BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120E12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 112,456,762 - 112,564,528
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTraf3, Amn, Cdc42bpb
Upstream geneDio3as, Dio3, EG629595, EG668245, LOC100040799, Ppp2r5c, 9430024F10Rik, Dync1h1, 1700001K19Rik, Hsp90aa1, Wdr20a, Rage, 2810455K09Rik, LOC100041649, 2810452K22Rik, 4930573I19Rik, Ankrd9, 6030440G07Rik, Rcor1, 4930595D18Rik
Downstream geneA230065H16Rik, 1200009I06Rik, Tnfaip2, Gm266, Eif5, Mark3, Ckb, 6720458F09Rik, Bag5, 2810002N01Rik, Klc1, Xrcc3, Zfyve21, Ppp1r13b, LOC100041886, 2010107E04Rik, BC048943, Tdrd9, A530050D06Rik, Kif26a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120E12.bB6Ng01-120E12.g
ACCDH924265DH924266
length1,0641,112
definitionDH924265|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120E12, 5' end.DH924266|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,563,460 - 112,564,528)(112,456,762 - 112,457,875)
sequence
gaattccctagcttcagcttacacctggttaatgatgaagtcaggattat
tcttgtgctgtcctcgacttgggttttcctgacagtctttggctgcccct
cctccccaggagcggtttcagttcccatcccatgtcaccgatgtctctga
agaagcaaaagaccttatccagagactaatatgcagcagagagcgccgac
ttgggcagaatggaatagaagactttaagaaacacgcattctttgaaggt
ctgaattgggagaatatacgaaaccttgaagcgccctacattcccgatgt
gagcagcccttcggacacgtccaacttcgatgtggacgacgacatgctga
gaaacattgtgagtgccaggcccgtggcctcctggggttgcttcatggtg
ggtctgagtcagcagtgtctgctgctgtctactgactgcgtcagccagtt
gtggagctggagctggaggggcggctcagcaggattacctggactcttcc
agagggacccaggctctgttcccagcacccatgtgaggcagctcagtgct
gcctgccgctccagctgtaggggctccaacactctcctctgtgtttgcag
gtgactgcatacatgtggcgcgcacacacacacacacacacacacacaca
cacacacaaaacctaaagcagctgggtgtggtaatgcacacctttaattt
cagcactcttgggaggcagaggcaagtagattgcacagttcaagaccagc
ctcatctcagagtgaattccagccctgtcatatgtgcatggttagaccct
gtctaaatattacattgtttaggtttggcagttactttaaagctttcagc
ttgattttcttttttgatttaaaaaaaaagcgccctcattgtaacacaca
tgtgagacagtatgctctcattgtaacatacatgagacagttttcttttt
tttttcatattttacacttttttatcagtgttagatggtatgtgctacag
cgtcatgttcccacggctgcttcatgtatgtaaaggcttcaggagtctgg
gggggggggggggg
gaattctttatgttatgttcacattctgtgggagacagaatctctttaaa
taaaaagtaaacactccagaagttttgacttaggccatgtttagagagag
aactcacaggttagtaaagcccagaccaggccttctctaggcccagagcg
aggagctgctgggctcagtgtggggagttacacgtggtgatgagtcgggg
tgcaagaattaagttctgggcagtgatcatcaaatggaaatgtttataaa
gtttattcaaaatagcctaaattttgtattaagaacgcataagctattat
gcagctatttagttagaaggattaatataccgatgagttctgttggaaag
ctgagcaacagacatcctcacatccttcttctaggagtgtaaattattat
agccactttgggaaatagttggcttcctttgaagacatgcctggtacaga
agtcactgtcactgttgccgtgtaccagaggactgtagcatatgcttgag
gtagacagagcagatctgaaggggtgggtcacatttgctctgaggcaggg
actttggaccagcgactggagagccaaggtgtacatttatacgctggttt
tacatgataacggaagcaagggacagcttcagcaatactagtggtgatca
acaagaagcaaaatgagaatatacgtggctcacccaggggtggtggcttt
taatctcagcatttgggaagccgaggcaagcagatctctttgagatgaga
ccagcctggtatatattcacagaacatgactatttatataaaattctgaa
gcaagcaaaaatagaaaagaatacctcagtatgtagtaggcttgtttagt
taggttctaactgtattaagaaaagtgaagggaactggagagatggctca
gcggttaagagcactgactgctcttccagtggtcctgagttcaattccca
gcacccacatggtggctcacaaccatctgtaatgggctctgatgccctct
tctggtgctgtctgaagacagctacagtgtacttatgtataataataaat
tctttgggcaaaaagaagcggagtctaaattcaatttccaacacacatgg
aaaggctcacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_112563460_112564528
seq2: B6Ng01-120E12.b_50_1113 (reverse)

