BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112H05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 52,607,748 - 52,731,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039578, Coch, Strn3
Upstream genePrkcm, LOC100039517, LOC636070, LOC100039525, 6030408C04Rik, Scfd1, LOC620390
Downstream geneAp4s1, Hectd1, EG544864, LOC100039476, Heatr5a, LOC676784, 6530401N04Rik, Gpr33, LOC100039627, Nubpl, Arhgap5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112H05.bB6Ng01-112H05.g
ACCDH918512DH918513
length5371,121
definitionDH918512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H05, 5' end.DH918513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,607,748 - 52,608,290)(52,730,133 - 52,731,267)
sequence
caggggaaatggttcctgggtttatgtctcagagttgataagcactgaga
cttcaggccacaaaatagctggggtgataggatccttgataggtgataga
aagacacaaatggctaggaggaacaccaagccttaatcaaaagttttcaa
cacaatctgatactgattaaactaccaccttaatgtgtcccaccagttca
caatctacacatacacactttgagatatgcccattgccatacatgatatt
agaggccatgaaagagtttctatgatgcatttaccagaagtgcctggttt
cacctgttcacggtcactgtattgaaaacgactttaataagtctggtggc
actccaaaggagctatcagcttgactgaacatttccacacacccaagaca
cagctttattcttagctattaagactgtccagtagtcggccatcagtggg
aagagaggcccattggtcatgcaaaccttatatgcctcagtacaggggaa
tgccagggccaagaagtaggagtgggtggggagggga
gaattcaaactgaggtatcaatatagaaagcataagcatgcataagacag
agtgaggtggctaaatgaagtgaccttttcctttcattctgacccaaaat
ttaaagtcaattaaaattttaaagtcaatttaaaattttatactcaatgt
gaagtagttgttttttacattagcatcatcataataaataaaagagggca
ttaaaatgaagctatagtgaaagttttaaagttggaaggtgttcccttta
ggacacttagtagtagtcatcgtttcctagactgtagctgccactgatag
gtgatgtatcattgtctggaaactgtcatacctgaatgttctttcatttc
ctcagaaactaaaaggacttagcagtcatttattgactttaaaaaaatac
catatgtgctaattccaggttggtagacatttgttcccccaaagtggctg
aaatctgattatttaatcaaaactgtccagttacagtttactgaagttgt
aagggatctaaatagacaacatttttgtgttcagtctccactctaggata
atatatacagtttatattcaatttgtggacaataactagtacattgtagt
ttgaatacatttgtttatttctacttagtaatagggctttttgtatgtgg
aagtgggaagtagaattcataatattactgaattttgtaactgtttcgtg
cttaaattccccacaatattgtattgtactgtatgatttttcagcattta
agaagcggttttgttctttatagctgaaccaataacgtttccatctggag
gaggcaagtcatttattatgggttctgatgatgttttgttaagtgtactg
ggccttggagacttgcagacttgacggtaacaaatgatgcagactatagt
tatgatgtaagtgcagttttatttttatattttaatgatttaatagaacg
ctccttattctttggaatcatttgtaaaagagattaatgtcaagtgcatg
ggaaagatagtgtgtcgatgtgttgatttgcaatacatgatttgctgtat
ttttttgtgatgtttaaatctaagattttggtggaatagttgaagttata
cttcaaatttggtgacaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_52607748_52608290
seq2: B6Ng01-112H05.b_43_585

seq1  GAATTCCAGGGGAAATGGTTCCTGGGTTTATGTCTCAGAGTTGATAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGGAAATGGTTCCTGGGTTTATGTCTCAGAGTTGATAAGCA  50

seq1  CTGAGACTTCAGGCCACAAAATAGCTGGGGTGATAGGATCCTTGATAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACTTCAGGCCACAAAATAGCTGGGGTGATAGGATCCTTGATAGGT  100

seq1  GATAGAAAGACACAAATGGCTAGGAGGAACACCAAGCCTTAATCAAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAGACACAAATGGCTAGGAGGAACACCAAGCCTTAATCAAAAGT  150

seq1  TTTCAACACAATCTGATACTGATTAAACTACCACCTTAATGTGTCCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACACAATCTGATACTGATTAAACTACCACCTTAATGTGTCCCACC  200

seq1  AGTTCACAATCTACACATACACACTTTGAGATATGCCCATTGCCATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACAATCTACACATACACACTTTGAGATATGCCCATTGCCATACAT  250

seq1  GATATTAGAGGCCATGAAAGAGTTTCTATGATGCATTTACCAGAAGTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAGAGGCCATGAAAGAGTTTCTATGATGCATTTACCAGAAGTGCC  300

seq1  TGGTTTCACCTGTTCACGGTCACTGTATTGAAAACGACTTTAATAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCACCTGTTCACGGTCACTGTATTGAAAACGACTTTAATAAGTCT  350

seq1  GGTGGCACTCCAAAGGAGCTATCAGCTTGACTGAACATTTCCACACACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCACTCCAAAGGAGCTATCAGCTTGACTGAACATTTCCACACACCC  400

seq1  AAGACACAGCTTTATTCTTAGCTATTAAGACTGTCCAGTAGTCGGCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGCTTTATTCTTAGCTATTAAGACTGTCCAGTAGTCGGCCATC  450

