BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135F09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 84,140,940 - 84,249,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs6
Upstream geneSipa1l1, LOC432675, EG666911
Downstream geneDpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950, Rbm25, Psen1, Papln, Numb, LOC100042325
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135F09.bB6Ng01-135F09.g
ACCDH935402DH935403
length8491,041
definitionDH935402|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F09, 5' end.DH935403|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,140,940 - 84,141,791)(84,248,541 - 84,249,591)
sequence
gaattccacctccagaactatgaggaagtgagctgtggtggttcaggcaa
cccagtccatggtactgtgctaacgcagctttaggatgctaatatagaag
aggaagcagatgctaaccaagcaatcccatgggggctatctattcttggc
caagagaagtgctgcgaataggaaagcctctttgtttgccagcagatgcc
aagggaccttgccaagtcttgaaagtaatgaaggctttctgaggtagtga
agggtgtgaaggaatcaggtacagtagaagctgggggagggaggatggat
ccttactgtccctagagaaccgcatatgcagaagttctgagctgagatga
cagcatggtgtgttctgggaatagaaaggtggccctgctaacagaagaga
ggaggaaacaggagaggaagatgtaggagcagtcagtcaccaaaaaccca
aaccagaaccatgctcgaatccatcacatttagagtcttattctaggtga
gggtgcctgtcttgctggctgatcctgactttctacaaaatatttgtcca
agaactggagagatgccccagtagttaagagcactgcctgctcttccaaa
ggacctgggttcgattcccagcatccagatgatggatcacagccatctgt
aactccagttcagatgatccagcaccctcttctggcctctttatgcctag
gcatgcatgtggcacacagacatacataagaagaagaacattattttttt
aaaaaggggggctgggtggtggtggtggtgcatgcctttatcccagcacg
aaacaggcagatgcaggcaatctctgggagttctagccagcctgttcta
gaattcctgtgagctctaaaggggcatggctctcagtggggagaaacttg
caggtcatctgtggcagggatgacaacgcaagtggggacatcttgcggcc
aagcttttgacattcaattctagatagttggtacagcttagtcacaacac
agctgcactgtctggttagggacacaaaccagggttaccagctaggagca
ggaacagtctggagggttcagagaagccaggtgagaggggccactcaaag
atacacttctgctggcaagatgcacctcaccaggcagtccttgttgtctc
tggagagaatggccataaaggggagcctgacactaaccctagaggaagct
actgaagggcagggcagggcttccctggtggttaccacccaagtcatact
ccttggtgggctttctcatgatgtcctatggacctaggaattagtcaaga
aagctatgattgagcacaagcaaatgatggggtctgaagctctgtatcat
taccaagaaaacctccacagagtatatgacctctggtcatgatcacccac
ataggataatggttgcctctttttatggatgctctggaaccttatagcag
ggaaaattctgactgctacttttactgtagatagcagggttatgtttttg
cttcttgctggacagtctgtgataagacatggacgttctgtgagagccta
ctctttgggaaagaggtgaaggtcagaggcacatggataaatccagaacc
tagccaccaccaactcttgtctgagctttcttccatgttaaaaaaaaatc
ttgttaaaacttcgctgactttaccaggatcgccatgtttaatgagaggc
ctcgatgaatttgaaagcaaagctgaagagaggggaaaagtcatgagctg
taatcacataattacacatctcacgatgagttgaagcagccctggagaag
cctcagagagaaggagtgtcatctgcaatacgtggctctagacagctgaa
aagatgtgacacaaacccttcttcttttcttcttcttcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_84140940_84141791
seq2: B6Ng01-135F09.b_48_896

seq1  GAATTCCACCTCCAGAACTATGAGGAAGTGAGCTGTGGTGGTTCAGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTCCAGAACTATGAGGAAGTGAGCTGTGGTGGTTCAGGCAA  50

seq1  CCCAGTCCATGGTACTGTGCTAACGCAGCTTTAGGATGCTAATATAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCCATGGTACTGTGCTAACGCAGCTTTAGGATGCTAATATAGAAG  100

seq1  AGGAAGCAGATGCTAACCAAGCAATCCCATGGGGGCTATCTATTCTTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGATGCTAACCAAGCAATCCCATGGGGGCTATCTATTCTTGGC  150

