BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124E20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 52,399,616 - 52,546,246
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6030408C04Rik, Scfd1, LOC620390
Upstream genePrkcm, LOC100039517, LOC636070, LOC100039525
Downstream geneLOC100039578, Coch, Strn3, Ap4s1, Hectd1, EG544864, LOC100039476, Heatr5a, LOC676784, 6530401N04Rik, Gpr33, LOC100039627, Nubpl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124E20.bB6Ng01-124E20.g
ACCDH927244DH927245
length1,132974
definitionDH927244|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124E20, 5' end.DH927245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,399,616 - 52,400,719)(52,545,261 - 52,546,246)
sequence
gaattcacatattaacaaaatgaggagagtaacaacagcattaaagatgc
tacaagtatgtgaaaaatgtgagtaacattgtgaaataagtttagcagtt
tagcctggcagtggtggtccacacctttaatcccagcacttgggaggcag
aggcaggtggatttctgagttcaatgccagcctggtctacaaagtgagtt
ccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcggaaaaaacaaaa
caaacaacaaaaagaaagtttagcagtttagacaaagtagctttcaacct
ctcagtactaaactcactcaagagagatcatctaaagagcccaatactcc
tcaaacacactgtttataagcaaacatctttccagacaggtaactcaagt
gaagtcattatcacaggcgaattctatcaaacagttaaggagtaagtgct
aaacccacaaactctcttcttcagaatgttgaaccatcctagagtcattc
tctgatagcattcagcctgatacaaatacactggagagttagaatgttag
agttagatgatacatctaacaagaggttcaaaacatcagagacacagcca
aactcaacaataagaaagtaaatacttagttacaatgagcaaaaacttac
ccagattctttgccaaacacacatggaaatatgttaggtattagtaattc
ttagggaagttcaatttaaagccaccataaaatgccactaatgaaatttt
aaaagcaggaagtatcaggacctcatattactacaaacttataacaatat
ttaaaagactatgcataccaagtgtttgttaacaagaatttggaagaact
gacaccatcatgtgctgataataaaatgtaaaatgctgggctggtgagat
ggctcagcaggtaagaacactgagtgctcttccgaaggtcctgagttcaa
atctcagcaaccacatgatggctcccaaccacctgtaatgagatctgacg
ccctcttctggtgtgtctggaggtcagctacaattgtactttagttataa
taataaatataatcctttttaaaatggtaaaatgctacagtagttttgaa
aaaacgaattagtaattcctttaaagcttcgc
gaattccatatgtacaatgctcactgcaatccaaagactcctttttctgc
tattttgtcacgcgtaagcttaagaaaagcagagtgattcaagttgctga
gggctttaaggctgtatcttgggtatgcagagttgaatttacctgaaggc
cattcactggtcacaagctttgcctatgacaaactattccttgggactac
tgttacctttttaggagcagagaagttttttgttaaacttacctcttgga
atggacttttgttcctaggaactgagctgcaataaagagaaactgcactg
aaaatttcatccttggcttcttttacgggtaagatgggtatggggacaca
cgttcatgtgcacttgtgagcagcattaagaaggtattccaggtccacct
tcctgggaagcagggggttcttcagttttgtagaggaaggagctagaagg
tagatatctcaatgtctaaaagggaaggggacaacctactaacaactgac
acaaactctagatagcctccgtgagaaagtgaggaagatgggaacgggtg
caaccttgccacacgcaaacacaacacctccatttgcatcctcttcaggg
tgggaaggggaaatgagaggccagacctacaatctatgttagcttcttct
tttttttttttggttttattgagacagggtttctctgtataactctggct
gtcctggactcactctgtagaccaggctgggcctcgaactcagaaatcca
cctgcctctgtctcccaagtgcgggataaaggtgtgcgccacccatgaca
tttttaaaataataacctggcatctagagatccaagtttccacatgtcag
agttgaaatgcacactgtggtagacttcatttctcccagtgtgaacagtt
tagtgttgagcatacttgtgtcatctttcctacttctaatggctgttaaa
tatctatactccccaaaatgaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_52399616_52400719
seq2: B6Ng01-124E20.b_72_1177

seq1  GAGTAACAACAGCATTAAAGATGCTACAAGTATGTGAAAAATGTGAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACAACAGCATTAAAGATGCTACAAGTATGTGAAAAATGTGAGTAA  50

