BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086D17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,049,607 - 27,191,852
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726
Downstream gene1700020D12Rik, Sox11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086D17.bB6Ng01-086D17.g
ACCDH899685DH899686
length1,160150
definitionDH899685|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086D17, 5' end.DH899686|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086D17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,049,607 - 27,050,774)(27,191,703 - 27,191,852)
sequence
gaattctatactgttcaatactcaagaggtctaaattgaaatccagactg
agctagtcctcagtccgtcctaacatccacatctttcattccactggtga
gtattctgctacagtgaggcccagagtttagcagactgtaactataatgg
accacacagtcaatacttgcggctctgtcgaccacagcaccccatggacc
actaaaccctgatgctcaggcctaaaagcatgcagagataatgtgtaacc
caaggcctggctgggatccaagggcacaggctagtggccagactcagccc
acgtaccatatgctgatccatggggtgaagcctagtgactctcgagccat
gatgaaaagccctctccagcccaagcctttcccttctgtgcatgtctttc
tgtctcaggaaaacctaacttcagaaatacaggatttctgaaattagggt
ttgattccaaatccgtaagccaggaataagcctaattctgacctctctac
acatctagggccactggtctctgcgctacgacctggccaccccgtggata
tcacaggaagggatatgcttgctctccagccaccttaggaaaggtttaat
gggagcatcgcgcagaagagaaactgaggaaggctaatgaaacaaatcca
atctaactctggttaaacccctggtgattctgatgtgaatgttaggtctc
catacaaggagcctgatgctgtattagggagcgtgcagccttgccacata
gaggcctgctgatgtgagtctcagctcagcaaacggtcagtggcagcaaa
agcaacctgcagtgaccacagctcagctaccaagtccccactaaaccccc
acatcctccacccatccatcccctggaatgtttcagccacattgtctcct
ggccagaaaacttacggttttaaagtcccacaaggagcccgaagtcacaa
aatgagtcactatcagagtctagtctgaagcagagacagttggctatgaa
ttcaacttttatccaccataccacacagttcctgggcctctggatgctgc
tgctggctctgtcacatcatcattgggtgagactttggctggactacaag
ctgtccatataacatgtgttcttgcaaatgctttccaatatcttgcagga
agtgctgctg
cagatagagccacaaggaatggcagtcaaggagagaggaggaggcaggct
gatgaatggagatatggttttgttgttgtttgtttttctgttgttggttt
tggttttggttgttgctgctgctgctggtgatggtggtggtggtggtgga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27049607_27050774
seq2: B6Ng01-086D17.b_46_1205

seq1  GAATTCTATACTGTTCAATACTCAAGAGGTCTAAATTGAAATCCAGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATACTGTTCAATACTCAAGAGGTCTAAATTGAAATCCAGACTG  50

seq1  AGCTAGTCCTCAGTCCGTCCTAACATCCACATCTTTCATTCCACTGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTCCTCAGTCCGTCCTAACATCCACATCTTTCATTCCACTGGTGA  100

seq1  GTATTCTGCTACAGTGAGGCCCAGAGTTTAGCAGACTGTAACTATAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTGCTACAGTGAGGCCCAGAGTTTAGCAGACTGTAACTATAATGG  150

seq1  ACCACACAGTCAATACTTGCGGCTCTGTCGACCACAGCACCCCATGGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACAGTCAATACTTGCGGCTCTGTCGACCACAGCACCCCATGGACC  200

seq1  ACTAAACCCTGATGCTCAGGCCTAAAAGCATGCAGAGATAATGTGTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACCCTGATGCTCAGGCCTAAAAGCATGCAGAGATAATGTGTAACC  250

seq1  CAAGGCCTGGCTGGGATCCAAGGGCACAGGCTAGTGGCCAGACTCAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCTGGCTGGGATCCAAGGGCACAGGCTAGTGGCCAGACTCAGCCC  300

seq1  ACGTACCATATGCTGATCCATGGGGTGAAGCCTAGTGACTCTCGAGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTACCATATGCTGATCCATGGGGTGAAGCCTAGTGACTCTCGAGCCAT  350

seq1  GATGAAAAGCCCTCTCCAGCCCAAGCCTTTCCCTTCTGTGCATGTCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAGCCCTCTCCAGCCCAAGCCTTTCCCTTCTGTGCATGTCTTTC  400

