BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118L07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 41,310,125 - 41,465,484
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock4
Upstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277
Downstream geneLOC638487, LOC100043157, LOC100043162, Lrrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118L07.bB6Ng01-118L07.g
ACCDH923113DH923114
length1,0721,098
definitionDH923113|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118L07, 5' end.DH923114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,464,412 - 41,465,484)(41,310,125 - 41,311,234)
sequence
gaattcctcaataagaaacttaaagtatatacttggatgttaagatttat
tcatgatttacttatatgctctatttttatttgtatccttaagatgtttt
atgataaaatcatgttttgttttcagtatgttttggatgattttctcaca
tatacattcaaatggaaaaaaacttctgatagactctatcttaaaaacat
tttagttggtgaatcagatggaaaatttttcaagtaaattttaaaaggag
gaggatacttcattattttcttctggaaaataaattaaaaaattgagaga
caacaggacctaatgatagctagcatagcaaaatccacttggtacctgat
tgcttgatagtgggataaaatttagaaacaactacaaagaacttccatac
agtttcagaagacaaattacgttggtttgaatgaggatggccaccacagg
ctcattcatatatttgaatgtttaattcttggttggtggactgtttagga
aggattaggagacgtggtcttgttgaaggaggtgtgtcattggggggtga
cctttgaggtttcaaaaggtcacaccacattcagtcttgctcattcattg
aacctaaaatatatgctttcagtcacagttatacctgcctgcctcccacc
ttgctacctgctgtgatgaccatggactctgaaacccttggaaattgtaa
gcaagccccaattacatgaactttaaaaacaacaacaacaacaacaacaa
caacaacaacaacaaaacaaaaaaataccctacgttgcccgtattgtgtt
atctctttacagatgtagaccagtgactaagtaacaaactgatgagaacc
attttaaaaaactagacaaataggatacaaatctcagaaaggaaaaggtt
attttctcttgattctataataagagctctacaacaatgtgggcaggaga
cccatgcccacaccactaatagtgtgatatattcaataatttatttcagg
tgctctccccccttctttcctcttttgctattgggtctcagtatgttcac
tcctgctcaggctggtctaaac
gaattccttgtttcagagttgtctgtcaacagacataggcaagaagagag
aaatgagggttttagtgtctgctttgtaccaatcaacgggctaggtgttg
aggtagatagatacttttccatccttatacttggtacctagtttacttgt
acctagctatggcctgagctatagaaatgaagccttgggggattttgtca
tgtaaagtggttgtaaaattagtaatgagccagtgatcatttgaatgaaa
aatatcatctgtagcctcaggctttggaacacttatttcccagttagtgg
tgctgtttggggagttctgggtggtccagccttgatggaggaagtagtct
cagagagctggctttcacaagaaaagccttccacctcttcaacatagcag
tctcttgcctgtgcttctgtttgaaataggagctctcaacttcctgctct
tgccaccatgcctgccattctctgccatgcctctgtaccatgattgactg
ttactcccttgctcatgttgttttatcacagcaagagaagagtaactaag
acagagtcttttcctacggtgtgcatgctaggacttgaatgtagccttac
tcctgactctaccactgatctatactcacggcccattacactttatattt
aagtctctggacttgtagaatcactcttcagcagcacacaaattcgatac
agatataattggatatattttagtgctgttatttgataaaagagatgctt
aagatggttaggtcttcttgattaattgactgtttatcactgggtaatga
tctttgcctatattgatggttagttgtctaaaattaataaagcaattaca
gctttcttgtggttgatgttaccatgttaattcaatttttaaaatatgtg
atatgcatttcttcatattaagctcttcatttttttaacagtgtgctaat
tcctagctttcattgtgggtgtatagtctcatcacgtataaagtgttcat
catatggtcattttatttttaaacatttatttgtggtgttgttcgatgtg
tggatgtgtgtaaggatgagtaccaacgagtgtgcaaaggctatgcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_41464412_41465484
seq2: B6Ng01-118L07.b_44_1115 (reverse)

seq1  GTTTAGGACCAGCCTGAGCA-GAGTGAACATACTGAGACCCAATAGCAAA  49
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTA-GACCAGCCTGAGCAGGAGTGAACATACTGAGACCCAATAGCAAA  49

seq1  AGAAGGAAAGGAAGGGGGGAGAGCA-CTG-AATAAATTATTGATTATAAT  97
      || |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||
seq2  AG-AGGAAA-GAAGGGGGGAGAGCACCTGAAATAAATTATTGAATAT-AT  96

