BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138D14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 101,416,707 - 101,573,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCalm1, Ttc7b
Upstream geneChes1, LOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230
Downstream geneRps6ka5, LOC100040123, 9030617O03Rik, EG667148, Gpr68, 0610010D24Rik, LOC100040184, Smek1, 4930463M05Rik, Mylf-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138D14.bB6Ng01-138D14.g
ACCDH937544DH937545
length1,0341,072
definitionDH937544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D14, 5' end.DH937545|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,572,244 - 101,573,278)(101,416,707 - 101,417,798)
sequence
gaattcagtaaggatcttgtagttcctttgttgaacaaaacagctaatcc
caaaagcaacattagctcctccaaaaccacaggccctttagcaagggaat
ctgtaggtaggttgtggaacaaagtttgcatagcactgctataaatgtag
tgcattgtttattcttaaataatcaaataaatgaacatattaaacatgtt
ttagttcctaatgtggcaataccattagacaaggcccaatatatctcttt
ggagtcttcatgattttctaatatccaaaacagatctgagaccaaaaagt
ctggaaacctcttccagagacctcaaagccagtgaggtctggctcaaaaa
ccaaggtggacagctgtaggagtaacggccaaggttacccctggctctgc
tcactcacacatgtgcatatgcaccagcacacacataaccgtgtacacac
atacatacacacacacacacacatacacacacacacacacagaaggttac
agtaaaatgcaagcaaaaatactcgtgatggctgaaccattttgctattt
ttaaaaaataataactctagacatactttgtctaaagcagggtagactca
cagcaaggcttcataggtttctcctatgcagagtcaccatgttgccatcg
ctttcttattcttgggcagcagttttctctggagaatcccaaggcccctc
ctggggctgctgcttctctagggtcctccaaggcctgtctgtttgtgatt
tatccatggaagatagactgactttccttctatagattttgggttctatc
tatcaagccaatcaaagaatccatcttcccacctttttgaaacatttgca
caatacgagtggtcagttgttattctaacaaccactcttggttttagttt
tggttttttgagacagtcttactgtgtagcccaggctagacttgaactca
cagtcttgccccagctttctgaatgccgggattaaaggcataaaatacca
tgtgcagttggccatgcatataatagtaataata
gaattcctttcaactttggcatgaagtttaaaacatttaaaatattcatc
agactcttatatatgtaactaaaataaatgggaaaatatagaggtcgctg
tctcctgatgggagaaaacactgagacttaatttacacagcttcctgaaa
acaattaacatgaccaggtcaatccagcaggagaggacattataaagcag
caggtctcagcctgtggcctgtgacccctttcacgggaagtcgaacgacc
ctttcacaggggtcgaatatcagatatttgtatcaagactcattaacagt
agcgaaattacagttatggagtagcaatggaattgttttatagttggggt
cagcacaacacaagaggctgtactaaagggtcgcagccttaggaaggttg
agcaccactgctctagaataaagggatctgatcattaaatcatgcgataa
gaaaaggcagcagtctttcaggagatatcaggaaggaagtaatctcaccc
aggatctctagttagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttaaa
aaaggagggatggggtgaggggaaccctgggaagctaagctctccgatga
ctggcatccctgctgaggtttgatgcggatgtaagaatccacatcaatga
aaatgagttatagcaagtgcttatgttaccagcccgtccaaagggtattt
ctactgtgctgtaattccattaactcaaagggattgaaacctccatgaat
aatgaaaggtactgaaagcaaaccgaaagcccttggggaaccaagtgtgg
tctagcaaaacatcccagaatcagcagccttaaagagacctaccctattt
gtccacgggaagaatggtctgatgtccatcaacatcaatcctttgcaggc
ctggggggtctgaacttgagcctctgtgtagagtgcttgcttagcatgtc
tgagacctagcttgatcccgcactgggaggagggggaataaagcaatctg
gtctcaactactgagtgagaaagagacaatatccatataagtttggattg
gaccaagaatatggacaaattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_101572244_101573278
seq2: B6Ng01-138D14.b_45_1078 (reverse)

seq1  TATTATTACTATTAATATGCATGGCAAACTGCACATGGTATTTTATGCCT  50
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTACTATT-ATATGCATGGCCAACTGCACATGGTATTTTATGCCT  49

seq1  TTAATCCCGGCATTCAGGAAGCTGGGGCAAGACTGTGAGTTCAAGTCTAG  100
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCGGCATTCAGAAAGCTGGGGCAAGACTGTGAGTTCAAGTCTAG  99

