BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108I24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 77,218,554 - 77,252,381
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEsr2
Upstream geneKcnh5, Rhoj, Gphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1, Syne2
Downstream geneLOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3, Spnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb, Max, LOC100041765
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108I24.bB6Ng01-108I24.g
ACCDH915716DH915717
length907863
definitionDH915716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108I24, 5' end.DH915717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,251,478 - 77,252,381)(77,218,554 - 77,219,418)
sequence
gaattctgcattcacccaagatcaatcttactgcacttacttcctttttg
atttatgaatcatatctcttaccttaattatttttgttatttctgatcct
gccctttggcggaagtatttagatgttttttaaacagtgaaaggacacac
acttttgccgggtggtggtggtgtagtagcttcatataaagacaccctgt
gatataaatgtccaagaacatgagctgaacagacatgtatttggtttgta
tccctgcgctgggacaatagctcagcatcattaggtgccacctcttgtat
cgatggctgtgtcagtgatagcaggcagtaataaacagtcattagaagtc
agctatggaccaaaattctcactgggttgatcactatttcctagcttctc
tatccaagacaaatcttaatttttaaattttgtctgtatatatgtgttta
tgtgtgcatacatatgtgtgtagatatgtgtgcatgcatgtaaatgtgga
ggaaggccagaggtcagcctctggtaccttcttcctctccagttttggga
tagagttcctcactgaaactggaactcatctacttgtcttcccagtgctg
gggttacgcgcatatcgtgatgttccaggcttttttatgttggtgctggg
gatcaaacgggatcaaatccaagtctttatccttgcacagcaagtacttc
actctctgagctatctcctggcctcaacttttatctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatatctacctaagaca
gggtctcatttaacccccaaggtaatctctaatttgctatgtagtcaaga
acaaatttgaacttagcccctcactttaagcttccttggggtactttctc
tatcttc
gaattcttttgtcagaaatttctaagctgtttgtggctgttcccaggggt
gtctggggtgtcaggcatgcggtatttcataggtagaccccacttaagcc
tcagtaaccctgcttgataaattctgtagcttagaaaagatttgggagag
gggggagctggggaatgtagcacaatgataggaagcaaaagacaaaatgt
ttggaattcttttttgcagtgcttgggataatgcccacagccttgtgcat
gcaaggttaagacctcttagcctgaaagctccactcagccccgccccctt
gtcagcaccagcctggaactgccagcatttattctgtgtgaccttgagta
agtctgcttggcattctagcttccacatcctgacaattaaaatagagtca
cagtaatggattatgaagattaaatgtgaaaactgtgtctggctcgcagt
gttccacaaataccatttcacataccagatggtatatttttgttacttat
ataacgtttatagtatcttttttaaaaagcagcttaaagacatgtatcaa
gtcttattaaacaaaactactttgtttcaaaatagagctagaaatccagg
acccaccttgagttttgagaagttatcaacacatgcaagcagatgcaaat
aggaactaacctgcctttatatgctagaaattgctaggaatggttcaacc
tagtttacttctctctgcatgggaggcagtgctgagaattggtaagtaac
cccttttgcttgcaaaactctaaaagcactggctttgatgtcatttaggt
aaggaggcagggtggctgctgttacactggtttttttgtttgtttgggtt
ttggtttttttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_77251478_77252381
seq2: B6Ng01-108I24.b_48_954 (reverse)

seq1  GGAGATAGAGAAAGTA-CCCAAGG-AGC-TAAAGTGAGGGGCTAAGTTCA  47
      | |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAGAGAAAGTACCCCAAGGAAGCTTAAAGTGAGGGGCTAAGTTCA  50

seq1  AATTTGTTCTTGACTACATAGCAAATTAGAGATTACCTTGGGGGTTAAAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTCTTGACTACATAGCAAATTAGAGATTACCTTGGGGGTTAAAT  100

seq1  GAGACCCTGTCTTAGGTAGATATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTGTCTTAGGTAGATATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAGTTGAGGCCAGGAGATAGCTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAGTTGAGGCCAGGAGATAGCTC  200

seq1  AGAGAGTGAAGTACTTGCTGTGCAAGGATAAAGACTTGGATTTGATCCCG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGAAGTACTTGCTGTGCAAGGATAAAGACTTGGATTTGATCCCG  250

seq1  TTTGATCCCCAGCACCAACATAAAAAAGCCTGGAACATCACGATATGCGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCCCCAGCACCAACATAAAAAAGCCTGGAACATCACGATATGCGC  300

seq1  GTAACCCCAGCACTGGGAAGACAAGTAGATGAGTTCCAGTTTCAGTGAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCCCAGCACTGGGAAGACAAGTAGATGAGTTCCAGTTTCAGTGAGG  350

seq1  AACTCTATCCCAAAACTGGAGAGGAAGAAGGTACCAGAGGCTGACCTCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTATCCCAAAACTGGAGAGGAAGAAGGTACCAGAGGCTGACCTCTG  400

seq1  GCCTTCCTCCACATTTACATGCATGCACACATATCTACACACATATGTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTCCACATTTACATGCATGCACACATATCTACACACATATGTAT  450

seq1  GCACACATAAACACATATATACAGACAAAATTTAAAAATTAAGATTTGTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATAAACACATATATACAGACAAAATTTAAAAATTAAGATTTGTC  500

seq1  TTGGATAGAGAAGCTAGGAAATAGTGATCAACCCAGTGAGAATTTTGGTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATAGAGAAGCTAGGAAATAGTGATCAACCCAGTGAGAATTTTGGTC  550

