BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095H10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 11,425,341 - 11,558,532
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVsnl1, EG209550
Upstream geneLOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6
Downstream geneLOC217390, LOC628327, LOC627110, LOC100043209, D12Ertd553e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095H10.bB6Ng01-095H10.g
ACCDH906399DH906400
length7601,108
definitionDH906399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095H10, 5' end.DH906400|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,557,774 - 11,558,532)(11,425,341 - 11,426,464)
sequence
gaattctatatattgtccaagaaagtacagaaagtgtatcttgagttgta
tgaattactagcttttccataacttttaattcaaaaggtacaatgcacat
gttagactataacaaaaacccatattgattgcagagtgccaggggaaaaa
aattacgattcccattaaaagcgtcaaggaagggttaaggagtaggtacc
actccagcagaccatgaaagaaacacagagcaacaataaaggaaaaatgg
ccccagagataatgttgtgaacaagagcagagataggaatgtacaccatg
tatattttttaaggatgcatcagggatagtaattggagaaggggaaaaga
gggttttttttaattattgttaaaacaaaaacaaaactcgagagcattga
gtcacattcaacagcctcatgactcattgggtgagtaatgtcactgtgaa
gcaaagttttcagacaacacgttaaaaacatagagataaagcagaatttt
gacctcaggaacagcagacataattttcacatcaaaaattttgaatttat
tatattaataatagtgagagatgaagtatagtaaaagttgtatcatattt
gttatagaaagtccctttggtaacattaataatcataacaaactctttag
tacaggagaaaaatctatgcaactccttggaattccttcacaccattgga
tgcctccttacagattttaaaccatctagcagacacatgcagggaggggg
gggtgggaat
gaattctatgattcattgaatgtatatttattaggattctatagttgctt
aggcattgaataagaccttgaatgagcataccactgaattaattgagtgt
tgtgtctcagaactttgttttaatgtcagtcttagaagtcctatttgtac
agcactataaacagtcgtaatcatagccttatggtaggttcaccacatgt
gaaacctcgcttgatatctacaggtatattgaagactagatttaatcatt
cataatttacaggtaaagaagtgaatactgagcagccatgggctgacact
ggggtttgaacttttgttgtgattcacagtcggaatttgctctctcctgt
gcagacgagaactcaaccacttttaatggtttagttgatttgtgaagtgg
taaatggaagttttataatttactttctttttttagattgtacctataaa
tgattaatttgataaacatagttctataataagtgatacaataatagaag
atcctaaaagttagagttttactggcttagggccctgttttatagccgtg
aaagggatacgaatatattaaaaaatacctgttatagacttctcaaaagt
taagaaaaatacagcaaagcaaaaaagatcacctgtaactaccacagaaa
gtgagttatgttggcagaatttgataatcccagcactggggaagttgaga
cagaattgtgcaatggagacagttgaaaaggatcctatctcaaataaata
aacaaatgtgtaaataaataaataaccaaaatattaaaatggaaacaaag
tcagagtccagtttttctttaggctattaaacttattgacctggagctgc
ttaaaatcaagactcatctgctatatgcttatttgtttgtttactattta
tattcagggccttggagtgtaactctgggactctttggtgtagtccaggc
tagcctagaactcatggtagtcctcagcctcagcctgtccagttttggga
ttatagcatgtgtggtgatgctatgttctcaaatgaagaagtacctcatt
attctgttgccaaaacacccaccctcatgtattaaaatagagctctttca
ctgggctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_11557774_11558532
seq2: B6Ng01-095H10.b_42_801 (reverse)

seq1  ATTCCCA-CCCCCCCTCCCTGCATGTGTCTGCTAGATGGTTTAAAATCTG  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCACCCCCCCCTCCCTGCATGTGTCTGCTAGATGGTTTAAAATCTG  50

seq1  TAAGGAGGCATCCAATGGTGTGAAGGAATTCCAAGGAGTTGCATAGATTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGGCATCCAATGGTGTGAAGGAATTCCAAGGAGTTGCATAGATTT  100

