BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138M01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,885,608 - 29,047,018
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138M01.bB6Ng01-138M01.g
ACCDH937922DH937923
length1,1181,127
definitionDH937922|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138M01, 5' end.DH937923|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,885,608 - 28,886,736)(29,045,893 - 29,047,018)
sequence
gaattctcatcctgatgggtcattcattctgaacatctcagtttttgcta
caacaaaatatctgaatccttcttatatgattcttgagcacacatagttc
aactgaccaaacaaatattcaagattaggtcttcatggatagcactgagc
tgggccctcccatactaattaactatgaagaaaatgtttgcccagaagcc
aatctgatgagggcattttctcaactgaactttctcttcccaaatgactt
tggcttgtgtgaagtggacataaaactagccagcacaatgtttcattttc
tgtcttaattattatatttattatataggctacagttgaataatagggta
caaagataatggaaattcaagtgaaatgcaaaatagtagaatttatgctg
ccaggaatgaggagtggtgggtgttcatggtgtagctctagtcaactggg
gaaggaagatatgttttattttatgacagaaaaaggatgttagaaattaa
ctctaatggctaaaataatcagttgtctgcttaggaaaaataatttgtgg
gtttttatacatattggaaagtataaaaattcagtaagacccatggcctc
aggacagatgttagatcctgcgtcacaagtctctgtgacagaggaatcct
agtgcagttattttgttgcatcttctgttttgtaggtattgatgtgttgg
ggtctaggtgtcacctcacaaaccacaggactgatcagggtggcaaacta
gaccttgagtcaagatcatagggagcttttaagcctgaaatccataaaca
tctgtgccaaattatttcaccaatcacgatttatggataggggacttcgt
tagaaatatatcgttgttgtacacttatcctgttctcattggttgggttc
cactgtggcaggaacttgtgttgcataacattcattgttttaactaacaa
ccagatgtcagttacccatgtaacatgtttctttttgccaagcaagatgt
tcaatttccaaggaaggcttgagaacttagaacctatctcaaccctatcc
aatggaagcctggtctaatgggtcctttattgtgcgggtgctggtctaac
tggggtcctcccggagca
gaattcaaaattctatattctcatagctcatacagtgtgtttaccaagta
gaactaaaagccaggcccataaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaa
acaaacaaaaataagcaaccctctcaattttaagtgattttatataaaca
actttatataataaggtatttcacagtgattaatctttattaaaacactt
gaattaatagctgctacttgaatacctcggtttaagaaaaaactgtatat
tttatagatcaaatacacataaatgtatatttgaatttatttaaagataa
acattagtctcttaaaaaaaacaaataatgaagggcaggaaaaatgctca
gttcgtaaggtgcttactgcacaagctgagggtctgagtttggatcccta
gcacccacataaaatgcaggtatagtgctgtagaactctaatcccagtgc
tgtgcagggagacacaggagggtccttgggactggcaagtctatacaaac
tggtgagttctagactcaggtgcagagcagcagaggaagaaactaatttt
gatctttgttctccacatgcaagtacaggtacacttgctcatacacatgc
ttatactatgcacacacacacacacacacacacacctgcactatgcacac
acatacacatacctggactttgcacacacacactgacacacccctgcact
acacacacacacacacatacacatacacacacacacacactcacacacaa
atatacctgcactatgcacacacatatacatacctggactctgacacaca
cactgacacacccctgcactacacacacacacacattatgaataaacaca
caaaacatacatatacccacactagataaacacatacacacacattcttg
tactatgcacacacacatgcaaatacagcctgcactatgcacacacacac
acacacacacacacacacacacacactatgaataaacacaaaaacataca
tattcccaccctagataaacacatacacacaccatcttgtactatgccca
accaccatgcaataacagcctgccctatgcacacacaccaccaccccaac
tggacataccacacttgcaattatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28885608_28886736
seq2: B6Ng01-138M01.b_43_1160

seq1  GAATTCTCATCCTGATGGGTCATTCATTCTGAACATCTCAGTTTTTGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCTGATGGGTCATTCATTCTGAACATCTCAGTTTTTGCTA  50

seq1  CAACAAAATATCTGAATCCTTCTTATATGATTCTTGAGCACACATAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAATATCTGAATCCTTCTTATATGATTCTTGAGCACACATAGTTC  100

seq1  AACTGACCAAACAAATATTCAAGATTAGGTCTTCATGGATAGCACTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACCAAACAAATATTCAAGATTAGGTCTTCATGGATAGCACTGAGC  150

seq1  TGGGCCCTCCCATACTAATTAACTATGAAGAAAATGTTTGCCCAGAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCTCCCATACTAATTAACTATGAAGAAAATGTTTGCCCAGAAGCC  200

