BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125D16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 51,997,593 - 52,131,401
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039455, Prkcm
Downstream geneLOC100039517, LOC636070, LOC100039525, 6030408C04Rik, Scfd1, LOC620390, LOC100039578, Coch, Strn3, Ap4s1, Hectd1, EG544864, LOC100039476, Heatr5a, LOC676784, 6530401N04Rik, Gpr33
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125D16.bB6Ng01-125D16.g
ACCDH927923DH927924
length6281,095
definitionDH927923|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125D16, 5' end.DH927924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,130,774 - 52,131,401)(51,997,593 - 51,998,714)
sequence
gaattctataagaagaaatagtaggaaatagagttgaaacaataactaaa
caaataatagaagacaatttctctgtattgaaggggaacttgagccagac
attgaaagggctcactgagttccaggaataattgtggaggggaaaaaaaa
aactcaacaaaacaacataggcttggcctgagaatcgttctgagcacaaa
ggataaaagaaagatgacaaactcttcacagggagaaggtacataatgtt
tccagaaaggaataagcaccaaagaggcagaaatagcgctcaacaccaga
agttagagacagtaggcatctgaagactacagacaacagcgaagggctgc
aaccttttcacgctcagccaagagagtgctcttttatttgaatgtaagtt
ggctgtggtggcatagtcttacagtctcagcctttgggagtctgaggcag
gaggatcttgagccagaagagagcagaagatttattattattattattat
tattattattattattattacagatttgtgtggtggtaagggtcaagaaa
actttaatgaggaaagactggatttgtgtgaatatgtgtgtatgtgtgtg
agtatgatagcatgtgggataatttgtt
gaattcttatataactgtatgtaaagagtgactcttgtagtcaaagtcta
ctaggttagaaaaaaatatattcctaccatctatctgggaaagaagggat
ttggaaatctaggtaatagcattcaactgatatgaggtcatgcttttcaa
tatgtcattaagctaaatgtagctagacaagctataaacaggtaaggctt
atcatgtaatattatcaccctacaaagcaaattagctatatatatatata
tatatatatatatatatatatagtaactaaagtattagagaatgatatta
catatctactgtaaggaagaacaaccatttcctaaggagttttggccgac
taaggaactgtaacaatgcattatgtttacctctgtgccatatcaccagg
atcctctgtcatgaacacctcaggaacaagtaaaaggcttctgcagttat
tggccagttctcagcagcgtttgtggtcctgaatgggctattcagaagcc
tttcaccttcaaagatggcagcctagcctttgtggcctatgggctgtggt
cctgatccttggagtctgaaacaaaatgtatgctaacattttaatatact
ctgatgctgggaccagctacaaacacaggattccatgcttgcttgcacag
tcaatgtcttaagactataaaggatattattaatgtctcttaaagcaatg
aagttgtttatactcctgttgtgtccattgtgtgtattctgtgagcttta
gctgtgctaataagtgacaagtttcatacttataggccatgtatattttt
taaaaggccttaaaattacataaatgcacttatatacaaatttaaagtcc
ctggcaatgattgacttgtaacataaccagtatctgccctatttaaagga
attgaccctacacatgagttctagcagacagcaaacttcttgcttcattg
catagcactcatgtgtcattacagcactagtcagcatgcagcagagcaga
caggatttgaatgagtagattacaaaattccgaagaaatcaaaatccaca
aagctttctattccgaagaaataaattatatccgcctcaaggctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_52130774_52131401
seq2: B6Ng01-125D16.b_48_675 (reverse)

seq1  AACAAATTATCCCACATGCTATCATACTCACACACATACACACATATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTATCCCACATGCTATCATACTCACACACATACACACATATTCA  50

seq1  CACAAATCCAGTCTTTCCTCATTAAAGTTTTCTTGACCCTTACCACCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCCAGTCTTTCCTCATTAAAGTTTTCTTGACCCTTACCACCACA  100

seq1  CAAATCTGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATC  150

seq1  TTCTGCTCTCTTCTGGCTCAAGATCCTCCTGCCTCAGACTCCCAAAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTCTTCTGGCTCAAGATCCTCCTGCCTCAGACTCCCAAAGGCT  200

seq1  GAGACTGTAAGACTATGCCACCACAGCCAACTTACATTCAAATAAAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTAAGACTATGCCACCACAGCCAACTTACATTCAAATAAAAGAG  250

seq1  CACTCTCTTGGCTGAGCGTGAAAAGGTTGCAGCCCTTCGCTGTTGTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTTGGCTGAGCGTGAAAAGGTTGCAGCCCTTCGCTGTTGTCTGT  300

seq1  AGTCTTCAGATGCCTACTGTCTCTAACTTCTGGTGTTGAGCGCTATTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCAGATGCCTACTGTCTCTAACTTCTGGTGTTGAGCGCTATTTCT  350

seq1  GCCTCTTTGGTGCTTATTCCTTTCTGGAAACATTATGTACCTTCTCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTTGGTGCTTATTCCTTTCTGGAAACATTATGTACCTTCTCCCTG  400

seq1  TGAAGAGTTTGTCATCTTTCTTTTATCCTTTGTGCTCAGAACGATTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTTTGTCATCTTTCTTTTATCCTTTGTGCTCAGAACGATTCTCA  450

seq1  GGCCAAGCCTATGTTGTTTTGTTGAGTTTTTTTTTTCCCCTCCACAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGCCTATGTTGTTTTGTTGAGTTTTTTTTTTCCCCTCCACAATTA  500

seq1  TTCCTGGAACTCAGTGAGCCCTTTCAATGTCTGGCTCAAGTTCCCCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGAACTCAGTGAGCCCTTTCAATGTCTGGCTCAAGTTCCCCTTCA  550