seq1  TTCTCCTGTACTAAAGAGTTTGTTATGATTATTAATGTTACCAAAGGGAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGTACTAAAGAGTTTGTTATGATTATTAATGTTACCAAAGGGAC  150

seq1  TTTCTATAACAAATATGATACAACTTTTACTATACTTCATCTCTCACTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATAACAAATATGATACAACTTTTACTATACTTCATCTCTCACTAT  200

seq1  TATTAATATAATAAATTCAAAATTTTTGATGTGAAAATTATGTCTGCTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATAATAAATTCAAAATTTTTGATGTGAAAATTATGTCTGCTGT  250

seq1  TCCTGAGGTCAAAATTCTGCTTTATCTCTATGTTTTTAACGTGTTGTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGTCAAAATTCTGCTTTATCTCTATGTTTTTAACGTGTTGTCTG  300

seq1  AAAACTTTGCTTCACAGTGACATTACTCACCCAATGAGTCATGAGGCTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTTGCTTCACAGTGACATTACTCACCCAATGAGTCATGAGGCTGT  350

seq1  TGAATGTGACTCAATGCTCTCGAGTTTTGTTTTTGTTTTAACAATAATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGACTCAATGCTCTCGAGTTTTGTTTTTGTTTTAACAATAATTA  400

seq1  AAAAAAACCCTCTTTTCCCCTTCTCCAATTACTATCCCTGATGCATCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCCTCTTTTCCCCTTCTCCAATTACTATCCCTGATGCATCCTT  450

seq1  AAAAAATATACATGGTGTACATTCCTATCTCTGCTCTTGTTCACAACATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATATACATGGTGTACATTCCTATCTCTGCTCTTGTTCACAACATT  500

seq1  ATCTCTGGGGCCATTTTTCCTTTATTGTTGCTCTGTGTTTCTTTCATGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGGGCCATTTTTCCTTTATTGTTGCTCTGTGTTTCTTTCATGGT  550

seq1  CTGCTGGAGTGGTACCTACTCCTTAACCCTTCCTTGACGCTTTTAATGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAGTGGTACCTACTCCTTAACCCTTCCTTGACGCTTTTAATGGG  600

seq1  AATCGTAATTTTTTTCCCCTGGCACTCTGCAATCAATATGGGTTTTTGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTAATTTTTTTCCCCTGGCACTCTGCAATCAATATGGGTTTTTGTT  650

seq1  ATAGTCTAACATGTGCATTGTACCTTTTGAATTAAAAGTTATGGAAAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTAACATGTGCATTGTACCTTTTGAATTAAAAGTTATGGAAAAGC  700

seq1  TAGTAATTCATACAACTCAAGATACACTTTCTGTACTTTCTTGGACAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATTCATACAACTCAAGATACACTTTCTGTACTTTCTTGGACAATA  750

seq1  TATAGAATTC  759
      ||||||||||
seq2  TATAGAATTC  760

seq1: chr12_11425341_11426464
seq2: B6Ng01-095H10.g_67_1174

seq1  GAATTCTATGATTCATTGAATGTATATTTATTAGGATTCTATAGTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGATTCATTGAATGTATATTTATTAGGATTCTATAGTTGCTT  50

seq1  AGGCATTGAATAAGACCTTGAATGAGCATACCACTGAATTAATTGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGAATAAGACCTTGAATGAGCATACCACTGAATTAATTGAGTGT  100

seq1  TGTGTCTCAGAACTTTGTTTTAATGTCAGTCTTAGAAGTCCTATTTGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTCAGAACTTTGTTTTAATGTCAGTCTTAGAAGTCCTATTTGTAC  150

seq1  AGCACTATAAACAGTCGTAATCATAGCCTTATGGTAGGTTCACCACATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTATAAACAGTCGTAATCATAGCCTTATGGTAGGTTCACCACATGT  200

seq1  GAAACCTCGCTTGATATCTACAGGTATATTGAAGACTAGATTTAATCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTCGCTTGATATCTACAGGTATATTGAAGACTAGATTTAATCATT  250

