BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087H15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 20,033,183 - 20,125,688
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042727, LOC673301
Upstream geneEG668413, LOC671401, EG546524, EG668584, EG544848, EG627871, LOC100042698, LOC629055, EG668588, LOC100042706, EG668594, EG668600
Downstream geneEG668605, LOC668614, LOC100042751, LOC100043371, EG668455, LOC100042755, LOC100043377, LOC625810, 1700030C10Rik, 3110053B16Rik, LOC668698, LOC546752, EG629257, Ddef2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087H15.bB6Ng01-087H15.g
ACCDH900592DH900593
length1,2351,101
definitionDH900592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087H15, 5' end.DH900593|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,033,183 - 20,034,431)(20,124,576 - 20,125,688)
sequence
gaattctcccaacataaaaaccttcatttttcaatgagaaaactgaagct
gggagccaagtggcttattcaagagccattggtttatgagaatgggagtg
tagaccatgggatactagaagacaggagcattgttctgagaagagggagc
ccacagcaatcactctagattgcaccccactagaaaagcacaaagttcat
tgtgtagataggtcagcttggagatgcaaactctgttggagttatcagat
tggaaagcaggaataaactgtgactgtcatggtgaaagaaaattaaaatt
caaggtccatgactcatgcggcttgctagttaggagggctttttgggctt
agagcaaagaacaaaggctgtaaagtcatcccaggaaccaaatagccata
aagatagggaagacataaaagaatgtcctgactggcctggcgcctcccta
tctccctcccttctgacctgggttaaatgttaaccagatgctctgctgac
ttcgataagcacccggctctcagaattcctgacgccctgacctgcacata
ctctttttctgtagtgtaatcattctgctgaagtttaaatgaaccaatcg
tgtaaaactgctcaaattcctacccccagccccagacccttttctttaaa
aacccctagctttcgagtctcatggccaacaactgctgtcacctgtgtga
gatacctgtttgcccagagcacccacattaaactacctcatgtgtttgca
tcaagacggtctctcatgattcctttggtgcacgctgaatggggaagtca
gtgagggtttccccattaggctctttcagtggcaagaccaaggttgttct
aaagacacacttgtgccctcccttcagttttctgaggactgtgacaatgg
accccaaggaactggaattttcaccaggaatttcaagctgaaattgggaa
agtgctgggatcctgacactagccagaagcaggagtctgtcttcagtgct
gacagcctgcagacagatatggggaagggttgtgtgctgagaagagacaa
ggatgggtcgacatgggctgatcttgacatgctgcaacctaaacacatct
gtagtcagtagcagagaagagatggatctggtgctcagttgcctttcctc
catttaatcagccaggattccaaccttacgatggtctacaacttaagggt
gagccttccttatatggtgctatctagaaatcccc
gaattcaggtcctctgaaacagtagtagttgtttgtaagcacagagccag
gtctacaggcctcagagtcctgcccctgtttttgagtcagggcctctcaa
ttaacccagagagtactatttaccattttgtccagactagctggccagaa
ctaccctagaattggttcctgttgtctctatcccacagtgtcagggtcac
agccaacaaggacatatgtggcacttaacacgagtgctggggatctgaac
ccaggtccttatgcttacacacagggagcactccacctctcagaccgcgg
cttcctgcatttctgcatttaatactttgccaccgtgaacccccacagtg
cccccaaacagggcagggtacacacactgtttataactgtgagtcagggc
tacatgacatttcaggggctcagcaggaggcccaagaatctcttcctatc
ctgaaggctcaaacactttgtgacctccagggttagggactcaggaagga
atgtgagggatgtgggtgtcttctagaaagctccattctggcacaatagt
gacagtagaatacacactcaggaatgtgtcacactaggggctgtccactt
gccagatgctgatgtcccaccttttggacagcaatctagttatggggtcc
caagtaaggcttcttgttccttcccaagaggtcattatcatcaaagatgc
tcatcactagaccagaccttttacaggcctctgcttctgtatgggaccag
caggatgtctgggcagctagttccctgcggtggaggaggggaaagcaaaa
agcaatgtgtggttgtgagccagggccagggctaaggagaactcactgcc
ctgcagcacacaatagctgcccaatgaggaagtgatagtatccccacagg
gacagaggtcggtcggccagctaacatggagcacaaccaagatgaccaac
ccagcagactagactggcaatggggatagctgggaaagacatgaaagcag
cagatccaggccctcacattcctcactaatgtcagtttatggaaacctta
gggatagcagtcaaatatcaggaacccatcaatgctcgactgcacagtag
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_20033183_20034431
seq2: B6Ng01-087H15.b_43_1277

