BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104K04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 49,875,658 - 49,981,328
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG664891, Gm1818
Downstream geneGA_x5J8B7W54VK-284379-285078, Olfr1399-ps1, EG665036, LOC100039366, Foxg1, ENSMUSG00000045946, LOC100039424, LOC665071, LOC665077
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104K04.bB6Ng01-104K04.g
ACCDH912875DH912876
length1,0461,001
definitionDH912875|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104K04, 5' end.DH912876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104K04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,980,263 - 49,981,328)(49,875,658 - 49,876,461)
sequence
gaattcagagcagtcatagaaactgctattgttcatttaggccctacttt
ctagtgttactttggcactcctaagtccaaatcagttttgcctttttttt
tttcatgactcattttcctaacagttgtacatctacctttgtattttcac
atacaaatgccagagagagaatgaccagggcttgtctttggcaacatatc
aggggtgagcctgtggggcaagttcaaccaccctgtgttcagatacacac
aaagaacggcccagcatctgaccatgaataggcagagagtgccacatcta
cttgaatgagaaaacataagtaagtatgagacctgtaaggatctatgtgc
ccctgaaggctgtatgtgctcaggaaagttcccagaatgtggatacatgg
aaatttggctccacattatcagtcatcatttctttacagaaagctggtgg
taattagcagatctcttaaaaaataaaatatactaatgcagaaaataagc
ttataatgtgatggtatttggtccattttagactttaatgtccattaata
ttccagagaagagagtgaattagatatattatgttattttttttttcttt
ttccatagtaaccagttgtaaaagaaaaggtgatagtgtgctgaggttat
tttaacatatctttctgtgtttttagaagatggccaaagatatgccagca
cgattttgctgacaggaccctgatatagctatctcttgtgaggctatgtc
agtgtctggcaaacacagaagtggatgctcacagtcatttattggatgga
acatagggcccccaatggaggagctagagaatgtgcccaagtgctgaagg
ggtctgcaaccctataggtggaaaaacaatatgaactaccagtaccccca
gagcttgtgtctcttcctgcatatgtagcagagatggcctagtcgacatc
actgggagagagtccctgtctgcaatatatatgcccagtacaggatgcag
gtcagaacagaatgggtgggttggggagcaagcgtggagggtatat
gaattcaggtaactaaatcaaaaagtcttttaaattccattttaagttag
aaataatatatgtaagtcctaaccaaacaacaataacttaaacattaact
catgaggcataaagacacacacctataaacttcactttaggaagcaaata
cagaaggacttctatgcatttgaggatcctctgtactacatagtgactgg
taggcaagtctatgctacagaatgagacctgtcttatagaaagaaaatat
gaataaattcacagattaaataagcatgtgcttccaaatacactagtttg
aatgtatagttagatttaattttcaacttgatccaatctaaaatcttctg
caagagaagtctagataagagattatctagaatggcctgtgaacatgtat
ttatacaattaactttattatgttaatggtatccccttttaggtggctct
gttcaatagtcaggatatcatattcactggcaaggaatggaaagcaagca
gcatgttaatattcatgaattaattattttatgcctttgactatgcttat
aatgtgatatgttcagtgacttcaaattccatctttgacctccctgaaaa
gatagattctggtaccaaatagcctttatgtctttaattggctttactga
tgtatttcagtagagcaatggaagagaaacgaagacagagattggtacca
agggtacatcattgtcatcatatatctaattatatgattattatatcact
tgaacggtattttgacaagaatgtggaaaagtttgggatttaggggtaca
aatacctttaagtggcagaagccactgttagtaggtaattctgatgaaaa
tttagaaaacaaaaatactgagaaaaatgtgggcagtaggaaactaactc
atgagattttgtaagtgattattctgtcaggaattggacatgcaaacatt
catgtgatagattgaccaggctacattccatgagaaatggattaggatta
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_49980263_49981328
seq2: B6Ng01-104K04.b_44_1088 (reverse)