seq1  AATCTGATGAGGGCATTTTCTCAACTGAACTTTCTCTTCCCAAATGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATGAGGGCATTTTCTCAACTGAACTTTCTCTTCCCAAATGACTT  250

seq1  TGGCTTGTGTGAAGTGGACATAAAACTAGCCAGCACAATGTTTCATTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGTGAAGTGGACATAAAACTAGCCAGCACAATGTTTCATTTTC  300

seq1  TGTCTTAATTATTATATTTATTATATAGGCTACAGTTGAATAATAGGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAATTATTATATTTATTATATAGGCTACAGTTGAATAATAGGGTA  350

seq1  CAAAGATAATGGAAATTCAAGTGAAATGCAAAATAGTAGAATTTATGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATAATGGAAATTCAAGTGAAATGCAAAATAGTAGAATTTATGCTG  400

seq1  CCAGGAATGAGGAGTGGTGGGTGTTCATGGTGTAGCTCTAGTCAACTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATGAGGAGTGGTGGGTGTTCATGGTGTAGCTCTAGTCAACTGGG  450

seq1  GAAGGAAGATATGTTTTATTTTATGACAGAAAAAGGATGTTAGAAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGATATGTTTTATTTTATGACAGAAAAAGGATGTTAGAAATTAA  500

seq1  CTCTAATGGCTAAAATAATCAGTTGTCTGCTTAGGAAAAATAATTTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGGCTAAAATAATCAGTTGTCTGCTTAGGAAAAATAATTTGTGG  550

seq1  GTTTTTATACATATTGGAAAGTATAAAAATTCAGTAAGACCCATGGCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATACATATTGGAAAGTATAAAAATTCAGTAAGACCCATGGCCTC  600

seq1  AGGACAGATGTTAGATCCTGCGTCACAAGTCTCTGTGACAGAGGAATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGATGTTAGATCCTGCGTCACAAGTCTCTGTGACAGAGGAATCCT  650

seq1  AGTGCAGTTATTTTGTTGCATCTTCTGTTTTGTAGGTATTGATGTGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGTTATTTTGTTGCATCTTCTGTTTTGTAGGTATTGATGTGTTGG  700

seq1  GGTCTAGGTGTCACCTCACAAACCACAGGACTGATCAGGGTGGCAAACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGGTGTCACCTCACAAACCACAGGACTGATCAGGGTGGCAAACTA  750

seq1  GACCTTGAGTCAAGATCATAGGGAGCTTTTAAGCCTGAAATCCATAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGAGTCAAGATCATAGGGAGCTTTTAAGCCTGAAATCCATAAACA  800

seq1  TCTGTGCCAAATTATTTCACCAATCAGGATTTATGGATAGGGGACTTCGT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCCAAATTATTTCACCAATCACGATTTATGGATAGGGGACTTCGT  850

seq1  TAGAAATATATCGTTGTTGTACACTTATCCTGTTCTCATTGGTTGGGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATATATCGTTGTTGTACACTTATCCTGTTCTCATTGGTTGGGTTC  900

seq1  CACTGTGGCAGGGAACTTGTGTTGCATAACATTCA-TGTTTTAACTAACC  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CACTGTGGCA-GGAACTTGTGTTGCATAACATTCATTGTTTTAACTAA-C  948

seq1  AACCAAGATGTCAGTTACCCATGT-ACATGTTTCTTTCTGCCAAGCAGGA  998
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  AACC-AGATGTCAGTTACCCATGTAACATGTTTCTTTTTGCCAAGCAAGA  997

seq1  TG-TCAATTCCCAGGGAGGTCTTGAGAACTTAGAACTTTACTCAACCCCT  1047
      || |||||| ||| ||| | |||||||||||||||| |  ||||| ||||
seq2  TGTTCAATTTCCAAGGAAGGCTTGAGAACTTAGAACCTATCTCAA-CCCT  1046

seq1  ATTCAAAATGGAAGCCTTGTTTCAAATGGTTTCTTATATTGGTGCGGGTG  1097
      || |  ||||||||||| |  || ||||| | ||| |||| |||||||||
seq2  ATCC--AATGGAAGCCTGG--TCTAATGGGTCCTT-TATT-GTGCGGGTG  1090

seq1  TCTGTCTCATACTGGGGTCCATCCCAGGAGCA  1129
         ||||   |||||||||| |||| ||||||
seq2  CTGGTCT--AACTGGGGTCC-TCCC-GGAGCA  1118

seq1: chr12_29045893_29047018
seq2: B6Ng01-138M01.g_66_1192 (reverse)

