BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115D03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 16,161,400 - 16,215,684
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC217409, Trib2, LOC100043268, EG432636, LOC100043273
Downstream geneLpin1, Ntsr2, Greb1, E2f6, Rock2, Pqlc3, 2410004P03Rik, EG668514, Kcnf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115D03.bB6Ng01-115D03.g
ACCDH920522DH920523
length1,1991,172
definitionDH920522|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115D03, 5' end.DH920523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115D03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,161,400 - 16,162,627)(16,214,506 - 16,215,684)
sequence
gaattcagtttgctttatgtaaaactgacaggcaggaaggacttaaacac
atgaattcttttaaactatgcatgtggattgtgcataggggaaaggaata
tatctttgtgactggtgacagctcatttcccaaaggtcattccaaagcag
catggcccagctcttccagccttgtccttcctagaagaaatttccataga
cagattcatggctcagtcagtcaccaacccatacacttctaagcaggtat
ctagactgtttcacagaagagtactgtttgggacaatgatctcaaacaaa
tgtcacttccgttcagaaagccagaattgtgctagtctcaatgctaccct
tgggtttccaaatgcctgagcgtagctctattagttgtaacacagacctc
tgagttggttataaactgtgtctgagtggtgatctctggtgggttcccca
taacaggtggaagggctttcattgaaagtaagtgcagccctcttcctatt
ttccatagtggcacaagatcagggtaagaaggagaactccatgagggaac
ttcacatctacaagccctgcctcatatctatgtcagagagcagagacagg
ctgatcctgacagtgaatgtgttagagcagttcagtggtcagacacctat
attttccaaagaaagatacactatcaggccctttggcatcagaagaaatg
aaaagattgctattcactatacagcccatggatccaaggcagaagaaatc
ttggagatagctctacagatataggaatatgagttacagaaaaataactc
cttggatactggaatctttggatcagggattcaagaacacattgatctgg
acacctgagcattgggctacagcctggactcctatatggtgctgggtagg
ccaggtttcagcatctcaagtaaaagcgtaggacaggctgcattgggggc
aagcacagaatcagcaagataaggctatgcgctagttccagcagacatat
aataggattcgcttcccaggcaaataatgtatccaaaaggctaataaaat
ttctcagaatgcaaccgaaacaacaaccccaagaaaatagtggacaagga
gcacagaaagggagagtggccagtgtagctggcaggtatctgtgaggaag
aatggaggtgcacaggccaagagacctcaagctagtcagaatagaacaa
gaattcagagctatgcatctcaacttttatatagtagacacgcagcccac
acatgagcaaataacttgaaaacggagagaaaatttaaaatatgtgtgtc
aaaaattaacaatgacaccgacttcagtgacttttatggtgacagacagg
tttttctggtcatacctagagaagcctgaggtgcttctagagtgtttcca
aaagaaacaactttctgtttgtaaaataataataataattaatagttaat
aataataataagagaagcagtggactggcgagacttcttggtgggtgaag
cttgcttgctgccaagcttgatggtctgagggcaatccctgggtccaacg
tggtggaaggagagaattgggttctacaagttgtcttttgacctccacat
gtgcactgtggcatacatatgcgcccacggacacacttaatcatatagat
acataaatagacacataattacttcttaaaaataaaggttatgtaccaca
agtattatacatatcatggtgactgaagctaacactgaggtagttaatac
ttgaaaactaccaggagaagaaatcctaggtgtttttcatacaaacacct
aaaataagtatgcaaaggaacgaatatgctaattagtttgattatagtaa
tcacctcataatacatacatatatcaaaacattgtaccataaatatatga
ttttcaattatgctataataaagctgggaaaaatgaaactcaatttatcc
tgcattatcctcttgtgcaagctaatttgataagccagtgtagaaccaaa
aataaggaagaggtcaaagggagaaatgctgcttttattaacttggaaag
atcagttgaggagaccagatatgtaatgtctcagttggaccgatctgatc
agatggatgaaaacagtggaaacgttattatcaccattctaggttcacat
tactttctgattcaagaacagcttaattttttatacagtatcaatatatg
aaattaatcatacagattgatgctatgaaataatggttttctgctcaaca
tcatttctgcatttggcagtgcttcttcgtgtccctccttactcttcatc
ccgtgaactcaacttctctcctcttgtgttccaactgtttgcttaaaata
aagaatgaatcatcctctatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_16161400_16162627
seq2: B6Ng01-115D03.b_45_1243

