BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116G05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,664,630 - 28,776,499
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669327
Upstream geneSox11, LOC100043009
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116G05.bB6Ng01-116G05.g
ACCDH921398DH921399
length1,1041,123
definitionDH921398|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116G05, 5' end.DH921399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116G05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,664,630 - 28,665,737)(28,775,369 - 28,776,499)
sequence
gaattctctctggaagcttttgttgccagaagctactcaagctcagctgt
gccctgctggccaactgagtcccaccgcaccacagcaactctggagtggc
agcagctgtgaaagagacctgacagctcaccttgatctacctccccctcc
cctttggagagagcaacaatttggccactcaagcccacaggcagagccct
ttagatctccatggatagtgtccagtacacagaccagaacgtcctcatcc
ctattcagatttaagttacatacatattaggataatgaggattccatacc
atctctaggaaatagctcagcagtgtgggacagggaccccccctccccaa
gttgcgtttttaccttctctggttgttgatgggtccgttcttgtgcagac
tcactaatgtcatcagttgttgagagtgcatgctcgcagtgcctgtgcat
tgctcagaagacagattctacagctcttctccttccagctcttataagct
ttccactcatcctactcctccccggaactttggacagaatgccataaaca
ccgtgtttggggctgggcactcaactgtccagtttagccactagaaaaaa
aaaggcttcattgattaaatctgagaatgacaattgtctatggatatata
tattcaccagatagtgttttaagtagtactttgccatgggtaagagcaat
tgatgactaaatatgaacaataactaagataaaatgctgaataactgtag
gaatttgcaatcaagagaaggtaacagtttatattttcttgcggaaaaaa
aaaaaaactaaaacattcttgctttccagaacaatgaggttaccagcctg
aaaatggcagtcgtatataaatcctcttatcccatggacagatttctgtg
aagatcagcagctatgtctccaaacacaggtgagtgtatgaagctaacca
tgagaggccaattctgatactcagaacactgctggaggccagtattgcat
aaaattctatttacattgtataacatggacggacccatggctctgagtct
gtcatcatctatcagggagacgagctttactcaatctggctgatgctctc
tggc
gaattctgcagaaaaaaatatatggcctctctgagctcccaaatcatcta
tacatgcatgatataaaaatatttctaaagcatgatgggaaatacaaaaa
catagtcctacataggcgtttacagacatattttcttattccatttcctt
gacttagtctccttgtttttcctaagcgggtattcattagcatgctaggt
tttataaaaattaaacaaggtgactgatgaaattgctgaggaagactgcc
cagtgctggagggttcccatagatctgctttacttccttgtatccccaga
agtgctgggctgtgcaaagtccaggcaatctaaactgggcttccctgttt
gcagctgagttacaggccttctctggattcttggcatgtggaaatgagcc
taagagatgatattcctgctctctaaactattctgtgatgacaggagcat
tgttttcaaatgaggctcatgtgcagaaacatgatgtaaatgctacccct
ggctgcctagctgcctgcacgtaccaggagtctctgagctggtctttagc
aacttgggtgttcaggcaaccattgtgaatgtatccgtgcacttcatacc
ctcagtagtacttcctgggcgtatgtatgacttatggtgcttttttgttc
tggaatccatcctgtcaaaccttctccaaaatgtgttgttaagcactaaa
gtccatgtttgacatgataactctattttcatatctacagtgttatctgt
tttctccatggactcttgagcaatgtttgtcgtccaatgattgttttagg
ttatttaggtcaggagatgtgacagagccactaggatcgtgagtgactga
gaggcccaagaaaagtgaaatcacagtattctgaataaaacaaagtgaga
ttctaattacagcagcaaggaggtgcagtttgaattgtatatatcctgga
cacgtgcgctcagaactgccgtgggaatggggttaggcgagggtgcttct
actggctgagcttcatagcttttcgatgtcgaaaaaccagtttgattgac
catctatcctctgagcttctggctcctgatccaagagccaactataggca
catgaaacccaaaagttccttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28664630_28665737
seq2: B6Ng01-116G05.b_46_1149

seq1  GAATTCTCTCTGGAAGCTTTTGTTGCCAGAAGCTACTCAAGCTCAGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGGAAGCTTTTGTTGCCAGAAGCTACTCAAGCTCAGCTGT  50

seq1  GCCCTGCTGGCCAACTGAGTCCCACCGCACCACAGCAACTCTGGAGTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTGGCCAACTGAGTCCCACCGCACCACAGCAACTCTGGAGTGGC  100

seq1  AGCAGCTGTGAAAGAGACCTGACAGCTCACCTTGATCTACCTCCCCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGTGAAAGAGACCTGACAGCTCACCTTGATCTACCTCCCCCTCC  150