seq1  TATACCCTCCCACGCCCTGCTCCCCAACCCACCCACTCCTGTTTCTTGGC  50
      |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||  | 
seq2  TATACCCT-CCACG-CTTGCTCCCCAACCCACCCA-TTCTG-TTCT--GA  44

seq1  CCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGCATATAATATTTGCAAGACCAAGGGCC  100
      ||| ||||   |||||||| |||||||| ||| |||| ||||  |||| |
seq2  CCT-GCAT---CCTGTACT-GGGCATAT-ATA-TTGC-AGAC--AGGGAC  84

seq1  TCTCTTCCCAGTGATGGTCGACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGGA  150
      |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTC-TCCCAGTGAT-GTCGACTAGGCCATC-TCTGCTACATATGCAGGA  131

seq1  AGAGACACAAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTCCACCT  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACAAGCTCTGGGGGTACTGG-TAGTTCATATTGTTTTTCCACCT  180

seq1  ATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCACCTTGGGCACATTCTCTAGCTCCTCC  250
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTTGCAGACCCCTTCAGCA-CTTGGGCACATTCTCTAGCTCCTCC  229

seq1  ATTGGGGGCCCTATGTTCCATCCAATAAATGACTGTGAGCATCCACTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGGCCCTATGTTCCATCCAATAAATGACTGTGAGCATCCACTTCT  279

seq1  GTGTTTGCCAGACACTGACATAGCCTCACAAGAGATAGCTATATCAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCCAGACACTGACATAGCCTCACAAGAGATAGCTATATCAGGGT  329

seq1  CCTGTCAGCAAAATCGTGCTGGCATATCTTTGGCCATCTTCTAAAAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGCAAAATCGTGCTGGCATATCTTTGGCCATCTTCTAAAAACAC  379

seq1  AGAAAGATATGTTAAAATAACCTCAGCACACTATCACCTTTTCTTTTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATATGTTAAAATAACCTCAGCACACTATCACCTTTTCTTTTACA  429

seq1  ACTGGTTACTATGGAAAAAGAAAAAAAAAATAACATAATATATCTAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTACTATGGAAAAAGAAAAAAAAAATAACATAATATATCTAATTC  479

seq1  ACTCTCTTCTCTGGAATATTAATGGACATTAAAGTCTAAAATGGACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTCTCTGGAATATTAATGGACATTAAAGTCTAAAATGGACCAAA  529

seq1  TACCATCACATTATAAGCTTATTTTCTGCATTAGTATATTTTATTTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCACATTATAAGCTTATTTTCTGCATTAGTATATTTTATTTTTTA  579

seq1  AGAGATCTGCTAATTACCACCAGCTTTCTGTAAAGAAATGATGACTGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTGCTAATTACCACCAGCTTTCTGTAAAGAAATGATGACTGATA  629

seq1  ATGTGGAGCCAAATTTCCATGTATCCACATTCTGGGAACTTTCCTGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGCCAAATTTCCATGTATCCACATTCTGGGAACTTTCCTGAGCA  679

seq1  CATACAGCCTTCAGGGGCACATAGATCCTTACAGGTCTCATACTTACTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCCTTCAGGGGCACATAGATCCTTACAGGTCTCATACTTACTTA  729

seq1  TGTTTTCTCATTCAAGTAGATGTGGCACTCTCTGCCTATTCATGGTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTCATTCAAGTAGATGTGGCACTCTCTGCCTATTCATGGTCAGA  779

seq1  TGCTGGGCCGTTCTTTGTGTGTATCTGAACACAGGGTGGTTGAACTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCCGTTCTTTGTGTGTATCTGAACACAGGGTGGTTGAACTTGCC  829

seq1  CCACAGGCTCACCCCTGATATGTTGCCAAAGACAAGCCCTGGTCATTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGCTCACCCCTGATATGTTGCCAAAGACAAGCCCTGGTCATTCTC  879

seq1  TCTCTGGCATTTGTATGTGAAAATACAAAGGTAGATGTACAACTGTTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCATTTGTATGTGAAAATACAAAGGTAGATGTACAACTGTTAGG  929