seq1  GAATTCAGTTTGCTTTATGTAAAACTGACAGGCAGGAAGGACTTAAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTGCTTTATGTAAAACTGACAGGCAGGAAGGACTTAAACAC  50

seq1  ATGAATTCTTTTAAACTATGCATGTGGATTGTGCATAGGGGAAAGGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTCTTTTAAACTATGCATGTGGATTGTGCATAGGGGAAAGGAATA  100

seq1  TATCTTTGTGACTGGTGACAGCTCATTTCCCAAAGGTCATTCCAAAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTGTGACTGGTGACAGCTCATTTCCCAAAGGTCATTCCAAAGCAG  150

seq1  CATGGCCCAGCTCTTCCAGCCTTGTCCTTCCTAGAAGAAATTTCCATAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCAGCTCTTCCAGCCTTGTCCTTCCTAGAAGAAATTTCCATAGA  200

seq1  CAGATTCATGGCTCAGTCAGTCACCAACCCATACACTTCTAAGCAGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCATGGCTCAGTCAGTCACCAACCCATACACTTCTAAGCAGGTAT  250

seq1  CTAGACTGTTTCACAGAAGAGTACTGTTTGGGACAATGATCTCAAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTGTTTCACAGAAGAGTACTGTTTGGGACAATGATCTCAAACAAA  300

seq1  TGTCACTTCCGTTCAGAAAGCCAGAATTGTGCTAGTCTCAATGCTACCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTTCCGTTCAGAAAGCCAGAATTGTGCTAGTCTCAATGCTACCCT  350

seq1  TGGGTTTCCAAATGCCTGAGCGTAGCTCTATTAGTTGTAACACAGACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTCCAAATGCCTGAGCGTAGCTCTATTAGTTGTAACACAGACCTC  400

seq1  TGAGTTGGTTATAAACTGTGTCTGAGTGGTGATCTCTGGTGGGTTCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGGTTATAAACTGTGTCTGAGTGGTGATCTCTGGTGGGTTCCCCA  450

seq1  TAACAGGTGGAAGGGCTTTCATTGAAAGTAAGTGCAGCCCTCTTCCTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGTGGAAGGGCTTTCATTGAAAGTAAGTGCAGCCCTCTTCCTATT  500

seq1  TTCCATAGTGGCACAAGATCAGGGTAAGAAGGAGAACTCCATGAGGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAGTGGCACAAGATCAGGGTAAGAAGGAGAACTCCATGAGGGAAC  550

seq1  TTCACATCTACAAGCCCTGCCTCATATCTATGTCAGAGAGCAGAGACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCTACAAGCCCTGCCTCATATCTATGTCAGAGAGCAGAGACAGG  600

seq1  CTGATCCTGACAGTGAATGTGTTAGAGCAGTTCAGTGGTCAGACACCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCTGACAGTGAATGTGTTAGAGCAGTTCAGTGGTCAGACACCTAT  650

seq1  ATTTTCCAAAGAAAGATACACTATCAGGCCCTTTGGCATCAGAAGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAAAGAAAGATACACTATCAGGCCCTTTGGCATCAGAAGAAATG  700

seq1  AAAAGATTGCTATTCACTATACAGCCCATGGATCCAAGGCAGAAGAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTGCTATTCACTATACAGCCCATGGATCCAAGGCAGAAGAAATC  750