seq1  TGTCTCAGGAAAACCTAACTTCAGAAATACAGGATTTCTGAAATTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGGAAAACCTAACTTCAGAAATACAGGATTTCTGAAATTAGGGT  450

seq1  TTGATTCCAAATCCGTAAGCCAGGAATAAGCCTAATTCTGACCTCTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCCAAATCCGTAAGCCAGGAATAAGCCTAATTCTGACCTCTCTAC  500

seq1  ACATCTAGGGCCACTGGTCTCTGCGCTACGACCTGGCCACCCCGTGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAGGGCCACTGGTCTCTGCGCTACGACCTGGCCACCCCGTGGATA  550

seq1  TCACAGGAAGGGATATGCTTGCTCTCCAGCCACCTTAGGAAAGGTTTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAAGGGATATGCTTGCTCTCCAGCCACCTTAGGAAAGGTTTAAT  600

seq1  GGGAGCATCGCGCAGAAGAGAAACTGAGGAAGGCTAATGAAACAAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATCGCGCAGAAGAGAAACTGAGGAAGGCTAATGAAACAAATCCA  650

seq1  ATCTAACTCTGGTTAAACCCCTGGTGATTCTGATGTGAATGTTAGGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACTCTGGTTAAACCCCTGGTGATTCTGATGTGAATGTTAGGTCTC  700

seq1  CATACAAGGAGCCTGATGCTGTATTAGGGAGCGTGCAGCCTTGCCACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAGGAGCCTGATGCTGTATTAGGGAGCGTGCAGCCTTGCCACATA  750

seq1  GAGGCCTGCTGATGTGAGTCTCAGCTCAGCAAACGGTCAGTGGCAGCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGCTGATGTGAGTCTCAGCTCAGCAAACGGTCAGTGGCAGCAAA  800

seq1  AGCAACCTGCAGTGACCACAGCTCAGCTACCAAGTCCCCACTAAACCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCTGCAGTGACCACAGCTCAGCTACCAAGTCCCCACTAAACCCCC  850

seq1  ACATCCTCCACCCATCCATCCCCTGGAATGTTTCAGCCACATTGTCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTCCACCCATCCATCCCCTGGAATGTTTCAGCCACATTGTCTCCT  900

seq1  GGCCAGAAAACTTACGGTTTTAAAGTCCCACAAGGAGCCCGAAGTCACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAAAACTTACGGTTTTAAAGTCCCACAAGGAGCCCGAAGTCACAA  950

seq1  AATGAGTCACTATCAGAGTCTAGTCTGAAGCAGAGACAAGTTGGCTATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATGAGTCACTATCAGAGTCTAGTCTGAAGCAGAGAC-AGTTGGCTATGA  999

seq1  ATTCAACTTTTATCCACCAATACCACACAGTTCCTGGGCCTCTTGGATGC  1050
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTCAACTTTTATCCACC-ATACCACACAGTTCCTGGGCCTC-TGGATGC  1047

seq1  TGCTGCTGGGCTTCTGTCACATCATCATTGGGTGAGGACTTTGGCTGGAC  1100
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGG--CTCTGTCACATCATCATTGGGTGA-GACTTTGGCTGGAC  1094

seq1  TAACCAGCTGTCCATATAACATGTG-TCCTGCAAAAATGCTTTCCCATAT  1149
      | || |||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||| ||||
seq2  T-ACAAGCTGTCCATATAACATGTGTTCTTGC--AAATGCTTTCCAATAT  1141

seq1  C-TGCAGGGAGGTGCTGCTG  1168
      | |||| ||| |||||||||
seq2  CTTGCA-GGAAGTGCTGCTG  1160

seq1: chr12_27191703_27191852
seq2: B6Ng01-086D17.g_72_221 (reverse)

seq1  TCCACCACCACCACCACCATCACCAGCAGCAGCAGCAACAACCAAAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACCACCACCACCATCACCAGCAGCAGCAGCAACAACCAAAACCA  50

seq1  AAACCAACAACAGAAAAACAAACAACAACAAAACCATATCTCCATTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACAACAGAAAAACAAACAACAACAAAACCATATCTCCATTCATC  100

seq1  AGCCTGCCTCCTCCTCTCTCCTTGACTGCCATTCCTTGTGGCTCTATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCTCCTCCTCTCTCCTTGACTGCCATTCCTTGTGGCTCTATCTG  150