seq1  GAATTCTCCCAACATAAAAACCTTCATTTTTCAATGAGAAAACTGAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCAACATAAAAACCTTCATTTTTCAATGAGAAAACTGAAGCT  50

seq1  GGGAGCCAAGTGGCTTATTCAAGAGCCATTGGTTTATGAGAATGGGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAAGTGGCTTATTCAAGAGCCATTGGTTTATGAGAATGGGAGTG  100

seq1  TAGACCATGGGATACTAGAAGACAGGAGCATTGTTCTGAGAAGAGGGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCATGGGATACTAGAAGACAGGAGCATTGTTCTGAGAAGAGGGAGC  150

seq1  CCACAGCAATCACTCTAGATTGCACCCCACTAGAAAAGCACAAAGTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCAATCACTCTAGATTGCACCCCACTAGAAAAGCACAAAGTTCAT  200

seq1  TGTGTAGATAGGTCAGCTTGGAGATGCAAACTCTGTTGGAGTTATCAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGATAGGTCAGCTTGGAGATGCAAACTCTGTTGGAGTTATCAGAT  250

seq1  TGGAAAGCAGGAATAAACTGTGACTGTCATGGTGAAAGAAAATTAAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCAGGAATAAACTGTGACTGTCATGGTGAAAGAAAATTAAAATT  300

seq1  CAAGGTCCATGACTCATGCGGCTTGCTAGTTAGGAGGGCTTTTTGGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCCATGACTCATGCGGCTTGCTAGTTAGGAGGGCTTTTTGGGCTT  350

seq1  AGAGCAAAGAACAAAGGCTGTAAAGTCATCCCAGGAACCAAATAGCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAGAACAAAGGCTGTAAAGTCATCCCAGGAACCAAATAGCCATA  400

seq1  AAGATAGGGAAGACATAAAAGAATGTCCTGACTGGCCTGGCGCCTCCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGGGAAGACATAAAAGAATGTCCTGACTGGCCTGGCGCCTCCCTA  450

seq1  TCTCCCTCCCTTCTGACCTGGGTTAAATGTTAACCAGATGCTCTGCTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCCCTTCTGACCTGGGTTAAATGTTAACCAGATGCTCTGCTGAC  500

seq1  TTCGATAAGCACCCGGCTCTCAGAATTCCTGACGCCCTGACCTGCACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGATAAGCACCCGGCTCTCAGAATTCCTGACGCCCTGACCTGCACATA  550

seq1  CTCTTTTTCTGTAGTGTAATCATTCTGCTGAAGTTTAAATGAACCAATCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTCTGTAGTGTAATCATTCTGCTGAAGTTTAAATGAACCAATCG  600

seq1  TGTAAAACTGCTCAAATTCCTACCCCCAGCCCCAGACCCTTTTCTTTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAACTGCTCAAATTCCTACCCCCAGCCCCAGACCCTTTTCTTTAAA  650

seq1  AACCCCTAGCTTTCGAGTCTCATGGCCAACAACTGCTGTCACCTGTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTAGCTTTCGAGTCTCATGGCCAACAACTGCTGTCACCTGTGTGA  700

seq1  GATACCTGTTTGCCCAGAGCACCCACATTAAACTACCTCATGTGTTTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTGTTTGCCCAGAGCACCCACATTAAACTACCTCATGTGTTTGCA  750

