BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112M23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,274,652 - 29,404,831
singlet/doubletdoublet
Overlap geneColec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15
Upstream geneLOC100043009, LOC669327, 1110015M06Rik, Allc
Downstream geneTssc1, 4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112M23.bB6Ng01-112M23.g
ACCDH918773DH918774
length5701,138
definitionDH918773|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112M23, 5' end.DH918774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,274,652 - 29,275,227)(29,403,692 - 29,404,831)
sequence
aggacggaggtctggctccgcgcccaggtgtttgtacctaacctgatctg
cttcaaagcagtcaccgtaatgtaaatgtaccaggtataaacaatggcta
gaacgccgttgctatgttttatattaacacaaatttgcctaaatggagct
taacagaggaaactacaaggtgcctggtacttctaatctcccataaggtg
cagagcagagcagagctctggttcaccttccgttccagttaggtattaat
gccgatgcaagcctaggtatgagagtaagtttgtaagacatcctagagca
atggttcgcaaccttcctagtgctgcaaccctttaattcagttcctcatg
ttgtggtgacttacattcgtaaaattattttgttgttacttcataactgt
aattttgctactgttatgaattgtaatgcaaaatatgcatgtaaatgtct
catcccagcttgggacatggctgggccagttgctgtgaacatacagctgc
tcgctcaagttgacttcaagaggtcaaggcgttcatgttggagaagggaa
ggggaggagagaagggaggg
gaattcactcctgggccccagcccatgcgatggtgctgctcacatttagg
gtgggtcctcccatgtcagttcagcactttgagaaatgtctttacagacc
cagagttacatctcctggatgattccagtctagtcaagttgttaatgaag
aggaacagcccctgtcatatgcaaaggtctgacaggttaagggcgtcact
gtgtatgggaactggggggacaaggattctagctagtctccttttcttga
tttctcggatcatcaggagacaactgatttttctcagaagagtagctatt
ttcctgaaagcataagaaatgtttcctcagtccatctcggccgcactctg
ccttaaccgcaaggttagcaactagtttcaatggggttttgtctgtgacc
aacaaagcatagaatgtgaaccacagaggctcatctctcactggcaccag
gctactaaacccatagtcacatagctgcacaaaggctctgtgctattcct
ggtgacattctcgagaattgcagatgcaagattactatctcatcccagta
gcttctgagcactggacagctgttggggacagtctaagcaggtgtttgct
gtaggagggataaaaagctcagctcccctgggcttctggccaccactgtc
ctgctgctcagtctcagcaggcctgctggcctacggtaactcagaggcct
ctgcaccacattcctctgtgaggactttccaaggaacaagcttccttgaa
agatagcaacatgtttaagtccaggcatcgagtggtccgttgtcgctgtc
cagtttaaggccatatctcccagcagataatacagcttgaagaacattta
gtacccagcctgcagatgtgccacccgaagagcagcagatgtgcaggctg
aggagcagcagatgtgcaggctgaggagcaggcagatgtgcaggcagagg
agcagcagatgtgcagcagaggagcatgccgggtgtgcagatgaggagca
gcagatattgcaggcagatgtggcagcctatgttctgctcttgcccgaat
ttaatggcacttggatgtgggatgaagagaaaacagaaacggcattcatg
gaagcagcttttccgaattatgaaatggaccaatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29274652_29275227
seq2: B6Ng01-112M23.b_48_623

seq1  GAATTCAGGACGGAGGTCTGGCTCCGCGCCCAGGTGTTTGTACCTAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACGGAGGTCTGGCTCCGCGCCCAGGTGTTTGTACCTAACCT  50

seq1  GATCTGCTTCAAAGCAGTCACCGTAATGTAAATGTACCAGGTATAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCTTCAAAGCAGTCACCGTAATGTAAATGTACCAGGTATAAACAA  100

seq1  TGGCTAGAACGCCGTTGCTATGTTTTATATTAACACAAATTTGCCTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGAACGCCGTTGCTATGTTTTATATTAACACAAATTTGCCTAAAT  150

seq1  GGAGCTTAACAGAGGAAACTACAAGGTGCCTGGTACTTCTAATCTCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTAACAGAGGAAACTACAAGGTGCCTGGTACTTCTAATCTCCCAT  200

seq1  AAGGTGCAGAGCAGAGCAGAGCTCTGGTTCACCTTCCGTTCCAGTTAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGCAGAGCAGAGCAGAGCTCTGGTTCACCTTCCGTTCCAGTTAGGT  250

seq1  ATTAATGCCGATGCAAGCCTAGGTATGAGAGTAAGTTTGTAAGACATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGCCGATGCAAGCCTAGGTATGAGAGTAAGTTTGTAAGACATCCT  300

seq1  AGAGCAATGGTTCGCAACCTTCCTAGTGCTGCAACCCTTTAATTCAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAATGGTTCGCAACCTTCCTAGTGCTGCAACCCTTTAATTCAGTTC  350

seq1  CTCATGTTGTGGTGACTTACATTCGTAAAATTATTTTGTTGTTACTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTTGTGGTGACTTACATTCGTAAAATTATTTTGTTGTTACTTCAT  400

seq1  AACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATTGTAATGCAAAATATGCATGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATTGTAATGCAAAATATGCATGTAA  450

seq1  ATGTCTCATCCCAGCTTGGGACATGGCTGGGCCAGTTGCTGTGAACATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCATCCCAGCTTGGGACATGGCTGGGCCAGTTGCTGTGAACATAC  500

seq1  AGCTGCTCGCTCAAGTTGACTTCAAGAGGTCAAGGCGTTCATGTTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTCGCTCAAGTTGACTTCAAGAGGTCAAGGCGTTCATGTTGGAGA  550

