BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099C06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 62,652,140 - 62,768,616
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrfn5, LOC665699
Upstream geneLOC100040300, LOC665677, Nanog-ps2
Downstream geneLOC665707, LOC100040403, LOC665713, LOC622746, LOC100040438
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099C06.bB6Ng01-099C06.g
ACCDH909017DH909018
length9561,102
definitionDH909017|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099C06, 5' end.DH909018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,652,140 - 62,653,095)(62,767,499 - 62,768,616)
sequence
gaattctgttcaaagggatttctatgtattcctttttgaacatagcctct
ctgacatttttagtggatatcagtgtcatatatttttttaatatttttta
ttacatattttcctcaattgcatttccaatgctatcccaaaagtccccca
taccctccccccccacttccctacccacccattcccatttttgtttttgg
ccctggtgtgtcatatatttttattcttaaacttaaaacatgtgcatgta
taggcactgaggacagaaagccagacttctcaggttgctgatgcacatcc
aggtccttttgttgaataatatttttattgtatctggagatgccatttat
cgtgtaatggccaatctgtgtcagaggatttttctgtatcattgcatgag
tgattataatgacccagtgtatgtctttctctttatgcatatttgatagc
agtgcttctgagtgcctgataaatatgcttttaaacttgttttatcttgg
tttttagatgagttttaagtgttatgaaaatgtctcaatcaattactatg
cttagaaaaccaatgccaggtattaatgtcataaaactgccaacagtttt
ctaaattccccaaatccattgaaattaagtaatattcacttgaaattatt
gtttaaagattttttgaatgcagaactagaaagaaactaagtaaacataa
gtaatagttaagtgcaaaaatcttctgaattaaatgagctttaaacaaca
ccatccactgctctacagagctctccaaagtcagcccaacaatttgtcta
gtacagttgagaacaagaacatgatatttttcttgcggtctcatcataat
ttttctcaactctatgtacttccttgggcctttttcttcttgaaacttta
actcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatat
gaattctgatcacctagttttaattccaagctgctgttgctgtgactact
tcacaggcttaaaattagacacctattatactcatgtattctcaagtaat
atggttcctttctagcaattatattgaataccaataataaactatgaaag
agctcagagagcttgttaaaagcattagaaattattaggacacatatttc
ttatttttattacatatttcccttatttacatttcaagttttcaaatgtt
ttcccctttcctcatttcccctccaaaaaactcccttcccatcccatgga
ctgaacacaggatccccaatggaggagctagagaagggacccaaggagct
gaaggggttttcagccccataggaggagcaacaatatgaactaaccagta
ctcccagagctcccttggactaaaccaccaaccaaaggacacatgtttct
aagctgagtatcacttcctttatgttgaatctaaaacatcatcaccaagt
agacatcagttctctgaaagagcagactgactcaagttttattattcata
acagtgaggctctaaaactggattcaccataaaataatagttaaaaccat
tcattcacattttatttttattcttttaatttaattaaaatatatttaca
tagcaaaggtctctgtgctgtcaaatggtgttgcccagaagagaaagaga
tgcagagcaatttgtactctgttatgaaaggaagagctggagactcaaca
gaggtgaacaactgcctgatgtgagacttctgtactgctactagaggcca
tgttgatgactggcatgtgctgccaccaaggactgtgtctatgtctgtgg
tctaattgcagtaggagtttatgtgaatatccgtactccatcctgtttac
caccaaaggtcatgtatgcatctatggtctgggctgccttctaaagccat
actgatgtcagaagctcaaactgagctagcccagccccttcacgctgagc
tctgggagctggtcctaatagcatgggtttgagagggctggtgggctaac
actcaatgcacttaggcagatcaggatctgagctgctcacccaacattac
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_62652140_62653095
seq2: B6Ng01-099C06.b_47_1002

seq1  GAATTCTGTTCAAAGGGATTTCTATGTATTCCTTTTTGAACATAGCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCAAAGGGATTTCTATGTATTCCTTTTTGAACATAGCCTCT  50

seq1  CTGACATTTTTAGTGGATATCAGTGTCATATATTTTTTTAATATTTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATTTTTAGTGGATATCAGTGTCATATATTTTTTTAATATTTTTTA  100