seq1  AAAATGAGTCATGAAAAAAAAAAAGGCAAAACTGATTTGGACTTAGGAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGTCATGAAAAAAAAAAAGGCAAAACTGATTTGGACTTAGGAGT  979

seq1  GCCAAAGTAACACTAGAAAGTAGGGCCTAAATGAACAATAGCAGTTTCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGTAACACTAGAAAGTAGGGCCTAAATGAACAATAGCAGTTTCTA  1029

seq1  TGACTGCTCTGAATTC  1066
      ||||||||||||||||
seq2  TGACTGCTCTGAATTC  1045

seq1: chr12_49875658_49876461
seq2: B6Ng01-104K04.g_65_868

seq1  GAATTCAGGTAACTAAATCAAAAAGTCTTTTAAATTCCATTTTAAGTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTAACTAAATCAAAAAGTCTTTTAAATTCCATTTTAAGTTAG  50

seq1  AAATAATATATGTAAGTCCTAACCAAACAACAATAACTTAAACATTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATATGTAAGTCCTAACCAAACAACAATAACTTAAACATTAACT  100

seq1  CATGAGGCATAAAGACACACACCTATAAACTTCACTTTAGGAAGCAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCATAAAGACACACACCTATAAACTTCACTTTAGGAAGCAAATA  150

seq1  CAGAAGGACTTCTATGCATTTGAGGATCCTCTGTACTACATAGTGACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGACTTCTATGCATTTGAGGATCCTCTGTACTACATAGTGACTGG  200

seq1  TAGGCAAGTCTATGCTACAGAATGAGACCTGTCTTATAGAAAGAAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAGTCTATGCTACAGAATGAGACCTGTCTTATAGAAAGAAAATAT  250

seq1  GAATAAATTCACAGATTAAATAAGCATGTGCTTCCAAATACACTAGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAATTCACAGATTAAATAAGCATGTGCTTCCAAATACACTAGTTTG  300

seq1  AATGTATAGTTAGATTTAATTTTCAACTTGATCCAATCTAAAATCTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATAGTTAGATTTAATTTTCAACTTGATCCAATCTAAAATCTTCTG  350

seq1  CAAGAGAAGTCTAGATAAGAGATTATCTAGAATGGCCTGTGAACATGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAAGTCTAGATAAGAGATTATCTAGAATGGCCTGTGAACATGTAT  400

seq1  TTATACAATTAACTTTATTATGTTAATGGTATCCCCTTTTAGGTGGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAATTAACTTTATTATGTTAATGGTATCCCCTTTTAGGTGGCTCT  450

seq1  GTTCAATAGTCAGGATATCATATTCACTGGCAAGGAATGGAAAGCAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATAGTCAGGATATCATATTCACTGGCAAGGAATGGAAAGCAAGCA  500

seq1  GCATGTTAATATTCATGAATTAATTATTTTATGCCTTTGACTATGCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTAATATTCATGAATTAATTATTTTATGCCTTTGACTATGCTTAT  550

seq1  AATGTGATATGTTCAGTGACTTCAAATTCCATCTTTGACCTCCCTGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGATATGTTCAGTGACTTCAAATTCCATCTTTGACCTCCCTGAAAA  600

seq1  GATAGATTCTGGTACCAAATAGCCTTTATGTCTTTAATTGGCTTTACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATTCTGGTACCAAATAGCCTTTATGTCTTTAATTGGCTTTACTGA  650

seq1  TGTATTTCAGTAGAGCAATGGAAGAGAAACGAAGACAGAGATTGGTACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCAGTAGAGCAATGGAAGAGAAACGAAGACAGAGATTGGTACCA  700

seq1  AGGGTACATCATTGTCATCATATATCTAATTATATGATTATTATATCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTACATCATTGTCATCATATATCTAATTATATGATTATTATATCACT  750

seq1  TGAACGGTATTTTGACAAGAATGTGGAAAAGTTTGGGATTTAGGGGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGGTATTTTGACAAGAATGTGGAAAAGTTTGGGATTTAGGGGTACA  800

seq1  AATA  804
      ||||
seq2  AATA  804