BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109B05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,967,019 - 97,129,205
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667688, Flrt2
Upstream geneLOC217786, LOC100039603
Downstream gene1700019M22Rik, LOC100039664
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109B05.bB6Ng01-109B05.g
ACCDH916086DH916087
length1,0931,059
definitionDH916086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109B05, 5' end.DH916087|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,967,019 - 96,968,121)(97,128,137 - 97,129,205)
sequence
gaattccagttccactgtaagtgaagtggaaaagccattacagattttgg
tgagatgacatgaggtacgagcctgacatatttatgagttaatgtattcc
tcaatttaactgatgatggattaaaaagaaaaacatagacagtacccccc
ccccataaaaaaacaatgaataactattaatatagcacttgtgtggtatt
caatactccaagacctcaagaggtgatttaaatataaagatggatggttg
taaatttcaagtaaataatatcaacctataagagggattcaagtgttgga
gattttggagttgggatgaggtaacatcagttaccctcagaggttgaaac
acgtgcgttttatttagcagtgtctgccttgattttcctactcactattc
ctatcattcatcagttttcactttactttgatgttattctctcttaaatg
atatgtaagtcaatgtctttgttagtttagaaagaatatgatatgtttga
gctatagttcctttcatgattgaaccatttaactgagatttccttgtaac
tgcagcctttcacaaggaggaaggactgcacagttctgtagatttaagct
ggcatgttgcccaggcaggcatgttgcacaggaacaccagtgagggacct
gtgggcagaaaaggtgagcgctagagctaccgcgggtactcgccattttg
cttttgaccatcattcttggctttttttctgggaagaaggaaatgcgtct
gcccgggcagctctgccattccccaacttctttggcagctgaacagctac
tgtcaaggctaccactgtcaattcagttttctttttacagcctgaccagg
agtgaaggagaaatttgatcacctctggttccttccctgatcaggaaatg
acaggcagtggaatcttctatcctgggactgtgggaccagggcaggaagg
acaagacaccagggacaaggggccatttcatgctgcgtgaacccacactg
cttgaaatcatttcagctttgcagataagttgcagcaggaccattagagc
cagtcattgtatacacactggggagtctatttaagtctttcat
gaattcagtcttcatatccttgctttgcaggcaagcacattaagtgtctt
gttgaagggtacgctgcaaccaataagtcacttaggaaattgatccaaga
aattctcatttccgatcctttgttccggtaccttagcaaaactgttttcc
aaagatagaaacatattgctctgaagctaaacagcaaattaaagacatgc
tgtctcatgtaatcttataaatatggtttaaaagccaccagtacccctga
gagagttgccatctggttcccatggtcaaaaaagaaatgagccaagcatg
ggaggaaaacagccttctacagtctgggtaaatttctacattgcttaggc
ttccaaaaatcaaatttctagaatgtctttgggaaggtgaagctaactct
tcctgagtcccttgtgaaaatgaccagatttgacccggagattataaagg
tgggatattccttagtaaaacatgattagcagatcaagttttataagtgt
tgagtgttgagagtttccttcttgtagtagcagatcttcagtatgtcagc
cagcactaagccttaattccatggccttgtaacatgcaaccccacatcaa
atcaagactgactcataatagatattacaatcatcacttcagtgtcttgg
gtctttcccactagagaaacccagctactatgctggaagaaactccagga
agagtggtggaatgggaccattaagaagtaagagttcttgtcaattagca
acactagcttcatcttgagttatcttgaccatgcatattgacgtttcagg
catcccttcagcaaactgctgccccatgtggatcctcagaaaataaattt
tctgtcagatccctcctcacatagtgttactattttaaaacgctgataca
caaggaaaagatgacatagttaccatttgcttagccattaagtatgagag
aatctctctctctctctctctctctctctctctctctgtaggtatctctt
acagagtgctcactgcacccccttcaagtaacactacgatatctttcccc
ttcattctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96967019_96968121
seq2: B6Ng01-109B05.b_48_1140

seq1  GAATTCCAGTTCCACTGTAAGTGAAGTGGAAAAGCCATTACAGATTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTCCACTGTAAGTGAAGTGGAAAAGCCATTACAGATTTTGG  50

seq1  TGAGATGACATGAGGTACGAGCCTGACATATTTATGAGTTAATGTATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGACATGAGGTACGAGCCTGACATATTTATGAGTTAATGTATTCC  100

seq1  TCAATTTAACTGATGATGGATTAAAAAGAAAAACATAGACAGTA-CCCCC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCAATTTAACTGATGATGGATTAAAAAGAAAAACATAGACAGTACCCCCC  150