seq1  CACAACTATTAGTGGTGTGGGCATGGGTCTCCTGCCCACATTGTTGTAGA  147
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAC-ACTATTAGTGGTGTGGGCATGGGTCTCCTGCCCACATTGTTGTAGA  145

seq1  GCTCTTATTATAGGATCAAGAGAAAATTAACCTTTTCC-TTCTGAGATTT  196
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTCTTATTATAGAATCAAGAGAAAA-TAACCTTTTCCTTTCTGAGATTT  194

seq1  GTATCCTATTTGTCTAGTTTTTT-AAATGGTTCTCATCAGTTTGTTACTT  245
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTATTTGTCTAGTTTTTTAAAATGGTTCTCATCAGTTTGTTACTT  244

seq1  AGTCACTGGTCTACATCTGTAAAGAGATAACACAATACGGGCAACGTAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGGTCTACATCTGTAAAGAGATAACACAATACGGGCAACGTAGG  294

seq1  GTATTTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT  344

seq1  TTTTAAAGTTCATGTAATTGGGGCTTGCTTACAATTTCCAAGGGTTTCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGTTCATGTAATTGGGGCTTGCTTACAATTTCCAAGGGTTTCAG  394

seq1  AGTCCATGGTCATCACAGCAGGTAGCAAGGTGGGAGGCAGGCAGGTATAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGGTCATCACAGCAGGTAGCAAGGTGGGAGGCAGGCAGGTATAA  444

seq1  CTGTGACTGAAAGCATATATTTTAGGTTCAATGAATGAGCAAGACTGAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGAAAGCATATATTTTAGGTTCAATGAATGAGCAAGACTGAAT  494

seq1  GTGGTGTGACCTTTTGAAACCTCAAAGGTCACCCCCCAATGACACACCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTGACCTTTTGAAACCTCAAAGGTCACCCCCCAATGACACACCTC  544

seq1  CTTCAACAAGACCACGTCTCCTAATCCTTCCTAAACAGTCCACCAACCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACAAGACCACGTCTCCTAATCCTTCCTAAACAGTCCACCAACCAA  594

seq1  GAATTAAACATTCAAATATATGAATGAGCCTGTGGTGGCCATCCTCATTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAACATTCAAATATATGAATGAGCCTGTGGTGGCCATCCTCATTC  644

seq1  AAACCAACGTAATTTGTCTTCTGAAACTGTATGGAAGTTCTTTGTAGTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACGTAATTTGTCTTCTGAAACTGTATGGAAGTTCTTTGTAGTTG  694

seq1  TTTCTAAATTTTATCCCACTATCAAGCAATCAGGTACCAAGTGGATTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAATTTTATCCCACTATCAAGCAATCAGGTACCAAGTGGATTTTG  744

seq1  CTATGCTAGCTATCATTAGGTCCTGTTGTCTCTCAATTTTTTAATTTATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTAGCTATCATTAGGTCCTGTTGTCTCTCAATTTTTTAATTTATT  794

seq1  TTCCAGAAGAAAATAATGAAGTATCCTCCTCCTTTTAAAATTTACTTGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAGAAAATAATGAAGTATCCTCCTCCTTTTAAAATTTACTTGAA  844

seq1  AAATTTTCCATCTGATTCACCAACTAAAATGTTTTTAAGATAGAGTCTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCCATCTGATTCACCAACTAAAATGTTTTTAAGATAGAGTCTAT  894

seq1  CAGAAGTTTTTTTCCATTTGAATGTATATGTGAGAAAATCATCCAAAACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTTTTTTCCATTTGAATGTATATGTGAGAAAATCATCCAAAACA  944

seq1  TACTGAAAACAAAACATGATTTTATCATAAAACATCTTAAGGATACAAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAAACAAAACATGATTTTATCATAAAACATCTTAAGGATACAAAT  994

seq1  AAAAATAGAGCATATAAGTAAATCATGAATAAATCTTAACATCCAAGTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGAGCATATAAGTAAATCATGAATAAATCTTAACATCCAAGTAT  1044

seq1  ATACTTTAAGTTTCTTATTGAGGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTAAGTTTCTTATTGAGGAATTC  1072

seq1: chr12_41310125_41311234
seq2: B6Ng01-118L07.g_67_1164

seq1  GAATTCCTTGTTTCAGAGTTGTCTGTCAACAGACATAGGCAAGAAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTTTCAGAGTTGTCTGTCAACAGACATAGGCAAGAAGAGAG  50

seq1  AAATGAGGGTTTTAGTGTCTGCTTTGTACCAATCAACGGGCTAGGTGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGGGTTTTAGTGTCTGCTTTGTACCAATCAACGGGCTAGGTGTTG  100

