BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118A24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 76,708,431 - 76,850,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr89, LOC665931, Sgpp1
Upstream geneKcnh5, Rhoj, Gphb5, Ppp2r5e
Downstream geneSyne2, Esr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3, Spnb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118A24.bB6Ng01-118A24.g
ACCDH922641DH922642
length1,0171,137
definitionDH922641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118A24, 5' end.DH922642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,849,561 - 76,850,579)(76,708,431 - 76,709,588)
sequence
gaattctggggggctagagaggtagctcagccagcataagtagcagccac
ataagctgggcaagctgagttggatccccagaacccaggtaatcagccag
atatctcggtaaccccagcaccactgtggtgaggtgtgagactgtggcgg
gagaactgcccccagaagcttggtctggggtccagcatggcacctgaacg
agagctcttgcctaagcaaggtagaaggtgagtactgacattgcaaagtt
ttcctctgacctccaaacttgtgctccctccctccccagcacacaaaaca
aacccattcaattaaaaacaaacatgtaagggaggattgtgggaccgagg
ccccattctcttttcctattgtctcctcctcgtgaggtaagcatcttgcc
ctgctgtgtgtgggctttctaccataaccatccggcatgcctaccagagc
cccaaagccacgagtctcccaattcctggactagaacctccaaagttatg
gaccaagataatttttctctgttcgtaattattcaactgtctccgttgat
gagtagctgatgagcacatctgcctgcaggggccggactaagtgaaagcc
agggagtgggggactgggaaggtggctgctgtgtgggctcagggaggaga
agaaaggctgccatttgcaacgcaaggagatcaacagagaaagtaagagc
ccaggtgccacatatcaatcagaaccagcgatcactcttccaagaactaa
agggcatgaaacaggtttttgaatcctgatgatttccgccaagctaatct
tcatttaagtcctggattcctttctttggttgcttgccctaattgctcaa
agcacaatactgtacttgccaaagatagctgaagggagttagtccttcag
cttccagctgcagggtgaagctgacagcttttatggcagctgagttagac
attcacttgcttttcctatatatatttacagcgggtaaagcaggaagggg
agttggggggggtgggg
gaattctctgaaagtctttcctttaaaattcatccccctggaaatcttct
gtacaaaaatacttttaaggttcaccagggacattcattgtagaatttta
atgacaaataaaaacaatttatgtatgtatcagttgaagggtagttaaat
tatagttcagccatactgtgggaggtagtacagccattaaatataagggt
actatctgccatatggagaaatgtctatgatatgaagtgggggaaaggta
actcagaataacgagtaaagtcgtctcttgttcatattagtgtgcatgga
gtagataaatagacatttataaaaataaaaccagacacttagaggatatt
tctgaaaatttgtagaaaaggttctggattaatttatatggaactgctat
aggagaataactttgggcatgggttggaggcagtgtggcaaaaattagat
tataaacttaagtattattttaatttttataattttataattttaatttt
aaattcattttaattttaatttaattatttttttcaggaaactacttaga
cttacagagtcaaaaataacaggaggcatgaacccaccacatagctctag
aaagaaagcctaacaactgtcgtataatctttgatcatattctttcttgc
cccaggtaccaaaacctggatctgatgctttttattcccatggtgtcacg
attttactaaatacgcaacatagagtttttatatgagcttctgaagtttg
gctttcagtcaatgtggtgtttgaataggaatggcccccatagattcatg
tgtttgaatgcttggcccatagggagtggcactgttaggaggtgtagcct
tgttggaggaagtgtgtcactgtgtggtgggtggctttgaggtctcctgt
gctcaagctacacccagtgtgacacgcaatccccttctgctccctgtgta
tccaggtgtagactctcagctctttccagcacatggctgctgcatgctgc
atgcttcccacatgatgatatggacaaacttctgacttgtagcagccagt
aaatgttgtcttataagaaagagtgctgtcgtgatgtctgttcacaggca
gtaatcaactaagacagatccaattggcactttgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_76849561_76850579
seq2: B6Ng01-118A24.b_45_1061 (reverse)

seq1  CCCCA---CCCCCAACTCCCCTTCCCTGCTTTACCCGCTGTAAATATATA  47
      |||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCCCCAACTCCCCTT-CCTGCTTTACCCGCTGTAAATATATA  49

seq1  TAGGAAAAGCAAGTGAATGTCTAACCTCAGCTGCCATAAAAGCTGTCAGC  97
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAAGCAAGTGAATGTCTAA-CTCAGCTGCCATAAAAGCTGTCAGC  98

seq1  TTCACCCCTGCAGCTGGAAGCTGAAGGACTAACTCCCTTCAGCTATCTTT  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCA-CCCTGCAGCTGGAAGCTGAAGGACTAACTCCCTTCAGCTATC-TT  146