seq1  CAAGAGAAGTGCTGCGAATAGGAAAGCCTCTTTGTTTGCCAGCAGATGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAAGTGCTGCGAATAGGAAAGCCTCTTTGTTTGCCAGCAGATGCC  200

seq1  AAGGGACCTTGCCAAGTCTTGAAAGTAATGAAGGCTTTCTGAGGTAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACCTTGCCAAGTCTTGAAAGTAATGAAGGCTTTCTGAGGTAGTGA  250

seq1  AGGGTGTGAAGGAATCAGGTACAGTAGAAGCTGGGGGAGGGAGGATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTGAAGGAATCAGGTACAGTAGAAGCTGGGGGAGGGAGGATGGAT  300

seq1  CCTTACTGTCCCTAGAGAACCGCATATGCAGAAGTTCTGAGCTGAGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGTCCCTAGAGAACCGCATATGCAGAAGTTCTGAGCTGAGATGA  350

seq1  CAGCATGGTGTGTTCTGGGAATAGAAAGGTGGCCCTGCTAACAGAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGTGTGTTCTGGGAATAGAAAGGTGGCCCTGCTAACAGAAGAGA  400

seq1  GGAGGAAACAGGAGAGGAAGATGTAGGAGCAGTCAGTCACCAAAAACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAACAGGAGAGGAAGATGTAGGAGCAGTCAGTCACCAAAAACCCA  450

seq1  AACCAGAACCATGCTCGAATCCATCACATTTAGAGTCTTATTCTAGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAACCATGCTCGAATCCATCACATTTAGAGTCTTATTCTAGGTGA  500

seq1  GGGTGCCTGTCTTGCTGGCTGATCCTGACTTTCTACAAAATATTTGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCTGTCTTGCTGGCTGATCCTGACTTTCTACAAAATATTTGTCCA  550

seq1  AGAACTGGAGAGATGCCCCAGTAGTTAAGAGCACTGCCTGCTCTTCCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGGAGAGATGCCCCAGTAGTTAAGAGCACTGCCTGCTCTTCCAAA  600

seq1  GGACCTGGGTTCGATTCCCAGCATCCAGATGATGGATCACAGCCATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGGTTCGATTCCCAGCATCCAGATGATGGATCACAGCCATCTGT  650

seq1  AACTCCAGTTCAGATGATCCAGCACCCTCTTCTGGCCTCTTTATGCCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGTTCAGATGATCCAGCACCCTCTTCTGGCCTCTTTATGCCTAG  700

seq1  GCATGCATGTGGCACACAGACATACATAAGAAGAAGAACATTATTTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGTGGCACACAGACATACATAAGAAGAAGAACATTATTTTTTT  750

seq1  AAAAAGGGGGGCTGGGTGGTGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAAAGGGGGGCTGGGTGGTGGTGGTGGTGCATGCCTTT-ATCCCAGCAC  799

seq1  GAAACAGGCAGAGGCAGGCAAATCTCTGGGAGTTCAAAGCCAGCCTGGTC  850
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||
seq2  GAAACAGGCAGATGCAGGC-AATCTCTGGGAGTTC-TAGCCAGCCTGTTC  847

seq1  TA  852
      ||
seq2  TA  849

seq1: chr12_84248541_84249591
seq2: B6Ng01-135F09.g_69_1109 (reverse)

seq1  GAGGAAG--GAAGAAAGGAAGGAAGGGTTTTGTGTCACATTCTTTTCAGC  48
      |||||||  ||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGAAGAAGAAGAAAAGAA-GAAGGG-TTTGTGTCACA-TCTTTTCAGC  47

seq1  TGTCCTAAGAGCCACCGTATTGCAGATGACACTCCTTCCTCTCTGGGGCT  98
      ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TGTC--TAGAGCCA-CGTATTGCAGATGACACTCCTT-CTCTCTGAGGCT  93

seq1  TCTCCAGGGCCTGCTTTCAACTCATCGTGAGATTGTGTAATTATGGTGAT  148
      ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TCTCCAGGG-CTGC-TTCAACTCATCGTGAGA-TGTGTAATTAT-GTGAT  139

