BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094D01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,848,677 - 105,888,115
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
Downstream geneDicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik, Bdkrb2, Bdkrb1, 2410024A21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094D01.bB6Ng01-094D01.g
ACCDH905475DH905476
length9501,113
definitionDH905475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094D01, 5' end.DH905476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094D01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,848,677 - 105,849,625)(105,886,996 - 105,888,115)
sequence
gaattccagtgctggcaagagatggagacaggcagatttctggggctcac
cagccagccacactggccaatcactgaactctaggtttagtgagagactc
tgtctggaaaatgaagctggagggtggaaggctcctccggcctccacacg
tgcacacataaatatgtgcctgtgtacccagacacatgcatgcatatatt
catactaaactctgtcctcatccctccctaccacgtgaccttggatggtc
actttgcctctctgatcatttgcaccggcttaattataattccagatcgc
ctccaggagccttagtggaggggtgagcatgtgttttcctggaactgggc
tgaggtttgtaaaatcagtgtaagaagcagttggcgctgccccatgcatg
agcaggaggcatggatctgagtctggattccagacacagagtccaacctg
atggtgagtgagcaggtgcacctagggaggctaagagggctatttcctca
gctgtacagagggatcacagtggcatgtcctagagacagatgtgcccaca
cctctcgccagtgcacagcagagcttatacttagcctgttgcagaatcag
aggcttgaggtaggtgacaccaatcttaggtattccaaggagctgacaca
gcaaggactcatctgctagtaagagcagaaagcctgggtataaaagtgcg
gggagggcagccaagtaatatggttagcagaaagacaacacccccatcgg
tctcctgcaagctgtgattttttttttcagtcgggtgtcttctaaaatac
ccagtgctgtcattgtctctctagcaatagatgcactgcttctgaagaag
gttattgtcacataagagagatggccctggttttcaaaagatcccctttt
gaaaactgtgagctctctctctctctctctctctctctctgtgtgtgtgg

gaattcattgggtagatcaggctagtcccaaactcacagagatccttctg
cctctgtctccttaatactgggataaaggaggattaaatgcatgggtcac
tgtgtccagcacttcattacaatctgtaagtggtctgaagtatttgcctg
taagaataaacgcaataacaaaagacgaaaaagcaaagggtgtgacgtgg
gcctggggagatggctcacacttggtacaaggtttgcctggagagcatga
aggcccaaatggtttccagaattcagagcaaaaggcgggggtagaggcca
gagcttgccactccaggcccagggaggaggaggcaggcacatctctgggt
ctccttgatcagccagtctggcttacttggctaagttccagtcagtgaga
gacactcacaacacaagagagtgaggtgggcagagtctgaggttattctc
tggcctccatacacagacacacaagcaccccccccccacacacacacatg
tgcattccacatgaacacacagacatgcacagacacacacacagacacac
agacacatacacacatgcacgcacacatgcatgcatgcacacacaggact
taaataagaaagaaataagaacaatagcaagcgcaaggagtactcaacac
ttagtctctaagcaaacccaaacacatcatacctagcagatagaaccctc
atcacccactgcataaccacttcagtgtggcagctctataagaggctaac
cattgcattaccatgtgatccagcaatcccgctcccaaatacatgcccaa
gagaagaaaaacatgtggccactcaaaaaacctgaacattgtttatagcg
ctattcctaacagccaaaagtggtcatgacccaagagtgatgggctgatg
ttaggatgaaacagattgtgcacacaattaaatattactaggcagtaaaa
agggatggtgtactgatgcaggctaccaaatggccaacctgggcacggtg
ttgtccgttcataagaatgcccagtgtctagagagacagcttcatggcta
aagcacttgcgctctaacagagggcctgtattagttaatgttctgctgct
atgttttgaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105848677_105849625
seq2: B6Ng01-094D01.b_47_995

seq1  GAATTCCAGTGCTGGCAAGAGATGGAGACAGGCAGATTTCTGGGGCTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCTGGCAAGAGATGGAGACAGGCAGATTTCTGGGGCTCAC  50

seq1  CAGCCAGCCACACTGGCCAATCACTGAACTCTAGGTTTAGTGAGAGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGCCACACTGGCCAATCACTGAACTCTAGGTTTAGTGAGAGACTC  100