seq1  AGTGGGAAGAGAGGCCCATTGGTCATGCAAACCTTATATGCCTCAGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAGAGAGGCCCATTGGTCATGCAAACCTTATATGCCTCAGTACA  500

seq1  GGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGGAGGGGA  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGGAGGGGA  543

seq1: chr12_52730133_52731267
seq2: B6Ng01-112H05.g_65_1185 (reverse)

seq1  ATTTTGTCAACCAATATTTTGAAGTAATAACTTCTACCTAATCCACCAAA  50
      ||||||||| | ||   |||||||| |||||||| | ||| |||||||||
seq2  ATTTTGTCACCAAA---TTTGAAGT-ATAACTTC-AACTATTCCACCAAA  45

seq1  ATTCCTAAGATTTAAACATCACAAAAAAATTACAGCAAATCATGTTATTG  100
      ||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  AT--CTTAGATTTAAACATCACAAAAAAA-TACAGCAAATCATG-TATTG  91

seq1  CAAATCAACACATCGACACACTTATCTTTCCCATGCACCTTGACATTAAT  150
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  CAAATCAACACATCGACACAC-TATCTTTCCCATGCA-CTTGACATTAA-  138

seq1  TCTCTTTTACAAATGATTCCAAAGAATAAGGAGCCTTCTATTAAATCATT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTACAAATGATTCCAAAGAATAAGGAGCGTTCTATTAAATCATT  188

seq1  AAAATATTAAAAATAAAACTGCACTTACATCATAACTATAGTCTGCATCA  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATA-TAAAAATAAAACTGCACTTACATCATAACTATAGTCTGCATCA  237

seq1  TTTGTTACCGTCAAGTCTGCAAGGTCTCCAAGGCCCAGTACACTTAACAA  300
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACCGTCAAGTCTGCAA-GTCTCCAAGGCCCAGTACACTTAACAA  286

seq1  AACATCATCAGAACCCATAATAAATGACTTGCCTCCTCCAGATGGAAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATCAGAACCCATAATAAATGACTTGCCTCCTCCAGATGGAAACG  336

seq1  TTATTGGTTCAGCTATAAAGAACAAAACCGCTTCTTAAATGCTGAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGTTCAGCTATAAAGAACAAAACCGCTTCTTAAATGCTGAAAAAT  386

seq1  CATACAGTACAATACAATATTGTGGGGAATTTAAGCACGAAACAGTTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTACAATACAATATTGTGGGGAATTTAAGCACGAAACAGTTACA  436

seq1  AAATTCAGTAATATTATGAATTCTACTTCCCACTTCCACATACAAAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAGTAATATTATGAATTCTACTTCCCACTTCCACATACAAAAAGC  486

seq1  CCTATTACTAAGTAGAAATAAACAAATGTATTCAAACTACAATGTACTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTACTAAGTAGAAATAAACAAATGTATTCAAACTACAATGTACTAG  536

seq1  TTATTGTCCACAAATTGAATATAAACTGTATATATTATCCTAGAGTGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTCCACAAATTGAATATAAACTGTATATATTATCCTAGAGTGGAG  586

seq1  ACTGAACACAAAAATGTTGTCTATTTAGATCCCTTACAACTTCAGTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACACAAAAATGTTGTCTATTTAGATCCCTTACAACTTCAGTAAAC  636

seq1  TGTAACTGGACAGTTTTGATTAAATAATCAGATTTCAGCCACTTTGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTGGACAGTTTTGATTAAATAATCAGATTTCAGCCACTTTGGGGG  686

seq1  AACAAATGTCTACCAACCTGGAATTAGCACATATGGTATTTTTTTAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGTCTACCAACCTGGAATTAGCACATATGGTATTTTTTTAAAGT  736

seq1  CAATAAATGACTGCTAAGTCCTTTTAGTTTCTGAGGAAATGAAAGAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATGACTGCTAAGTCCTTTTAGTTTCTGAGGAAATGAAAGAACAT  786

seq1  TCAGGTATGACAGTTTCCAGACAATGATACATCACCTATCAGTGGCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTATGACAGTTTCCAGACAATGATACATCACCTATCAGTGGCAGCT  836

seq1  ACAGTCTAGGAAACGATGACTACTACTAAGTGTCCTAAAGGGAACACCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTAGGAAACGATGACTACTACTAAGTGTCCTAAAGGGAACACCTT  886

seq1  CCAACTTTAAAACTTTCACTATAGCTTCATTTTAATGCCCTCTTTTATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTTAAAACTTTCACTATAGCTTCATTTTAATGCCCTCTTTTATTT  936

seq1  ATTATGATGATGCTAATGTAAAAAACAACTACTTCACATTGAGTATAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGATGATGCTAATGTAAAAAACAACTACTTCACATTGAGTATAAAA  986

seq1  TTTTAAATTGACTTTAAAATTTTAATTGACTTTAAATTTTGGGTCAGAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTGACTTTAAAATTTTAATTGACTTTAAATTTTGGGTCAGAAT  1036

seq1  GAAAGGAAAAGGTCACTTCATTTAGCCACCTCACTCTGTCTTATGCATGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAAAGGTCACTTCATTTAGCCACCTCACTCTGTCTTATGCATGC  1086

seq1  TTATGCTTTCTATATTGATACCTCAGTTTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTTCTATATTGATACCTCAGTTTGAATTC  1121