seq1  TGGCAAGTACAGTATTGTGCTTTGAGCAATTTAGGGCAAGCAACCAAAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGTACAGTATTGTGCTTTGAGCAA-TTAGGGCAAGCAACCAAAGA  195

seq1  AAGGAATCCAGGACTTAAATGAAGATTAGCTTGGCGGAAATCATCAGGAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATCCAGGACTTAAATGAAGATTAGCTTGGCGGAAATCATCAGGAT  245

seq1  TCAAAAACCTGTTTCATGCCCTTTAGTTCTTGGAAGAGTGATCGCTGGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACCTGTTTCATGCCCTTTAGTTCTTGGAAGAGTGATCGCTGGTT  295

seq1  CTGATTGATATGTGGCACCTGGGCTCTTACTTTCTCTGTTGATCTCCTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGATATGTGGCACCTGGGCTCTTACTTTCTCTGTTGATCTCCTTG  345

seq1  CGTTGCAAATGGCAGCCTTTCTTCTCCTCCCTGAGCCCACACAGCAGCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCAAATGGCAGCCTTTCTTCTCCTCCCTGAGCCCACACAGCAGCCA  395

seq1  CCTTCCCAGTCCCCCACTCCCTGGCTTTCACTTAGTCCGGCCCCTGCAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCAGTCCCCCACTCCCTGGCTTTCACTTAGTCCGGCCCCTGCAGG  445

seq1  CAGATGTGCTCATCAGCTACTCATCAACGGAGACAGTTGAATAATTACGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCTCATCAGCTACTCATCAACGGAGACAGTTGAATAATTACGA  495

seq1  ACAGAGAAAAATTATCTTGGTCCATAACTTTGGAGGTTCTAGTCCAGGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAAAATTATCTTGGTCCATAACTTTGGAGGTTCTAGTCCAGGAA  545

seq1  TTGGGAGACTCGTGGCTTTGGGGCTCTGGTAGGCATGCCGGATGGTTATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGACTCGTGGCTTTGGGGCTCTGGTAGGCATGCCGGATGGTTATG  595

seq1  GTAGAAAGCCCACACACAGCAGGGCAAGATGCTTACCTCACGAGGAGGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAGCCCACACACAGCAGGGCAAGATGCTTACCTCACGAGGAGGAG  645

seq1  ACAATAGGAAAAGAGAATGGGGCCTCGGTCCCACAATCCTCCCTTACATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGGAAAAGAGAATGGGGCCTCGGTCCCACAATCCTCCCTTACATG  695

seq1  TTTGTTTTTAATTGAATGGGTTTGTTTTGTGTGCTGGGGAGGGAGGGAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTAATTGAATGGGTTTGTTTTGTGTGCTGGGGAGGGAGGGAGC  745

seq1  ACAAGTTTGGAGGTCAGAGGAAAACTTTGCAATGTCAGTACTCACCTTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTTGGAGGTCAGAGGAAAACTTTGCAATGTCAGTACTCACCTTCT  795

seq1  ACCTTGCTTAGGCAAGAGCTCTCGTTCAGGTGCCATGCTGGACCCCAGAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTTAGGCAAGAGCTCTCGTTCAGGTGCCATGCTGGACCCCAGAC  845

seq1  CAAGCTTCTGGGGGCAGTTCTCCCGCCACAGTCTCACACCTCACCACAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTCTGGGGGCAGTTCTCCCGCCACAGTCTCACACCTCACCACAGT  895

seq1  GGTGCTGGGGTTACCGAGATATCTGGCTGATTACCTGGGTTCTGGGGATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGGGTTACCGAGATATCTGGCTGATTACCTGGGTTCTGGGGATC  945

seq1  CAACTCAGCTTGCCCAGCTTATGTGGCTGCTACTTATGCTGGCTGAGCTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAGCTTGCCCAGCTTATGTGGCTGCTACTTATGCTGGCTGAGCTA  995

seq1  CCTCTCTAGCCCCCCAGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTAGCCCCCCAGAATTC  1017

seq1: chr12_76708431_76709588
seq2: B6Ng01-118A24.g_67_1203

seq1  GAATTCTCTGAAAGTCTTTCCTTTAAAATTCATCCCCCTGGAAATCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAAAGTCTTTCCTTTAAAATTCATCCCCCTGGAAATCTTCT  50

seq1  GTACAAAAATACTTTTAAGGTTCACCAGGGACATTCATTGTAGAATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAAATACTTTTAAGGTTCACCAGGGACATTCATTGTAGAATTTTA  100

seq1  ATGACAAATAAAAACAATTTATGTATGTATCAGTTGAAGGGTAGTTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAATAAAAACAATTTATGTATGTATCAGTTGAAGGGTAGTTAAAT  150

