BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096M04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,531,106 - 105,737,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc
Upstream geneEG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900
Downstream geneDicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1, LOC100040310, 2810011L19Rik, LOC100040339, EG668081, D430019H16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096M04.bB6Ng01-096M04.g
ACCDH907317DH907318
length1,192896
definitionDH907317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096M04, 5' end.DH907318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,736,441 - 105,737,633)(105,531,106 - 105,532,000)
sequence
gaattccaagtccgggtatagagaaaggaaattaatatatgctcctagca
gctcacaccttttaccagggaataactctccctcctggttctccctggat
tcctagaggcttgtgtatgttgaaagtgctctgcagaggtcaagtgtgag
acagtcgtggctacctctaggcaaaaatggtcaatgaggagctaaggaga
tgattcagtcagttatttccatacaagctcaggacctgtattaggtatct
ccagcatctgcataacagacagacagaatagtatgcacctgcgtcactgg
cactggtcggatggagacagagggttcctgggcctcattggccagcctag
ctgaatcatgagagatcccgtctcaaagaataaagtggggagtaatagag
ggagacccccaatatcaagctcaggcttctacataacctatacatgcaag
tgcacacacagtgcacacacacacaccctgtgctctctgtgagtggactg
acaccctgatggagcctgagtcttcatgctgataatgtctccctggtcct
gactcccagggcagctgccttactcctctgagcagaagcaggaagtgcag
acagtcttggctgatgagaagatggtggctgtgcctttagccaattgaat
tctatgttcagccacatatgtctggaccaggatgggtgtctgtttaggga
agcatcgccctgcccccatacatatttgctacatgctatgaagccattga
ctgtacaggttctcagacctgactgctggggtccccagagagatcaggga
gaaattgagttatcggacagtaccttccagtattatttgttgttttgttt
gtttggatttttgttttcttctcatgctgagattttcttctgatacagag
agtcagtactcctccactgagccttacctactctgcccataaacatttaa
attggttttaggggttcattagtcttcttagtacatgaaaaaaatacaga
gaaaactattttcccacagttgagggcacccaaaattaaggatgttggca
gaaccatgatccctctgcagcagaggttgtctgccactccagagaacttc
tttcctcagaaagatggtggccatgttcagaaacctggcccaagcccctc
tttctgctaatctcctggtggctgattaacgtatgtggcttc
gaattcctgtaatgtatttctcaacatgtgtcatcccaccttaggtgctg
gggagccatcctcacataaagagtagaaaacatggtgttttatggtgcac
tgaattttttcactggttgaaatatgcttttatgcatgcatatgaaacct
gtaactgaactatggtcacctggttactaatttccaacaaatgtattcag
aaatcttctaatacttaaaattgttgtgatgatggttatgtgaaataaag
aaaaaaatcctacctgtatttctttaaagaataaattttataaattatca
ttgaaaacaaaagaatgaaatatgagtcctgaggggaggttctctgagct
ttaagggtgtgaaagggctgggcagcagaagaaagtcccagctcctggat
gtgaagtttgtgtgtgtgttgttgagacatggggatgagaatacaacatg
atagagggaccaaacactggctctactagagccttgggagaggggatcag
agctcctctctgtcacccccaggactgctgagggggacttggccagctgc
agcccctccttgccacttctctggctttgaccttgcacagagaggagaaa
taaaagttgctttagtgtgatttcatctgctcctccttttgggccaagga
agaaatagctgagagggagtttaaggtcagtagggcaacctaggagagca
ctttgtcaaaacaaaaagtaagcagaaggctgtgcatatggatgcacact
tacacattcacaaacacaaagacacacattacacacctgctcaggaatga
ctcagtgggtaggtcattgtctgagtatacatcagttctgagttcaaata
tatgtatgtgtgtatatattttatatatatatatgtatatatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105736441_105737633
seq2: B6Ng01-096M04.b_46_1237 (reverse)

seq1  GAAGCACACATACGTGTAATCAGCCACCAGGAGGATTAGCAGGAAAGGAA  50
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||  |
seq2  GAAGC-CACATACGT-TAATCAGCCACCAGGA-GATTAGCA-GAAAG--A  44

seq1  GGGGCTGGGGGCCAG--TTCTG-ACATGGCCACCATC-TTCTGAAGAAAG  96
      ||||||  |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||| |||||
seq2  GGGGCT-TGGGCCAGGTTTCTGAACATGGCCACCATCTTTCTGAGGAAAG  93

