BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111M17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 55,055,651 - 55,168,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneAkap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik, Eapp, LOC673582, LOC100039735, LOC100039764, Snx6, Cfl2, Baz1a, LOC100039804, 2700097O09Rik, LOC665144
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111M17.bB6Ng01-111M17.g
ACCDH918042DH918043
length1,0941,179
definitionDH918042|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M17, 5' end.DH918043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,166,927 - 55,168,023)(55,055,651 - 55,056,852)
sequence
gaattcagggcctctggaggcagggggctgatggagagacctggtcactt
gcctcatttgagggagaacagattttccccatcagtcagtctccagagac
ctagagggatgttgatttccatggctttgccttaacagttgtgggtagca
gactggattagaaccttgggcgaaccatgtacccactgtggccttcattt
ccccctgttaagcagttgtgcagctgtaacagagaatccaattctctgct
cactgtgtgcctctgggaggggatcgggaatggaaagaagactaacctcg
ccatagctcctggactcttatcttgccttccttatcgctcaggaggttta
cttcctcagacgaccaaaaaatgggagcgtatggacttccagaaatcaaa
ccagtgaagcagctattttactgtcttaggagtgtgttgctctaagagtt
gtttaccggggcagagggtctagaatagcttctgccctttgtttatggat
ggcgtggagtagtgaacaggacataaaagcttctagcctgcggacttaga
gcctattttacaggctcctccccagcttggtggggcctgaaccttgatag
aagtcattcatttgtggtcctggcagagctattcctgttatttgcttctg
gctgtagagccacagtatgaataataaaaatgatagaataggaatagtat
cctattccttctataaggatggggagggttaacattaagcgattacttac
tctttcctgtgtgtttatgtatgcatattatgtatgcatatctgccacaa
catatacacagaatatgaaggattatatacatatgtacatatacacatac
acatacccatacatatatacatatacatatacatcgtatacatttactat
acatatacatattcattttcatatacttatactaatacatttgcattact
ttcctagtcatatacgttacctacctttagtgtgttgagatagccaggat
agattcttattacggatttggccggttgctagaacttgttaacgtgccgc
ctgactgtttaccacccctctttgtttaagacaatgcaacttgg
gaattcttcatctgcactaaacagcagccgtacaaaggatcagttaccta
gcattgactgagctttgcagggtgcacacatcagaagaggcagaactggc
tggaaaccatttccacccctagtgagcaatttactcatgattgcttgggg
aaaatactggaaatattgcttctgtgtaaagtttgcaacttccagttgtc
agctctttgccaagcagttatccccaagtatagcttttgtgcaccaaaca
ctttggccactgtgatcatggtggtactgctgccctgcttggtgtgtgca
gagcacgagagctgctaattacaggagttaattcacaccacatccccctg
agacaggtcagcgtgttacccttgttctacagctggaggaaaggggatgg
aaattctaactggcttgccccaagccacacaggttagatttagcagccaa
gattaaaagaaaaggtacaatattaatgttcaagtgtgggaggccaggag
acagatgatgggggtgtgaggcatgagatggcaacacggcagggctcaca
ctagaggaattccctccacagggaatctgaagtccaaacagaaacctaat
tatccctttatacgtatatgtcattgagctaaagtacttttttaataata
gagtatcttattgggggggaaatccatctagtctttttctttgctttcat
ctctgcaatgaaaacctttatgccacagtgaacagtaatctctgaacaaa
acataggcaagattcaaccctgaatccctcattccacactcactgggtga
ccccagccaagggcacagcccaattatgtgccctcaaaattgtgtgtgca
gcctttgactctgctcagccagcattcctccaaagtatacctccaataac
ctactgaaatagctgtccatctcttcacctgaagtcaccagctgggagca
cccatctcttcccatctgaaaggtctttcttacactagcatcacagcact
tgatactaacttgttttttctagaatgtcagattgttcactagagacctg
ggaaaagaagtcatttaaaccagcactgcggtgggaggtgagggtactgg
aagatggcctatggtagaaactcatggttcttgctaggaacctggttaca
ttccgactcacatggtggcccacaccatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_55166927_55168023
seq2: B6Ng01-111M17.b_47_1140 (reverse)