seq1  TACAGCTCATGACTTTTCCCCTCTCTTCAGCTTTGCTTTCAAATTCATCG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCATGACTTTTCCCCTCTCTTCAGCTTTGCTTTCAAATTCATCG  189

seq1  AGGCCTCTCATTAAACATGGCGATCCTGGTAAAGTCAGCGAAGTTTTAAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTCATTAAACATGGCGATCCTGGTAAAGTCAGCGAAGTTTTAAC  239

seq1  AAGATTTTTTTTTTAACATGGAAGAAAGCTCAGACAAGAGTTGGTGGTGG  298
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGA-TTTTTTTTTAACATGGAAGAAAGCTCAGACAAGAGTTGGTGGTGG  288

seq1  CTAGGTTCTGGATTTATCCATGTGCCTCTGACCTTCACCTCTTTCCCAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTCTGGATTTATCCATGTGCCTCTGACCTTCACCTCTTTCCCAAA  338

seq1  GAGTAGGCTCTCACAGAACGTCCATGTCTTATCACAGACTGTCCAGCAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGCTCTCACAGAACGTCCATGTCTTATCACAGACTGTCCAGCAAG  388

seq1  AAGCAAAAACATAACCCTGCTATCTACAGTAAAAGTAGCAGTCAGAATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAACATAACCCTGCTATCTACAGTAAAAGTAGCAGTCAGAATTT  438

seq1  TCCCTGCTATAAGGTTCCAGAGCATCCATAAAAAGAGGCAACCATTATCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTATAAGGTTCCAGAGCATCCATAAAAAGAGGCAACCATTATCC  488

seq1  TATGTGGGTGATCATGACCAGAGGTCATATACTCTGTGGAGGTTTTCTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGTGATCATGACCAGAGGTCATATACTCTGTGGAGGTTTTCTTG  538

seq1  GTAATGATACAGAGCTTCAGACCCCATCATTTGCTTGTGCTCAATCATAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGATACAGAGCTTCAGACCCCATCATTTGCTTGTGCTCAATCATAG  588

seq1  CTTTCTTGACTAATTCCTAGGTCCATAGGACATCATGAGAAAGCCCACCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGACTAATTCCTAGGTCCATAGGACATCATGAGAAAGCCCACCA  638

seq1  AGGAGTATGACTTGGGTGGTAACCACCAGGGAAGCCCTGCCCTGCCCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATGACTTGGGTGGTAACCACCAGGGAAGCCCTGCCCTGCCCTTC  688

seq1  AGTAGCTTCCTCTAGGGTTAGTGTCAGGCTCCCCTTTATGGCCATTCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTTCCTCTAGGGTTAGTGTCAGGCTCCCCTTTATGGCCATTCTCT  738

seq1  CCAGAGACAACAAGGACTGCCTGGTGAGGTGCATCTTGCCAGCAGAAGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACAACAAGGACTGCCTGGTGAGGTGCATCTTGCCAGCAGAAGTG  788

seq1  TATCTTTGAGTGGCCCCTCTCACCTGGCTTCTCTGAACCCTCCAGACTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTGAGTGGCCCCTCTCACCTGGCTTCTCTGAACCCTCCAGACTGT  838

seq1  TCCTGCTCCTAGCTGGTAACCCTGGTTTGTGTCCCTAACCAGACAGTGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCCTAGCTGGTAACCCTGGTTTGTGTCCCTAACCAGACAGTGCA  888

seq1  GCTGTGTTGTGACTAAGCTGTACCAACTATCTAGAATTGAATGTCAAAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTGTGACTAAGCTGTACCAACTATCTAGAATTGAATGTCAAAAG  938

seq1  CTTGGCCGCAAGATGTCCCCACTTGCGTTGTCATCCCTGCCACAGATGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCGCAAGATGTCCCCACTTGCGTTGTCATCCCTGCCACAGATGAC  988

seq1  CTGCAAGTTTCTCCCCACTGAGAGCCATGCCCCTTTAGAGCTCACAGGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTTTCTCCCCACTGAGAGCCATGCCCCTTTAGAGCTCACAGGAA  1038

seq1  TTC  1051
      |||
seq2  TTC  1041