seq1  TATAGTTCAGCCATACTGTGGGAGGTAGTACAGCCATTAAATATAAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCAGCCATACTGTGGGAGGTAGTACAGCCATTAAATATAAGGGT  200

seq1  ACTATCTGCCATATGGAGAAATGTCTATGATATGAAGTGGGGGAAAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGCCATATGGAGAAATGTCTATGATATGAAGTGGGGGAAAGGTA  250

seq1  ACTCAGAATAACGAGTAAAGTCGTCTCTTGTTCATATTAGTGTGCATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAATAACGAGTAAAGTCGTCTCTTGTTCATATTAGTGTGCATGGA  300

seq1  GTAGATAAATAGACATTTATAAAAATAAAACCAGACACTTAGAGGATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATAAATAGACATTTATAAAAATAAAACCAGACACTTAGAGGATATT  350

seq1  TCTGAAAATTTGTAGAAAAGGTTCTGGATTAATTTATATGGAACTGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAATTTGTAGAAAAGGTTCTGGATTAATTTATATGGAACTGCTAT  400

seq1  AGGAGAATAACTTTGGGCATGGGTTGGAGGCAGTGTGGCAAAAATTAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATAACTTTGGGCATGGGTTGGAGGCAGTGTGGCAAAAATTAGAT  450

seq1  TATAAACTTAAGTATTATTTTAATTTTTATAATTTTATAATTTTAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACTTAAGTATTATTTTAATTTTTATAATTTTATAATTTTAATTTT  500

seq1  AAATTCATTTTAATTTTAATTTAATTATTTTTTTCAGGAAACTACTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATTTTAATTTTAATTTAATTATTTTTTTCAGGAAACTACTTAGA  550

seq1  CTTACAGAGTCAAAAATAACAGGAGGCATGAACCCACCACATAGCTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAGTCAAAAATAACAGGAGGCATGAACCCACCACATAGCTCTAG  600

seq1  AAAGAAAGCCTAACAACTGTCGTATAATCTTTGATCATATTCTTTCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGCCTAACAACTGTCGTATAATCTTTGATCATATTCTTTCTTGC  650

seq1  CCCAGGTACCAAAACCTGGATCTGATGCTTTTTATTCCCATGGTGTCACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTACCAAAACCTGGATCTGATGCTTTTTATTCCCATGGTGTCACG  700

seq1  ATTTTACTAAATACGCAACATAGAGTTTTTATATGAGCTTCTGAAGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACTAAATACGCAACATAGAGTTTTTATATGAGCTTCTGAAGTTTG  750

seq1  GCTTTCAGTCAATGTGGTGTTTGAATAGGAATGGCCCCCATAGATTCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGTCAATGTGGTGTTTGAATAGGAATGGCCCCCATAGATTCATG  800

seq1  TGTTTGAATGCTTGGCCCATAGGGAGTGGCACTGTTAGGAGGTGTAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAATGCTTGGCCCATAGGGAGTGGCACTGTTAGGAGGTGTAGCCT  850

seq1  TGTTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGTGGTGGGTGGCTTTGAGGTCTCCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGTGGTGGGTGGCTTTGAGGTCTCCTGT  900

seq1  GCTCAAGCTACACCCAGTGTGACACGCAATCCCCTTCTGCTCCCTGTGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGCTACACCCAGTGTGACACGCAATCCCCTTCTGCTCCCTGTGTA  950

seq1  TCCAGGTGTAGAACTCTCAGCTCCTTCCCCAGCACCATGGCTGCCTGCAT  1000
      ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||| ||||||
seq2  TCCAGGTGTAG-ACTCTCAGCTCTTT--CCAGCA-CATGGCTG-CTGCAT  995

seq1  GCTGCCATGCTCCCACCATGATGATAATGGACAAAAACCTCTGAACCTGT  1050
      |||| |||||| ||  ||||||||| ||||||  |||| |||| || |||
seq2  GCTG-CATGCTTCCCACATGATGAT-ATGGAC--AAACTTCTG-ACTTGT  1040

seq1  A--AGCCAGCCCCAGTTAAATGTTGTCCTTATAAGAAAGAGTTGCCTTGT  1098
      |  ||||||       |||||||||| |||||||||||||| |||  || 
seq2  AGCAGCCAG-------TAAATGTTGT-CTTATAAGAAAGAG-TGC--TG-  1078

seq1  TCGTGATGTCTGTTCACA-GCAGTAAAACCCAAACTAAGACAG-TCCACA  1146
      |||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||| ||||  
seq2  TCGTGATGTCTGTTCACAGGCAGTAA----TCAACTAAGACAGATCCAAT  1124

seq1  TTGCAC-TTGCTT  1158
      | |||| ||||||
seq2  TGGCACTTTGCTT  1137