seq1  CCAAGTTGCACTGGTCTAAAC--ACAGGGGTGGGTAACAGTCAGCGGGCC  48
      |||||||||| ||   |||||  | ||||||||  ||||||||| | | |
seq2  CCAAGTTGCATTGTCTTAAACAAAGAGGGGTGGTAAACAGTCAG-GCGGC  49

seq1  ACGGTTAC-AGGTCTAGCAACCGGCCAAATCCTGTAATAAG-ATCTATCC  96
      ||| | || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  ACGTTAACAAGTTCTAGCAACCGGCCAAATCC-GTAATAAGAATCTATCC  98

seq1  TGGCTATCTCAAACACACTAATGTGTATGTATATGTATATGTATATGTAT  146
      |||||||||| |||||||||| | ||| ||| | |||||||  || |   
seq2  TGGCTATCTC-AACACACTAAAG-GTAGGTA-ACGTATATGACTAGG--A  143

seq1  ATGTATATGTATATGTATATGTATATGTATATGTATATGTATATGTATAT  196
      | ||| ||| | ||||||  ||||| ||||||| | ||| ||||||||||
seq2  AAGTA-ATGCAAATGTATTAGTATAAGTATATGAAAATGAATATGTATAT  192

seq1  GTATATGTATATGTATATGATGTATATGTATATGTATATATGTATGTGTA  246
      ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTATA-GTAAATGTATACGATGTATATGTATATGTATATATGTATGGGTA  241

seq1  TGTGTATGTGTATATGTACATATGTATATAAT-CTTCATATTCTGTGTAT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTATATGTACATATGTATATAATCCTTCATATTCTGTGTAT  291

seq1  ATGTTGTGGCAGATATGCATACATAATATGCATACATAAACACACAGGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGGCAGATATGCATACATAATATGCATACATAAACACACAGGAA  341

seq1  AGAGTAAGTAATCGCTTAATGTTAACCCT-CCCATCCTTATAGAAGGAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGTAATCGCTTAATGTTAACCCTCCCCATCCTTATAGAAGGAAT  391

seq1  AGGATACTATTCCTATTCTATCATTTTTATTATTCATACTGTGGCTCTAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTATTCCTATTCTATCATTTTTATTATTCATACTGTGGCTCTAC  441

seq1  AGCCAGAAGCAAATAACAGGAATAGCTCTGCCAGGACCACAAATGAATGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGCAAATAACAGGAATAGCTCTGCCAGGACCACAAATGAATGA  491

seq1  CTTCTATCAAGGTTCAGGCCCCACCAAGCTGGGGAGGAGCCTGTAAAATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATCAAGGTTCAGGCCCCACCAAGCTGGGGAGGAGCCTGTAAAATA  541

seq1  GGCTCTAAGTCCGCAGGCTAGAAGCTTTTATGTCCTGTTCACTACTCCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAAGTCCGCAGGCTAGAAGCTTTTATGTCCTGTTCACTACTCCAC  591

seq1  GCCATCCATAAACAAAGGGCAGAAGCTATTCTAGACCCTCTGCCCCGGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCATAAACAAAGGGCAGAAGCTATTCTAGACCCTCTGCCCCGGTA  641

seq1  AACAACTCTTAGAGCAACACACTCCTAAGACAGTAAAATAGCTGCTTCAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTCTTAGAGCAACACACTCCTAAGACAGTAAAATAGCTGCTTCAC  691

seq1  TGGTTTGATTTCTGGAAGTCCATACGCTCCCATTTTTTGGTCGTCTGAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGATTTCTGGAAGTCCATACGCTCCCATTTTTTGGTCGTCTGAGG  741