seq1  CCTTTGGAGAGAGCAACAATTTGGCCACTCAAGCCCACAGGCAGAGCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGAGAGAGCAACAATTTGGCCACTCAAGCCCACAGGCAGAGCCCT  200

seq1  TTAGATCTCCATGGATAGTGTCCAGTACACAGACCAGAACGTCCTCATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCTCCATGGATAGTGTCCAGTACACAGACCAGAACGTCCTCATCC  250

seq1  CTATTCAGATTTAAGTTACATACATATTAGGATAATGAGGATTCCATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAGATTTAAGTTACATACATATTAGGATAATGAGGATTCCATACC  300

seq1  ATCTCTAGGAAATAGCTCAGCAGTGTGGGACAGGGACCCCCCCTCCCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAGGAAATAGCTCAGCAGTGTGGGACAGGGACCCCCCCTCCCCAA  350

seq1  GTTGCGTTTTTACCTTCTCTGGTTGTTGATGGGTCCGTTCTTGTGCAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCGTTTTTACCTTCTCTGGTTGTTGATGGGTCCGTTCTTGTGCAGAC  400

seq1  TCACTAATGTCATCAGTTGTTGAGAGTGCATGCTCGCAGTGCCTGTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAATGTCATCAGTTGTTGAGAGTGCATGCTCGCAGTGCCTGTGCAT  450

seq1  TGCTCAGAAGACAGATTCTACAGCTCTTCTCCTTCCAGCTCTTATAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAAGACAGATTCTACAGCTCTTCTCCTTCCAGCTCTTATAAGCT  500

seq1  TTCCACTCATCCTACTCCTCCCCGGAACTTTGGACAGAATGCCATAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTCATCCTACTCCTCCCCGGAACTTTGGACAGAATGCCATAAACA  550

seq1  CCGTGTTTGGGGCTGGGCACTCAACTGTCCAGTTTAGCCACTAGAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTTTGGGGCTGGGCACTCAACTGTCCAGTTTAGCCACTAGAAAAAA  600

seq1  AAAGGCTTCATTGATTAAATCTGAGAATGACAATTGTCTATGGATATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTCATTGATTAAATCTGAGAATGACAATTGTCTATGGATATATA  650

seq1  TATTCACCAGATAGTGTTTTAAGTAGTACTTTGCCATGGGTAAGAGCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACCAGATAGTGTTTTAAGTAGTACTTTGCCATGGGTAAGAGCAAT  700

seq1  TGATGACTAAATATGAACAATAACTAAGATAAAATGCTGAATAACTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTAAATATGAACAATAACTAAGATAAAATGCTGAATAACTGTAG  750

seq1  GAATTTGCAATCAAGAGAAGGTAACAGTTTATATTTTCTTGCGGAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGCAATCAAGAGAAGGTAACAGTTTATATTTTCTTGCGGAAAAAA  800

seq1  AAAAAAACTAAAACATTCTTGCTTTCCAGAACAATGAGGTTACCAGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACTAAAACATTCTTGCTTTCCAGAACAATGAGGTTACCAGCCTG  850

seq1  AAAATGGCAGTCGTATATAAATCCTCTTATCCCATGGACAGA-TTCTGTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAATGGCAGTCGTATATAAATCCTCTTATCCCATGGACAGATTTCTGTG  900

seq1  AAGATCAGCAGCTATGTCTCCAAACACAGGTGAGTGTATGAAGCTAACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGCAGCTATGTCTCCAAACACAGGTGAGTGTATGAAGCTAACCA  950

seq1  TGAGAGGCCAATTCTGATACTCAGAACACTGCTGGAAGGCCAGTATTGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCCAATTCTGATACTCAGAACACTGCTGG-AGGCCAGTATTGCA  999

seq1  TAAAATTCTATTTACCATTGTATAACATGGACGGACCCATGGCTCTGAGT  1049
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCTATTTA-CATTGTATAACATGGACGGACCCATGGCTCTGAGT  1048

seq1  CTGTCAATCATCTAACAAGTGAGACGAGCTTTACTCCAATCTGGCTGATG  1099
      ||||| |||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTC-ATCATCTATC-AGGGAGACGAGCTTTACT-CAATCTGGCTGATG  1095

seq1  CTCTCTGGC  1108
      |||||||||
seq2  CTCTCTGGC  1104

seq1: chr12_28775369_28776499
seq2: B6Ng01-116G05.g_70_1192 (reverse)

seq1  TGAA-GAACTTTTGTGTTTCCAATGTGCCATAAGTTGGCTCTTTGGATTC  49
      |||| ||||||||| |||||  |||||||   ||||||||| ||||| ||
seq2  TGAAGGAACTTTTGGGTTTC--ATGTGCCTATAGTTGGCTC-TTGGA-TC  46

