BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089I08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 12,148,412 - 12,298,863
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD12Ertd553e
Upstream geneKcns3, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6, Vsnl1, EG209550, LOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209
Downstream geneLOC100043215, Mycn, EG668473, LOC628449, Ddx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089I08.bB6Ng01-089I08.g
ACCDH902078DH902079
length8421,176
definitionDH902078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089I08, 5' end.DH902079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,148,412 - 12,149,253)(12,297,681 - 12,298,863)
sequence
gaattccatgaaacttatcacttggttcatgcactgacttgctcatttgg
gaacagaaggcactctcctcgatggaactcaggtctctagcaagagcagc
atttctaaacacaaacaagaataaagaaacagcatcgggacaaccacagc
agatcctagtttcccattacttgacacattctcttagcagttacttatca
cttgagatgcatttgagattatttttctattcttcctgctattttgagat
gctttgttcttattatctatgctgctttgctttttgcaatactgcataac
aaaacctcacaatattcagtgtctaaaactgctgctgctctgagcttttc
cataaatctatctggggtcgggcaggttgtcagggtatatctgatcaagc
ctgtccctggtgaggtatattatactcataaggcagtattcagctggaaa
ctggggtgcttgtctggatttgtgcttacttccttctcctacttgcggct
agagctcgtctgggctcagtaggaacgctttccatcttctcacctccatt
cagtgttataagttctctcacatctctccatgaaggtaggtagatttctt
acctccaagagagagtgcctcaaggaagcagatgccactaatatatctgt
tcatatctaggaataatagcaatcactctcttctctatttgacagactag
tcactgggggtctttaaatttaaaaggtgggaacatatattaacttccta
atgtggagaatacctaaatgtcactcataatacaaagatacaagtccagc
ctcacagtagtctacccacccccgaatgtgtgtgtgtgtgtg
agctggaaggcacctgagcaagtacctctccctcccttttccttggggat
ggcttggctaaagtagggttaaggaggcagctgatgcccaggcctggcag
ccttggctgccttcttcatagactcttagacaaatgcaggctttagtgca
ttcagtaccgagtgccacaccttgccagagagagtggcttttacacactc
cctcctgacagtttccctgggactcaaaacaagccagctataatccagat
aggacctggagccacaggggaagtgggatagcttcagagaaagtagtttc
caaccatggagtctagaaggctgaatgaatgtggcccctcccatgcctta
ctctctcattcctctttcaagtaaacccacattccagtgaagtgggtctt
atagccaggcaaagagaaatacattcctctgttggccaaacagcaaatgg
atgtctttgattcgactactcaggcctagataaattttcaaaaagttttt
aaagttgtaataattaaagcaacaaaagaacaagtaccagtcactaagga
tcgttatctcctcagatccatgtgttgcacgctagttcccaatgccacgg
aatatggaggtgagacctcaggagcgaccaggtcacaaggctggaactct
gtgactgggtgagtgggattcataacccttataaagcctcggacgggctg
agttccccattgttcatataagcacacagttagagagtggctatctgagc
attaggaagcagactgtcaccagacaccaggcattgcaccaccttgatct
tggactctggctcctggaaccatgaagaatacatttctgtttgtttgaag
ccctaagtctatctatgccttctgtaccagcatatgacaatgggtcccag
tgagactcacttttctgcatcactaataatcttctgatttactcaactgt
aacctgggatttcatgtcctcatgctggccgatatctaatgcatattctt
ttatgatcagcatttaaaaatatgtcccctttatcaagtagcttacataa
catgttttgggtccgcttttatgatgcaaaaaccaaaaccaaaagcaagt
ttaaagaagcccataagcagtcaatggcgaggtcttgattcagatagagg
ggtgtcatttctcattgtgggacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_12148412_12149253
seq2: B6Ng01-089I08.b_45_886

seq1  GAATTCCATGAAACTTATCACTTGGTTCATGCACTGACTTGCTCATTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAAACTTATCACTTGGTTCATGCACTGACTTGCTCATTTGG  50

seq1  GAACAGAAGGCACTCTCCTCGATGGAACTCAGGTCTCTAGCAAGAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAAGGCACTCTCCTCGATGGAACTCAGGTCTCTAGCAAGAGCAGC  100

seq1  ATTTCTAAACACAAACAAGAATAAAGAAACAGCATCGGGACAACCACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAAACACAAACAAGAATAAAGAAACAGCATCGGGACAACCACAGC  150