seq1  AAGTAAACCTCCTGAGCGATAAGGAAGGCAAGATAAGAGTCCAGGAGCTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAACCTCCTGAGCGATAAGGAAGGCAAGATAAGAGTCCAGGAGCTA  791

seq1  TGGCGAGGTTAGTCTTCTTTCCATTCCCGATCCCCTCCCAGAGGCACACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAGGTTAGTCTTCTTTCCATTCCCGATCCCCTCCCAGAGGCACACA  841

seq1  GTGAGCAGAGAATTGGATTCTCTGTTACAGCTGCACAACTGCTTAACAGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAGAGAATTGGATTCTCTGTTACAGCTGCACAACTGCTTAACAGG  891

seq1  GGGAAATGAAGGCCACAGTGGGTACATGGTTCGCCCAAGGTTCTAATCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGAAGGCCACAGTGGGTACATGGTTCGCCCAAGGTTCTAATCCA  941

seq1  GTCTGCTACCCACAACTGTTAAGGCAAAGCCATGGAAATCAACATCCCTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTACCCACAACTGTTAAGGCAAAGCCATGGAAATCAACATCCCTC  991

seq1  TAGGTCTCTGGAGACTGACTGATGGGGAAAATCTGTTCTCCCTCAAATGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTCTGGAGACTGACTGATGGGGAAAATCTGTTCTCCCTCAAATGA  1041

seq1  GGCAAGTGACCAGGTCTCTCCATCAGCCCCCTGCCTCCAGAGGCCCTGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTGACCAGGTCTCTCCATCAGCCCCCTGCCTCCAGAGGCCCTGAA  1091

seq1  TTC  1097
      |||
seq2  TTC  1094

seq1: chr12_55055651_55056852
seq2: B6Ng01-111M17.g_69_1246

seq1  GAATTCTTCATCTGCACTAAACAGCAGCCGTACAAAGGATCAGTTACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATCTGCACTAAACAGCAGCCGTACAAAGGATCAGTTACCTA  50

seq1  GCATTGACTGAGCTTTGCAGGGTGCACACATCAGAAGAGGCAGAACTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACTGAGCTTTGCAGGGTGCACACATCAGAAGAGGCAGAACTGGC  100

seq1  TGGAAACCATTTCCACCCCTAGTGAGCAATTTACTCATGATTGCTTGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACCATTTCCACCCCTAGTGAGCAATTTACTCATGATTGCTTGGGG  150

seq1  AAAATACTGGAAATATTGCTTCTGTGTAAAGTTTGCAACTTCCAGTTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTGGAAATATTGCTTCTGTGTAAAGTTTGCAACTTCCAGTTGTC  200

seq1  AGCTCTTTGCCAAGCAGTTATCCCCAAGTATAGCTTTTGTGCACCAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTGCCAAGCAGTTATCCCCAAGTATAGCTTTTGTGCACCAAACA  250

seq1  CTTTGGCCACTGTGATCATGGTGGTACTGCTGCCCTGCTTGGTGTGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCCACTGTGATCATGGTGGTACTGCTGCCCTGCTTGGTGTGTGCA  300

seq1  GAGCACGAGAGCTGCTAATTACAGGAGTTAATTCACACCACATCCCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACGAGAGCTGCTAATTACAGGAGTTAATTCACACCACATCCCCCTG  350

seq1  AGACAGGTCAGCGTGTTACCCTTGTTCTACAGCTGGAGGAAAGGGGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGTCAGCGTGTTACCCTTGTTCTACAGCTGGAGGAAAGGGGATGG  400

seq1  AAATTCTAACTGGCTTGCCCCAAGCCACACAGGTTAGATTTAGCAGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTAACTGGCTTGCCCCAAGCCACACAGGTTAGATTTAGCAGCCAA  450