seq1  -CCCCCCCCCCCCCCCCGGCTCCTGAAGCCTTTACATACATGAAGCAGCC  49
       ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCCCCAGACTCCTGAAGCCTTTACATACATGAAGCAGCC  50

seq1  GTGGGAACAATGACGCTGTAGCACAATAACCAATCTAACACTGAATAAAA  99
      |||||||| ||||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||
seq2  GTGGGAAC-ATGACGCTGTAGCAC-ATA--CCATCTAACACTG-ATAAAA  95

seq1  AGGTGTAAAATATGAAAAAAAAAAGAAAAACTGTCTCATGTATGTTACAA  149
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAAAATATGAAAAAAAAAAG-AAAACTGTCTCATGTATGTTACAA  144

seq1  TGAGAGCATACTGTCTCACATGTGTGTTACAATGAGGGCGCTTTTTTTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCATACTGTCTCACATGTGTGTTACAATGAGGGCGCTTTTTTTTT  194

seq1  AAATCAAAAAAGAAAATCAAGCTGAAAGCTTTAAAGTAACTGCCAAACCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAAAAAGAAAATCAAGCTGAAAGCTTTAAAGTAACTGCCAAACCT  244

seq1  AAACAATGTAATATTTAGACAGGGTCTAACCATGCACATATGACAGGGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGTAATATTTAGACAGGGTCTAACCATGCACATATGACAGGGCT  294

seq1  GGAATTCACTCTGAGATGAGGCTGGTCTTGAACTGTGCAATCTACTTGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCACTCTGAGATGAGGCTGGTCTTGAACTGTGCAATCTACTTGCC  344

seq1  TCTGCCTCCCAAGAGTGCTGAAATTAAAGGTGTGCATTACCACACCCAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGAGTGCTGAAATTAAAGGTGTGCATTACCACACCCAGC  394

seq1  TGCTTTAGGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCG  444

seq1  CGCCACATGTATGCAGTCACCTGCAAACACAGAGGAGAGTGTTGGAGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCACATGTATGCAGTCACCTGCAAACACAGAGGAGAGTGTTGGAGCCC  494

seq1  CTACAGCTGGAGCGGCAGGCAGCACTGAGCTGCCTCACATGGGTGCTGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCTGGAGCGGCAGGCAGCACTGAGCTGCCTCACATGGGTGCTGGG  544

seq1  AACAGAGCCTGGGTCCCTCTGGAAGAGTCCAGGTAATCCTGCTGAGCCGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGCCTGGGTCCCTCTGGAAGAGTCCAGGTAATCCTGCTGAGCCGC  594

seq1  CCCTCCAGCTCCAGCTCCACAACTGGCTGACGCAGTCAGTAGACAGCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGCTCCAGCTCCACAACTGGCTGACGCAGTCAGTAGACAGCAGC  644

seq1  AGACACTGCTGACTCAGACCCACCATGAAGCAACCCCAGGAGGCCACGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGCTGACTCAGACCCACCATGAAGCAACCCCAGGAGGCCACGGG  694

seq1  CCTGGCACTCACAATGTTTCTCAGCATGTCGTCGTCCACATCGAAGTTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCACTCACAATGTTTCTCAGCATGTCGTCGTCCACATCGAAGTTGG  744

seq1  ACGTGTCCGAAGGGCTGCTCACATCGGGAATGTAGGGCGCTTCAAGGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTCCGAAGGGCTGCTCACATCGGGAATGTAGGGCGCTTCAAGGTTT  794

seq1  CGTATATTCTCCCAATTCAGACCTTCAAAGAATGCGTGTTTCTTAAAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATATTCTCCCAATTCAGACCTTCAAAGAATGCGTGTTTCTTAAAGTC  844

seq1  TTCTATTCCATTCTGCCCAAGTCGGCGCTCTCTGCTGCATATTAGTCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCCATTCTGCCCAAGTCGGCGCTCTCTGCTGCATATTAGTCTCT  894

seq1  GGATAAGGTCTTTTGCTTCTTCAGAGACATCGGTGACATGGGATGGGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGGTCTTTTGCTTCTTCAGAGACATCGGTGACATGGGATGGGAAC  944

seq1  TGAAACCGCTCCTGGGGAGGAGGGGCAGCCAAAGACTGTCAGGAAAACCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCGCTCCTGGGGAGGAGGGGCAGCCAAAGACTGTCAGGAAAACCC  994

seq1  AAGTCGAGGACAGCACAAGAATAATCCTGACTTCATCATTAACCAGGTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCGAGGACAGCACAAGAATAATCCTGACTTCATCATTAACCAGGTGT  1044

seq1  AAGCTGAAGCTAGGGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAAGCTAGGGAATTC  1064

seq1: chr12_112456762_112457875
seq2: B6Ng01-120E12.g_66_1177

seq1  GAATTCTTTATGTTATGTTCACATTCTGTGGGAGACAGAATCTCTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATGTTATGTTCACATTCTGTGGGAGACAGAATCTCTTTAAA  50

seq1  TAAAAAGTAAACACTCCAGAAGTTTTGACTTAGGCCATGTTTAGAGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTAAACACTCCAGAAGTTTTGACTTAGGCCATGTTTAGAGAGAG  100

seq1  AACTCACAGGTTAGTAAAGCCCAGACCAGGCCTTCTCTAGGCCCAGAGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAGGTTAGTAAAGCCCAGACCAGGCCTTCTCTAGGCCCAGAGCG  150

seq1  AGGAGCTGCTGGGCTCAGTGTGGGGAGTTACACGTGGTGATGAGTCGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGCTGGGCTCAGTGTGGGGAGTTACACGTGGTGATGAGTCGGGG  200

seq1  TGCAAGAATTAAGTTCTGGGCAGTGATCATCAAATGGAAATGTTTATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAATTAAGTTCTGGGCAGTGATCATCAAATGGAAATGTTTATAAA  250

seq1  GTTTATTCAAAATAGCCTAAATTTTGTATTAAGAACGCATAAGCTATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTCAAAATAGCCTAAATTTTGTATTAAGAACGCATAAGCTATTAT  300

seq1  GCAGCTATTTAGTTAGAAGGATTAATATACCGATGAGTTCTGTTGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTATTTAGTTAGAAGGATTAATATACCGATGAGTTCTGTTGGAAAG  350

seq1  CTGAGCAACAGACATCCTCACATCCTTCTTCTAGGAGTGTAAATTATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAACAGACATCCTCACATCCTTCTTCTAGGAGTGTAAATTATTAT  400

seq1  AGCCACTTTGGGAAATAGTTGGCTTCCTTTGAAGACATGCCTGGTACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTTGGGAAATAGTTGGCTTCCTTTGAAGACATGCCTGGTACAGA  450

seq1  AGTCACTGTCACTGTTGCCGTGTACCAGAGGACTGTAGCATATGCTTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGTCACTGTTGCCGTGTACCAGAGGACTGTAGCATATGCTTGAG  500

seq1  GTAGACAGAGCAGATCTGAAGGGGTGGGTCACATTTGCTCTGAGGCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAGAGCAGATCTGAAGGGGTGGGTCACATTTGCTCTGAGGCAGGG  550

seq1  ACTTTGGACCAGCGACTGGAGAGCCAAGGTGTACATTTATACGCTGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGACCAGCGACTGGAGAGCCAAGGTGTACATTTATACGCTGGTTT  600

seq1  TACATGATAACGGAAGCAAGGGACAGCTTCAGCAATACTAGTGGTGATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGATAACGGAAGCAAGGGACAGCTTCAGCAATACTAGTGGTGATCA  650

seq1  ACAAGAAGCAAAATGAGAATATACGTGGCTCACCCAGGGGTGGTGGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGCAAAATGAGAATATACGTGGCTCACCCAGGGGTGGTGGCTTT  700

seq1  TAATCTCAGCATTTGGGAAGCCGAGGCAAGCAGATCTCTTTGAGATGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCAGCATTTGGGAAGCCGAGGCAAGCAGATCTCTTTGAGATGAGA  750

seq1  CCAGCCTGGTATATATTCACAGAACATGACTATTTATATAAAATTCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTATATATTCACAGAACATGACTATTTATATAAAATTCTGAA  800

seq1  GCAAGCAAAAATAAGAAAAGAATACCTCAGTATGTAGTAGGCTTGTTTAG  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAAAAT-AGAAAAGAATACCTCAGTATGTAGTAGGCTTGTTTAG  849

seq1  TTAGGTTCTAACTGTATTAAGAAAAGTGAAGGGAACTGGAGAGATGGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTCTAACTGTATTAAGAAAAGTGAAGGGAACTGGAGAGATGGCTC  899

seq1  AGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGTGGTCCTGAGTTCAATTCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGTGGTCCTGAGTTCAATTCCC  949

seq1  AGCACCCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGCTCTGATGCCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGCTCTGATGCCCTC  999

seq1  TTCTGGTGCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATGTATAATAATAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATGTATAATAATAAA  1049

seq1  -TCTTTGGGCCAAAATGAGCAGAGTTCCTAAATTCAATTCCCAACAACCA  1099
       ||||||||| ||||  ||| ||||  |||||||||||| ||||||  ||
seq2  TTCTTTGGGCAAAAAGAAGCGGAGT--CTAAATTCAATTTCCAACA--CA  1095

seq1  CATG--AAGGCTCACAA  1114
      ||||  |||||||||||
seq2  CATGGAAAGGCTCACAA  1112