BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090P03
Chromosome12 (Build37)12 (Build37)
Map Location 22,898,393 - 22,899,16624,276,818 - 24,277,870
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneEG668645, EG668646, LOC100043416, LOC668650, EG668496, LOC668653, EG432637, LOC668656, EG629133, EG668660, EG668662
Downstream geneLOC668664, 2410018L13Rik, LOC77114, EG668669, EG668670, LOC668680, LOC100042895, LOC100043435, EG628081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090P03.bB6Ng01-090P03.g
ACCDH903111DH903112
length7751,048
definitionDH903111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090P03, 5' end.DH903112|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090P03, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,898,393 - 22,899,166)(24,276,818 - 24,277,870)
sequence
gaattccctagggactctttatggctaagctgcattccacagcacaagtg
catggcagctgaattaccaagtcactattgaaggacatctggacagcact
tatggccattacacacaatcattgtgaacacttacaaaaaggtgtatctg
tgaacacgagtttccatgtctctgggataactgcctgggagcacgatggt
tggacctcacagcaattgtatggtcagctcaattgtttgttttaaaattt
attcatttatttctttcatatgtggagtgtgtgaaagtggaggtaagaag
acaaattgaaggagtcagttttgctacattgatcctgggttttagcctta
ggttatcaagcaccattacccacttagccatcttaccagcctgtgtgctg
ttggacattgggctatacacagacagtctggtctccagtcaagctgaggt
gtaaccccgggacccagtggtgataattcacctacacggaacggaagttc
tctcatgtctcctggaactctggctcctttcaaagttactgcccccacag
cccccacaagagaagcatggctttagtcacataggcaatgccccaagctt
ctgaccttcaggttaaactcctccccagttacctagcaacagtaaagata
acagcataccataagaggtgctatttggcccctccccattctcttgctct
cttgcttacttcccttatacttactctccactctcctctcctctctctct
tctttttctctccttgcctctcctc
gaattcaggtcctctgaaacagtagtagttgtttgtaagcacagagccag
gtctacaggtctcagagtcctgcccctgtttttgagtcagggcctctctc
tgaacccagagagtattattcatcattttgtctagactagcaggccagaa
ggaccctagaattggtttctgttgtctctatcccacagtgccagggtcac
agcaaacaaggacatatgtggcgctttacacgggtgctggggatctgaaa
ccaggtccttatgcttacacacagggagcactccacctctcagactgcgg
cttcctgcatttctgtatttattactttgccaccgtgaacccccacagtg
ccccaaaacaaggcagggtacacacactgtttataactatgaatcagggc
tgcatgacatttcaaaggctctgcatgagacccaagagactcttcctatc
ctggaggctcaaacactttgtgacctccagggttagggactcaggaagga
atgtgagggatgtgggtgaattagtcttctagaaagctccattttggcac
aatagcaacagtagaatacacactcaggaatgtgccacactaggaggtgt
tcacttgccgtatgctgatgttcttccttttgaacagcaatccagctatg
gggtcccaagtaaggctttttgttgcttcccaagaggtcattaatcaaag
aggctcatcaccagaccagaccttttacaggcctctgcttctgtatggga
ccagcatgacatctgggcagccagttccctgtggtggaggaggggaaagc
aaaaagcaatgtgtgggtgtgtgccagggccagagctaaggagaacttca
ctaccctgcagcacacaacagctgcccaatgaggaagtgatagtatcttc
acagggacagaggttgccaggtaacatggagcacacctagatgatcaacc
caagcagatagaactggccattgggatagcttgtaaagacatgaaaggca
gcagatccagccctcacgttccttcacctaatgtccagcttatagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_22898393_22899166
seq2: B6Ng01-090P03.b_44_817

seq1  GAATTCCCTAGGGACTCTTTATGGCTAATCTGCATTCCACAGCACCAGTG  50
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GAATTCCCTAGGGACTCTTTATGGCTAAGCTGCATTCCACAGCACAAGTG  50

seq1  CATGGCAGCTGAATTACCAAGTCACTATTGAAGGATATCTGGACAGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCTGAATTACCAAGTCACTATTGAAGGACATCTGGACAGCACT  100