seq1  CCTGGGCTACACAGTAAGACTGTCTCAAAAAACCAAAACTAAAACCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTACACAGTAAGACTGTCTCAAAAAACCAAAACTAAAACCAAGA  149

seq1  GTGGTTGTTAGAATAACAACTGACCACTCGTATTGTGCAAATGTTTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGTTAGAATAACAACTGACCACTCGTATTGTGCAAATGTTTCAAA  199

seq1  AAGGTGGGAAGATGGATTCTTTGATTGGCTTGATAGATAGAACCCAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGGAAGATGGATTCTTTGATTGGCTTGATAGATAGAACCCAAAAT  249

seq1  CTATAGAAGGAAAGTCAGTCTATCTTCCATGGATAAATCACAAACAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAAGGAAAGTCAGTCTATCTTCCATGGATAAATCACAAACAGACA  299

seq1  GGCCTTGGAGGACCCTAGAGAAGCAGCAGCCCCAGGAGGGGCCTTGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGGAGGACCCTAGAGAAGCAGCAGCCCCAGGAGGGGCCTTGGGAT  349

seq1  TCTCCAGAGAAAACTGCTGCCCAAGAATAAGAAAGCGATGGCAACATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGAGAAAACTGCTGCCCAAGAATAAGAAAGCGATGGCAACATGGT  399

seq1  GACTCTGCATAGGAGAAACCTATGAAGCCTTGCTGTGAGTCTACCCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGCATAGGAGAAACCTATGAAGCCTTGCTGTGAGTCTACCCTGCT  449

seq1  TTAGACAAAGTATGTCTAGAGTTATTATTTTTTAAAAATAGCAAAATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAAAGTATGTCTAGAGTTATTATTTTTTAAAAATAGCAAAATGGT  499

seq1  TCAGCCATCACGAGTATTTTTGCTTGCATTTTACTGTAACCTTCTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATCACGAGTATTTTTGCTTGCATTTTACTGTAACCTTCTGTGTG  549

seq1  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTACACGGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTACACGGTTA  599

seq1  TGTGTGTGCTGGTGCATATGCACATGTGTGAGTGAGCAGAGCCAGGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCTGGTGCATATGCACATGTGTGAGTGAGCAGAGCCAGGGGTA  649

seq1  ACCTTGGCCGTTACTCCTACAGCTGTCCACCTTGGTTTTTGAGCCAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCCGTTACTCCTACAGCTGTCCACCTTGGTTTTTGAGCCAGACC  699

seq1  TCACTGGCTTTGAGGTCTCTGGAAGAGGTTTCCAGACTTTTTGGTCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGCTTTGAGGTCTCTGGAAGAGGTTTCCAGACTTTTTGGTCTCAG  749

seq1  ATCTGTTTTGGATATTAGAAAATCATGAAGACTCCAAAGAGATATATTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTGGATATTAGAAAATCATGAAGACTCCAAAGAGATATATTGG  799

seq1  GCCTTGTCTAATGGTATTGCCACATTAGGAACTAAAACATGTTTAATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCTAATGGTATTGCCACATTAGGAACTAAAACATGTTTAATATG  849

seq1  TTCATTTATTTGATTATTTAAGAATAAACAATGCACTACATTTATAGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTATTTGATTATTTAAGAATAAACAATGCACTACATTTATAGCAG  899

seq1  TGCTATGCAAACTTTGTTCCACAACCTACCTACAGATTCCCTTGCTAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGCAAACTTTGTTCCACAACCTACCTACAGATTCCCTTGCTAAAG  949

seq1  GGCCTGTGGTTTTGGAGGAGCTAATGTTGCTTTTGGGATTAGCTGTTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTGGTTTTGGAGGAGCTAATGTTGCTTTTGGGATTAGCTGTTTTG  999

seq1  TTCAACAAAGGAACTACAAGATCCTTACTGAATTC  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACAAAGGAACTACAAGATCCTTACTGAATTC  1034

seq1: chr12_101416707_101417798
seq2: B6Ng01-138D14.g_65_1136

seq1  GAATTCCTTTCAACTTTGGCATGAAGTTTAAAACATTTAAAATATTCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCAACTTTGGCATGAAGTTTAAAACATTTAAAATATTCATC  50

seq1  AGACTCTTATATATGTAACTAAAATAAATGGGAAAATATAGAGGTCGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTATATATGTAACTAAAATAAATGGGAAAATATAGAGGTCGCTG  100