seq1  TCAAGACGGTCTCTCATGATTCCTTTGGTGCACGCTGAATGGGGAAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACGGTCTCTCATGATTCCTTTGGTGCACGCTGAATGGGGAAGTCA  800

seq1  GTGAGGGTTTCCCCATTAGGCTCTTTCAGTGGCAAGACCAAGGTTGTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTTTCCCCATTAGGCTCTTTCAGTGGCAAGACCAAGGTTGTTCT  850

seq1  AAAGACACACTTGTGCCCTCCCTTCAGTTTTCTGAGGACTGTGACAATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACACACTTGTGCCCTCCCTTCAGTTTTCTGAGGACTGTGACAATGG  900

seq1  ACCCCAAGGAACTGGAATTTTCACCAGGAATTTCAAGCTGAAATTGGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAAGGAACTGGAATTTTCACCAGGAATTTCAAGCTGAAATTGGGAA  950

seq1  AGTGCTGGGATCCTGACACTAGCCAG-AGCAGGAGTCTGTCTCCAGTGCT  999
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  AGTGCTGGGATCCTGACACTAGCCAGAAGCAGGAGTCTGTCTTCAGTGCT  1000

seq1  GACAGCCTGCAGGACAGATATGGGGAAGGGTTGTGTGCTGAGAAGAGACA  1049
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTGCA-GACAGATATGGGGAAGGGTTGTGTGCTGAGAAGAGACA  1049

seq1  AGGATGGGTCGACCATGGGCTGAATCTTGACCATGGCTGCCAAACCTAAA  1099
      |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||||||
seq2  AGGATGGGTCGA-CATGGGCTG-ATCTTGA-CAT-GCTGC--AACCTAAA  1093

seq1  CACATCTGTAGTCAGTAGCAGAG-AGAGATGGATCCTGGTGCTCAGTTGC  1148
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACATCTGTAGTCAGTAGCAGAGAAGAGATGGAT-CTGGTGCTCAGTTGC  1142

seq1  --TTTCTCCATTTAATTCAGCCCAGGATCCCAACCTACAGAAGGGTGCTA  1196
        || |||||||||| |||| ||||||| |||||||   || ||   |||
seq2  CTTTCCTCCATTTAA-TCAG-CCAGGATTCCAACCTTACGATGG--TCTA  1188

seq1  CCAACACTTAGGGTGAGTCTTTCCTTTTATATGGTGCTACCTAGAAATTC  1246
       ||||  | |||||||| ||| |   ||||||||||||| |||||||| |
seq2  -CAAC-TTAAGGGTGAGCCTTCC---TTATATGGTGCTATCTAGAAATCC  1233

seq1  CCC  1249
      || 
seq2  CC-  1235

seq1: chr12_20124576_20125688
seq2: B6Ng01-087H15.g_67_1167 (reverse)

seq1  TCTACTGTGCAGTCGAGCATTGATTGTGTCCTGATATTTTGACTTGCTAA  50
      |||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| ||||| 
seq2  TCTACTGTGCAGTCGAGCATTGATGGGTTCCTGATA-TTTGAC-TGCTA-  47

seq1  TTCCCTAAGGTTTCCATAAAACTGGACATTAGGTGAGGAATGTGAGGGCC  100
       |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  -TCCCTAAGGTTTCCAT-AAACT-GACATTA-GTGAGGAATGTGAGGGCC  93

seq1  TGGATCTGCCCTGCCTTTCATGTCTTT-CCAGCTATCCCCATTGCCAGTT  149
      ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGATCTG--CTG-CTTTCATGTCTTTCCCAGCTATCCCCATTGCCAGT-  139

seq1  CCTAGTCTGCTTGGGTTGGTCATCTTGGTTGTGCTCCATGTTAGCTGGCC  199
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTAGTCTGC-TGGGTTGGTCATCTTGGTTGTGCTCCATGTTAGCTGGCC  187

seq1  GACCGACCTCTGTCCCTGTGGGGATACTATCACTTCCTCATTGGGCAGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGACCTCTGTCCCTGTGGGGATACTATCACTTCCTCATTGGGCAGCT  237