seq1  TATATAA-TGCAGGTGTGGGTATGT-CAGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTG  48
      ||||||| |||| |||| ||||||| |||| |||||||   |||||||||
seq2  TATATAATTGCAAGTGT-GGTATGTCCAGT-TGGGGTGGTGGTGTGTGTG  48

seq1  CATAGTGCAGGCTGTATTTGCAT-GTGTGTGTGCATAGTACAAGAATGTG  97
      ||||| |||||||||  |||||| |||  || |||||||||||||  |||
seq2  CATAGGGCAGGCTGTTATTGCATGGTGGTTGGGCATAGTACAAGATGGTG  98

seq1  TGTGTATGTGTTTATCTAGTGTGGGTATATGTATGTTTGTGTGTTTATTC  147
      ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTTTATCTAGGGTGGGAATATGTATGTTTTTGTGTTTATTC  148

seq1  ATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATAGTGCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATAGTGCAG  198

seq1  GCTGTATTTGCATGTGTGTGTGCATAGTACAAGAATGTGTGTGTATGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTTGCATGTGTGTGTGCATAGTACAAGAATGTGTGTGTATGTGT  248

seq1  TTATCTAGTGTGGGTATATGTATG-TTTGTGTGTTTATTCATAATGTGTG  296
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAGTGTGGGTATATGTATGTTTTGTGTGTTTATTCATAATGTGTG  298

seq1  TGTGTGTGTAGTGCAGGGGTGTGTCAGTGTGTGTGTTCAGAGTCCAGGTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTAGTGCAGGGGTGTGTCAGTGTGTGTG-TCAGAGTCCAGGTA  347

seq1  TGTATATGTGTGTGCATAGTGCAGGTATATTTGTGTGTGAGTGTGTGTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGTGTGTGCATAGTGCAGGTATATTTGTGTGTGAGTGTGTGTGT  397

seq1  GTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGCAGGGGTGTGTCAGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGCAGGGGTGTGTCAGTG  447

seq1  TGTGTGTGCAAAGTCCAGGTATGTGTATGTGTGTGCATAGTGCAGGTGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCAAAGTCCAGGTATGTGTATGTGTGTGCATAGTGCAGGTGTG  497

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATAGTATAAGCATGTGTATGAGCAAGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATAGTATAAGCATGTGTATGAGCAAGTGT  547

seq1  ACCTGTACTTGCATGTGGAGAACAAAGATCAAAATTAGTTTCTTCCTCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTACTTGCATGTGGAGAACAAAGATCAAAATTAGTTTCTTCCTCTG  597

seq1  CTGCTCTGCACCTGAGTCTAGAACTCACCAGTTTGTATAGACTTGCCAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTGCACCTGAGTCTAGAACTCACCAGTTTGTATAGACTTGCCAGT  647

seq1  CCCAAGGACCCTCCTGTGTCTCCCTGCACAGCACTGGGATTAGAGTTCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGACCCTCCTGTGTCTCCCTGCACAGCACTGGGATTAGAGTTCTA  697

seq1  CAGCACTATACCTGCATTTTATGTGGGTGCTAGGGATCCAAACTCAGACC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTATACCTGCATTTTATGTGGGTGCTAGGGATCCAAACTCAGACC  747

seq1  CTCAGCTTGTGCAGTAAGCACCTTACGAACTGAGCATTTTTCCTGCCCTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTGTGCAGTAAGCACCTTACGAACTGAGCATTTTTCCTGCCCTT  797

seq1  CATTATTTGTTTTTTTTAAGAGACTAATGTTTATCTTTAAATAAATTCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTGTTTTTTTTAAGAGACTAATGTTTATCTTTAAATAAATTCAA  847

seq1  ATATACATTTATGTGTATTTGATCTATAAAATATACAGTTTTTTCTTAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATTTATGTGTATTTGATCTATAAAATATACAGTTTTTTCTTAAA  897

seq1  CCGAGGTATTCAAGTAGCAGCTATTAATTCAAGTGTTTTAATAAAGATTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGTATTCAAGTAGCAGCTATTAATTCAAGTGTTTTAATAAAGATTA  947

seq1  ATCACTGTGAAATACCTTATTATATAAAGTTGTTTATATAAAATCACTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTGAAATACCTTATTATATAAAGTTGTTTATATAAAATCACTTA  997

seq1  AAATTGAGAGGGTTGCTTATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAGAGGGTTGCTTATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  1047

seq1  TTGTTTGTTTATGGGCCTGGCTTTTAGTTCTACTTGGTAAACACACTGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTATGGGCCTGGCTTTTAGTTCTACTTGGTAAACACACTGTA  1097

seq1  TGAGCTATGAGAATATAGAATTTTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATGAGAATATAGAATTTTGAATTC  1127