seq1  TTACATATTTTCCTCAATTGCATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATTTTCCTCAATTGCATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCA  150

seq1  TACCCTCCCCCCCCACTTCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTGTTTTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCCCCCCCCACTTCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTGTTTTTGG  200

seq1  CCCTGGTGTGTCATATATTTTTATTCTTAAACTTAAAACATGTGCATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGTGTCATATATTTTTATTCTTAAACTTAAAACATGTGCATGTA  250

seq1  TAGGCACTGAGGACAGAAAGCCAGACTTCTCAGGTTGCTGATGCACATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACTGAGGACAGAAAGCCAGACTTCTCAGGTTGCTGATGCACATCC  300

seq1  AGGTCCTTTTGTTGAATAATATTTTTATTGTATCTGGAGATGCCATTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTTTGTTGAATAATATTTTTATTGTATCTGGAGATGCCATTTAT  350

seq1  CGTGTAATGGCCAATCTGTGTCAGAGGATTTTTCTGTATCATTGCATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTAATGGCCAATCTGTGTCAGAGGATTTTTCTGTATCATTGCATGAG  400

seq1  TGATTATAATGACCCAGTGTATGTCTTTCTCTTTATGCATATTTGATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAATGACCCAGTGTATGTCTTTCTCTTTATGCATATTTGATAGC  450

seq1  AGTGCTTCTGAGTGCCTGATAAATATGCTTTTAAACTTGTTTTATCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTCTGAGTGCCTGATAAATATGCTTTTAAACTTGTTTTATCTTGG  500

seq1  TTTTTAGATGAGTTTTAAGTGTTATGAAAATGTCTCAATCAATTACTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGATGAGTTTTAAGTGTTATGAAAATGTCTCAATCAATTACTATG  550

seq1  CTTAGAAAACCAATGCCAGGTATTAATGTCATAAAACTGCCAACAGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAAACCAATGCCAGGTATTAATGTCATAAAACTGCCAACAGTTTT  600

seq1  CTAAATTCCCCAAATCCATTGAAATTAAGTAATATTCACTTGAAATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTCCCCAAATCCATTGAAATTAAGTAATATTCACTTGAAATTATT  650

seq1  GTTTAAAGATTTTTTGAATGCAGAACTAGAAAGAAACTAAGTAAACATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAGATTTTTTGAATGCAGAACTAGAAAGAAACTAAGTAAACATAA  700

seq1  GTAATAGTTAAGTGCAAAAATCTTCTGAATTAAATGAGCTTTAAACAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTTAAGTGCAAAAATCTTCTGAATTAAATGAGCTTTAAACAACA  750

seq1  CCATCCACTGCTCTACAGAGCTCTCCAAAGTCAGCCCAACAATTTGTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACTGCTCTACAGAGCTCTCCAAAGTCAGCCCAACAATTTGTCTA  800

seq1  GTACAGTTGAGAACAAGAACATGATATTTTTCTTGCGGTCTCATCATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTTGAGAACAAGAACATGATATTTTTCTTGCGGTCTCATCATAAT  850

seq1  TTTTCTCAACTCTATGTACTTCCTTGGGCCTTTTTCTTCTTGAAACTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAACTCTATGTACTTCCTTGGGCCTTTTTCTTCTTGAAACTTTA  900

seq1  ACTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  950

seq1  ATATAT  956
      ||||||
seq2  ATATAT  956

seq1: chr12_62767499_62768616
seq2: B6Ng01-099C06.g_69_1170 (reverse)

seq1  GGGTAAATGTTGGGGTGAGCCAGCTCAGATACCTGGATCTTGGCCTAAGT  50
      |||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||  ||||||||
seq2  GGGT-AATGTT-GGGTGAG-CAGCTCAGAT-CCT-GATCT--GCCTAAGT  43

seq1  GGCATTTGAGTTGGTTAGCCCACCAGCCCTCTCAAACCCATGCTATTAGG  100
       ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCA-TTGAGT--GTTAGCCCACCAGCCCTCTCAAACCCATGCTATTAGG  89

seq1  ACCAGCTCTCCAGAGGCTTCAGCGGTTGAAGGGGCTGGGCTAGCTCAGTT  150
      |||||||| ||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTC-CCAGAG--CTCAGCG--TGAAGGGGCTGGGCTAGCTCAGTT  134