seq1  GAG-TCTCTGGGAGTGGCAGACAACCCTCTGCTGCAGAGGGATCATGGTT  145
       || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTCT-GGAGTGGCAGACAA-CCTCTGCTGCAGAGGGATCATGGTT  141

seq1  CTGCCAACATCCTT-ATTTTGGGTGCCCTC-ACTGTGGGAAAATAGTTTT  193
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAACATCCTTAATTTTGGGTGCCCTCAACTGTGGGAAAATAGTTTT  191

seq1  CTCTGTATTTTTTTCATGTACTAAG-AGACTAATGAACCCCTAAAACCAA  242
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATTTTTTTCATGTACTAAGAAGACTAATGAACCCCTAAAACCAA  241

seq1  TTTAAATGTTTATGGGCAGAGTAGGTAAGGCTCAGTGGAGGAGTACTGAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTTTATGGGCAGAGTAGGTAAGGCTCAGTGGAGGAGTACTGAC  291

seq1  TCTCTGTATCAGAAGAAAATCTCAGCATGAGAAGAAAACAAAAATCCAAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTATCAGAAGAAAATCTCAGCATGAGAAGAAAACAAAAATCCAAA  341

seq1  CAAACAAAACAACAAATAATACTGGAAGGTACTGTCCGATAACTCAATTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAACAACAAATAATACTGGAAGGTACTGTCCGATAACTCAATTT  391

seq1  CTCCCTGATCTCTCTGGGGACCCCAGCAGTCAGGTCTGAGAACCTGTACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGATCTCTCTGGGGACCCCAGCAGTCAGGTCTGAGAACCTGTACA  441

seq1  GTCAATGGCTTCATAGCATGTAGCAAATATGTATGGGGGCAGGGCGATGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGGCTTCATAGCATGTAGCAAATATGTATGGGGGCAGGGCGATGC  491

seq1  TTCCCTAAACAGACACCCATCCTGGTCCAGACATATGTGGCTGAACATAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAAACAGACACCCATCCTGGTCCAGACATATGTGGCTGAACATAG  541

seq1  AATTCAATTGGCTAAAGGCACAGCCACCATCTTCTCATCAGCCAAGACTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATTGGCTAAAGGCACAGCCACCATCTTCTCATCAGCCAAGACTG  591

seq1  TCTGCACTTCCTGCTTCTGCTCAGAGGAGTAAGGCAGCTGCCCTGGGAGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTTCCTGCTTCTGCTCAGAGGAGTAAGGCAGCTGCCCTGGGAGT  641

seq1  CAGGACCAGGGAGACATTATCAGCATGAAGACTCAGGCTCCATCAGGGTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCAGGGAGACATTATCAGCATGAAGACTCAGGCTCCATCAGGGTG  691

seq1  TCAGTCCACTCACAGAGAGCACAGGGTGTGTGTGTGTGCACTGTGTGTGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCACTCACAGAGAGCACAGGGTGTGTGTGTGTGCACTGTGTGTGC  741

seq1  ACTTGCATGTATAGGTTATGTAGAAGCCTGAGCTTGATATTGGGGGTCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCATGTATAGGTTATGTAGAAGCCTGAGCTTGATATTGGGGGTCTC  791

seq1  CCTCTATTACTCCCCACTTTATTCTTTGAGACGGGATCTCTCATGATTCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATTACTCCCCACTTTATTCTTTGAGACGGGATCTCTCATGATTCA  841

seq1  GCTAGGCTGGCCAATGAGGCCCAGGAACCCTCTGTCTCCATCCGACCAGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGCTGGCCAATGAGGCCCAGGAACCCTCTGTCTCCATCCGACCAGT  891

seq1  GCCAGTGACGCAGGTGCATACTATTCTGTCTGTCTGTTATGCAGATGCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGACGCAGGTGCATACTATTCTGTCTGTCTGTTATGCAGATGCTG  941

seq1  GAGATACCTAATACAGGTCCTGAGCTTGTATGGAAATAACTGACTGAATC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACCTAATACAGGTCCTGAGCTTGTATGGAAATAACTGACTGAATC  991

seq1  ATCTCCTTAGCTCCTCATTGACCATTTTTGCCTAGAGGTAGCCACGACTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTAGCTCCTCATTGACCATTTTTGCCTAGAGGTAGCCACGACTG  1041

seq1  TCTCACACTTGACCTCTGCAGAGCACTTTCAACATACACAAGCCTCTAGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACTTGACCTCTGCAGAGCACTTTCAACATACACAAGCCTCTAGG  1091