seq1  AGAGACCAGAAGCTCAGAGGATAGATTGTCAATCAAACTGGTTTTTCTGA  99
      ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGAGCCAGAAGCTCAGAGGATAGATGGTCAATCAAACTGGTTTTTC-GA  95

seq1  CATCGAAAAAGCTATGAAGCTTCAGCCAGTAGAGGCATCCCTCGCCTAAC  149
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  CATCG-AAAAGCTATGAAGC-TCAGCCAGTAGAAGCA-CCCTCGCCTAAC  142

seq1  CCCATTCCCACCGCAGTTCTTGAGCGCACGTGTCCAGGATATATACAATT  199
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCCACGGCAGTTC-TGAGCGCACGTGTCCAGGATATATACAATT  191

seq1  CAAACTGCACCTCCTTGCTGCTGTAATTAGAATCTCACTTTGTTTTATTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGCACCTCCTTGCTGCTGTAATTAGAATCTCACTTTGTTTTATTC  241

seq1  AGAATACTGTGATTTCACTTTTCTTGGGCCTCTCAGTCACTCACGATCCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACTGTGATTTCACTTTTCTTGGGCCTCTCAGTCACTCACGATCCT  291

seq1  AGTGGCTCTGTCACATCTCCTGACCTAAATAACCTAAAACAATCATTGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTCTGTCACATCTCCTGACCTAAATAACCTAAAACAATCATTGGA  341

seq1  CGACAAACATTGCTCAAGAGTCCATGGAGAAAACAGATAACACTGTAGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAAACATTGCTCAAGAGTCCATGGAGAAAACAGATAACACTGTAGAT  391

seq1  ATGAAAATAGAGTTATCATGTCAAACATGGACTTTAGTGCTTAACAACAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATAGAGTTATCATGTCAAACATGGACTTTAGTGCTTAACAACAC  441

seq1  ATTTTGGAGAAGGTTTGACAGGATGGATTCCAGAACAAAAAAGCACCATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAGAAGGTTTGACAGGATGGATTCCAGAACAAAAAAGCACCATA  491

seq1  AGTCATACATACGCCCAGGAAGTACTACTGAGGGTATGAAGTGCACGGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATACATACGCCCAGGAAGTACTACTGAGGGTATGAAGTGCACGGAT  541

seq1  ACATTCACAATGGTTGCCTGAACACCCAAGTTGCTAAAGACCAGCTCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACAATGGTTGCCTGAACACCCAAGTTGCTAAAGACCAGCTCAGA  591

seq1  GACTCCTGGTACGTGCAGGCAGCTAGGCAGCCAGGGGTAGCATTTACATC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGGTACGTGCAGGCAGCTAGGCAGCCAGGGGTAGCATTTACATC  641

seq1  ATGTTTCTGCACATGAGCCTCATTTGAAAACAATGCTCCTGTCATCACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTGCACATGAGCCTCATTTGAAAACAATGCTCCTGTCATCACAG  691

seq1  AATAGTTTAGAGAGCAGGAATATCATCTCTTAGGCTCATTTCCACATGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTAGAGAGCAGGAATATCATCTCTTAGGCTCATTTCCACATGCC  741

seq1  AAGAATCCAGAGAAGGCCTGTAACTCAGCTGCAAACAGGGAAGCCCAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCCAGAGAAGGCCTGTAACTCAGCTGCAAACAGGGAAGCCCAGTT  791

seq1  TAGATTGCCTGGACTTTGCACAGCCCAGCACTTCTGGGGATACAAGGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGCCTGGACTTTGCACAGCCCAGCACTTCTGGGGATACAAGGAAG  841

seq1  TAAAGCAGATCTATGGGAACCCTCCAGCACTGGGCAGTCTTCCTCAGCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGATCTATGGGAACCCTCCAGCACTGGGCAGTCTTCCTCAGCAA  891

seq1  TTTCATCAGTCACCTTGTTTAATTTTTATAAAACCTAGCATGCTAATGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCAGTCACCTTGTTTAATTTTTATAAAACCTAGCATGCTAATGAA  941

seq1  TACCCGCTTAGGAAAAACAAGGAGACTAAGTCAAGGAAATGGAATAAGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCGCTTAGGAAAAACAAGGAGACTAAGTCAAGGAAATGGAATAAGAA  991

seq1  AATATGTCTGTAAACGCCTATGTAGGACTATGTTTTTGTATTTCCCATCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTGTAAACGCCTATGTAGGACTATGTTTTTGTATTTCCCATCA  1041

seq1  TGCTTTAGAAATATTTTTATATCATGCATGTATAGATGATTTGGGAGCTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGAAATATTTTTATATCATGCATGTATAGATGATTTGGGAGCTC  1091

seq1  AGAGAGGCCATATATTTTTATCTGCAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAGAGGCCATATATTTTTTTCTGCAGAATTC  1123