seq1  ATTGTGTGCTGCAGGGCAGTGAGTTCTCCTTAGCCCTGGCCCTGGCTCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTGCTGCAGGGCAGTGAGTTCTCCTTAGCCCTGGCCCTGGCTCAC  287

seq1  AACCACACATTGCTTTTTGCTTTCCCCTCCTCCACCGCAGGGAACTAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACACATTGCTTTTTGCTTTCCCCTCCTCCACCGCAGGGAACTAGCT  337

seq1  GCCCAGACATCCTGCTGGTCCCATACAGAAGCAGAGGCCTGTAAAAGGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGACATCCTGCTGGTCCCATACAGAAGCAGAGGCCTGTAAAAGGTC  387

seq1  TGGTCTAGTGATGAGCATCTTTGATGATAATGACCTCTTGGGAAGGAACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAGTGATGAGCATCTTTGATGATAATGACCTCTTGGGAAGGAACA  437

seq1  AGAAGCCTTACTTGGGACCCCATAACTAGATTGCTGTCCAAAAGGTGGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTTACTTGGGACCCCATAACTAGATTGCTGTCCAAAAGGTGGGA  487

seq1  CATCAGCATCTGGCAAGTGGACAGCCCCTAGTGTGACACATTCCTGAGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCATCTGGCAAGTGGACAGCCCCTAGTGTGACACATTCCTGAGTG  537

seq1  TGTATTCTACTGTCACTATTGTGCCAGAATGGAGCTTTCTAGAAGACACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTACTGTCACTATTGTGCCAGAATGGAGCTTTCTAGAAGACACC  587

seq1  CACATCCCTCACATTCCTTCCTGAGTCCCTAACCCTGGAGGTCACAAAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCTCACATTCCTTCCTGAGTCCCTAACCCTGGAGGTCACAAAGT  637

seq1  GTTTGAGCCTTCAGGATAGGAAGAGATTCTTGGGCCTCCTGCTGAGCCCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGCCTTCAGGATAGGAAGAGATTCTTGGGCCTCCTGCTGAGCCCC  687

seq1  TGAAATGTCATGTAGCCCTGACTCACAGTTATAAACAGTGTGTGTACCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTCATGTAGCCCTGACTCACAGTTATAAACAGTGTGTGTACCCT  737

seq1  GCCCTGTTTGGGGGCACTGTGGGGGTTCACGGTGGCAAAGTATTAAATGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTTTGGGGGCACTGTGGGGGTTCACGGTGGCAAAGTATTAAATGC  787

seq1  AGAAATGCAGGAAGCCGCGGTCTGAGAGGTGGAGTGCTCCCTGTGTGTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGCAGGAAGCCGCGGTCTGAGAGGTGGAGTGCTCCCTGTGTGTAA  837

seq1  GCATAAGGACCTGGGTTCAGATCCCCAGCACTCGTGTTAAGTGCCACATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGGACCTGGGTTCAGATCCCCAGCACTCGTGTTAAGTGCCACATA  887

seq1  TGTCCTTGTTGGCTGTGACCCTGACACTGTGGGATAGAGACAACAGGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGTTGGCTGTGACCCTGACACTGTGGGATAGAGACAACAGGAAC  937

seq1  CAATTCTAGGGTAGTTCTGGCCAGCTAGTCTGGACAAAATGGTAAATAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTAGGGTAGTTCTGGCCAGCTAGTCTGGACAAAATGGTAAATAGT  987

seq1  ACTCTCTGGGTTAATTGAGAGGCCCTGACTCAAAAACAGGGGCAGGACTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTGGGTTAATTGAGAGGCCCTGACTCAAAAACAGGGGCAGGACTC  1037

seq1  TGAGGCCTGTAGACCTGGCTCTGTGCTTACAAACAACTACTACTGTTTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCTGTAGACCTGGCTCTGTGCTTACAAACAACTACTACTGTTTCA  1087

seq1  GAGGACCTGAATTC  1113
      ||||||||||||||
seq2  GAGGACCTGAATTC  1101