seq1  TCTCCTGATGGGAGAAAACACTGAGACTTAATTTACACAGCTTCCTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGATGGGAGAAAACACTGAGACTTAATTTACACAGCTTCCTGAAA  150

seq1  ACAATTAACATGACCAGGTCAATCCAGCAGGAGAGGACATTATAAAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAACATGACCAGGTCAATCCAGCAGGAGAGGACATTATAAAGCAG  200

seq1  CAGGTCTCAGCCTGTGGCCTGTGACCCCTTTCACGGGAAGTCGAACGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTCAGCCTGTGGCCTGTGACCCCTTTCACGGGAAGTCGAACGACC  250

seq1  CTTTCACAGGGGTCGAATATCAGATATTTGTATCAAGACTCATTAACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACAGGGGTCGAATATCAGATATTTGTATCAAGACTCATTAACAGT  300

seq1  AGCGAAATTACAGTTATGGAGTAGCAATGGAATTGTTTTATAGTTGGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAATTACAGTTATGGAGTAGCAATGGAATTGTTTTATAGTTGGGGT  350

seq1  CAGCACAACACAAGAGGCTGTACTAAAGGGTCGCAGCCTTAGGAAGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAACACAAGAGGCTGTACTAAAGGGTCGCAGCCTTAGGAAGGTTG  400

seq1  AGCACCACTGCTCTAGAATAAAGGGATCTGATCATTAAATCATGCGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCACTGCTCTAGAATAAAGGGATCTGATCATTAAATCATGCGATAA  450

seq1  GAAAAGGCAGCAGTCTTTCAGGAGATATCAGGAAGGAAGTAATCTCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCAGCAGTCTTTCAGGAGATATCAGGAAGGAAGTAATCTCACCC  500

seq1  AGGATCTCTAGTTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTCTAGTTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTAAA  550

seq1  AAAGGAGGGATGGGGTGAGGGGAACCCTGGGAAGCTAAGCTCTCCGATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGGATGGGGTGAGGGGAACCCTGGGAAGCTAAGCTCTCCGATGA  600

seq1  CTGGCATCCCTGCTGAGGTTTGATGCGGATGTAAGAATCCACATCAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATCCCTGCTGAGGTTTGATGCGGATGTAAGAATCCACATCAATGA  650

seq1  AAATGAGTTATAGCAAGTGCTTATGTTACCAGCCCGTCCAAAGGGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTTATAGCAAGTGCTTATGTTACCAGCCCGTCCAAAGGGTATTT  700

seq1  CTACTGTGCTGTAATTCCATTAACTCAAAGGGATTGAAACCTCCATGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGCTGTAATTCCATTAACTCAAAGGGATTGAAACCTCCATGAAT  750

seq1  AATGAAAGGTACTGAAAGCAAACCGAAAGCCCTTGGGGAACCAAGTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGGTACTGAAAGCAAACCGAAAGCCCTTGGGGAACCAAGTGTGG  800

seq1  TCTAGC-AAACATCCCAGAATCAGCAGCCTTAAAGAGACCTACCCTATTT  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCAAAACATCCCAGAATCAGCAGCCTTAAAGAGACCTACCCTATTT  850

seq1  GT-CACGGGAAGAATGGTCTGAATGTCCATCAACATCAATCCTTTGCAGG  898
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  
seq2  GTCCACGGGAAGAATGGTCTG-ATGTCCATCAACATCAATCCTTTGCA--  897

seq1  GGCCTGGGGGGTCTGAACTTGGAGCTCTGTGGTAGAGTGCTTGCTTAGCA  948
      |||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGGGGGTCTGAACTTGAGCCTCTGT-GTAGAGTGCTTGCTTAGCA  946

seq1  TGTCTGAGACCCTAGCTATGATCCCGGGCACTGGGAGGAGGGGGGATTAA  998
      ||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||  |
seq2  TGTCTGAGA-CCTAGCT-TGATCCC--GCACTGGGAGGAGGGGGAAT--A  990

seq1  AAGCAATCTTGTGTCTCAAACTACCTGAGTGAGAAAGAGACAAATAATCA  1048
      ||||||||| || ||   ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||
seq2  AAGCAATCTGGTCTC---AACTA-CTGAGTGAGAAAGAGAC-AATATCCA  1035

seq1  TATTTAAGTTTGGATTGGGACCAAAGAATAATTGAGACAAATTT  1092
      ||  |||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||
seq2  TA--TAAGTTTGGATT-GGACC-AAGAATA--TG-GACAAATTT  1072