seq1  TATGGCCATTACACACAATCATTGTGAACACTTACAAAAAGGTGTATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCATTACACACAATCATTGTGAACACTTACAAAAAGGTGTATCTG  150

seq1  TGAACACGAGTTTCCA-GTCTCTGGGATAACTGCCTGGGAGCACGATGGT  199
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACGAGTTTCCATGTCTCTGGGATAACTGCCTGGGAGCACGATGGT  200

seq1  TGGACCTCACAGCAATTGTATGCTCAGCTCAATTGTTTGTTTTAAAATTT  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGACCTCACAGCAATTGTATGGTCAGCTCAATTGTTTGTTTTAAAA-TT  249

seq1  TATTCATTTACTTCTTTCATATGTGGAGTGTGTGAATGTGGAGGTAAGAA  299
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATTCATTTATTTCTTTCATATGTGGAGTGTGTGAAAGTGGAGGTAAGAA  299

seq1  GACAAATTGAAGGAGTCAGTTTTGCTACATTGATCCTGGGGTTTAGCCTT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GACAAATTGAAGGAGTCAGTTTTGCTACATTGATCCTGGGTTTTAGCCTT  349

seq1  AGGTTATCAAGCACCATTACCCACTTAGCCATCTTACCAGCCTGTGTGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATCAAGCACCATTACCCACTTAGCCATCTTACCAGCCTGTGTGCT  399

seq1  GTTGGACATTGGGCTATACACAGACAGTCTGGTCTCCAGTCAAGCTGAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACATTGGGCTATACACAGACAGTCTGGTCTCCAGTCAAGCTGAGG  449

seq1  TGTAACCCCGGGACCCAGTGGTGATAATTCACCTACATGGAATGGAAGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  TGTAACCCCGGGACCCAGTGGTGATAATTCACCTACACGGAACGGAAGTT  499

seq1  CTCTCATGTCTCCTGGAACTCTGGCTCCTTTCAAAGTTACTGCCCCCACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGTCTCCTGGAACTCTGGCTCCTTTCAAAGTTACTGCCCCCACA  549

seq1  GCCCCCACAAGAGAAGCATGGCTTTAGTCACGTAGGCAATGCCCCAAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCACAAGAGAAGCATGGCTTTAGTCACATAGGCAATGCCCCAAGCT  599

seq1  TCTGACCTTCAGGTTAAACTCCTCCCCAGTTACCTAGCAACAGTAAAGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCTTCAGGTTAAACTCCTCCCCAGTTACCTAGCAACAGTAAAGAT  649

seq1  AACAGCATACCATAAGAGGTGCTATTTGGCCCCTCCCCATTCTCTTGCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCATACCATAAGAGGTGCTATTTGGCCCCTCCCCATTCTCTTGCTC  699

seq1  TCTTTCTTACTTCCCTTATACTTACTCTCCACTCTCCTCTCCTCTCTCTC  749
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTACTTCCCTTATACTTACTCTCCACTCTCCTCTCCTCTCTCTC  749

seq1  TTCTTTTTCTCCCCTTGCCTCTCCT  774
      ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCTCTCCTTGCCTCTCCT  774

seq1: chr12_24276818_24277870
seq2: B6Ng01-090P03.g_68_1115

seq1  GAATTCAGGTCCTCTGAAACAGTAGTAGTTGTTTGTAAGCACAGAGCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCCTCTGAAACAGTAGTAGTTGTTTGTAAGCACAGAGCCAG  50

seq1  GTCTACAGGTCTCAGAGTCCTGCCCCTGTTTTTGAGTCAGGGCCTCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGGTCTCAGAGTCCTGCCCCTGTTTTTGAGTCAGGGCCTCTCTC  100

seq1  TGAACCCAGAGAGTATTATTCATCATTTTGTCTAGACTAGCAGGCCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCAGAGAGTATTATTCATCATTTTGTCTAGACTAGCAGGCCAGAA  150

seq1  GGACCCTAGAATTGGTTTCTGTTGTCTCTATCCCACAGTGCCAGGGTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTAGAATTGGTTTCTGTTGTCTCTATCCCACAGTGCCAGGGTCAC  200