seq1  TGTCTGGAAAATGAAGCTGGAGGGTGGAAGGCTCCTCCGGCCTCCACACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGAAAATGAAGCTGGAGGGTGGAAGGCTCCTCCGGCCTCCACACG  150

seq1  TGCACACATAAATATGTGCCTGTGTACCCAGACACATGCATGCATATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATAAATATGTGCCTGTGTACCCAGACACATGCATGCATATATT  200

seq1  CATACTAAACTCTGTCCTCATCCCTCCCTACCACGTGACCTTGGATGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTAAACTCTGTCCTCATCCCTCCCTACCACGTGACCTTGGATGGTC  250

seq1  ACTTTGCCTCTCTGATCATTTGCACCGGCTTAATTATAATTCCAGATCGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCCTCTCTGATCATTTGCACCGGCTTAATTATAATTCCAGATCGC  300

seq1  CTCCAGGAGCCTTAGTGGAGGGGTGAGCATGTGTTTTCCTGGAACTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGAGCCTTAGTGGAGGGGTGAGCATGTGTTTTCCTGGAACTGGGC  350

seq1  TGAGGTTTGTAAAATCAGTGTAAGAAGCAGTTGGCGCTGCCCCATGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTGTAAAATCAGTGTAAGAAGCAGTTGGCGCTGCCCCATGCATG  400

seq1  AGCAGGAGGCATGGATCTGAGTCTGGATTCCAGACACAGAGTCCAACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAGGCATGGATCTGAGTCTGGATTCCAGACACAGAGTCCAACCTG  450

seq1  ATGGTGAGTGAGCAGGTGCACCTAGGGAGGCTAAGAGGGCTATTTCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGAGTGAGCAGGTGCACCTAGGGAGGCTAAGAGGGCTATTTCCTCA  500

seq1  GCTGTACAGAGGGATCACAGTGGCATGTCCTAGAGACAGATGTGCCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACAGAGGGATCACAGTGGCATGTCCTAGAGACAGATGTGCCCACA  550

seq1  CCTCTCGCCAGTGCACAGCAGAGCTTATACTTAGCCTGTTGCAGAATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCGCCAGTGCACAGCAGAGCTTATACTTAGCCTGTTGCAGAATCAG  600

seq1  AGGCTTGAGGTAGGTGACACCAATCTTAGGTATTCCAAGGAGCTGACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGAGGTAGGTGACACCAATCTTAGGTATTCCAAGGAGCTGACACA  650

seq1  GCAAGGACTCATCTGCTAGTAAGAGCAGAAAGCCTGGGTATAAAAGTGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGACTCATCTGCTAGTAAGAGCAGAAAGCCTGGGTATAAAAGTGCG  700

seq1  GGGAGGGCAGCCAAGTAATATGGTTAGCAGAAAGACAACACCCCCATCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGCAGCCAAGTAATATGGTTAGCAGAAAGACAACACCCCCATCGG  750

seq1  TCTCCTGCAAGCTGTGATTTTTTTTTTCAGTCGGGTGTCTTCTAAAATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGCAAGCTGTGATTTTTTTTTTCAGTCGGGTGTCTTCTAAAATAC  800

seq1  CCAGTGCTGTCATTGTCTCTCTAGCAATAGATGCACTGCTTCTGAAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTGTCATTGTCTCTCTAGCAATAGATGCACTGCTTCTGAAGAAG  850

seq1  GTTATTGTCACATAAGAGAGATGGCCCTGGTTTTCAAAAGATCCCCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGTCACATAAGAGAGATGGCCCTGGTTTTCAAAAGATCCCCTTTT  900

seq1  GAAAACTGTGAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGTGAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG  949

seq1: chr12_105886996_105888115
seq2: B6Ng01-094D01.g_69_1181 (reverse)

seq1  TCCCTCCAAAACCATAGCAGCAGAACATTAACTAATACAGGCCCTCTGTT  50
      ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTC--AAAACATAGCAGCAGAACATTAACTAATACAGGCCCTCTGTT  48

seq1  AGAGCCGCAAGTGCTTTTAGCCATGAAGCTGTCTCTCTAGACACTGGGCA  100
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAG-CGCAAGTGC-TTTAGCCATGAAGCTGTCTCTCTAGACACTGGGCA  96