seq1  TGAGCTTCTGACATCAGTATGGCTTTAGAAGGCAGCCCAGACCATAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTCTGACATCAGTATGGCTTTAGAAGGCAGCCCAGACCATAGATG  184

seq1  CATACATGACCTTTGGTGGTAAACAGGATGGAGTACGGATATTCACATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGACCTTTGGTGGTAAACAGGATGGAGTACGGATATTCACATAA  234

seq1  ACTCCTACTGCAATTAGACCACAGACATAGACACAGTCCTTGGTGGCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTACTGCAATTAGACCACAGACATAGACACAGTCCTTGGTGGCAGC  284

seq1  ACATGCCAGTCATCAACATGGCCTCTAGTAGCAGTACAGAAGTCTCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCAGTCATCAACATGGCCTCTAGTAGCAGTACAGAAGTCTCACAT  334

seq1  CAGGCAGTTGTTCACCTCTGTTGAGTCTCCAGCTCTTCCTTTCATAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGTTGTTCACCTCTGTTGAGTCTCCAGCTCTTCCTTTCATAACAG  384

seq1  AGTACAAATTGCTCTGCATCTCTTTCTCTTCTGGGCAACACCATTTGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAATTGCTCTGCATCTCTTTCTCTTCTGGGCAACACCATTTGACA  434

seq1  GCACAGAGACCTTTGCTATGTAAATATATTTTAATTAAATTAAAAGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGACCTTTGCTATGTAAATATATTTTAATTAAATTAAAAGAATA  484

seq1  AAAATAAAATGTGAATGAATGGTTTTAACTATTATTTTATGGTGAATCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATGTGAATGAATGGTTTTAACTATTATTTTATGGTGAATCCA  534

seq1  GTTTTAGAGCCTCACTGTTATGAATAATAAAACTTGAGTCAGTCTGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGAGCCTCACTGTTATGAATAATAAAACTTGAGTCAGTCTGCTCT  584

seq1  TTCAGAGAACTGATGTCTACTTGGTGATGATGTTTTAGATTCAACATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGAACTGATGTCTACTTGGTGATGATGTTTTAGATTCAACATAAA  634

seq1  GGAAGTGATACTCAGCTTAGAAACATGTGTCCTTTGGTTGGTGGTTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGATACTCAGCTTAGAAACATGTGTCCTTTGGTTGGTGGTTTAGT  684

seq1  CCAAGGGAGCTCTGGGAGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGCTCCTCCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGAGCTCTGGGAGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGCTCCTCCTAT  734

seq1  GGGGCTGAAAACCCCTTCAGCTCCTTGGGTCCCTTCTCTAGCTCCTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGAAAACCCCTTCAGCTCCTTGGGTCCCTTCTCTAGCTCCTCCAT  784

seq1  TGGGGATCCTGTGTTCAGTCCATGGGATGGGAAGGGAGTTTTTTGGAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATCCTGTGTTCAGTCCATGGGATGGGAAGGGAGTTTTTTGGAGGG  834

seq1  GAAATGAGGAAAGGGGAAAACATTTGAAAACTTGAAATGTAAATAAGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAGGAAAGGGGAAAACATTTGAAAACTTGAAATGTAAATAAGGGA  884

seq1  AATATGTAATAAAAATAAGAAATATGTGTCCTAATAATTTCTAATGCTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAATAAAAATAAGAAATATGTGTCCTAATAATTTCTAATGCTTT  934

seq1  TAACAAGCTCTCTGAGCTCTTTCATAGTTTATTATTGGTATTCAATATAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGCTCTCTGAGCTCTTTCATAGTTTATTATTGGTATTCAATATAA  984

seq1  TTGCTAGAAAGGAACCATATTACTTGAGAATACATGAGTATAATAGGTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGAAAGGAACCATATTACTTGAGAATACATGAGTATAATAGGTGT  1034

seq1  CTAATTTTAAGCCTGTGAAGTAGTCACAGCAACAGCAGCTTGGAATTAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTAAGCCTGTGAAGTAGTCACAGCAACAGCAGCTTGGAATTAAA  1084

seq1  ACTAGGTGATCAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTGATCAGAATTC  1102