seq1  TTGGAGATAGCTCTACAGATATAGGAATATGAGTTACAGAAAAATAACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGATAGCTCTACAGATATAGGAATATGAGTTACAGAAAAATAACTC  800

seq1  CTTGGATACTGGAATCTTTGGATCAGGGATTCAAGAACACATTGATCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATACTGGAATCTTTGGATCAGGGATTCAAGAACACATTGATCTGG  850

seq1  ACACCTGAGCATTGGGCTACAGCCTGGACTCCTATATGGTGCTGGGTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGAGCATTGGGCTACAGCCTGGACTCCTATATGGTGCTGGGTAGG  900

seq1  CCAGGTTTCAGCATCTCAAGTAAAAAGCGTAGGACAGGCTGCATTGGGGG  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTTCAGCATCTCAAGT-AAAAGCGTAGGACAGGCTGCATTGGGGG  949

seq1  CAAGCACAGAATCAGCAAAGATAAGGCTATGCGCTAGTTCCAGCAGACAT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACAGAATCAGC-AAGATAAGGCTATGCGCTAGTTCCAGCAGACAT  998

seq1  ATAATAGGATTCGCCTTCCCAGGCAAATAAATGTTATCCAAAAGGCTAAT  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  ATAATAGGATTCG-CTTCCCAGGCAAAT-AATG-TATCCAAAAGGCTAAT  1045

seq1  AAAATTTTCTCAGAAATGCAAACCGAAACAAACAAACACAAAGAAAAATA  1100
      |||| |||||||| ||||| |||||||||||   ||| | |||||||   
seq2  AAAA-TTTCTCAG-AATGC-AACCGAAACAA--CAACCCCAAGAAAA--T  1088

seq1  AGTGAGACAAGGAGCAACAGAAAGGGAGAAGTGAGCACAGTGGTAGCTTG  1150
      |||| |||||||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||  
seq2  AGTG-GACAAGGAGC-ACAGAAAGGGAG-AGTG-GC-CAGT-GTAGCT--  1130

seq1  GGCAGGGTATCTGTGAGGAGAGATGGGAGGTGGCAACAAGTGCAAGAGAC  1200
      |||| |||||||||||||| |||  |||||| |||   ||  ||||||||
seq2  GGCA-GGTATCTGTGAGGA-AGAATGGAGGT-GCA--CAGGCCAAGAGAC  1175

seq1  CTCCAAGCTAGTCAGGGAATAAGAACAA  1228
      || |||||||||||  |||| |||||||
seq2  CT-CAAGCTAGTCA--GAAT-AGAACAA  1199

seq1: chr12_16214506_16215684
seq2: B6Ng01-115D03.g_68_1239 (reverse)

seq1  CCAT-GAGGATGATTCATTCTTTTATTTTAGC-AACAGTGTGGACACAAG  48
      |||| ||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||  | |||||||
seq2  CCATAGAGGATGATTCATTCTTTATTTTAAGCAAACAGTTGGAACACAAG  50

seq1  AGGAGAGAAGGTGAGTGTCACGGGGATGGAAGAGGTAGGGAGGGACACGG  98
      |||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| 
seq2  AGGAGAGAAGTTGAGT-TCAC-GGGAT-GAAGA-GTAAGGAGGGACACGA  96

seq1  AGAAGCACTGCCAAATGCAGGAAAATGAATGTTTGAGCAGAAAACCATTA  148
      ||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACTGCCAAATGCAG--AAATG-ATG-TTGAGCAGAAAACCATTA  142

seq1  TTTCATAGCATCAATCTGTATGATTAATTTCATATATTGATACTGTATAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGCATCAATCTGTATGATTAATTTCATATATTGATACTGTATAA  192

seq1  AAAATTAAGCTGTTCTTTGAATCAGAAAGTAATGTGAACCTAGAATGGTG  248
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAGCTGTTC-TTGAATCAGAAAGTAATGTGAACCTAGAATGGTG  241