seq1  AGGGAAGGGGAGGAGAGAAGGGAGGG  576
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGGGAGGAGAGAAGGGAGGG  576

seq1: chr12_29403692_29404831
seq2: B6Ng01-112M23.g_67_1204 (reverse)

seq1  ATATAT--GTCCATTTCATAATCTGAAATAGCTGCTT-CATG-ATGCACA  46
      ||||||  ||||||||||||||  | || |||||||| |||| |||  | 
seq2  ATATATTGGTCCATTTCATAATTCGGAAAAGCTGCTTCCATGAATG--CC  48

seq1  GCTTCTGTCTTCTCTTCAT-CCACATCCAGGTGCCACTTAATTTCGGGCA  95
      | |||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||
seq2  GTTTCTGTTTTCTCTTCATCCCACATCCAAGTGCCA-TTAAATTCGGGCA  97

seq1  GGAGCAGAACATAGGCTG-CACATCTGCCTGC-ATATCTGCCTGCTCCTC  143
       ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  AGAGCAGAACATAGGCTGCCACATCTGCCTGCAATATCTG-CTGCTCCTC  146

seq1  ATCCTGCACACCC-GCATGCTCCTCTGCCTGCACATCTGCCTGCTCCTCT  192
      || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  AT-CTGCACACCCGGCATGCTCCTCTG-CTGCACATCTG-CTGCTCCTCT  193

seq1  GCCTGCACATCTGCCTGCTCCTCAGCCTGCACATCTGCCTGCTCCTCAGC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCTGCACATCTGCCTGCTCCTCAGCCTGCACATCTG-CTGCTCCTCAGC  242

seq1  CTGCACATCTGCCTGCTCTTCGGGTGGCACATCTGCAGGCTGGGTACCTA  292
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGCACATCTG-CTGCTCTTCGGGTGGCACATCTGCAGGCTGGGTA-CTA  290

seq1  AATGTTCTTCAAGCTGTATTATCTGCTGGGAGATATGGCCTTAAACTGGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTTCAAGCTGTATTATCTGCTGGGAGATATGGCCTTAAACTGGA  340

seq1  CAGCGACAACGGACCACTCGATGCCTGGACTTAAACATGTTGCTATCTTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGACAACGGACCACTCGATGCCTGGACTTAAACATGTTGCTATCTTT  390

seq1  CAAGGAAGCTTGTTCCTTGGAAAGTCCTCACAGAGGAATGTGGTGCAGAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAGCTTGTTCCTTGGAAAGTCCTCACAGAGGAATGTGGTGCAGAG  440

seq1  GCCTCTGAGTTACCGTAGGCCAGCAGGCCTGCTGAGACTGAGCAGCAGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGAGTTACCGTAGGCCAGCAGGCCTGCTGAGACTGAGCAGCAGGA  490

seq1  CAGTGGTGGCCAGAAGCCCAGGGGAGCTGAGCTTTTTATCCCTCCTACAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGGCCAGAAGCCCAGGGGAGCTGAGCTTTTTATCCCTCCTACAG  540

seq1  CAAACACCTGCTTAGACTGTCCCCAACAGCTGTCCAGTGCTCAGAAGCTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCTGCTTAGACTGTCCCCAACAGCTGTCCAGTGCTCAGAAGCTA  590

seq1  CTGGGATGAGATAGTAATCTTGCATCTGCAATTCTCGAGAATGTCACCAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATGAGATAGTAATCTTGCATCTGCAATTCTCGAGAATGTCACCAG  640

seq1  GAATAGCACAGAGCCTTTGTGCAGCTATGTGACTATGGGTTTAGTAGCCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCACAGAGCCTTTGTGCAGCTATGTGACTATGGGTTTAGTAGCCT  690

seq1  GGTGCCAGTGAGAGATGAGCCTCTGTGGTTCACATTCTATGCTTTGTTGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAGTGAGAGATGAGCCTCTGTGGTTCACATTCTATGCTTTGTTGG  740

seq1  TCACAGACAAAACCCCATTGAAACTAGTTGCTAACCTTGCGGTTAAGGCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACAAAACCCCATTGAAACTAGTTGCTAACCTTGCGGTTAAGGCA  790

seq1  GAGTGCGGCCGAGATGGACTGAGGAAACATTTCTTATGCTTTCAGGAAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCGGCCGAGATGGACTGAGGAAACATTTCTTATGCTTTCAGGAAAA  840

seq1  TAGCTACTCTTCTGAGAAAAATCAGTTGTCTCCTGATGATCCGAGAAATC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTCTTCTGAGAAAAATCAGTTGTCTCCTGATGATCCGAGAAATC  890

seq1  AAGAAAAGGAGACTAGCTAGAATCCTTGTCCCCCCAGTTCCCATACACAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGGAGACTAGCTAGAATCCTTGTCCCCCCAGTTCCCATACACAG  940

seq1  TGACGCCCTTAACCTGTCAGACCTTTGCATATGACAGGGGCTGTTCCTCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGCCCTTAACCTGTCAGACCTTTGCATATGACAGGGGCTGTTCCTCT  990

seq1  TCATTAACAACTTGACTAGACTGGAATCATCCAGGAGATGTAACTCTGGG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACAACTTGACTAGACTGGAATCATCCAGGAGATGTAACTCTGGG  1040

seq1  TCTGTAAAGACATTTCTCAAAGTGCTGAACTGACATGGGAGGACCCACCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAGACATTTCTCAAAGTGCTGAACTGACATGGGAGGACCCACCC  1090

seq1  TAAATGTGAGCAGCACCATCGCATGGGCTGGGGCCCAGGAGTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGAGCAGCACCATCGCATGGGCTGGGGCCCAGGAGTGAATTC  1138