BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139C18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 55,072,412 - 55,209,525
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneAkap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik, Eapp, LOC673582, LOC100039735, LOC100039764, Snx6, Cfl2, Baz1a, LOC100039804, 2700097O09Rik, LOC665144, EG665137, Srp54
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139C18.bB6Ng01-139C18.g
ACCDH938226DH938227
length5171,028
definitionDH938226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139C18, 5' end.DH938227|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,072,412 - 55,072,934)(55,208,495 - 55,209,525)
sequence
agccaaaactacaattggtgggagagtgcttttctattgcgtttggaaca
cgctcctatcattttcactcattttcagagcttgggatggatctgtccag
ttggaaagagctcaaaaccaatttcagtgcagatgcaaataatcctaaca
aattattctataaatacaccacaaatagcaatactttgtgaggttaatgg
ctcttacttatcaaataaggaaactgaaaaacacaagttggatcatgcga
caaaagcagattgattctgcagccagagatcggcttcatccttctgggaa
gcatcaccatcctacacaacttcaggagaaatgaatagtcagtgggctag
ctcatgatgcacagcaattcctacctctgtaaaagcaactaaccattgct
cagcaagggtctgcactctgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtatgcagtgtgt
atgcatgtgaatgtgagtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgaat
gtgagtgtgtgcatgtg
gaattcaggacctctgctcgctccagtcgaccccacttgctctggcctaa
agatttatttattattataagtacacttgtagctatcttcagacgcacca
gaagagggcatcagatctcgttacagatggtggtgagccaccatgtggtt
gctgagatttgaactcaggacctttggaagagcagtcagtgctcttaacc
actgagccatctctccagcctgacatgttagttttgatgcatcattaaca
tcttactgtatgctatttgtcttgtgtgtgtaggtgcatgtgcacctatg
tgcaaatccgtgtagaggtcagaggtcaacctcagatgtcattcctctgg
agccatccatcctgtttttgagataggagctctctttgagatctggttta
ctggttagactaggcaggctggcactgatcctcagggatctttctttctg
tctgtgcctccccagggctggaattataggtgcattctaccatgctcggt
ttgttatgccggtgaggatgtttgacctctgatcctcatgcttgtgcagt
gagcacgttaatgaccgagtcatctccctgccccagtgtttatcttttct
tacctgtagctgtgatttgaaataaaactaagattagccttgatttcatg
tattcttttgatttttgagacttgatctccagaatatatggtcctctatt
ctctctctctctctgtctctctctctctgtctctctctctctctctctct
ctctctctctccaaagcagctattgctaagagggaagaggcaaatatgta
gcttcttatctcagcttacagacaggctgcattcgttctctgggaaagag
taagcaaaactaaattgaatttacctctgaatccttatttcactccctgt
ggcatttacaatattgtgtagaagcatttcatttgcaatattgagaacag
gcattaaataaactctagcccgtcagttatgctttagcttcctatcacct
tttgtttccggggtctggctgaatcgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_55072412_55072934
seq2: B6Ng01-139C18.b_43_565

seq1  GAATTCAGCCAAAACTACAATTGGTGGGAGAGTGCTTTTCTATTGCGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCAAAACTACAATTGGTGGGAGAGTGCTTTTCTATTGCGTTT  50

seq1  GGAACACGCTCCTATCATTTTCACTCATTTTCAGAGCTTGGGATGGATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACGCTCCTATCATTTTCACTCATTTTCAGAGCTTGGGATGGATCT  100

seq1  GTCCAGTTGGAAAGAGCTCAAAACCAATTTCAGTGCAGATGCAAATAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTTGGAAAGAGCTCAAAACCAATTTCAGTGCAGATGCAAATAATC  150

seq1  CTAACAAATTATTCTATAAATACACCACAAATAGCAATACTTTGTGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAATTATTCTATAAATACACCACAAATAGCAATACTTTGTGAGGT  200

seq1  TAATGGCTCTTACTTATCAAATAAGGAAACTGAAAAACACAAGTTGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCTCTTACTTATCAAATAAGGAAACTGAAAAACACAAGTTGGATC  250

seq1  ATGCGACAAAAGCAGATTGATTCTGCAGCCAGAGATCGGCTTCATCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGACAAAAGCAGATTGATTCTGCAGCCAGAGATCGGCTTCATCCTTC  300

seq1  TGGGAAGCATCACCATCCTACACAACTTCAGGAGAAATGAATAGTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGCATCACCATCCTACACAACTTCAGGAGAAATGAATAGTCAGTG  350

seq1  GGCTAGCTCATGATGCACAGCAATTCCTACCTCTGTAAAAGCAACTAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCTCATGATGCACAGCAATTCCTACCTCTGTAAAAGCAACTAACC  400