seq1  AGATCCTAGTTTCCCATTACTTGACACATTCTCTTAGCAGTTACTTATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTAGTTTCCCATTACTTGACACATTCTCTTAGCAGTTACTTATCA  200

seq1  CTTGAGATGCATTTGAGATTATTTTTCTATTCTTCCTGCTATTTTGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATGCATTTGAGATTATTTTTCTATTCTTCCTGCTATTTTGAGAT  250

seq1  GCTTTGTTCTTATTATCTATGCTGCTTTGCTTTTTGCAATACTGCATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTCTTATTATCTATGCTGCTTTGCTTTTTGCAATACTGCATAAC  300

seq1  AAAACCTCACAATATTCAGTGTCTAAAACTGCTGCTGCTCTGAGCTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTCACAATATTCAGTGTCTAAAACTGCTGCTGCTCTGAGCTTTTC  350

seq1  CATAAATCTATCTGGGGTCGGGCAGGTTGTCAGGGTATATCTGATCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATCTATCTGGGGTCGGGCAGGTTGTCAGGGTATATCTGATCAAGC  400

seq1  CTGTCCCTGGTGAGGTATATTATACTCATAAGGCAGTATTCAGCTGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTGGTGAGGTATATTATACTCATAAGGCAGTATTCAGCTGGAAA  450

seq1  CTGGGGTGCTTGTCTGGATTTGTGCTTACTTCCTTCTCCTACTTGCGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTGCTTGTCTGGATTTGTGCTTACTTCCTTCTCCTACTTGCGGCT  500

seq1  AGAGCTCGTCTGGGCTCAGTAGGAACGCTTTCCATCTTCTCACCTCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCGTCTGGGCTCAGTAGGAACGCTTTCCATCTTCTCACCTCCATT  550

seq1  CAGTGTTATAAGTTCTCTCACATCTCTCCATGAAGGTAGGTAGATTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTATAAGTTCTCTCACATCTCTCCATGAAGGTAGGTAGATTTCTT  600

seq1  ACCTCCAAGAGAGAGTGCCTCAAGGAAGCAGATGCCACTAATATATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAAGAGAGAGTGCCTCAAGGAAGCAGATGCCACTAATATATCTGT  650

seq1  TCATATCTAGGAATAATAGCAATCACTCTCTTCTCTATTTGACAGACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTAGGAATAATAGCAATCACTCTCTTCTCTATTTGACAGACTAG  700

seq1  TCACTGGGGGTCTTTAAATTTAAAAGGTGGGAACATATATTAACTTCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGGGTCTTTAAATTTAAAAGGTGGGAACATATATTAACTTCCTA  750

seq1  ATGTGGAGAATACCTAAATGTCACTCATAATACAAAGATACAAGTCCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGAATACCTAAATGTCACTCATAATACAAAGATACAAGTCCAGC  800

seq1  CTCACAGTAGTCTACCCACCCCCGAATGTGTGTGTGTGTGTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTAGTCTACCCACCCCCGAATGTGTGTGTGTGTGTG  842

seq1: chr12_12297681_12298863
seq2: B6Ng01-089I08.g_77_1252 (reverse)

seq1  GAGGTCCCACTATG-GGAATGAACACCCTCTATCTGATTCAGAGACCTTC  49
      |||||||||| ||| | |||||   |||||||||||| ||| ||||||  
seq2  GAGGTCCCACAATGAGAAATGACACCCCTCTATCTGAATCA-AGACCT--  47

seq1  TGCCATTGACTGGCTATGTGCTCTCTGATACTTGCCTATTGGTTTTGGGT  99
       |||||||||||  |||| |||   | | ||||| || |||||||| |||
seq2  CGCCATTGACTGCTTATGGGCTTCTTTAAACTTG-CTTTTGGTTTT-GGT  95

seq1  TTTTGCATCAATAAAAGC-GAACCAAAACATGCTATGTGAAGCTACTTTG  148
      ||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||| ||||||| |||
seq2  TTTTGCATC-ATAAAAGCGGACCCAAAACATGTTATGT-AAGCTAC-TTG  142

seq1  AT-AAGGGGACATTATTTTGTAAAATGCTTGATTCATAAAAG-ATATGCA  196
      || ||||||||||  ||||   |||||| ||| ||||||||| |||||||
seq2  ATAAAGGGGACATATTTTT---AAATGC-TGA-TCATAAAAGAATATGCA  187

seq1  -TAGATATCGGCCAGCATGAGAACATGGAAATCCCAGGTTACAGTTGAGT  245
       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCGGCCAGCATGAGGACAT-GAAATCCCAGGTTACAGTTGAGT  236