seq1  AGCAAACAAGGACATATGTGGCGCTTTACACGGGTGCTGGGGATCTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACAAGGACATATGTGGCGCTTTACACGGGTGCTGGGGATCTGAAA  250

seq1  CCAGGTCCTTATGCTTACACACAGGGAGCACTCCACCTCTCAGACTGCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCTTATGCTTACACACAGGGAGCACTCCACCTCTCAGACTGCGG  300

seq1  CTTCCTGCATTTCTGTATTTATTACTTTGCCACCGTGAACCCCCACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCATTTCTGTATTTATTACTTTGCCACCGTGAACCCCCACAGTG  350

seq1  CCCCAAAACAAGGCAGGGTACACACACTGTTTATAACTATGAATCAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAACAAGGCAGGGTACACACACTGTTTATAACTATGAATCAGGGC  400

seq1  TGCATGACATTTCAAAGGCTCTGCATGAGACCCAAGAGACTCTTCCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGACATTTCAAAGGCTCTGCATGAGACCCAAGAGACTCTTCCTATC  450

seq1  CTGGAGGCTCAAACACTTTGTGACCTCCAGGGTTAGGGACTCAGGAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGCTCAAACACTTTGTGACCTCCAGGGTTAGGGACTCAGGAAGGA  500

seq1  ATGTGAGGGATGTGGGTGAATTAGTCTTCTAGAAAGCTCCATTTTGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGGATGTGGGTGAATTAGTCTTCTAGAAAGCTCCATTTTGGCAC  550

seq1  AATAGCAACAGTAGAATACACACTCAGGAATGTGCCACACTAGGAGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAACAGTAGAATACACACTCAGGAATGTGCCACACTAGGAGGTGT  600

seq1  TCACTTGCCGTATGCTGATGTTCTTCCTTTTGAACAGCAATCCAGCTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGCCGTATGCTGATGTTCTTCCTTTTGAACAGCAATCCAGCTATG  650

seq1  GGGTCCCAAGTAAGGCTTTTTGTTGCTTCCCAAGAGGTCATTAATCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCAAGTAAGGCTTTTTGTTGCTTCCCAAGAGGTCATTAATCAAAG  700

seq1  AGGCTCATCACCAGACCAGACCTTTTACAGGCCTCTGCTTCTGTATGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATCACCAGACCAGACCTTTTACAGGCCTCTGCTTCTGTATGGGA  750

seq1  CCAGCAGGACATCTGGGCAGCCAGTTCCCTGTGGTGGAGGAGGGGAAAGC  800
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGACATCTGGGCAGCCAGTTCCCTGTGGTGGAGGAGGGGAAAGC  800

seq1  AAAAAGCAATGTGTGGGTGTGTGCCAGGGCCAGAGCTAAGGAGAAC-TCA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAGCAATGTGTGGGTGTGTGCCAGGGCCAGAGCTAAGGAGAACTTCA  850

seq1  CTACCCTGCAGCACACAACAGCTGCCCAATGAGGAAGTGATAGTATCTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTGCAGCACACAACAGCTGCCCAATGAGGAAGTGATAGTATCTTC  900

seq1  ACAGGGACAGAGGTCGGCCAGGTAACATGGAGCACAACCAAGATGATCAA  949
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  ACAGGGACAGAGGT-TGCCAGGTAACATGGAGCAC-ACCTAGATGATCAA  948

seq1  CCCAAGCAGATTAGGAACTGGCAATGGGGATAGC-TGTAAAGACATGAAA  998
      |||||||||||   |||||||| || |||||||| |||||||||||||||
seq2  CCCAAGCAGAT--AGAACTGGCCATTGGGATAGCTTGTAAAGACATGAAA  996

seq1  GGCAGGGCAGATCCAGGCCCTCACGTTCC-TCACCTAATGTCCAGCTTTA  1047
      ||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GGCA--GCAGATCCA-GCCCTCACGTTCCTTCACCTAATGTCCAGC-TTA  1042

seq1  TAGAAA  1053
      ||||||
seq2  TAGAAA  1048