAGGCTAGTCCCTTACTATGC  300

seq1  TGGAAAGTCATGGACACAGAGCTGGAACGTGCAAGAAGAGAGAGACCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTCATGGACACAGAGCTGGAACGTGCAAGAAGAGAGAGACCAGG  350

seq1  GAGCTGTGGGATGGAAGAAGGAGTCTCTCTATTTCTGCTGCACTACAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTGGGATGGAAGAAGGAGTCTCTCTATTTCTGCTGCACTACAGAG  400

seq1  AGAATTCATCTGGAGAAAGATGCTCCATTTCCTGGGATGTGATTAAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCATCTGGAGAAAGATGCTCCATTTCCTGGGATGTGATTAAACCT  450

seq1  TTTTGTAGAACTCCCACCCCAAACCCTGGGACAGTCCTTTGCCTTTTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGAACTCCCACCCCAAACCCTGGGACAGTCCTTTGCCTTTTACT  500

seq1  GATTCAGAGATAACAGAAAAAAAAAAAAGAAAGAGAAAAGTCAAGGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGAGATAACAGAAAAAAAAAAAAGAAAGAGAAAAGTCAAGGCATG  550

seq1  ACCTTACCTTTCCAAGTCCCCTCTGCCTATTTGGGGCTACCCACACACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTACCTTTCCAAGTCCCCTCTGCCTATTTGGGGCTACCCACACACTA  600

seq1  GCTAACATGTAAGCAACTAGCCAGGTGGTTTCCTGACTCTGTCTCCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACATGTAAGCAACTAGCCAGGTGGTTTCCTGACTCTGTCTCCCCTG  650

seq1  AGAAGTGACTCCCTTACCCTTAAGCACTTGAGGCAGCCAGACCCTGAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGACTCCCTTACCCTTAAGCACTTGAGGCAGCCAGACCCTGAGGT  700

seq1  GGGGCAGACTTCCAAAGTGGCAAGGGCACTGTTTGCACCCACATCCTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGACTTCCAAAGTGGCAAGGGCACTGTTTGCACCCACATCCTTAC  750

seq1  TCCCCAGTTTAGCCTCACTTCGAATTCAGTGTTGAGCTGAGACCCAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGTTTAGCCTCACTTCGAATTCAGTGTTGAGCTGAGACCCAGGGA  800

seq1  AGATATAAACTTGGGGTTGCTCACAGGCAGGTGCTCATCTTTTAGGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAAACTTGGGGTTGCTCACAGGCAGGTGCTCATCTTTTAGGTGAA  850

seq1  GGAAAGGGTCTCCAAATGCCAGGGCTTGGCAGCCCACTCATCCATAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGTCTCCAAATGCCAGGGCTTGGCAGCCCACTCATCCATAAGAA  900

seq1  AATAAACCAAGTGACCGGGGTTGGGGGTTGGGGGAAGGCTGGGACATCCT  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACCAAGTGACC-GGGTTGGGGGTTGGGGGAAGGCTGGGACATCCT  949

seq1  GG-TTCCTTTGATACCATCAATGGCAGAGGGATAGCACCTGCTGAAGGAA  999
      || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCTTCCTTTGATACAATCAATGGCAGAGGGATAGCACCTGCTGAA-GAA  998

seq1  GCCCTCATTGCCTCCTCATGTTTTAGCTTTGATGTTGGTTGTATGG-AGG  1048
      ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||
seq2  GCCCTCAATGCCTCCTCATGTTTAAGC-TTGATGTTGG-TGTATGGAAGG  1046

seq1  GCACATAACAGGAGAGTGACAATAAGAA-TGTGAGAA  1084
      |||||||||||   |||||| ||||||| ||||||||
seq2  GCACATAACAGAGAAGTGAC-ATAAGAATTGTGAGAA  1082

seq1: chr12_99717153_99718238
seq2: B6Ng01-085N24.g_69_1155 (reverse)

seq1  ATATGTTTGACACT-GCGT-CGTGGCTTGTGG-ACTCCACTTAAAACAAG  47
      ||||||||||| || |||| |||| ||||||| | || ||||||||||||
seq2  ATATGTTTGACCCTGGCGTCCGTGACTTGTGGAATTCAACTTAAAACAAG  50

seq1  CTGCCTTCAGGCTTCTTGCTACATGAGATAAATGAGCGT-CCAAATTCTC  96
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTG-CTTCAGGCTTCTTGCAACATGAGATAAATGAGCGTCCCAAATTCTC  99