seq1  CATTGTGAAATAAGTTTAGCAGTTTAGCCTGGCAGTGGTGGTCCACACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGAAATAAGTTTAGCAGTTTAGCCTGGCAGTGGTGGTCCACACCT  100

seq1  TTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAATG  150

seq1  CCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGA  200

seq1  AACCCTGTCTCGGAAAAAACAAAACAAACAACAAAAAGAAAGTTTAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTCTCGGAAAAAACAAAACAAACAACAAAAAGAAAGTTTAGCAG  250

seq1  TTTAGACAAAGTAGCTTTCAACCTCTCAGTACTAAACTCACTCAAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACAAAGTAGCTTTCAACCTCTCAGTACTAAACTCACTCAAGAGAG  300

seq1  ATCATCTAAAGAGCCCAATACTCCTCAAACACACTGTTTATAAGCAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTAAAGAGCCCAATACTCCTCAAACACACTGTTTATAAGCAAACA  350

seq1  TCTTTCCAGACAGGTAACTCAAGTGAAGTCATTATCACAGGCGAATTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAGACAGGTAACTCAAGTGAAGTCATTATCACAGGCGAATTCTA  400

seq1  TCAAACAGTTAAGGAGTAAGTGCTAAACCCACAAACTCTCTTCTTCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAGTTAAGGAGTAAGTGCTAAACCCACAAACTCTCTTCTTCAGAA  450

seq1  TGTTGAACCATCCTAGAGTCATTCTCTGATAGCATTCAGCCTGATACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAACCATCCTAGAGTCATTCTCTGATAGCATTCAGCCTGATACAAA  500

seq1  TACACTGGAGAGTTAGAATGTTAGAGTTAGATGATACATCTAACAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGGAGAGTTAGAATGTTAGAGTTAGATGATACATCTAACAAGAGG  550

seq1  TTCAAAACATCAGAGACACAGCCAAACTCAACAATAAGAAAGTAAATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACATCAGAGACACAGCCAAACTCAACAATAAGAAAGTAAATACT  600

seq1  TAGTTACAATGAGCAAAAACTTACCCAGATTCTTTGCCAAACACACATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACAATGAGCAAAAACTTACCCAGATTCTTTGCCAAACACACATGG  650

seq1  AAATATGTTAGGTATTAGTAATTCTTAGGGAAGTTCAATTTAAAGCCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTTAGGTATTAGTAATTCTTAGGGAAGTTCAATTTAAAGCCACC  700

seq1  ATAAAATGCCACTAATGAAATTTTAAAAGCAGGAAGTATCAGGACCTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGCCACTAATGAAATTTTAAAAGCAGGAAGTATCAGGACCTCAT  750

seq1  ATTACTACAAACTTATAACAATATTTAAAAGACTATGCATACCAAGTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACAAACTTATAACAATATTTAAAAGACTATGCATACCAAGTGTT  800

seq1  TGTTAACAAGAATTTGGAAGAACTGACACCATCATGTGCTGATAATAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACAAGAATTTGGAAGAACTGACACCATCATGTGCTGATAATAAAA  850

seq1  TGTAAAATGCTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAACACTGAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATGCTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAACACTGAGTG  900

seq1  CTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCAGCAACCACATGATGGCTCAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCAGCAACCACATGATGGCTCCC  950

seq1  AACCACCTGTAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCT-GAAGTCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  AACCACCTGTAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGGAGGTCA  1000

seq1  GCTACAA-TGTAC-TTATGTATAATAATAAATATAAATCTTTTTAAAAAT  1047
      ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||  ||||||||||  
seq2  GCTACAATTGTACTTTAGTTATAATAATAAATATAATCCTTTTTAAAATG  1050

seq1  GTAAAATGCTACAAGTA-TTTTGAAAAAACGATTAAGTAATTTCTTTAAA  1096
      |||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||| |||| ||
seq2  GTAAAATGCTAC-AGTAGTTTTGAAAAAACGAATTAGTAATTCCTTT-AA  1098

seq1  AGCTTCGC  1104
      ||||||||
seq2  AGCTTCGC  1106

seq1: chr12_52545261_52546246
seq2: B6Ng01-124E20.g_67_1040 (reverse)