seq1  ATACAGAGAAATTGTCTTCTATTATTTGTTTAGTTATTGTTTCAACTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGAAATTGTCTTCTATTATTTGTTTAGTTATTGTTTCAACTCTA  600

seq1  TTTCCTACTATTTCTTCTTATAGAATTC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTATTTCTTCTTATAGAATTC  628

seq1: chr12_51997593_51998714
seq2: B6Ng01-125D16.g_68_1162

seq1  GAATTCTTATATAACTGTATGTAAAGAGTGACTCTTGTAGTCAAAGTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATATAACTGTATGTAAAGAGTGACTCTTGTAGTCAAAGTCTA  50

seq1  CTAGGTTAGAAAAAAATATATTCCTACCATCTATCTGGGAAAGAAGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTAGAAAAAAATATATTCCTACCATCTATCTGGGAAAGAAGGGAT  100

seq1  TTGGAAATCTAGGTAATAGCATTCAACTGATATGAGGTCATGCTTTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATCTAGGTAATAGCATTCAACTGATATGAGGTCATGCTTTTCAA  150

seq1  TATGTCATTAAGCTAAATGTAGCTAGACAAGCTATAAACAGGTAAGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCATTAAGCTAAATGTAGCTAGACAAGCTATAAACAGGTAAGGCTT  200

seq1  ATCATGTAATATTATCACCCTACAAAGCAAATTAGCTATATATATATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTAATATTATCACCCTACAAAGCAAATTAGCTATATATATATATA  250

seq1  TATATATATATATATATATATAGTAACTAAAGTATTAGAGAATGATATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATAGTAACTAAAGTATTAGAGAATGATATTA  300

seq1  CATATCTACTGTAAGGAAGAACAACCATTTCCTAAGGAGTTTTGGCCGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTACTGTAAGGAAGAACAACCATTTCCTAAGGAGTTTTGGCCGAC  350

seq1  TAAGGAACTGTAACAATGCATTATGTTTACCTCTGTGCCATATCACCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAACTGTAACAATGCATTATGTTTACCTCTGTGCCATATCACCAGG  400

seq1  ATCCTCTGTCATGAACACCTCAGGAACAAGTAAAAGGCTTCTGCAGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTGTCATGAACACCTCAGGAACAAGTAAAAGGCTTCTGCAGTTAT  450

seq1  TGGCCAGTTCTCAGCAGCGTTTGTGGTCCTGAATGGGCTATTCAGAAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGTTCTCAGCAGCGTTTGTGGTCCTGAATGGGCTATTCAGAAGCC  500

seq1  TTTCACCTTCAAAGATGGCAGCCTAGCCTTTGTGGCCTATGGGCTGTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTTCAAAGATGGCAGCCTAGCCTTTGTGGCCTATGGGCTGTGGT  550

seq1  CCTGATCCTTGGAGTCTGAAACAAAATGTATGCTAACATTTTAATATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCCTTGGAGTCTGAAACAAAATGTATGCTAACATTTTAATATACT  600

seq1  CTGATGCTGGGACCAGCTACAAACACAGGATTCCATGCTTGCTTGCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTGGGACCAGCTACAAACACAGGATTCCATGCTTGCTTGCACAG  650

seq1  TCAATGTCTTAAGACTATAAAGGATATTATTAATGTCTCTTAAAGCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCTTAAGACTATAAAGGATATTATTAATGTCTCTTAAAGCAATG  700

seq1  AAGTTGTTTATACTCCTGTTGTGTCCATTGTGTGTATTCTGTGAGCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTTTATACTCCTGTTGTGTCCATTGTGTGTATTCTGTGAGCTTTA  750

seq1  GCTGTGCTAATAAGTGACAAAGTTTCAATACTTATAGGCCATGTATATTT  800
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTAATAAGTGAC-AAGTTTC-ATACTTATAGGCCATGTATATTT  798

seq1  TTTAAAAGGCCTTAAAATTACATAAATGCACTTATATACAAATTTAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGGCCTTAAAATTACATAAATGCACTTATATACAAATTTAAAGT  848

seq1  CCCTGGCAATGATTGAC-TGTAACATAACCAGTATCTGCCCTATTATAAA  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTGGCAATGATTGACTTGTAACATAACCAGTATCTGCCCTATT-TAAA  897

seq1  GGTATTGACCCTACACAATGAGTTCTAGCAGACAGCAAAACTTCTTGCTT  949
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAATTGACCCTACAC-ATGAGTTCTAGCAGACAGC-AAACTTCTTGCTT  945

seq1  CATTGGCATAGCACTCATGTGTCATTACCAGCAACTAGTCTAGGCATGGC  999
      |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |||| ||
seq2  CATT-GCATAGCACTCATGTGTCATTA-CAGC-ACTAGTC--AGCAT-GC  989

seq1  AGCAGAGCCAGGACAGGATCCTGATTGAGTAGATATCAAAATCCCAGAAG  1049
      ||||||||   ||||||||  ||| |||||||||  |||||| || ||||
seq2  AGCAGAGC--AGACAGGAT-TTGAATGAGTAGATTACAAAATTCC-GAAG  1035

seq1  ACATCAGAAAAATCCACAAAGCTTTTCTAATTTCCGAAGTAATTAAATTA  1099
      | |||   |||||||||||||| ||||||  |||||||| || |||||||
seq2  AAATC---AAAATCCACAAAGC-TTTCTA--TTCCGAAG-AAATAAATTA  1078

seq1  TTCATTTCCTGCCTTCAAGGCTC  1122
      |  ||   | ||| |||||||||
seq2  T--AT---CCGCC-TCAAGGCTC  1095