seq1  ATAATAACGTTTCCACTGTTTTCATCCATCTGATCAGATCGGTCCAACTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAACGTTTCCACTGTTTTCATCCATCTGATCAGATCGGTCCAACTG  291

seq1  AGACATTACATATCTGGTCTCCTCAACTGATCTTTCCAAGTTAATAAAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTACATATCTGGTCTCCTCAACTGATCTTTCCAAGTTAATAAAAG  341

seq1  CAGCATTTCTCCCTTTGACCTCTTCCTTATTTTTGGTTCTACACTGGCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTCTCCCTTTGACCTCTTCCTTATTTTTGGTTCTACACTGGCTT  391

seq1  ATCAAATTAGCTTGCACAAGAGGATAATGCAGGATAAATTGAGTTTCATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTAGCTTGCACAAGAGGATAATGCAGGATAAATTGAGTTTCATT  441

seq1  TTTCCCAGCTTTATTATAGCATAATTGAAAATCATATATTTATGGTACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCTTTATTATAGCATAATTGAAAATCATATATTTATGGTACAA  491

seq1  TGTTTTGATATATGTATGTATTATGAGGTGATTACTATAATCAAACTAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGATATATGTATGTATTATGAGGTGATTACTATAATCAAACTAAT  541

seq1  TAGCATATTCGTTCCTTTGCATACTTATTTTAGGTGTTTGTATGAAAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATATTCGTTCCTTTGCATACTTATTTTAGGTGTTTGTATGAAAAAC  591

seq1  ACCTAGGATTTCTTCTCCTGGTAGTTTTCAAGTATTAACTACCTCAGTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGATTTCTTCTCCTGGTAGTTTTCAAGTATTAACTACCTCAGTGT  641

seq1  TAGCTTCAGTCACCATGATATGTATAATACTTGTGGTACATAACCTTTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCAGTCACCATGATATGTATAATACTTGTGGTACATAACCTTTAT  691

seq1  TTTTAAGAAGTAATTATGTGTCTATTTATGTATCTATATGATTAAGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAAGTAATTATGTGTCTATTTATGTATCTATATGATTAAGTGTG  741

seq1  TCCGTGGGCGCATATGTATGCCACAGTGCACATGTGGAGGTCAAAAGACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGGGCGCATATGTATGCCACAGTGCACATGTGGAGGTCAAAAGACA  791

seq1  ACTTGTAGAACCCAATTCTCTCCTTCCACCACGTTGGACCCAGGGATTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGAACCCAATTCTCTCCTTCCACCACGTTGGACCCAGGGATTGC  841

seq1  CCTCAGACCATCAAGCTTGGCAGCAAGCAAGCTTCACCCACCAAGAAGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACCATCAAGCTTGGCAGCAAGCAAGCTTCACCCACCAAGAAGTC  891

seq1  TCGCCAGTCCACTGCTTCTCTTATTATTATTATTAACTATTAATTATTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCAGTCCACTGCTTCTCTTATTATTATTATTAACTATTAATTATTAT  941

seq1  TATTATTTTACAAACAGAAAGTTGTTTCTTTTGGAAACACTCTAGAAGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTACAAACAGAAAGTTGTTTCTTTTGGAAACACTCTAGAAGCA  991

seq1  CCTCAGGCTTCTCTAGGTATGACCAGAAAAACCTGTCTGTCACCATAAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGCTTCTCTAGGTATGACCAGAAAAACCTGTCTGTCACCATAAAA  1041

seq1  GTCACTGAAGTCGGTGTCATTGTTAATTTTTGACACACATATTTTAAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGAAGTCGGTGTCATTGTTAATTTTTGACACACATATTTTAAATT  1091

seq1  TTCTCTCCGTTTTCAAGTTATTTGCTCATGTGTGGGCTGCGTGTCTACTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCGTTTTCAAGTTATTTGCTCATGTGTGGGCTGCGTGTCTACTA  1141

seq1  TATAAAAGTTGAGATGCATAGCTCTGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTTGAGATGCATAGCTCTGAATTC  1172