seq1  CATAATTTACAGGTAAAGAAGTGAATACTGAGCAGCCATGGGCTGACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTACAGGTAAAGAAGTGAATACTGAGCAGCCATGGGCTGACACT  300

seq1  GGGGTTTGAACTTTTGTTGTGATTCACAGTCGGAATTTGCTCTCTCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGAACTTTTGTTGTGATTCACAGTCGGAATTTGCTCTCTCCTGT  350

seq1  GCAGACGAGAACTCAACCACTTTTAATGGTTTAGTTGATTTGTGAAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACGAGAACTCAACCACTTTTAATGGTTTAGTTGATTTGTGAAGTGG  400

seq1  TAAATGGAAGTTTTATAATTTACTTTCTTTTTTTAGATTGTACCTATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGAAGTTTTATAATTTACTTTCTTTTTTTAGATTGTACCTATAAA  450

seq1  TGATTAATTTGATAAACATAGTTCTATAATAAGTGATACAATAATAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATTTGATAAACATAGTTCTATAATAAGTGATACAATAATAGAAG  500

seq1  ATCCTAAAAGTTAGAGTTTTACTGGCTTAGGGCCCTGTTTTATAGCCGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAAAAGTTAGAGTTTTACTGGCTTAGGGCCCTGTTTTATAGCCGTG  550

seq1  AAAGGGATACGAATATATTAAAAAATACCTGTTATAGACTTCTCAAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGATACGAATATATTAAAAAATACCTGTTATAGACTTCTCAAAAGT  600

seq1  TAAGAAAAATACAGCAAAGCAAAAAAGATCACCTGTAACTACCACAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAATACAGCAAAGCAAAAAAGATCACCTGTAACTACCACAGAAA  650

seq1  GTGAGTTATGTTGGCAGAATTTGATAATCCCAGCACTGGGGAAGTTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTATGTTGGCAGAATTTGATAATCCCAGCACTGGGGAAGTTGAGA  700

seq1  CAGAATTGTGCAATGGAGACAGTTGAAAAGGATCCTATCTCAAATAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTGTGCAATGGAGACAGTTGAAAAGGATCCTATCTCAAATAAATA  750

seq1  AACAAATGTGTAAATAAATAAATAACCAAAATATTAAAATGGAAACAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGTGTAAATAAATAAATAACCAAAATATTAAAATGGAAACAAAG  800

seq1  TCAGAGTCCAGTTTTTCTTTAGGCTATTAAACTTATTGACCTGGAGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCCAGTTTTTCTTTAGGCTATTAAACTTATTGACCTGGAGCTGC  850

seq1  TTAAAAATCAAGACTCATCTGCTATTATGCTTATTTGTTTGTTTACTTAT  900
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TT-AAAATCAAGACTCATCTGCTA-TATGCTTATTTGTTTGTTTAC-TAT  897

seq1  TTATATTCAGGGCCTTGGAGTGTAACTCTGGAACTCTTT-GTGTAGTCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TTATATTCAGGGCCTTGGAGTGTAACTCTGGGACTCTTTGGTGTAGTCCA  947

seq1  GGCTAGCCTAGAACTCATGGTAGTTCCTCAGCCTCAGCCTGTCCAGTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCCTAGAACTCATGGTAG-TCCTCAGCCTCAGCCTGTCCAGTTTT  996

seq1  GGGATTATAGCATGTGTTGGTTGATGCTATGTTCTCAAATGGAAAGAAAG  1049
      |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||| |||
seq2  GGGATTATAGCATGTGT--GGTGATGCTATGTTCTCAAATG--AAG-AAG  1041

seq1  TACTCAATTATTCTGTTTGGCCAAAACACCACCTCTTCAATGTTAATTTA  1099
      |||   |||||||||||  |||||||||||  | ||   ||||  |||  
seq2  TACCTCATTATTCTGTT--GCCAAAACACCCACCCT--CATGT--ATT--  1083

seq1  ATATTAGAGCTCTTTCACTTGGCTC  1124
      | | ||||||||||||||| |||||
seq2  AAAATAGAGCTCTTTCACTGGGCTC  1108