seq1  CCCCATAAAAAAACAATGAATAACTATTAATATAGCACTTGTGTGGTATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATAAAAAAACAATGAATAACTATTAATATAGCACTTGTGTGGTATT  200

seq1  CAATACTCCAAGACCTCAAGAGGTGATTTAAATATAAAGATGGATGGTTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTCCAAGACCTCAAGAGGTGATTTAAATATAAAGATGGATGGTTG  250

seq1  TAAATTTCAAGTAAATAATATCAACCTATAAGAGGGATTCAAGTGTTGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCAAGTAAATAATATCAACCTATAAGAGGGATTCAAGTGTTGGA  300

seq1  GATTTTGGAGTTGGGATGAGGTAACATCAGTTACCCTCAGAGGTTGAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGGAGTTGGGATGAGGTAACATCAGTTACCCTCAGAGGTTGAAAC  350

seq1  ACGTGCGTTTTATTTAGCAGTGTCTGCCTTGATTTTCCTACTCACTATTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCGTTTTATTTAGCAGTGTCTGCCTTGATTTTCCTACTCACTATTC  400

seq1  CTATCATTCATCAGTTTTCACTTTACTTTGATGTTATTCTCTCTTAAATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATTCATCAGTTTTCACTTTACTTTGATGTTATTCTCTCTTAAATG  450

seq1  ATATGTAAGTCAATGTCTTTGTTAGTTTAGAAAGAATATGATATGTTTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAGTCAATGTCTTTGTTAGTTTAGAAAGAATATGATATGTTTGA  500

seq1  GCTATAGTTCCTTTCATGATTGAACCATTTAACTGAGATTTCCTTGTAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAGTTCCTTTCATGATTGAACCATTTAACTGAGATTTCCTTGTAAC  550

seq1  TGCAGCCTTTCACAAGGAGGAAGGACTGCACAGTTCTGTAGATTTAAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCTTTCACAAGGAGGAAGGACTGCACAGTTCTGTAGATTTAAGCT  600

seq1  GGCATGTTGCCCAGGCAGGCATGTTGCACAGGAACACCAGTGAGGGACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTGCCCAGGCAGGCATGTTGCACAGGAACACCAGTGAGGGACCT  650

seq1  GTGGGCAGAAAAGGTGAGCGCTAGAGCTACCGCGGGTACTCGCCATTTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGAAAAGGTGAGCGCTAGAGCTACCGCGGGTACTCGCCATTTTG  700

seq1  CTTTTGACCATCATTCTTGGCTTTTTTTCTGGGAAGAAGGAAATGCGTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGACCATCATTCTTGGCTTTTTTTCTGGGAAGAAGGAAATGCGTCT  750

seq1  GCCCGGGCAGCTCTGCCATTCCCCAACTTCTTTGGCAGCTGAACAGCTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGGCAGCTCTGCCATTCCCCAACTTCTTTGGCAGCTGAACAGCTAC  800

seq1  TGTCAAGGCTACCACTGTCAATTCAGGTTTTCTTTTTACAGCCTGACCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGCTACCACTGTCAATTCA-GTTTTCTTTTTACAGCCTGACCAG  849

seq1  GAGTGAAGGAGAAATTTGATCACCTCTGGTTCCCTTCCCTGATCAGGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGGAGAAATTTGATCACCTCTGGTT-CCTTCCCTGATCAGGAAA  898

seq1  TGACAGGGCAGTGGAATCTTCTATCCTGGGACTGTGGGACCAGGGCAGGA  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACA-GGCAGTGGAATCTTCTATCCTGGGACTGTGGGACCAGGGCAGGA  947

seq1  AGGACAAAGACACCAGGGACAAGGGGCCATTTCATGCTGCGTGAACCCAC  999
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAC-AAGACACCAGGGACAAGGGGCCATTTCATGCTGCGTGAACCCAC  996

seq1  ACTGCTTGAAATCATTTCAGCTCTGCAGATAAGTTTGCAGCAAGGGACCA  1049
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||
seq2  ACTGCTTGAAATCATTTCAGCTTTGCAGATAAG-TTGCAGCA--GGACCA  1043

seq1  TTCAGAGCCAAGTCATTGTATACACACTGGAGAGTCCTAATCTAAGTCTT  1099
      || |||||| |||||||||||||||||||| |||||   || ||||||||
seq2  TT-AGAGCC-AGTCATTGTATACACACTGGGGAGTC--TATTTAAGTCTT  1089

seq1  TCAT  1103
      ||||
seq2  TCAT  1093

seq1: chr12_97128137_97129205
seq2: B6Ng01-109B05.g_66_1124 (reverse)

seq1  GAGAATGGGAGGGGGAAAGATTATCGTAGTGGTTACTTGAAAGGGGGTGC  50
      ||||||  || ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  GAGAAT--GAAGGGGAAAGA-TATCGTAGT-GTTACTTG-AAGGGGGTGC  45

seq1  AGTGAGCACTCTGTAAAGAGAATACCTAACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100
      |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCACTCTGT-AAGAG-ATACCT-ACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  92