seq1  CATAGCTGACTTCTAATGACTGTTTATTACTGCCTGCTATCACTGACACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTGACTTCTAATGACTGTTTATTACTGCCTGCTATCACTGACACA  600

seq1  GCCATCGATACAAGAGGTGGCACCTAATGATGCTGAGCTATTGTCCCAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCGATACAAGAGGTGGCACCTAATGATGCTGAGCTATTGTCCCAGC  650

seq1  GCAGGGATACAAACCAAATACATGTCTGTTCAGCTCATGTTCTTGGACAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGATACAAACCAAATACATGTCTGTTCAGCTCATGTTCTTGGACAT  700

seq1  TTATATCACAGGGTGTCTTTATATGAAGCTACTACACCACCACCACCCGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCACAGGGTGTCTTTATATGAAGCTACTACACCACCACCACCCGG  750

seq1  CAAAAGTGTGTGTCCTTTCACTGTTTAAAAAACATCTAAATACTTCCGCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTGTGTGTCCTTTCACTGTTTAAAAAACATCTAAATACTTCCGCC  800

seq1  AAAGGGCAGGATCAGAAATAACAAAAATAATTAAGGTAAGAGATATGATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCAGGATCAGAAATAACAAAAATAATTAAGGTAAGAGATATGATT  850

seq1  CATAAATCAAAAAGGAAGTAAGTGCAGTAAGATTGATCTTGGGTGAATGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATCAAAAAGGAAGTAAGTGCAGTAAGATTGATCTTGGGTGAATGC  900

seq1  AGAATTC  904
      |||||||
seq2  AGAATTC  907

seq1: chr12_77218554_77219418
seq2: B6Ng01-108I24.g_70_932

seq1  GAATTCTTTTGTCAGAAATTTCTAAGCTGTTTGTGGCTGTTCCCAGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTCAGAAATTTCTAAGCTGTTTGTGGCTGTTCCCAGGGGT  50

seq1  GTCTGGGGTGTCAGGCATGCGGTATTTCATAGGTAGACCCCACTTAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGGTGTCAGGCATGCGGTATTTCATAGGTAGACCCCACTTAAGCC  100

seq1  TCAGTAACCCTGCTTGATAAATTCTGTAGCTTAGAAAAGATTTGGGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACCCTGCTTGATAAATTCTGTAGCTTAGAAAAGATTTGGGAGAG  150

seq1  GGGGGAGCTGGGGAATGTAGCACAATGATAGGAAGCAAAAGACAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGCTGGGGAATGTAGCACAATGATAGGAAGCAAAAGACAAAATGT  200

seq1  TTGGAATTCTTTTTTGCAGTGCTTGGGATAATGCCCACAGCCTTGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATTCTTTTTTGCAGTGCTTGGGATAATGCCCACAGCCTTGTGCAT  250

seq1  GCAAGGTTAAGACCTCTTAGCCTGAAAGCTCCACTCAGCCCCGCCCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTTAAGACCTCTTAGCCTGAAAGCTCCACTCAGCCCCGCCCCCTT  300

seq1  GTCAGCACCAGCCTGGAACTGCCAGCATTTATTCTGTGTGACCTTGAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACCAGCCTGGAACTGCCAGCATTTATTCTGTGTGACCTTGAGTA  350

seq1  AGTCTGCTTGGCATTCTAGCTTCCACATCCTGACAATTAAAATAGAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCTTGGCATTCTAGCTTCCACATCCTGACAATTAAAATAGAGTCA  400

seq1  CAGTAATGGATTATGAAGATTAAATGTGAAAACTGTGTCTGGCTCGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATGGATTATGAAGATTAAATGTGAAAACTGTGTCTGGCTCGCAGT  450

seq1  GTTCCACAAATACCATTTCACATACCAGATGGTATATTTTTGTTACTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACAAATACCATTTCACATACCAGATGGTATATTTTTGTTACTTAT  500

seq1  ATAACGTTTATAGTATCTTTTTTAAAAAGCAGCTTAAAGACATGTATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGTTTATAGTATCTTTTTTAAAAAGCAGCTTAAAGACATGTATCAA  550

seq1  GTCTTATTAAACAAAACTACTTTGTTTCAAAATAGAGCTAGAAATCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTAAACAAAACTACTTTGTTTCAAAATAGAGCTAGAAATCCAGG  600

seq1  ACCCACCTTGAGTTTTGAGAAGTTATCAACACATGCAAGCAGATGCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCTTGAGTTTTGAGAAGTTATCAACACATGCAAGCAGATGCAAAT  650

seq1  AGGAACTAACCTGCCTTTATATGCTAGAAAATGCTAGGAATGGTTCAACC  700
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTAACCTGCCTTTATATGCTAGAAATTGCTAGGAATGGTTCAACC  700

seq1  TAGTTTACTTCTCTCTGCATGGGAGGCAGTGCTGAGAATTGGTAAGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTACTTCTCTCTGCATGGGAGGCAGTGCTGAGAATTGGTAAGTAAC  750

seq1  CCCTTTTGCTTGCAAAACTCTAAAAGCACTGGCTTTGATGTCATTTAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTGCTTGCAAAACTCTAAAAGCACTGGCTTTGATGTCATTTAGGT  800

seq1  AAGGAGGCAGGGTGGCTGCTGTTACACTGGTTTTTTTGTTTGTTTTGGGT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || 
seq2  AAGGAGGCAGGGTGGCTGCTGTTACACTGGTTTTTTTGTTTGTTT--GGG  848

seq1  TTTTGGTTTTTTTGT  865
      |||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTTTTTTGT  863