seq1  TTTCTTATGAACGGAACACACCGTTGCCCAGGTTGGCCATTTGGTAGCCT  150
       ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCTTATGAACGGACAACACCG-TGCCCAGGTTGGCCATTTGGTAGCCT  144

seq1  GCATCAGTACACCATCCCTTTTTACTGCCTAGTAATATTTAATTGTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGTACACCATCCCTTTTTACTGCCTAGTAATATTTAATTGTGTGC  194

seq1  ACATCTTGTTTCATCCTAACATCAGCCCATCACTCTTGGGTCATGACCAC  250
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTGTTTCATCCTAACATCAGCCCATCACTCTTGGGTCATGACCAC  244

seq1  TTTTTGGCTGTTAGGAATAGCGCTATAAACAATGTTCAGGTTTTTTGAGT  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTGGCTGTTAGGAATAGCGCTATAAACAATGTTCAGGTTTTTTGAGT  293

seq1  GGCCACATGTTTTTCTTCTCTTGGGCATGTATTTGGGAGCGGGATTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATGTTTTTCTTCTCTTGGGCATGTATTTGGGAGCGGGATTGCTG  343

seq1  GATCACATGGTAATGCAATGGTTAGCCTCTTATAGAGCTGCCACACTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACATGGTAATGCAATGGTTAGCCTCTTATAGAGCTGCCACACTGAA  393

seq1  GTGGTTATGCAGTGGGTGATGAGGGTTCTATCTGCTAGGTATGATGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTATGCAGTGGGTGATGAGGGTTCTATCTGCTAGGTATGATGTGTT  443

seq1  TGGGTTTGCTTAGAGACTAAGTGTTGAGTACTCCTTGCGCTTGCTATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGCTTAGAGACTAAGTGTTGAGTACTCCTTGCGCTTGCTATTGT  493

seq1  TCTTATTTCTTTCTTATTTAAGTCCTGTGTGTGCATGCATGCATGTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTCTTTCTTATTTAAGTCCTGTGTGTGCATGCATGCATGTGTGC  543

seq1  GTGCATGTGTGTATGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGCATGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTGTGTATGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGCATGTCT  593

seq1  GTGTGTTCATGTGGAATGCACATGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGTGCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCATGTGGAATGCACATGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGTGCTTGT  643

seq1  GTGTCTGTGTATGGAGGCCAGAGAATAACCTCAGACTCTGCCCACCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGTATGGAGGCCAGAGAATAACCTCAGACTCTGCCCACCTCAC  693

seq1  TCTCTTGTGTTGTGAGTGTCTCTCACTGACTGGAACTTAGCCAAGTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGTGTTGTGAGTGTCTCTCACTGACTGGAACTTAGCCAAGTAAGC  743

seq1  CAGACTGGCTGATCAAGGAGACCCAGAGATGTGCCTGCCTCCTCCTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGCTGATCAAGGAGACCCAGAGATGTGCCTGCCTCCTCCTCCCT  793

seq1  GGGCCTGGAGTGGCAAGCTCTGGCCTCTACCCCCGCCTTTTGCTCTGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGGAGTGGCAAGCTCTGGCCTCTACCCCCGCCTTTTGCTCTGAAT  843

seq1  TCTGGAAACCATTTGGGCCTTCATGCTCTCCAGGCAAACCTTGTACCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAACCATTTGGGCCTTCATGCTCTCCAGGCAAACCTTGTACCAAG  893

seq1  TGTGAGCCATCTCCCCAGGCCCACGTCACACCCTTTGCTTTTTCGTCTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCCATCTCCCCAGGCCCACGTCACACCCTTTGCTTTTTCGTCTTT  943

seq1  TGTTATTGCGTTTATTCTTACAGGCAAATACTTCAGACCACTTACAGATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTGCGTTTATTCTTACAGGCAAATACTTCAGACCACTTACAGATT  993

seq1  GTAATGAAGTGCTGGACACAGTGACCCATGCATTTAATCCTCCTTTATCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAAGTGCTGGACACAGTGACCCATGCATTTAATCCTCCTTTATCC  1043

seq1  CAGTATTAAGGAGACAGAGGCAGAAGGATCTCTGTGAGTTTGGGACTAGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTAAGGAGACAGAGGCAGAAGGATCTCTGTGAGTTTGGGACTAGC  1093

seq1  CTGATCTACCCAATGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTACCCAATGAATTC  1113