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAATTCTCTCATACTTAATGGCTAAGCAAATGGTAAC  150
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAG-ATTCTCTCATACTTAATGGCTAAGCAAATGGTAAC  141

seq1  TATGTCATCTTTTCCTTGTGTATCAGCGTTTTTAAAATAGTAACACTATG  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCATCTTTTCCTTGTGTATCAGCG-TTTTAAAATAGTAACACTATG  190

seq1  TGAGGAGGGATCTGACAGAAAATTTATTTTCTGAGGATCCACATGGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGGATCTGACAGAAAATTTATTTTCTGAGGATCCACATGGGGCA  240

seq1  GCAGTTTGCTGAAGGGATGCCTGAAACGTCAATATGCATGGTCAAGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTGCTGAAGGGATGCCTGAAACGTCAATATGCATGGTCAAGATAA  290

seq1  CTCAAGATGAAGCTAGTGTTGCTAATTGACAAGAACTCTTACTTCTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATGAAGCTAGTGTTGCTAATTGACAAGAACTCTTACTTCTTAAT  340

seq1  GGTCCCATTCCACCACTCTTCCTGGAGTTTCTTCCAGCATAGTAGCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCATTCCACCACTCTTCCTGGAGTTTCTTCCAGCATAGTAGCTGGG  390

seq1  TTTCTCTAGTGGGAAAGACCCAAGACACTGAAGTGATGATTGTAATATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGTGGGAAAGACCCAAGACACTGAAGTGATGATTGTAATATCT  440

seq1  ATTATGAGTCAGTCTTGATTTGATGTGGGGTTGCATGTTACAAGGCCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGTCAGTCTTGATTTGATGTGGGGTTGCATGTTACAAGGCCATG  490

seq1  GAATTAAGGCTTAGTGCTGGCTGACATACTGAAGATCTGCTACTACAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGGCTTAGTGCTGGCTGACATACTGAAGATCTGCTACTACAAGA  540

seq1  AGGAAACTCTCAACACTCAACACTTATAAAACTTGATCTGCTAATCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACTCTCAACACTCAACACTTATAAAACTTGATCTGCTAATCATGT  590

seq1  TTTACTAAGGAATATCCCACCTTTATAATCTCCGGGTCAAATCTGGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAAGGAATATCCCACCTTTATAATCTCCGGGTCAAATCTGGTCAT  640

seq1  TTTCACAAGGGACTCAGGAAGAGTTAGCTTCACCTTCCCAAAGACATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAAGGGACTCAGGAAGAGTTAGCTTCACCTTCCCAAAGACATTCT  690

seq1  AGAAATTTGATTTTTGGAAGCCTAAGCAATGTAGAAATTTACCCAGACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTGATTTTTGGAAGCCTAAGCAATGTAGAAATTTACCCAGACTG  740

seq1  TAGAAGGCTGTTTTCCTCCCATGCTTGGCTCATTTCTTTTTTGACCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGCTGTTTTCCTCCCATGCTTGGCTCATTTCTTTTTTGACCATGG  790

seq1  GAACCAGATGGCAACTCTCTCAGGGGTACTGGTGGCTTTTAAACCATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGATGGCAACTCTCTCAGGGGTACTGGTGGCTTTTAAACCATATT  840

seq1  TATAAGATTACATGAGACAGCATGTCTTTAATTTGCTGTTTAGCTTCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATTACATGAGACAGCATGTCTTTAATTTGCTGTTTAGCTTCAGA  890

seq1  GCAATATGTTTCTATCTTTGGAAAACAGTTTTGCTAAGGTACCGGAACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATGTTTCTATCTTTGGAAAACAGTTTTGCTAAGGTACCGGAACAA  940

seq1  AGGATCGGAAATGAGAATTTCTTGGATCAATTTCCTAAGTGACTTATTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGGAAATGAGAATTTCTTGGATCAATTTCCTAAGTGACTTATTGG  990

seq1  TTGCAGCGTACCCTTCAACAAGACACTTAATGTGCTTGCCTGCAAAGCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCGTACCCTTCAACAAGACACTTAATGTGCTTGCCTGCAAAGCAA  1040

seq1  GGATATGAAGACTGAATTC  1069
      |||||||||||||||||||
seq2  GGATATGAAGACTGAATTC  1059