BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090J20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 77,475,622 - 77,637,678
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3
Upstream geneRhoj, Gphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1, Syne2, Esr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25
Downstream geneSpnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb, Max, LOC100041765, LOC100041772, Fut8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090J20.bB6Ng01-090J20.g
ACCDH902865DH902866
length1,030988
definitionDH902865|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090J20, 5' end.DH902866|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,636,649 - 77,637,678)(77,475,622 - 77,476,606)
sequence
gaattcactgtggcgcgcagctctgtggggcttggtaagcgctgtagatg
ctctatctctttgttcactctcacaaggccacaccacatgcagtaggccc
ggatgactagctccactcttccaggtaagaaatagacatgaaggagtcaa
caaatggctgcagggctaggaagttgtcaagtcgagatttaaacctaggg
ctgtgcaactccaaaccctgctcctaaaatcacatcagaatgctgacctg
ggtctcaagggatccagagctcaaagaaaatatctcatgatcaacaccaa
agtcccttccttaggggacagctgtcacctcctcccgtcctcaaccattc
atattgaccttctctggcatgccttcctgataactttaaactcgctttca
atgacctgtcttgttttccgtccacttcccccagtagaattccactctgc
caggtcaacaattgctaaaaaaaaaaaaaaaaactatatttcagtcactg
ccgtgttccctggtgccctgtattcatacatagacgctgctagataaaaa
tggatgaataaataaaatagatctaagatgcatggatgtaggaaggagga
gggaaagaggacaacagagatggtatgtacccggcagtactggaggcctc
gggatgagccttccgggtctgtcggacctgggggctccagaagagctttc
cttcagtctgtagtaatgccaaagccctgtcctggggaaggagggtaatg
agtagggagggcttctgtactttaacaaaggcctctggacatgcagctgg
ccagagaggcgggacagagcatggcctgggccgggagaacagcccgggga
tggctggactgaagtcagccctcaatgcagctgcaaaaaacaacatctcc
catcaccatgttcttccccaccacaacacaactgagagcagcttcacagt
taacccttcagggcaagtcacggcttgtgcaaccttcagtctaggaccag
aactgtacagggtggtgagagggggtggga
gaattccacccacatttggcagcttacatatttaaggtagatttctaagt
atactgatgttttgtcctgtatagtcatcacaaagctacttagcctggtg
tagtcaaggtggatgagctgtgaagtcgattccctgataaagctgccagc
tagcaggaacagatttaatcacagtagttacttgaaggtgttgaggacat
gctgctatgttgagatgggggtctctttgtatagcattgcctgtcctgga
actcacagagatccatctgtctctgtctcccaagtgctgggatcaaaggc
atgtatcaccaactgctgggggttttttttgggcgggggtgatgtgctct
ttgagaacactactatgtgaatataacttgttctcaatcatatttgaagg
cttggaggtatatgacttagtaggagagtgcttgcctgtcatgcctgagg
ccctatgctcagcctctggcacggtaaactataatgatgggtattaaaga
atagggctggagagatggctcagtggttaagagcactggctgcttgctct
tccagaggtcctgagttcaattcccagcaacgacatggtggctcacaacc
atctgttgtggggtctggtgcccttttctggtgtgtctcaagagagtaat
ggtggtgtactcacgcataaaatgaataaatcttttttaaaaatttaaag
aatagcagtgtgtggggtacatgatttttaatcccagcacttagaaggta
aaagcaagtggatttctgtgggttcgaggccaccttagtatacacagttc
cagctagctccacagtgagaccctgtcaccaaaaaaaataaaaataaaaa
gtaaatattaaattaataaattgctaattatattctctgttagtttcttg
tgtgagggggaaggtgcccttttaagaagctagctgaagagctcttcata
ctttgaaattgcaagcgttgggtgggcatggccgtcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_77636649_77637678
seq2: B6Ng01-090J20.b_48_1077 (reverse)

seq1  TCCCA-CCCCACTCACCACCCTGTACAGGTTCTGGTCCTGAGACTGGAGG  49
      ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  TCCCACCCCCTCTCACCACCCTGTACA-GTTCTGGTCCT-AGACTGAAGG  48

seq1  GTGCCACAAGCCGTGACTTGCCCTGGAGGGTTAACTGTGAAGCTGCTCTC  99
       || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTG-CACAAGCCGTGACTTGCCCTGAAGGGTTAACTGTGAAGCTGCTCTC  97