seq1  AATCCAGGGAGAACCAGGAGGGAGAGTTATTCCCTGGTAAAAGGTGTGAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGGGAGAACCAGGAGGGAGAGTTATTCCCTGGTAAAAGGTGTGAG  1141

seq1  CTGCTAGGAGCATATATTAATTTCCTTTCTCTATACCCGGACTTGGAATT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGGAGCATATATTAATTTCCTTTCTCTATACCCGGACTTGGAATT  1191

seq1  C  1193
      |
seq2  C  1192

seq1: chr12_105531106_105532000
seq2: B6Ng01-096M04.g_70_965

seq1  GAATTCCTGTAATGTATTTCTCAACATGTGTCATCCCACCTTAGGTGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTAATGTATTTCTCAACATGTGTCATCCCACCTTAGGTGCTG  50

seq1  GGGAGCCATCCTCACATAAAGAGTAGAAAACATGGTGTTTTATGGTGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCATCCTCACATAAAGAGTAGAAAACATGGTGTTTTATGGTGCAC  100

seq1  TGAATTTTTTCACTGGTTGAAATATGCTTTTATGCATGCATATGAAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTTTCACTGGTTGAAATATGCTTTTATGCATGCATATGAAACCT  150

seq1  GTAACTGAACTATGGTCACCTGGTTACTAATTTCCAACAAATGTATTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGAACTATGGTCACCTGGTTACTAATTTCCAACAAATGTATTCAG  200

seq1  AAATCTTCTAATACTTAAAATTGTTGTGATGATGGTTATGTGAAATAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCTAATACTTAAAATTGTTGTGATGATGGTTATGTGAAATAAAG  250

seq1  AAAAAAATCCTACCTGTATTTCTTTAAAGAATAAATTTTATAAATTATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCCTACCTGTATTTCTTTAAAGAATAAATTTTATAAATTATCA  300

seq1  TTGAAAACAAAAGAATGAAATATGAGTCCTGAGGGGAGGTTCTCTGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAACAAAAGAATGAAATATGAGTCCTGAGGGGAGGTTCTCTGAGCT  350

seq1  TTAAGGGTGTGAAAGGGCTGGGCAGCAGAAGAAAGTCCCAGCTCCTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGTGTGAAAGGGCTGGGCAGCAGAAGAAAGTCCCAGCTCCTGGAT  400

seq1  GTGAAGTTTGTGTGTGTGTTGTTGAGACATGGGGATGAGAATACAACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTTTGTGTGTGTGTTGTTGAGACATGGGGATGAGAATACAACATG  450

seq1  ATAGAGGGACCAAACACTGGCTCTACTAGAGCCTTGGGAGAGGGGATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGGACCAAACACTGGCTCTACTAGAGCCTTGGGAGAGGGGATCAG  500

seq1  AGCTCCTCTCTGTCACCCCCAGGACTGCTGAGGGGGACTTGGCCAGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCTCTGTCACCCCCAGGACTGCTGAGGGGGACTTGGCCAGCTGC  550

seq1  AGCCCCTCCTTGCCACTTCTCTGGCTTTGACCTTGCACAGAGAGGAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTCCTTGCCACTTCTCTGGCTTTGACCTTGCACAGAGAGGAGAAA  600

seq1  TAAAAGTTGCTTTAGTGTGATTTCATCTGCTCCTCCTTTTGGGCCAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTGCTTTAGTGTGATTTCATCTGCTCCTCCTTTTGGGCCAAGGA  650

seq1  AGAAATAGCTGAGAGGGAGTTTAAGGTCAGTAGGGCAACCTAGGAGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGCTGAGAGGGAGTTTAAGGTCAGTAGGGCAACCTAGGAGAGCA  700

seq1  CTTTGTCAAAACAAAAAGTAAGCAGAAGGCTGTGCATATGGATGCACACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAAAACAAAAAGTAAGCAGAAGGCTGTGCATATGGATGCACACT  750

seq1  TACACATTCACAAACACAAAGACACACATTACACACCTGCTCAGGAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTCACAAACACAAAGACACACATTACACACCTGCTCAGGAATGA  800

seq1  CTCAGT-GGTAGGTCATTGTCTGAGTATACATCAGGTTCTGAGTTCAAAT  849
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGTAGGTCATTGTCTGAGTATACATCA-GTTCTGAGTTCAAAT  849

seq1  ATATGTATGTGTGTATATA-TTTATATATATATATGTATATATGTAT  895
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTGTGTATATATTTTATATATATATATGTATATATGTAT  896