seq1  AGCCACTATTTATCAGTGATGCAGGGGGTGAGGGGGGCAGAGGGCATGCC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTATTTATCAGTGATGCAGGGGGTGA-GGGGGCAGAGGGCATGCC  148

seq1  TGTTCTCCTGGCATCCCGATGTCTCAGGACATGCACTGAGCCTCTATCTA  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TCTCCTGGCATCCCGATGTCTCAGGACATGCACTGAGCCTCTATCTA  197

seq1  TCCCCACTTTCCAACTAGACAAGGGGCTTAACCTGATCAACCTGGACCCT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTTTCCAACTAGACAAGGGGCTTAACCTGATCAACCTGGACCCT  247

seq1  TTCTTCTCACGCCCTTCGTTTGCTGTGTGCAATGATCTTGCTGTAAAGGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCACGCCCTTCGTTTGCTGTGTGCAATGATCTTGCTGTAAAGGG  297

seq1  ATGAGTTAGGTTTAGCCCTCCAGGATGTAGCGAAGTCGATGAGGCAGACT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTAGGTTTAGCCCTCCAGGATGTAGCGAAGTCGATGAGGCAGACT  347

seq1  GTCCTTGTAGAGAACGTCTATACTACCAATGATTCTACAACCCCAAGGGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTAGAGAACGTCTATACTACCAATGATTCTACAACCCCAAGGGT  397

seq1  ATTGCAGGGAGATGGTCTGTGATGCCTTCAGAAGATGAATTACTCCGATC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGGAGATGGTCTGTGATGCCTTCAGAAGATGAATTACTCCGATC  447

seq1  CCCAGTCGCTGTGACACGGTGACCTATCGCTCCCACAATGATGTGATCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCGCTGTGACACGGTGACCTATCGCTCCCACAATGATGTGATCCA  497

seq1  ATATGGCTGACCTTTAAGGTAGATTATCCCCCACAGGCCTGATCTAATCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTGACCTTTAAGGTAGATTATCCCCCACAGGCCTGATCTAATCT  547

seq1  CAAAGTCATCAAAAGCAGAGAGCTTTCCCCTTGGCTGGGCCAGAGTGGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCATCAAAAGCAGAGAGCTTTCCCCTTGGCTGGGCCAGAGTGGAA  597

seq1  GTCAGGGAGATCCAAAATGTGAGGAGGACCCAGCACATCCTTGGTTTGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGAGATCCAAAATGTGAGGAGGACCCAGCACATCCTTGGTTTGGA  647

seq1  AGCTGAAGAGGCACATGCAGCAAAGCATTTGGGTAAAACTGAGAAAACTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGAGGCACATGCAGCAAAGCATTTGGGTAAAACTGAGAAAACTG  697

seq1  CTCCAAATTCGGCAAGGAAATGGGCCTCTCCATCCTACAACGACAGAGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAATTCGGCAAGGAAATGGGCCTCTCCATCCTACAACGACAGAGAA  747

seq1  ATGTGTTTGTAGCTGTCTTCTCCAGATGGAAACACTGCCTTGCAGCGGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTGTAGCTGTCTTCTCCAGATGGAAACACTGCCTTGCAGCGGAA  797

seq1  GCAGAGAGGATCACAAGCCCTCACAAAACTCCCAGTAGGTGTGAGGACCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGGATCACAAGCCCTCACAAAACTCCCAGTAGGTGTGAGGACCA  847

seq1  TGCTAAGGTTTCATACGCAGTAAGCAACTCCCAGGAAGGAGACTCTTCAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGGTTTCATACGCAGTAAGCAACTCCCAGGAAGGAGACTCTTCAG  897

seq1  GAGTTGGGCTGCCCACAAGTCCTGTGGGAAGCTCTAGCTTGCACTATGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGGCTGCCCACAAGTCCTGTGGGAAGCTCTAGCTTGCACTATGAG  947

seq1  CCCTCAGCCTTAGTAGGATAGGGATCTGGGTCATGCTGCTAACTGAGTCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGCCTTAGTAGGATAGGGATCTGGGTCATGCTGCTAACTGAGTCA  997

seq1  CTTCTCTTCTGTGAGCATCCCCTCACACACTCACTCTCCTGGAATCAACC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTCTGTGAGCATCCCCTCACACACTCACTCTCCTGGAATCAACC  1047

seq1  TCAATAAATTCACTGGTTCGCTTAGGCTCAGATGGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAATTCACTGGTTCGCTTAGGCTCAGATGGAATTC  1087