seq1  ATTGCTCAGCAAGGGTCTGCACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCAGCAAGGGTCTGCACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTATGCA  450

seq1  GTGTGTATGCATGTGAATGTGAGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGCATGTGAATGTGAGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGCAT  500

seq1  GTGAATGTGAGTGTGTGCATGTG  523
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGTGAGTGTGTGCATGTG  523

seq1: chr12_55208495_55209525
seq2: B6Ng01-139C18.g_65_1092 (reverse)

seq1  ATCGATTCAGACAAGACCCGGGAACCAAAGGTGATAGGGAAGCTAAGGCA  50
      |||||||||| ||   ||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||
seq2  ATCGATTCAGCCAGACCCCGGAAACAAAAGGTGATA-GGAAGCTAAAGCA  49

seq1  TAACTGACGGGGCTAGAGTTTATTTTATGCCTGTTCTACAATATTGCAAA  100
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAACTGAC-GGGCTAGAGTTTATTTAATGCCTGTTCT-CAATATTGCAAA  97

seq1  TGAAATGCTTCTTACACAATATTGTAAATGACCACAGGGAGTG-AATAAG  149
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TGAAATGCTTC-TACACAATATTGTAAATG-CCACAGGGAGTGAAATAAG  145

seq1  GATTCAGAGGTAAATTCAATTTAGTTTTGCTTACTCTTT-CCAGAGAACG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATTCAGAGGTAAATTCAATTTAGTTTTGCTTACTCTTTCCCAGAGAACG  195

seq1  AATGCAGCCTGTCTGTAAGCTGAGCTAAGAAGCTACATATTTGCCTCTTC  248
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGCCTGTCTGTAAGCTGAGATAAGAAGCTACATATTTGCCTCTTC  245

seq1  CCTCTTAGCAATAGCTGCTTAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  298
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAGCAATAGCTGCTTTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  295

seq1  GAGACAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAATAGAGGACCATATAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAATAGAGGACCATATAT  345

seq1  TCTGGAGATCAAGTCTCAAAAATCAAAAGAATACATGAAATCAAGGCTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGATCAAGTCTCAAAAATCAAAAGAATACATGAAATCAAGGCTAA  395

seq1  TCTTAGTTTTATTTCAAATCACAGCTACAGGTAAGAAAAGATAAACACTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTTTATTTCAAATCACAGCTACAGGTAAGAAAAGATAAACACTG  445

seq1  GGGCAGGGAGATGACTCGGTCATTAACGTGCTCACTGCACAAGCATGAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGAGATGACTCGGTCATTAACGTGCTCACTGCACAAGCATGAGG  495

seq1  ATCAGAGGTCAAACATCCTCACCGGCATAACAAACCGAGCATGGTAGAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGTCAAACATCCTCACCGGCATAACAAACCGAGCATGGTAGAAT  545

seq1  GCACCTATAATTCCAGCCCTGGGGAGGCACAGACAGAAAGAAAGATCCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTATAATTCCAGCCCTGGGGAGGCACAGACAGAAAGAAAGATCCCT  595

seq1  GAGGATCAGTGCCAGCCTGCCTAGTCTAACCAGTAAACCAGATCTCAAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCAGTGCCAGCCTGCCTAGTCTAACCAGTAAACCAGATCTCAAAG  645

seq1  AGAGCTCCTATCTCAAAAACAGGATGGATGGCTCCAGAGGAATGACATCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCCTATCTCAAAAACAGGATGGATGGCTCCAGAGGAATGACATCT  695

seq1  GAGGTTGACCTCTGACCTCTACACGGATTTGCACATAGGTGCACATGCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGACCTCTGACCTCTACACGGATTTGCACATAGGTGCACATGCAC  745

seq1  CTACACACACAAGACAAATAGCATACAGTAAGATGTTAATGATGCATCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACACACAAGACAAATAGCATACAGTAAGATGTTAATGATGCATCAA  795

seq1  AACTAACATGTCAGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACATGTCAGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACT  845

seq1  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCAGCAACCACATGGTGGCTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCAGCAACCACATGGTGGCTCA  895

seq1  CCACCATCTGTAACGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCTGAAGATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATCTGTAACGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCTGAAGATA  945

seq1  GCTACAAGTGTACTTATAATAATAAATAAATCTTTAGGCCAGAGCAAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAGTGTACTTATAATAATAAATAAATCTTTAGGCCAGAGCAAGTG  995

seq1  GGGTCGACTGGAGCGAGCAGAGGTCCTGAATTC  1031
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGACTGGAGCGAGCAGAGGTCCTGAATTC  1028