seq1  AGGTAGATAGATACTTTTCCATCCTTATACTTGGTACCTAGTTTACTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATAGATACTTTTCCATCCTTATACTTGGTACCTAGTTTACTTGT  150

seq1  ACCTAGCTATGGCCTGAGCTATAGAAATGAAGCCTTGGGGGATTTTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGCTATGGCCTGAGCTATAGAAATGAAGCCTTGGGGGATTTTGTCA  200

seq1  TGTAAAGTGGTTGTAAAATTAGTAATGAGCCAGTGATCATTTGAATGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTGGTTGTAAAATTAGTAATGAGCCAGTGATCATTTGAATGAAA  250

seq1  AATATCATCTGTAGCCTCAGGCTTTGGAACACTTATTTCCCAGTTAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCATCTGTAGCCTCAGGCTTTGGAACACTTATTTCCCAGTTAGTGG  300

seq1  TGCTGTTTGGGGAGTTCTGGGTGGTCCAGCCTTGATGGAGGAAGTAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTTGGGGAGTTCTGGGTGGTCCAGCCTTGATGGAGGAAGTAGTCT  350

seq1  CAGAGAGCTGGCTTTCACAAGAAAAGCCTTCCACCTCTTCAACATAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCTGGCTTTCACAAGAAAAGCCTTCCACCTCTTCAACATAGCAG  400

seq1  TCTCTTGCCTGTGCTTCTGTTTGAAATAGGAGCTCTCAACTTCCTGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCCTGTGCTTCTGTTTGAAATAGGAGCTCTCAACTTCCTGCTCT  450

seq1  TGCCACCATGCCTGCCATTCTCTGCCATGCCTCTGTACCATGATTGACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATGCCTGCCATTCTCTGCCATGCCTCTGTACCATGATTGACTG  500

seq1  TTACTCCCTTGCTCATGTTGTTTTATCACAGCAAGAGAAGAGTAACTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCCTTGCTCATGTTGTTTTATCACAGCAAGAGAAGAGTAACTAAG  550

seq1  ACAGAGTCTTTTCCTACGGTGTGCATGCTAGGACTTGAATGTAGCCTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCTTTTCCTACGGTGTGCATGCTAGGACTTGAATGTAGCCTTAC  600

seq1  TCCTGACTCTACCACTGATCTATACTCACGGCCCATTACACTTTATATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTCTACCACTGATCTATACTCACGGCCCATTACACTTTATATTT  650

seq1  AAGTCTCTGGACTTGTAGAATCACTCTTCAGCAGCACACAAATTCGATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTGGACTTGTAGAATCACTCTTCAGCAGCACACAAATTCGATAC  700

seq1  AGATATAATTGGATATATTTTAGTGCTGTTATTTGATAAAAGAGATGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAATTGGATATATTTTAGTGCTGTTATTTGATAAAAGAGATGCTT  750

seq1  AAGATGGTTAGGTCTTCTTGATTAATTGACTGTTTATCACTGGGTAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTTAGGTCTTCTTGATTAATTGACTGTTTATCACTGGGTAATGA  800

seq1  TCTTTGCCTATATTGATGGTTAGTTGTCTAAAAATTAATAAAGCAATTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCCTATATTGATGGTTAGTTGTCT-AAAATTAATAAAGCAATTAC  849

seq1  AGCTTTCTTGTGGTTGATGTTACCATGTTAAATTCAATTTTTAAAATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTTGTGGTTGATGTTACCATGTT-AATTCAATTTTTAAAATATG  898

seq1  TGATATGCATTTCTTCATATTAAGCTCTTCATTTTTTTAACAGTGTGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGCATTTCTTCATATTAAGCTCTTCATTTTTTTAACAGTGTGCTA  948

seq1  ATTCCTAGCTTTCAATTGT-GGTGTATAGTCTCATCACGTATAAAGTGTT  999
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAGCTTTC-ATTGTGGGTGTATAGTCTCATCACGTATAAAGTGTT  997

seq1  CATCAATATGGTCATATTTAATTTTTTAAACATTTATTTGTGTGTG-TGT  1048
      |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  CATC-ATATGGTCAT-TTTA--TTTTTAAACATTTATTTGTG-GTGTTGT  1042

seq1  TCAGATGTGTGGATGTGTGTTAGGATGATGTACCCAACCCATGTGTGCAG  1098
      || ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |   |  ||||||| 
seq2  TC-GATGTGTGGATGTGTGTAAGGATGA-GTACCAA---CGAGTGTGCA-  1086

seq1  AAGTCTATGCAT  1110
      ||| ||||||||
seq2  AAGGCTATGCAT  1098