seq1  TGTTGTGTTGTGGGTGGGGAGGACCATGGTGATGGGAGGTGTTG-TCTTT  148
       |||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| | |||
seq2  AGTTGTGTTGT-GGTGGGGAAGAACATGGTGATGGGAGATGTTGTTTTTT  146

seq1  GCAGCTGCACTGAGGGCTGACTTCAGTCCAGCCAT-CCCGGGCTGTTCT-  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  GCAGCTGCATTGAGGGCTGACTTCAGTCCAGCCATCCCCGGGCTGTTCTC  196

seq1  CCGGCCCAGGCCACTGCTCTGTCCCGCCTCTCTGGCCAGCTGCATGTCCA  246
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCCAGGCCA-TGCTCTGTCCCGCCTCTCTGGCCAGCTGCATGTCCA  245

seq1  GAGGCCTTTGTTAAAGTACAGAAGCCCTCCCTACTCATTACCCTCCTTCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTGTTAAAGTACAGAAGCCCTCCCTACTCATTACCCTCCTTCC  295

seq1  CCAGGACAGGGC-TTGGCATTACTACAGACTGAAGGAAAGCTCTTCTGGA  345
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGGGCTTTGGCATTACTACAGACTGAAGGAAAGCTCTTCTGGA  345

seq1  GCCCCCAGGTCCGACAGACCCGGGAGGCTCATCCCGAGGCCTCCAGTACT  395
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCAGGTCCGACAGACCCGGAAGGCTCATCCCGAGGCCTCCAGTACT  395

seq1  GCCGGGTACATACCATCTCTGTTGTCCTCTTTCCCTCCTCCTTCCTACAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGTACATACCATCTCTGTTGTCCTCTTTCCCTCCTCCTTCCTACAT  445

seq1  CCATGCATCTTAGATCTATTTTATTTATTCATCCATTTTTATCTAGCAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCATCTTAGATCTATTTTATTTATTCATCCATTTTTATCTAGCAGC  495

seq1  GTCTATGTATGAATACAGGGCACCAGGGAACACGGCAGTGACTGAAATAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTATGAATACAGGGCACCAGGGAACACGGCAGTGACTGAAATAT  545

seq1  AGTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCAATTGTTGACCTGGCAGAGTGGAATTCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCAATTGTTGACCTGGCAGAGTGGAATTCT  595

seq1  ACTGGGGGAAGTGGACGGAAAACAAGACAGGTCATTGAAAGCGAGTTTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGGAAGTGGACGGAAAACAAGACAGGTCATTGAAAGCGAGTTTAA  645

seq1  AGTTATCAGGAAGGCATGCCAGAGAAGGTCAATATGAATGGTTGAGGACG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAGGAAGGCATGCCAGAGAAGGTCAATATGAATGGTTGAGGACG  695

seq1  GGAGGAGGTGACAGCTGTCCCCTAAGGAAGGGACTTTGGTGTTGATCATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGTGACAGCTGTCCCCTAAGGAAGGGACTTTGGTGTTGATCATG  745

seq1  AGATATTTTCTTTGAGCTCTGGATCCCTTGAGACCCAGGTCAGCATTCTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTCTTTGAGCTCTGGATCCCTTGAGACCCAGGTCAGCATTCTG  795

seq1  ATGTGATTTTAGGAGCAGGGTTTGGAGTTGCACAGCCCTAGGTTTAAATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTTTAGGAGCAGGGTTTGGAGTTGCACAGCCCTAGGTTTAAATC  845

seq1  TCGACTTGACAACTTCCTAGCCCTGCAGCCATTTGTTGACTCCTTCATGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACTTGACAACTTCCTAGCCCTGCAGCCATTTGTTGACTCCTTCATGT  895

seq1  CTATTTCTTACCTGGAAGAGTGGAGCTAGTCATCCGGGCCTACTGCATGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTACCTGGAAGAGTGGAGCTAGTCATCCGGGCCTACTGCATGT  945

seq1  GGTGTGGCCTTGTGAGAGTGAACAAAGAGATAGAGCATCTACAGCGCTTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGCCTTGTGAGAGTGAACAAAGAGATAGAGCATCTACAGCGCTTA  995

seq1  CCAAGCCCCACAGAGCTGCGCGCCACAGTGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCCCACAGAGCTGCGCGCCACAGTGAATTC  1030