seq1  AAATCAGGAGATTATTAGTGATGCAGAAAAGTGAGTCTCACTGGGACCCA  295
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGAAGATTATTAGTGATGCAGAAAAGTGAGTCTCACTGGGACCCA  286

seq1  TTGTCATATGCTGGTACAGAAGGCATAGATAGACCTAGGGCTTCAA--CA  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |
seq2  TTGTCATATGCTGGTACAGAAGGCATAGATAGACTTAGGGCTTCAAACAA  336

seq1  ACAGAAATGTATTCTTCATGGTTCCAGGAGCCAGAGTCCAAGATCAAGGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATGTATTCTTCATGGTTCCAGGAGCCAGAGTCCAAGATCAAGGT  386

seq1  GCTGCAATGCCTGGTGTCTGGTGACAGTCTGCTTCCTAATGCTCAGATAG  443
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAATGCCTGGTGTCTGGTGACAGTCTGCTTCCTAATGCTCAGATAG  436

seq1  CCACTCTCTAACTGTGTGCTTATATGAACAATGGGGAACTCAGCCCGTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCTAACTGTGTGCTTATATGAACAATGGGGAACTCAGCCCGTCC  486

seq1  GAGGCTTTATAAGGGTTATGAATCCCACTCACCCAGTCACAGAGTTCCAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTTATAAGGGTTATGAATCCCACTCACCCAGTCACAGAGTTCCAG  536

seq1  CCTTGTGACCTGGTCGCTCCTGAGGTCTCACCTCCATATTCCGTGGCATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGACCTGGTCGCTCCTGAGGTCTCACCTCCATATTCCGTGGCATT  586

seq1  GGGAACTAGCGTGCAACACATGGATCTGAGGAGATAACGATCCTTAGTGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTAGCGTGCAACACATGGATCTGAGGAGATAACGATCCTTAGTGA  636

seq1  CTGGTACTTGTTCTTTTGTTGCTTTAATTATTACAACTTTAAAAACTTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACTTGTTCTTTTGTTGCTTTAATTATTACAACTTTAAAAACTTTT  686

seq1  TGAAAATTTATCTAGGCCTGAGTAGTCGAATCAAAGACATCCATTTGCTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTTATCTAGGCCTGAGTAGTCGAATCAAAGACATCCATTTGCTG  736

seq1  TTTGGCCAACAGAGGAATGTATTTCTCTTTGCCTGGCTATAAGACCCACT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCAACAGAGGAATGTATTTCTCTTTGCCTGGCTATAAGACCCACT  786

seq1  TCACTGGAATGTGGGTTTACTTGAAAGAGGAATGAGAGAGTAAGGCATGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAATGTGGGTTTACTTGAAAGAGGAATGAGAGAGTAAGGCATGG  836

seq1  GAGGGGCCACATTCATTCAGCCTTCTAGACTCCATGGTTGGAAACTACTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCCACATTCATTCAGCCTTCTAGACTCCATGGTTGGAAACTACTT  886

seq1  TCTCTGAAGCTATCCCACTTCCCCTGTGGCTCCAGGTCCTATCTGGATTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAAGCTATCCCACTTCCCCTGTGGCTCCAGGTCCTATCTGGATTA  936

seq1  TAGCTGGCTTGTTTTGAGTCCCAGGGAAACTGTCAGGAGGGAGTGTGTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGCTTGTTTTGAGTCCCAGGGAAACTGTCAGGAGGGAGTGTGTAA  986

seq1  AAGCCACTCTCTCTGGCAAGGTGTGGCACTCGGTACTGAATGCACTAAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTCTCTCTGGCAAGGTGTGGCACTCGGTACTGAATGCACTAAAG  1036

seq1  CCTGCATTTGTCTAAGAGTCTATGAAGAAGGCAGCCAAGGCTGCCAGGCC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTTGTCTAAGAGTCTATGAAGAAGGCAGCCAAGGCTGCCAGGCC  1086

seq1  TGGGCATCAGCTGCCTCCTTAACCCTACTTTAGCCAAGCCATCCCCAAGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATCAGCTGCCTCCTTAACCCTACTTTAGCCAAGCCATCCCCAAGG  1136

seq1  AAAAGGGAGGGAGAGGTACTTGCTCAGGTGCCTTCCAGCT  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAGGGAGAGGTACTTGCTCAGGTGCCTTCCAGCT  1176