seq1  GATTAAAAGAAAAGGTACAATATTAATGTTCAAGTGTGGGAGGCCAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAAGAAAAGGTACAATATTAATGTTCAAGTGTGGGAGGCCAGGAG  500

seq1  ACAGATGATGGGGGTGTGAGGCATGAGATGGCAACACGGCAGGGCTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGATGGGGGTGTGAGGCATGAGATGGCAACACGGCAGGGCTCACA  550

seq1  CTAGAGGAATTCCCTCCACAGGGAATCTGAAGTCCAAACAGAAACCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAATTCCCTCCACAGGGAATCTGAAGTCCAAACAGAAACCTAAT  600

seq1  TATCCCTTTATACGTATATGTCATTGAGCTAAAGTACTTTTTTAATAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTTTATACGTATATGTCATTGAGCTAAAGTACTTTTTTAATAATA  650

seq1  GAGTATCTTATTGGGGGGGAAATCCATCTAGTCTTTTTCTTTGCTTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCTTATTGGGGGGGAAATCCATCTAGTCTTTTTCTTTGCTTTCAT  700

seq1  CTCTGCAATGAAAACCTTTATGCCACAGTGAACAGTAATCTCTGAACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAATGAAAACCTTTATGCCACAGTGAACAGTAATCTCTGAACAAA  750

seq1  ACATAGGCAAGATTCAACCCTGAATCCCTCATTCCACACTCACTGGGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGCAAGATTCAACCCTGAATCCCTCATTCCACACTCACTGGGTGA  800

seq1  CCCCAGCCAAGGGCACAGCCAAAATTATGTGCCCTCAAAATTGTGTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCCAAGGGCACAGCC-CAATTATGTGCCCTCAAAATTGTGTGTGC  849

seq1  AGCC-TTGACTCTGCCTCAGCCAGCATTCCTCCAAAGTATACCTCC-ATA  898
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCCTTTGACTCTG-CTCAGCCAGCATTCCTCCAAAGTATACCTCCAATA  898

seq1  ACCTACCTGAAATAGCTGTCCATCTC-TCACCTGAAGTCACCAGCTGGGA  947
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTA-CTGAAATAGCTGTCCATCTCTTCACCTGAAGTCACCAGCTGGGA  947

seq1  GCACCCATCCTCCTTCCCATCTGAAAGGTCTTTCTTACAACATAGCATCC  997
      |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||   |||||| |
seq2  GCACCCATC--TCTTCCCATCTGAAAGGTCTTTCTTACA--CTAGCAT-C  992

seq1  ACAGCACTTGATACTAAACTG-TTTTTCTAGGAATGTTCAGGATTGTTCA  1046
      |||||||||||||||||  || |||||||| ||||| ||| |||||||||
seq2  ACAGCACTTGATACTAACTTGTTTTTTCTA-GAATG-TCA-GATTGTTCA  1039

seq1  CTAGAGAACCTGGAAAAAAAAGAAGTCATTTAAAAAGGCCAGCACTGCGG  1096
      |||||| ||||||    |||||||||||||||||    ||||||||||||
seq2  CTAGAG-ACCTGG---GAAAAGAAGTCATTTAAA----CCAGCACTGCGG  1081

seq1  GTGGAGGTAGGGGTACTGGAGAGATGGCTCTATGGTTAAGAACTCATGGT  1146
        ||||||  |||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||
seq2  TGGGAGGTGAGGGTACTGGA-AGATGGC-CTATGG-TAGAAACTCATGGT  1128

seq1  TCTTGCCAGAGGACCTGGGTTCAGTTCCCAGCACTCACATGGTGGCTCAC  1196
      |||||| || | |||||| | || ||||    |||||||||||||| |||
seq2  TCTTGCTAG-GAACCTGGTTACA-TTCC---GACTCACATGGTGGCCCAC  1173

seq1  AACCAT  1202
       |||||
seq2  -ACCAT  1178