seq1: chr12_77475622_77476606
seq2: B6Ng01-090J20.g_71_1058

seq1  GAATTCCACCCACATTTGGCAGCTTACATATTTAAGGTAGATTTCTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCACATTTGGCAGCTTACATATTTAAGGTAGATTTCTAAGT  50

seq1  ATACTGATGTTTTGTCCTGTATAGTCATCACAAAGCTACTTAGCCTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGATGTTTTGTCCTGTATAGTCATCACAAAGCTACTTAGCCTGGTG  100

seq1  TAGTCAAGGTGGATGAGCTGTGAAGTCGATTCCCTGATAAAGCTGCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAAGGTGGATGAGCTGTGAAGTCGATTCCCTGATAAAGCTGCCAGC  150

seq1  TAGCAGGAACAGATTTAATCACAGTAGTTACTTGAAGGTGTTGAGGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGAACAGATTTAATCACAGTAGTTACTTGAAGGTGTTGAGGACAT  200

seq1  GCTGCTATGTTGAGATGGGGGTCTCTTTGTATAGCATTGCCTGTCCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTATGTTGAGATGGGGGTCTCTTTGTATAGCATTGCCTGTCCTGGA  250

seq1  ACTCACAGAGATCCATCTGTCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGATCCATCTGTCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGC  300

seq1  ATGTATCACCAACTGCTGGGGGTTTTTTTTGGGCGGGGGTGATGTGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCACCAACTGCTGGGGGTTTTTTTTGGGCGGGGGTGATGTGCTCT  350

seq1  TTGAGAACACTACTATGTGAATATAACTTGTTCTCAATCATATTTGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAACACTACTATGTGAATATAACTTGTTCTCAATCATATTTGAAGG  400

seq1  CTTGGAGGTATATGACTTAGTAGGAGAGTGCTTGCCTGTCATGCCTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGGTATATGACTTAGTAGGAGAGTGCTTGCCTGTCATGCCTGAGG  450

seq1  CCCTATGCTCAGCCTCTGGCACGGTAAACTATAATGATGGGTATTAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGCTCAGCCTCTGGCACGGTAAACTATAATGATGGGTATTAAAGA  500

seq1  ATAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTTGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTTGCTCT  550

seq1  TCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACGACATGGTGGCTCACAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACGACATGGTGGCTCACAACC  600

seq1  ATCTGTTGTGGGGTCTGGTGCCCTTTTCTGGTGTGTCTCAAGAGAGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGTGGGGTCTGGTGCCCTTTTCTGGTGTGTCTCAAGAGAGTAAT  650

seq1  GGTGGTGTACTCACGCATAAAATGAATAAATCTTTTTTAAAAATTTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGTACTCACGCATAAAATGAATAAATCTTTTTTAAAAATTTAAAG  700

seq1  AATAGCAGTGTGTGGGGTACATGA-TTTTAATCCCAGCACTTAGAAGGTA  749
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAGTGTGTGGGGTACATGATTTTTAATCCCAGCACTTAGAAGGTA  750

seq1  AAAGCAAGTGGATTTCTGTGGGTTCGAGGCCACCTTAGTATACACAGTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGTGGATTTCTGTGGGTTCGAGGCCACCTTAGTATACACAGTTC  800

seq1  CAGCCAGCTCCACAGTGAGACCCTGTCACC-AAAAAAATAAAAATAAAAA  848
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGCTCCACAGTGAGACCCTGTCACCAAAAAAAATAAAAATAAAAA  850

seq1  GTAAATATTAAA-TAATAAATTGCTAATTATATTTTCTGTTAGTTTCCTG  897
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  GTAAATATTAAATTAATAAATTGCTAATTATATTCTCTGTTAGTTTCTTG  900

seq1  TGTGAGGTGCATGTTGCCCTTTTAAG-AGCTAGCTGAAGAGCTCCTCCAT  946
      ||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||| || |||
seq2  TGTGAGGGGGAAGGTGCCCTTTTAAGAAGCTAGCTGAAGAGCT-CTTCAT  949

seq1  AC-TTGAAATTGCCAGCCGTGGGGTGGGCATGGCGGTCAG  985
      || |||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||
seq2  ACTTTGAAATTGCAAG-CGTTGGGTGGGCATGGCCGTCAG  988