seq1  TATTCATTTTTGTGGAGTATAGAATATTTAAACAGGCCATTAGAAGTAAG  50
      |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||
seq2  TATTCA-TTTTGGGGAGTATAG-ATATTT-AACA-GCCATTAGAAGT-AG  45

seq1  AAAAGATGACACAAGTATGCTCAACAACTAAACTGTTCACACTGGGAGAA  100
       |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAAGATGACACAAGTATGCTCAAC-ACTAAACTGTTCACACTGGGAG-A  93

seq1  AATGAAGTTCTACCACAGTGTGCATTTCAACTCTGACATGTGGAAACTTG  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAG-TCTACCACAGTGTGCATTTCAACTCTGACATGTGGAAACTTG  142

seq1  GATCTCTTAGATGCCAGGTTATTATTTTTAAAAATGTCATGTGTGGCGCA  200
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  GATCTC-TAGATGCCAGGTTATTA-TTTTAAAAATGTCATGGGTGGCGCA  190

seq1  CACCTTTAATCCCCGCACTTGGGAGACAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTT  250
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTA--TCCCGCACTTGGGAGACAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTT  238

seq1  CGAGG-CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGTTATA  299
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAG-TCCAGGACAGCCAGAGTTATA  287

seq1  CAGAGAAACCCTGTCTCAATAAAACCAAAAAAAAAAAAGAAGAAGCTAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACCCTGTCTCAATAAAACCAAAAAAAAAAAAGAAGAAGCTAAC  337

seq1  ATAGATTGTAGGTCTGGCCTCTCATTTCCCCTTCCCACCCTGAAGAGGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTGTAGGTCTGGCCTCTCATTTCCCCTTCCCACCCTGAAGAGGAT  387

seq1  GCAAATGGAGGTGTTGTGTTTGCGTGTGGCAAGGTTGCACCCGTTCCCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGAGGTGTTGTGTTTGCGTGTGGCAAGGTTGCACCCGTTCCCAT  437

seq1  CTTCCTCACTTTCTCACGGAGGCTATCTAGAGTTTGTGTCAGTTGTTAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCACTTTCTCACGGAGGCTATCTAGAGTTTGTGTCAGTTGTTAGT  487

seq1  AGGTTGTCCCCTTCCCTTTTAGACATTGAGATATCTACCTTCTAGCTCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTCCCCTTCCCTTTTAGACATTGAGATATCTACCTTCTAGCTCCT  537

seq1  TCCTCTACAAAACTGAAGAACCCCCTGCTTCCCAGGAAGGTGGACCTGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTACAAAACTGAAGAACCCCCTGCTTCCCAGGAAGGTGGACCTGGA  587

seq1  ATACCTTCTTAATGCTGCTCACAAGTGCACATGAACGTGTGTCCCCATAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTCTTAATGCTGCTCACAAGTGCACATGAACGTGTGTCCCCATAC  637

seq1  CCATCTTACCCGTAAAAGAAGCCAAGGATGAAATTTTCAGTGCAGTTTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTACCCGTAAAAGAAGCCAAGGATGAAATTTTCAGTGCAGTTTCT  687

seq1  CTTTATTGCAGCTCAGTTCCTAGGAACAAAAGTCCATTCCAAGAGGTAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGCAGCTCAGTTCCTAGGAACAAAAGTCCATTCCAAGAGGTAAG  737

seq1  TTTAACAAAAAACTTCTCTGCTCCTAAAAAGGTAACAGTAGTCCCAAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAAAAACTTCTCTGCTCCTAAAAAGGTAACAGTAGTCCCAAGGA  787

seq1  ATAGTTTGTCATAGGCAAAGCTTGTGACCAGTGAATGGCCTTCAGGTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTGTCATAGGCAAAGCTTGTGACCAGTGAATGGCCTTCAGGTAAA  837

seq1  TTCAACTCTGCATACCCAAGATACAGCCTTAAAGCCCTCAGCAACTTGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTCTGCATACCCAAGATACAGCCTTAAAGCCCTCAGCAACTTGAA  887

seq1  TCACTCTGCTTTTCTTAAGCTTACGCGTGACAAAATAGCAGAAAAAGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGCTTTTCTTAAGCTTACGCGTGACAAAATAGCAGAAAAAGGAG  937

seq1  TCTTTGGATTGCAGTGAGCATTGTACATATGGAATTC  986
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGATTGCAGTGAGCATTGTACATATGGAATTC  974